论文摘要生成器

这个项目是一个基于Python的论文摘要生成器，它可以从PubMed Central (PMC)获取论文全文，使用LLM-agent来生成论文信息和总结，并将结果保存到CSV文件和SQLite数据库中。

主要功能

1. 从PMC获取论文全文
2. 使用LangGraph构建的流程生成论文总结
3. 提取论文的关键信息，包括：
   • 文章ID（DOI, PMC, PMID）
   • 文章标题
   • 文章内容
   • 摘要描述
   • 功能
   • 主页
   • 关键词
   • 工具类型
   • 主题
4. 将提取的信息保存到db文件夹中的CSV文件和SQLite数据库
5. 提供详细的日志记录，同时输出到文件和控制台
6. 在处理多篇论文时显示进度信息

项目结构

paper-summary-generator/
├── src/
│   ├── paper_processor.py
│   └── utils/
│       ├── paper_summary.py
│       └── bridge_llm/
│           └── .env
├── db/
│   ├── paper_summaries.csv
│   └── paper_summaries.db
├── logs/
│   └── paper_processor_YYYYMMDD_HHMMSS.log
├── README.md
├── LICENSE
├── .gitignore
└── environment.yml

环境配置

使用 Conda 配置环境

1. 确保已安装 Conda。如果没有，请从 Conda 官网 下载并安装。

2. 克隆项目仓库：

   git clone https://github.com/your-username/paper-summary-generator.git
   cd paper-summary-generator

3. 使用 environment.yml 文件创建新的 Conda 环境：

   conda env create -f environment.yml

4. 激活环境：

   conda activate langgraph_paper_summary

配置环境变量

在 src/utils/bridge_llm/.env 文件中配置以下环境变量：

DOUBAO_MODEL_ID=your_entrypoint_id
ARK_API_KEY=your_ark_api_key
ARK_API_BASE_URL=https://ark.cn-beijing.volces.com/api/v3
OLLAMA_BASE_URL1=http://your_ollama_url1:port
OLLAMA_BASE_URL2=http://your_ollama_url2:port

请确保将 your_ark_api_key、your_ollama_url1 和 your_ollama_url2 替换为实际的值。环境变量文件现在使用相对路径加载，无需手动指定完整路径。

使用方法

1. 确保已完成环境配置和依赖安装。
2. 在 src/paper_processor.py 的 main 函数中提供要处理的PMCID列表。
3. 运行 paper_processor.py 脚本：

   python src/paper_processor.py

输出

• db/paper_summaries.csv: 包含所有处理过的论文信息的CSV文件。
• db/paper_summaries.db: 包含所有处理过的论文信息的SQLite数据库。
• logs/paper_processor_YYYYMMDD_HHMMSS.log: 包含详细运行日志的文件。

注意事项

• 确保您有足够的权限访问PMC API并下载论文内容。
• 脚本会过滤掉一些与主题无关的部分（如方法、参考文献等），以减少token消耗。
• 日志信息会同时输出到控制台和日志文件，方便实时查看处理进度和调试。
• 处理多篇论文时，程序会显示当前处理进度，如"正在处理第 X/Y 篇论文"。
• 如果遇到任何问题，请检查控制台输出和日志文件以获取详细信息。

贡献

欢迎提交问题和拉取请求。对于重大更改，请先开issue讨论您想要更改的内容。

许可证

MIT