Instruções de Execução do Notebook - Gnina (Molecular Docking)

Este notebook realiza o docking molecular utilizando a ferramenta gnina, faz a visualização 3D das moléculas com py3Dmol e calcula o RMSD com openbabel.

Pré-requisitos

1. Certifique-se de que o Colab está configurado para usar uma GPU.
   • Vá no menu superior: Ambiente de execução -> Alterar o tipo de ambiente de execução.
   • Em Acelerador de hardware, selecione GPU (ex: T4 GPU) e salve.

Passos executados no notebook:

1. Verificação da GPU: O comando !nvidia-smi verifica se a GPU está ativa.
2. Instalação do Gnina: Baixa o binário do gnina (versão 1.3.2) do GitHub, renomeia e dá permissão de execução.
3. Preparação dos Arquivos:
   • Baixa a estrutura 3ERK (formato PDB) do banco de dados RCSB PDB.
   • Extrai as coordenadas do receptor (rec.pdb) e do ligante (lig.pdb) usando comandos grep.
4. Docking Molecular: Executa o gnina para fazer o redocking do ligante no receptor, gerando o arquivo de saída de poses docked.sdf.
5. Visualização 3D: Instala e utiliza a biblioteca py3Dmol para visualizar o receptor, o ligante cristalizado e a animação das poses geradas pelo docking.
6. Cálculo de RMSD: Instala o openbabel e utiliza a ferramenta obrms para calcular as diferenças estruturais (RMSD) entre as poses geradas (docked.sdf) e a estrutura do ligante original (lig.pdb).

Como Executar

Após garantir que a GPU está ativada no ambiente, você pode executar o notebook passo a passo clicando no botão 'Play' ao lado de cada célula, ou simplesmente ir no menu superior e clicar em Ambiente de execução -> Executar tudo (atalho Ctrl+F9).