🧬 Taller: Análisis de datos de metilación del TCGA-LUAD

Este repositorio contiene el material práctico, código y flujos de trabajo para el taller de análisis de datos epigenéticos utilizando R y Bioconductor. Nos centraremos en datos de Adenocarcinoma de Pulmón (LUAD) provenientes del programa The Cancer Genome Atlas (TCGA).

🎯 Objetivos de aprendizaje

Al finalizar este taller, los participantes serán capaces de realizar un flujo de trabajo completo de análisis bioinformático, incluyendo:

• 📥 Adquisición de Datos: Descarga y manipulación de datos de microarreglos de metilación (Illumina 450K) específicos del proyecto TCGA-LUAD, enfocándonos exclusivamente en muestras pareadas (mismo paciente).
• 🧬 Anotación y Filtrado: Identificación y selección de sondas CpG situadas estratégicamente en regiones promotoras de genes candidatos de interés.
• ⚖️ Análisis Comparativo: Evaluación de diferencias de metilación entre tejido tumoral y tejido normal adyacente.
• 📊 Estadística y Visualización: Ejecución de pruebas de hipótesis pertinentes y generación de visualizaciones de alto impacto (Boxplots, Heatmaps, etc.) para interpretar los resultados.

📂 Estructura del Repositorio

• Primera parte - Exploración.md: Primera parte del taller con recursos para investigación en epigenética.
• Taller_análisis_datos_metilación_TCGA.qmd: Código fuente. Documento Quarto con todo el análisis paso a paso.
• docs/: Archivos generados para la visualización web del taller.
• data/: (Ignorado en el control de versiones) Carpeta local donde se almacenan los datos crudos y procesados.

🚀 Instrucciones de Instalación y Uso

Debido al tamaño de los datos genómicos, este repositorio utiliza el sistema de Releases de GitHub para distribuir los archivos necesarios.

2. Descargar los Datos (Importante):
   • Ve a la sección Releases (a la derecha de la página principal del repositorio) y da clic en Taller_análisis_datos_metilación_TCGA.zip para descargar el archivo comprimido del taller.
   • Descomprime el archivo y ubica la carpeta en el directorio donde vas a guardar el trabajo.
3. Ejecutar:
   • Abre el archivo .Rproj en RStudio.
   • Abre el archivo .qmd y ejecuta los bloques de código (Render).

🛠️ Requisitos Previos

• R (versión 4.2 o superior)
• RStudio
• Paquetes necesarios: TCGAbiolinks, SummarizedExperiment, tidyverse, knitr (se instalan en el primer bloque del script).

📄 Licencia y Uso Académico

Este recurso didáctico está amparado por la licencia Creative Commons Atribución-CompartirIgual 4.0 Internacional (CC BY-SA 4.0). Dicha licencia garantiza la libertad de la comunidad educativa y académica para utilizar, compartir y adaptar el material sin restricciones, siempre y cuando se reconozca la autoría original de manera clara. Si el material es modificado y posteriormente redistribuido, debe ser también de libre acceso para la comunidad. La información de citación requerida para el reconocimiento de autoría se presenta a continuación.

Cómo citar:

González Cubides, D. M. (2025). Taller: Análisis de datos de metilación del TCGA-LUAD (v1.1). Zenodo. https://doi.org/10.5281/zenodo.17676205