0.10.7 Update

.conda/recipe.yaml

@@ -1,6 +1,6 @@
 package:
   name: unilabos
-  version: 0.10.4
+  version: 0.10.7
 
 source:
   path: ../unilabos
@@ -10,7 +10,6 @@ build:
   python:
     entry_points:
      - unilab = unilabos.app.main:main
-     - unilab-register = unilabos.app.register:main
   script:
   - set PIP_NO_INDEX=
   - if: win
@@ -32,11 +31,14 @@ requirements:
   - python ==3.11.11
   - pip
   - setuptools
+  - zstd
+  - zstandard
   run:
   - conda-forge::python ==3.11.11
   - compilers
   - cmake
   - zstd
+  - zstandard
   - ninja
   - if: unix
     then:
@@ -61,7 +63,7 @@ requirements:
   - uvicorn
   - gradio
   - flask
-  - websocket
+  - websockets
   - ipython
   - jupyter
   - jupyros

.gitignore

@@ -2,6 +2,7 @@ configs/
 temp/
 output/
 unilabos_data/
+pyrightconfig.json
 ## Python
 
 # Byte-compiled / optimized / DLL files
@@ -246,3 +247,5 @@ local_test2.py
 ros-humble-unilabos-msgs-0.9.13-h6403a04_5.tar.bz2
 *.bz2
 test_config.py
+
+

CONTRIBUTORS

@@ -0,0 +1,15 @@
+   156	Xuwznln <18435084+Xuwznln@users.noreply.github.com>
+    39	Junhan Chang <changjh@dp.tech>
+     9	wznln <18435084+Xuwznln@users.noreply.github.com>
+     8	Guangxin Zhang <guangxin.zhang.bio@gmail.com>
+     5	ZiWei <131428629+ZiWei09@users.noreply.github.com>
+     2	Junhan Chang <changjh@pku.edu.cn>
+     2	Xie Qiming <97236197+Andy6M@users.noreply.github.com>
+     1	Harvey Que <103566763+Mile-Away@users.noreply.github.com>
+     1	Junhan Chang <1700011741@pku.edu.cn>
+     1	LccLink <1951855008@qq.com>
+     1	h840473807 <47357934+h840473807@users.noreply.github.com>
+     1	lixinyu1011 <61094742+lixinyu1011@users.noreply.github.com>
+     1	shiyubo0410 <shiyubo@dp.tech>
+     1	王俊杰 <1800011822@pku.edu.cn>
+     1	王俊杰 <43375851+wjjxxx@users.noreply.github.com>

docs/boot_examples/liquid_handler.md

@@ -13,38 +13,37 @@
 ```json
 {
   "nodes": [
-        {
-            "id": "PLR_STATION",
-            "name": "PLR_LH_TEST",
-            "parent": null,
-            "type": "device",
-            "class": "liquid_handler",
-            "config": {},
-            "data": {},
-            "children": [
-                "deck"
-            ]
-        },
+    {
+      "id": "PLR_STATION",
+      "name": "PLR_LH_TEST",
+      "parent": null,
+      "type": "device",
+      "class": "liquid_handler",
+      "config": {},
+      "data": {},
+      "children": ["deck"]
+    },
     {
       "id": "deck",
       "name": "deck",
       "type": "container",
       "class": null,
       "parent": "PLR_STATION",
       "children": [
-                "trash",
-                "trash_core96",
-                "teaching_carrier",
-                "tip_rack",
-                "plate"
-            ]
+        "trash",
+        "trash_core96",
+        "teaching_carrier",
+        "tip_rack",
+        "plate"
+      ]
     }
   ],
   "links": []
 }
 ```
 
 配置文件定义了移液站的组成部分，主要包括：
+
 - 移液站本体（LiquidHandler）- 设备类型
 - 移液站携带物料实例（deck）- 物料类型
 
@@ -55,7 +54,7 @@
 使用以下命令启动移液站设备：
 
 ```bash
-unilab -g test/experiments/plr_test.json --app_bridges ""
+unilab -g test/experiments/plr_test.json --ak [通过网页获取的ak值] --sk [通过网页获取的sk值]
 ```
 
 ### 2. 执行枪头插入操作
@@ -66,35 +65,50 @@ unilab -g test/experiments/plr_test.json --app_bridges ""
 ros2 action send_goal /devices/PLR_STATION/pick_up_tips unilabos_msgs/action/_liquid_handler_pick_up_tips/LiquidHandlerPickUpTips "{ tip_spots: [ { id: 'tip_rack_tipspot_0_0', name: 'tip_rack_tipspot_0_0', sample_id: null, children: [], parent: 'tip_rack', type: 'device', config: { position: { x: 7.2, y: 68.3, z: -83.5 }, size_x: 9.0, size_y: 9.0, size_z: 0, rotation: { x: 0, y: 0, z: 0, type: 'Rotation' }, category: 'tip_spot', model: null, type: 'TipSpot', prototype_tip: { type: 'HamiltonTip', total_tip_length: 95.1, has_filter: true, maximal_volume: 1065, pickup_method: 'OUT_OF_RACK', tip_size: 'HIGH_VOLUME' } }, data: { tip: { type: 'HamiltonTip', total_tip_length: 95.1, has_filter: true, maximal_volume: 1065, pickup_method: 'OUT_OF_RACK', tip_size: 'HIGH_VOLUME' }, tip_state: { liquids: [], pending_liquids: [], liquid_history: [] }, pending_tip: { type: 'HamiltonTip', total_tip_length: 95.1, has_filter: true, maximal_volume: 1065, pickup_method: 'OUT_OF_RACK', tip_size: 'HIGH_VOLUME' } } } ], use_channels: [ 0 ], offsets: [ { x: 0.0, y: 0.0, z: 0.0 } ] }"
 ```
 
-此命令会通过ros通信触发移液站执行枪头插入操作，得到如下的PyLabRobot的输出日志。
+此命令会通过 ros 通信触发移液站执行枪头插入操作，得到如下的 PyLabRobot 的输出日志。
 
 ```log
 Picking up tips:
-pip#  resource             offset           tip type     max volume (µL)  fitting depth (mm)   tip length (mm)  filter    
-  p0: tip_rack_tipspot_0_0 0.0,0.0,0.0      HamiltonTip  1065             8                    95.1             Yes  
+pip#  resource             offset           tip type     max volume (µL)  fitting depth (mm)   tip length (mm)  filter
+  p0: tip_rack_tipspot_0_0 0.0,0.0,0.0      HamiltonTip  1065             8                    95.1             Yes
 ```
 
+也可以登陆网页，给`tip_spots`选择`tip_rack_tipspot_0_0`，`use_channels`为`0`，`offsets`均填写`0`，同样可观察到上面的日志
+
 ## 常见问题
 
-1. **重复插入枪头不成功**：操作编排应该符合实际操作顺序，可自行通过PyLabRobot进行测试
+1. **重复插入枪头不成功**：操作编排应该符合实际操作顺序，可自行通过 PyLabRobot 进行测试
 
 ## 移液站支持的操作
 
 移液站支持多种操作，以下是当前系统支持的操作列表：
 
-1. **LiquidHandlerAspirate** - 吸液操作
-2. **LiquidHandlerDispense** - 排液操作
-3. **LiquidHandlerDiscardTips** - 丢弃枪头
-4. **LiquidHandlerDropTips** - 卸下枪头
-5. **LiquidHandlerDropTips96** - 卸下96通道枪头
-6. **LiquidHandlerMoveLid** - 移动盖子
-7. **LiquidHandlerMovePlate** - 移动板子
-8. **LiquidHandlerMoveResource** - 移动资源
-9. **LiquidHandlerPickUpTips** - 插入枪头
-10. **LiquidHandlerPickUpTips96** - 插入96通道枪头
-11. **LiquidHandlerReturnTips** - 归还枪头
-12. **LiquidHandlerReturnTips96** - 归还96通道枪头
-13. **LiquidHandlerStamp** - 打印标记
-14. **LiquidHandlerTransfer** - 液体转移
-
-这些操作可通过ROS2 Action接口进行调用，以实现复杂的移液流程。
+1. **LiquidHandlerProtocolCreation** - 协议创建
+2. **LiquidHandlerAspirate** - 吸液操作
+3. **LiquidHandlerDispense** - 排液操作
+4. **LiquidHandlerDiscardTips** - 丢弃枪头
+5. **LiquidHandlerDropTips** - 卸下枪头
+6. **LiquidHandlerDropTips96** - 卸下 96 通道枪头
+7. **LiquidHandlerMoveLid** - 移动盖子
+8. **LiquidHandlerMovePlate** - 移动板子
+9. **LiquidHandlerMoveResource** - 移动资源
+10. **LiquidHandlerPickUpTips** - 插入枪头
+11. **LiquidHandlerPickUpTips96** - 插入 96 通道枪头
+12. **LiquidHandlerReturnTips** - 归还枪头
+13. **LiquidHandlerReturnTips96** - 归还 96 通道枪头
+14. **LiquidHandlerSetLiquid** - 设置液体
+15. **LiquidHandlerSetTipRack** - 设置枪头架
+16. **LiquidHandlerStamp** - 打印标记
+17. **LiquidHandlerTransfer** - 液体转移
+18. **LiquidHandlerSetGroup** - 设置分组
+19. **LiquidHandlerTransferBiomek** - Biomek 液体转移
+20. **LiquidHandlerIncubateBiomek** - Biomek 孵育
+21. **LiquidHandlerMoveBiomek** - Biomek 移动
+22. **LiquidHandlerOscillateBiomek** - Biomek 振荡
+23. **LiquidHandlerTransferGroup** - 分组转移
+24. **LiquidHandlerAdd** - 添加操作
+25. **LiquidHandlerMix** - 混合操作
+26. **LiquidHandlerMoveTo** - 移动到指定位置
+27. **LiquidHandlerRemove** - 移除操作
+
+这些操作可通过 ROS2 Action 接口进行调用，以实现复杂的移液流程。

docs/concepts/02-topology-and-chemputer-compile.md

@@ -19,7 +19,7 @@ Uni-Lab 的组态图当前支持 node-link json 和 graphml 格式，其中包
 对用户来说，“直接操作设备执行单个指令”不是个真实需求，真正的需求是**“执行对实验有意义的单个完整动作”——加入某种液体多少量；萃取分液；洗涤仪器等等。就像实验步骤文字书写的那样。**
 
 而这些对实验有意义的单个完整动作，**一般需要多个设备的协同**，还依赖于他们的**物理连接关系（管道相连；机械臂可转运）**。
-于是 Uni-Lab 实现了抽象的“工作站”，即注册表中的 `workstation` 设备（`ProtocolNode`类）来处理编译、规划操作。以泵骨架组成的自动有机实验室为例，设备管道连接关系如下：
+于是 Uni-Lab 实现了抽象的“工作站”，即注册表中的 `workstation` 设备（`WorkstationNode`类）来处理编译、规划操作。以泵骨架组成的自动有机实验室为例，设备管道连接关系如下：
 
 ![topology](image/02-topology-and-chemputer-compile/topology.png)