input SAM
@SQ SN:ref LN:45
q001 0 ref 10 60 4I4M4D4M4I * 0 0 ATGCATGCATGCATGC ABCDEFGHIJKLMNOP
samtools output
ref 10 N 1 ^]A E
ref 11 N 1 T F
ref 12 N 1 G G
ref 13 N 1 C-4NNNN H
ref 14 N 1 * I
ref 15 N 1 * I
ref 16 N 1 * I
ref 17 N 1 * I
ref 18 N 1 A I
ref 19 N 1 T J
ref 20 N 1 G K
ref 21 N 1 C+4ATGC$ L
cljam output
ref 10 N 1 ^]A E
ref 11 N 1 T F
ref 12 N 1 G G
ref 13 N 1 C-4NNNN H
ref 14 N 1 * ~
ref 15 N 1 * ~
ref 16 N 1 * ~
ref 17 N 1 * ~
ref 18 N 1 A I
ref 19 N 1 T J
ref 20 N 1 G K
ref 21 N 1 C+4ATGC$ L
