Ising cluster update code

[MoskalenkoRomanBorisovich]

No description provided.

[ev-br]

Несколько комментариев. Прдправляйте и в ту же ветку коммит.

[ev-br]

Tried to run a simulation of a 4x4 lattice, and I cannot make sense of the results:

In [15]: neighb = tabulate_neighbors((4, 4, 1), 'sc')

In [16]: simulate(4, neighb, 1.0, num_sweeps=200, verbose=2)
beta =  1.0   T =  1.0
Conformation size = 4

----- sweep =  0 spins =  [1 1 1 1] beta =  1.0
  ene =  -17506370211986.125  (naive)
      =  -17506370211986.125 +/- 0.0
  mag^2 =  1.0 +/- 0.0
  mag^4 =  1.0 +/- 0.0

Final:
  ene =  -525191071711.79  (naive)
  ene =  -547074033033.0678 +/- 1237330116550.454
  mag^2 =  0.9505208333333334 +/- 0.015259024159068463
  mag^4 =  0.9446614583333334 +/- 0.01665360680811597

• What is the conformation size, and why there are four spins --- does this simulate 16 spins on a 4x4 lattice with PBC, or 4 spins on a 4x4 lattice or something else?

• Energy is dubious

Could you please explain / update the PR @MoskalenkoRomanBorisovich ?

[ev-br]

W.r.t. reading the structure, what you have here is nice but what's really needed is an example of building a lattice out of it. Maybe a simpler, shorter conformation where you can follow the site numbering and neighbors. THis is best left for a separate PR though.

[MoskalenkoRomanBorisovich]

Tried to run a simulation of a 4x4 lattice, and I cannot make sense of the results:

In [15]: neighb = tabulate_neighbors((4, 4, 1), 'sc')

In [16]: simulate(4, neighb, 1.0, num_sweeps=200, verbose=2)
beta =  1.0   T =  1.0
Conformation size = 4

----- sweep =  0 spins =  [1 1 1 1] beta =  1.0
  ene =  -17506370211986.125  (naive)
      =  -17506370211986.125 +/- 0.0
  mag^2 =  1.0 +/- 0.0
  mag^4 =  1.0 +/- 0.0

Final:
  ene =  -525191071711.79  (naive)
  ene =  -547074033033.0678 +/- 1237330116550.454
  mag^2 =  0.9505208333333334 +/- 0.015259024159068463
  mag^4 =  0.9446614583333334 +/- 0.01665360680811597

• What is the conformation size, and why there are four spins --- does this simulate 16 spins on a 4x4 lattice with PBC, or 4 spins on a 4x4 lattice or something else?
• Energy is dubious

Could you please explain / update the PR @MoskalenkoRomanBorisovich ?

L is the number of spins, for a 4 * 4 grid this is 16, not 4. This is a rudiment left from cy_ising.pyx, I will remove it in the next commit

[ev-br]

Please add a usage example. Ideally, add a comparison to exact enumeration for a 4x4 lattice. Enumeration might live in a Jupyter notebook or a python script or a cython code, whichever is simpler for you.

[review-notebook-app]

Check out this pull request on 

See visual diffs & provide feedback on Jupyter Notebooks.

---

Powered by ReviewNB

[ev-br]

Несколько комментариев по коду, исправляйте и push пжлст @MoskalenkoRomanBorisovich

Дальше, точный пересчет произвольных решеток это зачетная попытка, но нужно убрать. Это плохой пример (экспоненциально малые значения в сумме; экспоненциально много членов в сумму). Нужно сделать проще пример, двумерную решетку 4-на-4, на питоне точный пересчет, прямо в ноутбуке. Как сделано для одномерия в https://github.com/ev-br/mc_lib/blob/master/examples/1DIsing.ipynb

Как сделаете, @-отметьте меня пожалуйста.

[ev-br]

Также посмотрел в ноутбук. Хорошо, но доделываем:

• Кластерами делаете только одну решетку, 4х4, ее же сравниваете с точным пересчетом.
• чтение конфигурации уносите в отдельный ноутбук, отдельным PR. Собираете решетку, на нее спиновую модель --- вот как у Вас. Но отдельный ноутбук, в отдельном PR.

[MoskalenkoRomanBorisovich]

@ev-br
вроде всё поправил:
оставил решётку 4*4 с простым пересчётом на питоне
поправил опечатки
поправил всё связанное с nDim в коде

[ev-br]

Okay, let's merge it. Thanks @MoskalenkoRomanBorisovich

Follow-ups in gh-53.