Ce projet s'inscrit dans la continuité du projet CoEHCO (Connaissance et Évaluation de l'état des Habitats benthiques Côtiers), porté par le Parc Naturel Marin de l'Estuaire de la Gironde et de la Mer des Pertuis ainsi que la Ligue pour la Protection des Oiseaux (LPO). Le volet "herbiers de zostères" de ce projet a évalué l'état des herbiers de Zostère naine (Zostera noltei), des habitats marins importants et sensibles aux perturbations anthropiques, considérés comme menacés par la convention OSPAR de 2008, la DHFF et la DCE. L’état des herbiers a été réalisé par deux approches : l’une utilisant le suivi stationnel DCE portant sur un suivi qualitatif des herbiers, l’autre par un suivi surfacique initié par la LPO. C’est sur ce dernier que le développement de méthode va porter. Le but de ce stage est de mettre en place une méthode de travail reproductible de l’estimation des surfaces d’herbiers de zostères naines à partir d’images satellites Sentinel-2 Level-2A afin de calculer annuellement un indice de recouvrement. Cette méthode peut également être utilisée pour des données de drone multispectrales dont la résolution est plus fine. Il permettra sur le long terme de voir l’évolution de la surface des herbiers en lien avec les pressions annuelles collectées sur les sites. Le laboratoire LIENSs, avec son expertise en habitats marins et géomatique, contribuera à améliorer et rendre reproductible la méthode actuelle de traitement des images satellites. Dans le cadre de ma première année de Master Télédétection et Environnement réalisé à l’Université Rennes 2, j’ai réalisé un stage facultatif de deux mois au laboratoire du LIENSs (Littoral Environnement et Sociétés) à la Rochelle.
L'extension QGIS « IndiceSurfaciqueZosteres» est conçu pour calculer un indice de recouvrement pour les herbiers de Zostera noltei, en prenant en compte la couverture, le NDVI et la fragmentation de l'herbier.
Pour ce faire, vous avez à votre disposition plusieurs fichiers permettant de rendre reproductible cet indice comme indiqué ci-dessous.
- Extension QGIS "IndiceSurfaciqueZosteres.zip"
- Notice d'utilisation de l'indice de recouvrement des herbiers de Zostera noltei "NOTICE_UTILISATION_IR_ZOSTR_LEA_MOING_05072024.pdf"
- Script de l'indice de recouvrement sur Jupyter Notebook "IR_ZOSTR.ipynb"
- Script de l'estimation des observations terrain sur R "ESTIM_OBS_IR.R"
- Script pour avoir les points aléatoires à échantillonner à partir des estimations sur R "POINTS_ESTIM_OBS.R"
- Script permettant de convertir les scripts .py en .docx sur Jupyter Notebook "CONVERT_.py_to_.docx.ipynb"
- Tableur permettant d'avoir l'équation annuel du calcul de l'indice "EQUATION_IR_A_REMPLIR.xlsx"