Sujet: Repliement d'un modèle simplifié de protéine par un algorithme de Monte-Carlo et échange de répliques
Nicolas Silva (silva.nicolas.j@gmail.com)
Université Paris Diderot - Septembre 2019 - Projet court
Objectif
Le but de ce projet est d'implémenter une algorithme de Monte Carlo afin d'effectuer des repliements de chaîne protéiques.
Ce travail est basé sur l'article suivant :
Thachuk C, Shmygelska A, Hoos HH. A replica exchange Monte Carlo algorithm for protein folding in the HP model. BMC Bioinformatics. 2007 Sep 17;8:342. PubMed PMID: 17875212; PubMed Central PMCID: PMC2071922.
Exécution sous l'environnement python3
Le répertoire contient :
- un dossier data contenant le fichier avec une séquence hydro/polaire d'acides aminés.
- un dossier doc contenant le rapport du projet.
- un dossier results contenant les résultats de repliements protéiques après l'algorithme de Monte Carlo.
- un dossier src contenant le script utilisé
- un fichier .yml permettant de recréer l'environnement conda utilisé
Il n'y a qu'un seul programme à exécuter: le programme monteCarlo_Search.py
Ce programme prend 2 paramètres:
- le premier est le fichier contenant la séquence d'intérêt.
- le second est le nombre de fois que l'algorithme de Monte Carlo doit être effectué.
''' Ex: python3 monteCarlo_Search.py 500 '''
La conformation finale obtenue après repliement est enregistrer dans un fichier results.txt
Numpy, Sys, Random