removed file structure

README.md

@@ -95,57 +95,3 @@ and bed file aligned with the respecive annotation.
 - Assembly summary - corresponding assembly report file for the refseq.gff, this is used
   to determine the corresponding chromosome for each transcript.
  -->
-
-
-## Strucute of code
-
-├── data
-│   ├── demo
-│   │   ├── after_table.tsv.gz
-│   │   ├── before_table.tsv.gz
-│   │   ├── demo_igv_reports.png
-│   │   └── initial_table.tsv.gz
-│   ├── GCF_000001405.25_GRCh37.p13_assembly_report.txt
-│   ├── GCF_000001405.25_GRCh37.p13_genomic.gff
-│   ├── hg19
-│   │   ├── ncbiRefSeq.txt.gz
-│   │   ├── ncbiRefSeq.txt.gz.tbi
-│   │   ├── refGene.txt.gz
-│   │   └── refGene.txt.gz.tbi
-│   └── hg38
-│       ├── ncbiRefSeq.txt.gz
-│       ├── ncbiRefSeq.txt.gz.tbi
-│       ├── refGene.txt.gz
-│       └── refGene.txt.gz.tbi
-├── gene_annotation2bed.py (MAIN SCRIPT)
-├── LICENSE
-├── output_new_test.vcf
-├── README.md
-├── requirements.txt
-├── scripts
-│   ├── construct_vcf.py
-│   └── igv_report.py
-│
-├── tests
-│   ├── __init__.py
-│   ├── test_construct_vcf.py
-│   ├── test_data
-│   │   ├── coordinates_anno_test.tsv
-│   │   ├── example_bed_hg38.bed
-│   │   ├── expected_output.vcf
-│   │   ├── hgcn_ids_anno_test.tsv
-│   │   ├── hs37d5.fa
-│   │   ├── hs37d5.fa.fai
-│   │   ├── refseq_gff_preprocessed.pkl
-│   │   ├── test_empty_attributes.gff
-│   │   ├── test_empty.gff
-│   │   ├── test_missing_attributes.gff
-│   │   └── transcripts_anno_test.tsv
-│   ├── test_gene_annotation2bed.py
-│   ├── test_gff_parsing.py
-│   └── test_igv_report.py
-│
-├── utils
-│   ├── gff2pandas.py
-│   ├── __init__.py
-└── Workflow.png