Quitting from lines 162-201 (seq_report.Rmd)
Error: Problem with `mutate()` input `missing_vector`.
✖ object 'C222T' not found
ℹ Input `missing_vector` is `map(...)`.
Backtrace:
█
1. ├─(function (file, local = FALSE, echo = verbose, print.eval = echo, ...
2. │ ├─base::withVisible(eval(ei, envir))
3. │ └─base::eval(ei, envir)
4. │ └─base::eval(ei, envir)
5. ├─base::sapply(opt$FILES, renderArg) /usr/local/bin/render.r:44:0
6. │ └─base::lapply(X = X, FUN = FUN, ...)
7. │ └─global::FUN(X[[i]], ...)
8. │ ├─rmarkdown::render(p) /usr/local/bin/render.r:36:4
9. │ │ └─knitr::knit(knit_input, knit_output, envir = envir, quiet = quiet)
10. │ │ └─knitr:::process_file(text, output)
11. │ │ ├─base::withCallingHandlers(...)
12. │ │ ├─knitr:::process_group(group)
13. │ │ └─knitr:::process_group.block(group)
14. │ │ └─knitr:::call_block(x)
15. │ │ └─knitr:::block_exec(params)
16. │ │ ├─knitr:::in_dir(...)
17. │ │ └─knitr:::evaluate(...)
18. │ │ └─evaluate::evaluate(...)
19. │ │ └─evaluate:::evaluate_call(...)
20. │ │ ├─evaluate:::timing_fn(...)
21. │ │ ├─base:::handle(...)
22. │ │ ├─base::withCallingHandlers(...)
23. │ │ ├─base::withVisible(eval(expr, envir, enclos))
24. │ │ └─base::eval(expr, envir, enclos)
25. │ │ └─base::eval(expr, envir, enclos)
26. │ └─`%>%`(...)
27. ├─dplyr::filter(., as.integer(totalMissing) < 3000, date > lubridate::ymd("2020-12-01"))
28. ├─dplyr::mutate(...)
29. ├─dplyr:::mutate.data.frame(...)
30. │ └─dplyr:::mutate_cols(.data, ...)
31. │ ├─base::withCallingHandlers(...)
32. │ └─mask$eval_all_mutate(dots[[i]])
33. ├─purrr::map(...)
34. │ └─.f(.x[[i]], ...)
35. │ └─base::eval(parse(text = paste("c(", gsub("\\-", ":", .x), ")")))
36. │ └─base::eval(parse(text = paste("c(", gsub("\\-", ":", .x), ")")))
37. └─base::.handleSimpleError(...)
38. └─dplyr:::h(simpleError(msg, call))
Warning message:
In grSoftVersion() :
unable to load shared object '/usr/local/lib/R/modules//R_X11.so':
libXt.so.6: cannot open shared object file: No such file or directory
stderr output from running b3_report on batch 210223: