Parcial_3

Aquí se encuentra el parcial #3 de programación para ciencias biológicas. Esta rutina puede identificar si la proteína de interés se encuentra en el organismo:

• Helicobacter pylori strain 7.13_R1b chromosome con código de GenBank NZ_CP024072

Intrucciones

Posiciones Todos los archivos que se encuentran aquí junto con la(s) proteína(s) que quiere identificar Luego, corra el siguiente comando:

python parcial_31.py "proteina".fasta  

Esta rutina generará 4 archivos:

• revcom.fasta, el cual contiene un archivo fasta con las secuencias reveso complementario de la secuencia ingresada.
• SequenceAA_query.fasta, que contiene los ORF's encontrados en aminoácidos.
• salida_blas.tsv, que contiene todos los resultados obtenidos del blast.
• Resultados_blast_a_Hpylori.tsv, el cual es el resultado final con las secuencias identificadas.