Skip to content

Commit

Permalink
Merge pull request #71 from alegrand/intro_rework
Browse files Browse the repository at this point in the history
Intro rework: nouvelle version du chapitre 1
  • Loading branch information
alegrand authored May 10, 2019
2 parents 20a3478 + 182d548 commit abb9b0c
Showing 10 changed files with 113 additions and 75 deletions.
2 changes: 1 addition & 1 deletion 00_preambule.md
Original file line number Diff line number Diff line change
@@ -5,7 +5,7 @@ Ce livre, rédigé dans le cadre d'un *book sprint* (*cf*. "Annexes"), s'adresse
- se pose des questions sur la recherche reproductible ou
- souhaite améliorer ses pratiques.

L'objectif de cet ouvrage est de donner les outils pour comprendre les enjeux de la recherche reproductible et permettre à un chercheur de vérifier ou d'obtenir de nouveau les résultats d'un autre chercheur. Cet autre chercheur peut être lui-même car ce qui était clair à un moment donné ne l'est plus quelques semaines plus tard. Notre ambition est d'apporter des solutions avec un niveau de technicité varié, permettant à chacun d'améliorer sa pratique dans son domaine et selon ses moyens.
L'objectif de cet ouvrage est de donner les outils pour comprendre les enjeux de la recherche reproductible qui a pour objectif de permettre à tout chercheur de vérifier ou d'obtenir de nouveau les résultats d'un autre chercheur, que ce soit pour s'y comparer ou pour s'en inspirer. Cet autre chercheur peut être lui-même car ce qui était clair à un moment donné ne l'est plus quelques semaines plus tard. Notre ambition est d'apporter des solutions avec un niveau de technicité varié, permettant à chacun d'améliorer sa pratique dans son domaine et selon ses moyens.

Le livre se structure en trois grandes parties :

125 changes: 69 additions & 56 deletions 01_RR_kezako.md

Large diffs are not rendered by default.

4 changes: 4 additions & 0 deletions 18_biblio.md
Original file line number Diff line number Diff line change
@@ -12,6 +12,10 @@ Nous vous signalons quelques outils pour rechercher de manière légale la versi

- [Scili](https://www.scilit.net/) : https://www.scilit.net/

`r if (knitr::is_html_output()){ '
<div id="refs" class="references"></div>
'}`

`r if (knitr::is_latex_output()){ '
\\renewcommand\\bibname{Bibliographie}
'}
10 changes: 7 additions & 3 deletions Makefile
Original file line number Diff line number Diff line change
@@ -1,4 +1,4 @@
MD_FILE_LIST=index.md $(wildcard [0-9][0-9]*.md)
MD_FILE_LIST=index.md $(wildcard [0-9][0-9]*.md) refs-fixed.bib
RMD_FILE_LIST=$(patsubst %.md,%.Rmd,$(MD_FILE_LIST))


@@ -7,6 +7,8 @@ all: html pdf epub
.PHONY: all Rmd

Rmd: $(RMD_FILE_LIST)

refs-fixed.bib: refs.bib
./bib-fix.sh

%.Rmd: %.md
@@ -28,6 +30,7 @@ html: Rmd
pdf: Rmd
# switch PATH to call latex/xelatex instead of plain xelatex
# so that we can fix the tex file (see the next target)
rm -f booksprintrr.aux booksprintrr.blg booksprintrr.bbl
env SAVEDPATH="$$PATH" PATH="latex:$$PATH" \
Rscript -e "rmarkdown::render_site(output_format = 'bookdown::pdf_book', encoding = 'UTF-8')"
mv _book/booksprintrr.pdf .
@@ -40,8 +43,9 @@ fix-booksprintrr.tex: booksprintrr.tex
-e 's|begin{center}\\large#1\\end{center}|begin{center}\\Large#1\\end{center}|g' \
-e 's|\\addcontentsline{toc}{chapter}{.*}||g' \
-e 's|author{\(.*\)Facilitatrice|author{\1\\\\\\medskip Facilitratice|g' \
-e 's|^\\bibliography{refs.bib}$$||g' \
-e 's|^\\renewcommand\\bibname{Bibliographie}$$|\\renewcommand\\bibname{Bibliographie}\\bibliography{refs.bib}|g' \
-e 's|^.*usepackage.*natbib.*$$|\\usepackage[sectionbib]{natbib}|g' \
-e 's|^\\bibliography{refs-fixed.bib}$$||g' \
-e 's|^\\renewcommand\\bibname{Bibliographie}$$|\\renewcommand\\bibname{Bibliographie}\\bibliography{refs-fixed.bib}|g' \
booksprintrr.tex
cp booksprintrr.tex booksprintrr.tex.bak
cat booksprintrr.tex.bak | \
2 changes: 1 addition & 1 deletion _bookdown.yml
Original file line number Diff line number Diff line change
@@ -7,4 +7,4 @@ language:
output:
bookdown::gitbook:
split_by: "chapter"
split_bib: ye
split_bib: yes
13 changes: 7 additions & 6 deletions bib-fix.sh
Original file line number Diff line number Diff line change
@@ -1,6 +1,7 @@
sed -i 's|url = {//www.fun-mooc.fr/|url = {https://www.fun-mooc.fr/|g' refs.bib
sed -i 's|« |«~|g' refs.bib
sed -i 's| » |~»|g' refs.bib
mv refs.bib orefs.bib
perl bib-fix.pl < orefs.bib > refs.bib
rm orefs.bib
cp refs.bib refs-fixed.bib
sed -i 's|url = {//www.fun-mooc.fr/|url = {https://www.fun-mooc.fr/|g' refs-fixed.bib
sed -i 's|« |«~|g' refs-fixed.bib
sed -i 's| » |~»|g' refs-fixed.bib
mv refs-fixed.bib orefs-fixed.bib
perl bib-fix.pl < orefs-fixed.bib > refs-fixed.bib
rm orefs-fixed.bib
2 changes: 1 addition & 1 deletion index.md
Original file line number Diff line number Diff line change
@@ -6,7 +6,7 @@ date: "`r Sys.Date()`"
site: bookdown::bookdown_site
documentclass: book
rights: Creative Commons Attribution Non-Commercial 4.0
bibliography: [refs.bib]
bibliography: [refs-fixed.bib]
biblio-style: latex/apalike-fr
link-citations: yes
colorlinks: yes
2 changes: 1 addition & 1 deletion latex/krantz.cls
Original file line number Diff line number Diff line change
@@ -1466,7 +1466,7 @@
\newdimen\bibindent
\setlength\bibindent{1.5em}
\newenvironment{thebibliography}[1]
{\chapter*{\bibname}%
{\chapter*{\bibname}% Don't bother. This environment is overloaded by natbib...
\@mkboth{\MakeUppercase\bibname}{\MakeUppercase\bibname}%
% \addcontentsline{toc}{chapter}{\bibname}
\list{\@biblabel{\@arabic\c@enumiv}}%
15 changes: 15 additions & 0 deletions refs.bib
Original file line number Diff line number Diff line change
@@ -1732,3 +1732,18 @@ @article{baker500ScientistsLift2016a
year = {2016},
pages = {452--454}
}


@article{opensciencecollaboration2015Estimating,
title = {Estimating the Reproducibility of Psychological Science},
volume = {349},
number = {6251},
journal = {Science},
doi = {10.1126/science.aac4716},
author = {{Open Science Collaboration}},
year = {2015},
pages = {aac4716}
}



13 changes: 7 additions & 6 deletions scripts.org
Original file line number Diff line number Diff line change
@@ -196,12 +196,13 @@ sed -i 's|\[\([^@][^]]*\)\]$|[@\1]|g' *.md

First, let's fix the fun-mooc URL plus various cosmetics...
#+begin_src shell :results output :exports both :tangle bib-fix.sh :tangle-mode (identity #o755)
sed -i 's|url = {//www.fun-mooc.fr/|url = {https://www.fun-mooc.fr/|g' refs.bib
sed -i 's|« |«~|g' refs.bib
sed -i 's| » |~»|g' refs.bib
mv refs.bib orefs.bib
perl bib-fix.pl < orefs.bib > refs.bib
rm orefs.bib
cp refs.bib refs-fixed.bib
sed -i 's|url = {//www.fun-mooc.fr/|url = {https://www.fun-mooc.fr/|g' refs-fixed.bib
sed -i 's|« |«~|g' refs-fixed.bib
sed -i 's| » |~»|g' refs-fixed.bib
mv refs-fixed.bib orefs-fixed.bib
perl bib-fix.pl < orefs-fixed.bib > refs-fixed.bib
rm orefs-fixed.bib
#+end_src

#+RESULTS:

0 comments on commit abb9b0c

Please sign in to comment.