Monorepo Biología semestre 10

Almaceno soluciones a algunas asignaciones de mi ultimo semestre 🥳 2024-01 🎉✨✨✨

Enviromenment configuration

Python

• Creación del entorno virtual a partir de requirements.txt

python3 -m venv .venv
source .venv/bin/activate
python3 -m pip install --upgrade pip
python -m pip install -r requirements.txt

R

• Es posible que toque instalar algunos paquetes necesarios para compilar código. Para debian based:

sudo apt-get install build-essential libcurl4-gnutls-dev libxml2-dev libssl-dev

• Este paquete es necesario para usar las funcionalidades para R de VS Code

update.packages(ask=FALSE) # puede requerir sudo para actualizar algunos paquetes
install.packages("languageserver", dependencies=TRUE)

• Kernel de R para Jupyter. Recordar tener instalado Jupyter en el entorno de Python

install.packages('IRkernel')
IRkernel::installspec()

Perl

• Configurando cpan (para instalar en el home sí no se tiene privilegios)

Sí es la primera vez que se corre, entra en modo configuración

cpan

También se puede invocar desde la prompt the cpan:

cpan[1]> o conf init

• Instalar cpanm

sudo cpan App::cpanminus

• Instalando servidor de lenguaje (para usar richterger.perl)

Dependencias en Debian based

sudo apt install libanyevent-perl libclass-refresh-perl libcompiler-lexer-perl libdata-dump-perl libio-aio-perl libjson-perl libmoose-perl libpadwalker-perl libscalar-list-utils-perlx libcoro-perl

sudo cpanm Perl::LanguageServer

• En caso de tener problemas con Perl::ServerLanguage, una opción es usar bscan.perlnavigator

Para algunas funcionalidades requiere Perl::Critic

sudo cpanm Perl::Critic

Como usar Jupyter para Python y R

• Activar el entorno virtual sí no esta activo

• Iniciar servidor

jupyter notebook

En caso de querer revisar los servidores activos y sus token:

jupyter server list

• Seleccionar Kernel

Se puede trabajar con el notebook desde VSCode. Para seleccionar el kernel, es necesario indicar que se conecte a un servidor de Jupyter, colocar URL y password (Token), y seleccionar entre los kernel disponibles.

• Opción sin servidor (solo Python): la extensión de Jupyter también permite seleccionar como "kernel" un entorno virtual de Python. Pero para trabajar con R o MATLAB se debe hacer creando un servidor.

Estructura de archivos

Las primeras 2 o 3 letras de las carpetas indican la asignatura asociada.

• GRC: Genética de Rasgos Complejos (2029263), 2024-01, Johana Carolina Soto Sedano
• PAB: Programación y algoritmos para Bioinformática (2025439), 2024-01, Clara Isabel Bermudez Santana
• FV: Fisiología vegetal (2017538), 2024-01, Hernán Mauricio Romero
• FEC: Fundamentos de ecología de comunidades (2026821), Jose Ernesto Mancera Pineda

Conexión a través de un proxy

SSH to remote hosts through a proxy or bastion with ProxyJump

• Con ProxyJump

ssh -J <user_name>@<jump_server:port> <remote_server:port>

• Con ProxyCommand

ssh -o ProxyCommand="ssh -W %h:%p <user_name>@<jump_server>" <remote_server>

• Configurando OpenSSH

### Jump server
Host <jump_nickname>
    HostName <jump_server>
    User <user_name>
    IdentityFile ~/.ssh/id_rsa
### Remote host
Host <remote_nickname>
    HostName <remote_server>c
    ProxyJump <jump_nickname>