IGV Browser

authors: chengchaoze@gmail.com

date: 20220310

Usage

1. chrome brower 打开网址 http://10.81.112.94:50001

2. 加载完成 iGV web 页面，选择基因组版本（hg19, hg38, mm10），默认展示 hg19

3. 打开服务器端 bam 文件

   • 运行脚本 link4iGVweb.py 链接 bam 文件到特定目录，复制脚本输出的 web 服务器路径

     python link4iGVweb.py $BamFile
     
     # OR
     python link4iGVweb.py $ProjectDir

   • 或手动连接 bam/bai 文件到特定路径，

4. 在 iGV web 页面，操作 web => Tracks => URL... => 复制粘贴对应的 bam/bai 链接即可

和本地 iGV 客户端一致，iGV web 同时支持本地 bam/bed 文件上传查看

##Build

1. download

   wget -c https://github.com/igvteam/igv-webapp/archive/refs/tags/v1.9.0.zip

2. 修改 igv-webapp 程序中远程路径

   • 网页显示 css/js 等文件下载到本地，修改 index.html
   • igv-webapp 配置文件修改，基因组相关文件下载到本地
   • 创建本地文件夹用于 bam 文件储存

3. 构建本地 docker image

   COPYFILE_DISABLE=1 tar zcf igv-webapp.1.9.0.tar.gz igv-webapp.1.9.0
   
   docker build -t igv-webapp .

4. 启动 iGV web 服务

   docker run -it -p 50001:80 \
   	-v $LocalResouces:/opt/igv-webapp.1.9.0/resources \
   	-v /glusterfs/home/:/glusterfs/home/ \
   	-v /titan3:/titan3 \
     igv-webapp 

   注意事项：

   • 仅支持 /glusterfs/home/ 以及 /titan3 两个目录的 bam 文件进行 IGV web方式查看
   • 设置 $LocalResouces/data 路径权限为 777，便于使用该目录进行 bam 链接
   • 目前 docker iamge 运行暂不能后台，需要交互方式进入，手动在后台常驻

5. 服务器部署

   本地数据库文件、bam 储存在目录 /titan3/igv-webapp.1.9.0