EasyAssembleSequences

概要

本スクリプトは、複数のシーケンス断片を参照配列に基づいて 簡易的に位置合わせ（アラインメント） するためのツールです。

各シーケンスは参照配列上でスライドさせ、一致塩基数が最大となる位置に配置されます。結果は、すべての配列を共通座標系上に並べたFASTA形式として出力されます（多重アラインメント風の表示）。

• フォワード／リバース配列に対応
• 参照配列の前後にはみ出す配列にも対応
• ギャップ（挿入・欠失）は考慮しない簡易アルゴリズム

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以下の環境に対応しています。

• ローカルGUI版（tkinter）
• Google Colab版

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主な機能

• seq → FASTA変換
• 配列トリミング
• フォルダ内ファイル確認
• 簡易アセンブリ
• コンセンサス配列生成
• コンセンサス再計算（修正用）

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ローカルでの使用方法

Releasesに置いてあるexeファイルをダウンロードし、ダブルクリック
もしくはeasy_assemble.pyをダウンロードし、

python easy_assemble.py

実行するとGUIが起動します。

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Google Colabでの使用方法

リポジトリ取得

!git clone https://github.com/KyokoCow/EasyAssembleSequences.git

フォルダ移動

%cd EasyAssembleSequences

実行

!python easy_assemble.py

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Google Drive使用例

from google.colab import drive
drive.mount('/content/drive')

例：

/content/drive/MyDrive/data

を入力フォルダとして使用できます。

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想定ファイル名

参照配列

REF_*.fasta

Forward配列

F_*.seq
F_*.fasta

Reverse配列

R_*.seq
R_*.fasta

相補鎖を作成し処理します

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出力ファイル

処理	出力
アセンブリ	aligned.fasta
コンセンサス生成	aligned_with_consensus.fasta
再計算	aligned_with_consensus.fasta (上書き)

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注意

簡易的な探索・確認用ツールとして作成しています。
作業フォルダ内の配列データは上書きされるので、バックアップをおすすめします。
末端に余分な配列がたくさんあるとおかしな位置に配置されることがあります。
手動で短めにトリミングすると成功するかもしれません。