Bakta Refresh

conf/test_params.config

@@ -140,21 +140,39 @@ params {
                 BAKTA
         ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
         */
+        bakta_output_dir               = "bakta_outputs"
         bakta_db_type                  = "light" // light or full
         download_bakta_db              = false
-        proteins                       = ""
-        prodigal_tf                    = ""
-        bakta_output_dir               = 'bakta_outputs'
-        bakta_min_contig_length        = 5
-        bakta_threads                  = 2
-        bakta_genus                    = 'N/A'
-        bakta_species                  = 'N/A'
-        bakta_strain                   = 'N/A'
-        bakta_plasmid                  = 'unnamed'
-        bakta_locus                    = 'contig'
-        bakta_locus_tag                = 'ABCDEF123456'
+        bakta_db_path                  = ""
+        bakta_min_contig_length        = 200 // due to compliant mode default, otherwise default is 1
+        bakta_genus                    = "Genus"
+        bakta_species                  = "species"
+        bakta_strain                   = "strain"
+        bakta_plasmid                  = "unnamed"
+        bakta_complete                 = ""
+        bakta_compliant                = ""
         bakta_translation_table        = 11
-
+        bakta_gram                     = "?" 
+        bakta_locus                    = "contig"
+        bakta_locus_tag                = "LOCUSTAG123" // set a meaningful locus tag here for compliant mode
+        bakta_keep_contig_headers      = ""
+        // optional bakta params, for now need to add these to modules/nf-core/bakta/bakta/main.nf
+        bakta_prodigal_df               = ""
+        bakta_replicons                 = ""
+        bakta_proteins                  = ""
+        bakta_skip_trna                 = ""
+        bakta_skip_tmrna                = ""
+        bakta_skip_rrna                 = ""
+        bakta_skip_ncrna                = ""
+        bakta_skip_ncrna_region         = ""
+        bakta_skip_crispr               = ""
+        bakta_skip_cds                  = ""
+        bakta_skip_pseudo               = ""
+        bakta_skip_sorf                 = ""
+        bakta_skip_gap                  = ""
+        bakta_skip_ori                  = ""
+        bakta_skip_plot                 = ""
+
         /*
         ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
                 SUBMISSION

modules/local/general_util/validate_params/main.nf

@@ -108,15 +108,6 @@ process VALIDATE_PARAMS {
 
         // check bakta specific params 
         if ( params.bakta == true ) {
-            assert params.bakta_min_contig_length
-            assert params.bakta_translation_table
-            assert params.bakta_threads
-            assert params.bakta_genus
-            assert params.bakta_species
-            assert params.bakta_strain
-            assert params.bakta_plasmid
-            assert params.bakta_locus
-            assert params.bakta_locus_tag
             if ( params.bakta_db_path instanceof String == false ) {
                 throw new Exception("Value must be of string type: $value used for $key parameter")
             }

modules/nf-core/bakta/bakta/main.nf

@@ -18,18 +18,46 @@ process BAKTA {
     val signal
     path db_path
     tuple val(meta), path(fasta_path)
-
+    
     script:
     def args = task.ext.args  ?: ''
+
     """
-    bakta --db $db_path  --min-contig-length $params.bakta_min_contig_length --prefix ${fasta_path.getSimpleName()} \
-    --output ${fasta_path.getSimpleName()} --threads $params.bakta_threads \
-    --genus $params.bakta_genus --species $params.bakta_species --strain $params.bakta_strain --compliant \
-    --plasmid $params.bakta_plasmid  --locus $params.bakta_locus --locus-tag $params.bakta_locus_tag \
-    --translation-table $params.bakta_translation_table \
-    $args \
-    $fasta_path
+    bakta --db $db_path  \
+        --min-contig-length $params.bakta_min_contig_length \
+        --prefix $meta.id \
+        --output $meta.id \
+        --genus $params.bakta_genus \
+        --species $params.bakta_species \
+        --strain $params.bakta_strain \
+        --plasmid $params.bakta_plasmid  \
+        --complete $params.bakta_complete \
+        --translation-table $params.bakta_translation_table \
+        --gram $params.bakta_gram \
+        --compliant \
+        --locus $params.bakta_locus \
+        --locus-tag $params.bakta_locus_tag \
+        --keep-contig-headers \
+        $fasta_path
     """
+    // optional args
+    // --prodigal-tf $params.bakta_prodigal_tf 
+    // --replicons $params.bakta_replicons 
+    // --proteins $params.bakta_proteins 
+    // --skip-trna  
+    // --skip-tmrna 
+    // --skip-rrna
+    // --skip-ncrna 
+    // --skip-ncrna-region 
+    // --skip-crispr 
+    // --skip-cds 
+    // --skip-pseudo
+    // --skip-sorf
+    // --skip-gap 
+    // --skip-ori 
+    // --skip-plot
+
+
 
     output:
     path "${fasta_path.getSimpleName()}/*.fna",   emit: fna

nextflow.config

@@ -86,20 +86,40 @@ params {
     overwrite_output       = true
 
     // batka annotation
-    bakta_db_type          = "light" // light or full
-    download_bakta_db      = ""
-    bakta_db_path           = ""
-    prodigal_tf            = ""
-    proteins               = ""
-    bakta_min_contig_length = 5
-    bakta_threads          = 2
-    bakta_genus            = 'N/A'
-    bakta_species          = 'N/A'
-    bakta_strain           = 'N/A'
-    bakta_plasmid          = 'unnamed'
-    bakta_locus            = 'contig'
-    bakta_locus_tag         = 'autogenerated'
-    bakta_translation_table = 11
+    bakta_output_dir          = ""
+    bakta_db_type             = "light" // light or full
+    download_bakta_db         = false
+    bakta_db_path             = ""
+    bakta_min_contig_length   = 200 // due to compliant mode default, otherwise default is 1
+    bakta_genus               = ""
+    bakta_species             = ""
+    bakta_strain              = ""
+    bakta_plasmid             = "unnamed"
+    bakta_complete            = ""
+    bakta_compliant           = ""
+    bakta_translation_table   = 11
+    bakta_gram                = ""
+    bakta_locus               = "contig"
+    bakta_locus_tag           = "LOCUSTAG123" // set a meaningful locus tag here for compliant mode
+    bakta_keep_contig_headers = ""
+
+    // optional bakta params, for now need to add these to modules/nf-core/bakta/bakta/main.nf
+    bakta_prodigal_df         = ""
+    bakta_replicons           = ""
+    bakta_proteins            = ""
+    bakta_skip_trna           = ""
+    bakta_skip_tmrna          = ""
+    bakta_skip_rrna           = ""
+    bakta_skip_ncrna          = ""
+    bakta_skip_ncrna_region   = ""
+    bakta_skip_crispr         = ""
+    bakta_skip_cds            = ""
+    bakta_skip_pseudo         = ""
+    bakta_skip_sorf           = ""
+    bakta_skip_gap            = ""
+    bakta_skip_ori            = ""
+    bakta_skip_plot           = ""
+
 
     // liftoff annotation
     lift_print_version_exit            = false