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Wang Yunfei edited this page Jun 6, 2017
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1 revision
- Iteratively reads FastA, FastD, FastC, FastS and EFastS files. Return corresponding objects.
- Called by rsq.IO.reader(infile, ftype='guess')
Read FastS file and print to stdout.
for item in rsq.IO.Reader("demo.fs"):
print item
Output:
>YOR369C CACGGAGCAGUUUAAUUAUCUUACUGUCGAAGAAGUCAAAAACUAGACUAUAUAUUAUUGAGAAGAAAAAUGUCUGACGUUGAAGAAGUCGUUGAAGUUCAAGAAGAAACUGUUGUUGAACAAACUGCCGAAGU UACUAUCGAAGAUGCUUUGAAGGUUGUUUUGAGAACCGCUUUGGUUCACGAUGGUCUAGCUAGAGGUUUGAGAGAAUCUACCAAGGCUUUAACCAGAGGUGAAGCUUUAUUGGUUGUUUUGGUCAGCUCUGUUA CUGAAGCUAACAUUAUCAAGUUGGUUGAAGGUUUGGCUAACGACCCAGAAAACAAGGUUCCAUUGAUCAAGGUUGCUGAUGCUAAGCAAUUAGGUGAAUGGGCUGGUUUGGGUAAGAUCGACCGUGAAGGUAAC GCCAGAAAGGUUGUCGGUGCCUCCGUUGUUGUUGUCAAGAACUGGGGUGCUGAAACUGAUGAAUUGUCCAUGAUCAUGGAACACUUCUCCCAACAAUAAACGGUGUGAUGUUCAUUAGUACUUUUUCUAGAGUU AGAUCACAUAAUAAUAUAUAGUUAAACUUUUAUUUAAUUGUAAGUUAUAU ...................(((((.........(((.........(((((((((((((((............((((((...((((((((.(((((.((((((.((.......)).))))))............. .....(((((.....)))))............(((((.....)))))..(((..(.(((((...(((...((((.....((((((((...(((((((((.....))))..)))))))))))))...))))...) ))..)))))..)..)))..((((((..(....)..)))))).(((((((......((.((((((.(((..(((((((.......))))))).))).))))))))..)))))))....))))).(((((.((.(( (((......(((.((((..((((.((..(((....)))..)).))))..)))))))....(((.(((((((....))))).)).)))..............))))).)).)))))....))))))))....))) ))).....)))))))))))))))..)))...........)))))...... (-141.9) ...................(((((..(....(((((.........(((((((((((((((............((((((...((((((((.......((((((.((.......)).)))))).....(((((((( .....(((((...((.......))...))))).....))))))))...................(((((....)))))..((.(((((((.(((...))))))))))....))..................... ...................((((((..(....)..)))))).(((((((......((.((((((.(((..(((((((.......))))))).))).))))))))..)))))))............(((.((.(( (((..........((((..((((.((..(((....)))..)).))))..)))).......(((.(((((((....))))).)).)))..............))))).)).)))......))))))))....))) ))).....)))))))))))))))..)))))......)..)))))...... (-124.1) ......
© 2017, Yunfei Wang (yfwang0405ATgmail.com), The University of Texas at Dallas
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