MTPT全步骤分析程序

用到的库

Bio库和pandas库

参数列表

• cp 叶绿体基因的GenBank文件
• mt 线粒体的GenBank文件
• blastnfile balstn比对结果txt文件，利用线粒体建库，和叶绿体进行比对
• length 筛选的最小长度
• scores 筛选的最低得分

例如 python MTPT.py --cp .\Chloranthus_spicatus_cp.gb --mt .\Chloranthus_spicatus_mt.gb --blastnfile .\Chloranthus_spicatus_result.txt --length 50 --scores 80

如何生成blastnfile文件

1. 利用线粒体建库

• makeblastdb -in 线粒体基因文件 -dbtype nucl -parse_seqids -out 线粒体数据库

2. 叶绿体和线粒体比对

• blastn -query 叶绿体基因文件 -db 线粒体数据库 -out 结果文件 -task blastn -evalue 1e-5 -word_size 9 -gapextend 2 -reward 2 -penalty -3 -gapopen 5 -outfmt 6 -num_threads 4

生成结果说明

会先生成一个result文件夹，里面会包含以下文件：

• MTPT.xlsx MTPT分析结果表格
• all_seq_length.txt 线粒体和叶绿体的整个序列长度
• mtpt_seq_length.txt 转移序列长度
• GC_content.txt GC含量
• escape_seq.txt 转移序列