Incorporate new GFA parser + updated GFA spec

.gitmodules

@@ -40,15 +40,12 @@
 [submodule "sdsl-lite"]
 	path = deps/sdsl-lite
     url = https://github.com/simongog/sdsl-lite
-[submodule "libVCFH"]
-    path = deps/libvcfh/
-    url = https://github.com/edawson/libvcfh
 [submodule "deps/libVCFH"]
 	path = deps/libVCFH
-	url = https://github.com/edawson/libVCFH
+	url = https://github.com/edawson/libVCFH.git
 [submodule "deps/sparsehash"]
 	path = deps/sparsehash
 	url = https://github.com/sparsehash/sparsehash.git
-[submodule "deps/gfakluge"]
-	path = deps/gfakluge
-	url = https://github.com/edawson/gfaKluge.git
+[submodule "gfakluge"]
+    path = deps/gfakluge
+    url = https://github.com/edawson/gfakluge.git

Makefile

@@ -15,7 +15,7 @@ CWD:=$(shell pwd)
 
 
 LD_INCLUDE_FLAGS:=-I$(CWD)/$(INC_DIR) -I. -I$(CWD)/$(SRC_DIR) -I$(CWD)/$(CPP_DIR)
-LD_LIB_FLAGS:= -L$(CWD)/$(LIB_DIR) -lvcflib -lgssw -lprotobuf -lhts -lpthread -ljansson -lncurses -lrocksdb -lsnappy -lz -lbz2 -lgcsa2 -lxg -lsdsl -ldivsufsort -ldivsufsort64 -lrt -lvcfh
+LD_LIB_FLAGS:= -L$(CWD)/$(LIB_DIR) -lvcflib -lgssw -lprotobuf -lhts -lpthread -ljansson -lncurses -lrocksdb -lsnappy -lz -lbz2 -lgcsa2 -lxg -lsdsl -ldivsufsort -ldivsufsort64 -lrt -lvcfh -lgfakluge
 STATIC_FLAGS=-static -static-libstdc++ -static-libgcc
 
 OBJ:=$(OBJ_DIR)/gssw_aligner.o $(OBJ_DIR)/vg.o cpp/vg.pb.o $(OBJ_DIR)/index.o $(OBJ_DIR)/mapper.o $(OBJ_DIR)/region.o $(OBJ_DIR)/progress_bar.o $(OBJ_DIR)/vg_set.o $(OBJ_DIR)/utility.o $(OBJ_DIR)/path.o $(OBJ_DIR)/alignment.o $(OBJ_DIR)/edit.o $(OBJ_DIR)/sha1.o $(OBJ_DIR)/json2pb.o $(OBJ_DIR)/entropy.o $(OBJ_DIR)/pileup.o $(OBJ_DIR)/caller.o $(OBJ_DIR)/position.o $(OBJ_DIR)/deconstructor.o
@@ -109,7 +109,7 @@ $(LIB_DIR)/libvcfh.a: .pre-build
 	+cd $(DEP_DIR)/libVCFH && $(MAKE) && cp libvcfh.a $(CWD)/$(LIB_DIR)/ && cp vcfheader.hpp $(CWD)/$(INC_DIR)/
 
 $(LIB_DIR)/libgfakluge.a: .pre-build
-	+cd $(DEP_DIR)/gfaKluge && $(MAKE) && cp libgfakluge.a $(CWD)/$(LIB_DIR)/ && cp gfakluge.hpp $(CWD)/$(INC_DIR)/
+	+cd $(DEP_DIR)/gfakluge && $(MAKE) && cp libgfakluge.a $(CWD)/$(LIB_DIR)/ && cp gfakluge.hpp $(CWD)/$(INC_DIR)/
 
 $(INC_DIR)/sha1.hpp: $(OBJ_DIR)/sha1.o
 $(OBJ_DIR)/sha1.o: $(SHA1_DIR)/sha1.cpp $(SHA1_DIR)/sha1.hpp .pre-build
@@ -130,8 +130,10 @@ $(CPP_DIR)/vg.pb.h: $(LIB_DIR)/libprotobuf.a .pre-build
 	./bin/protoc $(SRC_DIR)/vg.proto --proto_path=$(SRC_DIR) --cpp_out=cpp
 	cp $@ $(INC_DIR)
 
-$(OBJ_DIR)/vg.o: $(SRC_DIR)/vg.cpp $(SRC_DIR)/vg.hpp $(CPP_DIR)/vg.pb.h $(LIB_DIR)/libvcflib.a $(FASTAHACK_DIR)/Fasta.o $(LIB_DIR)/libgssw.a $(INC_DIR)/sparsehash/sparse_hash_map $(INC_DIR)/lru_cache.h $(INC_DIR)/stream.hpp $(LIB_DIR)/libprotobuf.a $(LIB_DIR)/libsdsl.a $(OBJ_DIR)/progress_bar.o $(INC_DIR)/gcsa.h $(INC_DIR)/sha1.hpp
+$(OBJ_DIR)/vg.o: $(SRC_DIR)/vg.cpp $(SRC_DIR)/vg.hpp $(CPP_DIR)/vg.pb.h $(LIB_DIR)/libvcflib.a $(FASTAHACK_DIR)/Fasta.o $(LIB_DIR)/libgssw.a $(INC_DIR)/sparsehash/sparse_hash_map $(INC_DIR)/lru_cache.h $(INC_DIR)/stream.hpp $(LIB_DIR)/libprotobuf.a $(LIB_DIR)/libsdsl.a $(OBJ_DIR)/progress_bar.o $(INC_DIR)/gcsa.h $(INC_DIR)/sha1.hpp $(LIB_DIR)/libgfakluge.a
 	+. ./source_me.sh && $(CXX) $(CXXFLAGS) -c -o $@ $< $(LD_INCLUDE_FLAGS) $(LD_LIB_FLAGS)
+#$(OBJ_DIR)/vg.o: $(SRC_DIR)/vg.cpp $(SRC_DIR)/vg.hpp $(CPP_DIR)/vg.pb.h $(LIB_DIR)/libvcflib.a $(FASTAHACK_DIR)/Fasta.o $(LIB_DIR)/libgssw.a $(INC_DIR)/sparsehash/sparse_hash_map $(INC_DIR)/lru_cache.h $(INC_DIR)/stream.hpp $(LIB_DIR)/libprotobuf.a $(LIB_DIR)/libsdsl.a $(OBJ_DIR)/progress_bar.o $(INC_DIR)/gcsa.h $(INC_DIR)/sha1.hpp
+#	+. ./source_me.sh && $(CXX) $(CXXFLAGS) -c -o $@ $< $(LD_INCLUDE_FLAGS) $(LD_LIB_FLAGS)
 
 $(OBJ_DIR)/gssw_aligner.o: $(SRC_DIR)/gssw_aligner.cpp $(SRC_DIR)/gssw_aligner.hpp $(CPP_DIR)/vg.pb.h $(LIB_DIR)/libgssw.a $(LIB_DIR)/libprotobuf.a $(INC_DIR)/sparsehash/sparse_hash_map $(LIB_DIR)/libvcflib.a $(LIB_DIR)/libhts.a ${INC_DIR}/sha1.hpp
 	+. ./source_me.sh && $(CXX) $(CXXFLAGS) -c -o $@ $< $(LD_INCLUDE_FLAGS) $(LD_LIB_FLAGS)