Restructuration into 10 modules

Author: phgrosjean

NEWS.md

@@ -2,6 +2,8 @@
 
 -   All learnr exercices adapted and tested with svbox2022.
 
+-   Reorganization of learnrs and additio, of new ones (course 8 modules -\> 10 modules).
+
 # BioDataScience2 2022.0.0
 
 -   New version for the academic year 2022-2023.

inst/tutorials/B01La_rappel/B01La_rappel.Rmd renamed to inst/tutorials/B00La_rappel/B00La_rappel.Rmd

@@ -1,9 +1,9 @@
 ---
 title: "Rappel de SDD I"
 author: "Guyliann Engels & Philippe Grosjean"
-description: "**SDD II Module 1** Rappel du cours de sdd1."
+description: "**SDD II** Rappel de SDD I."
 tutorial:
-  id: "B01La_rappel"
+  id: "B00La_rappel"
   version: 2.2.0/22
 output: 
   learnr::tutorial:

inst/tutorials/B01La_rappel/images/clone.png renamed to inst/tutorials/B00La_rappel/images/clone.png

@@ -1,10 +1,10 @@
 ---
 title: "Régression linéaire simple"
 author: "Guyliann Engels & Philippe Grosjean"
-description: "**SDD II Module1** Régression linéaire simple."
+description: "**SDD II Module 1** Régression linéaire simple."
 tutorial:
-  id: "B01Lb_reglin1"
-  version: 2.1.2/10
+  id: "B01La_reg_lin"
+  version: 2.2.0/10
 output: 
   learnr::tutorial:
     progressive: true
@@ -30,6 +30,7 @@ BioDataScience2::learnr_server(input, output, session)
 ## Objectifs
 
 -   Revoir la corrélation et les indices de Pearson et Spearman
+
 -   Maîtriser la régression linéaire dans R, en particulier la fonction `lm()`.
 
 ## Corrélation

inst/tutorials/B01La_rappel/images/fork.png renamed to inst/tutorials/B00La_rappel/images/fork.png

@@ -0,0 +1,39 @@
+---
+title: "Analyse des résidus d'une régression"
+author: "Guyliann Engels & Philippe Grosjean"
+description: "**SDD II Module 1** Analyse des résidus d'une régression."
+tutorial:
+  id: "B01Lb_residus"
+version: 2.0.0/0
+output:
+  learnr::tutorial:
+  progressive: true
+allow_skip: true
+runtime: shiny_prerendered
+---
+
+```{r setup, include=FALSE}
+BioDataScience3::learnr_setup()
+SciViews::R()
+library(pastecs)
+
+# ...
+```
+
+```{r, echo=FALSE}
+BioDataScience3::learnr_banner()
+```
+
+```{r, context="server"}
+BioDataScience3::learnr_server(input, output, session)
+```
+
+------------------------------------------------------------------------
+
+## Objectifs
+
+-   ...
+
+## Analyse des résidus
+
+TODO: ce tutoriel doit encore être écrit. Vous devez probablement penser à installer une version plus récente du package qui contient les exercices finalisés !

inst/tutorials/B01La_rappel/images/gestion-version.drawio.png renamed to inst/tutorials/B00La_rappel/images/gestion-version.drawio.png

@@ -0,0 +1,39 @@
+---
+title: "Modèle linéaire généralisé"
+author: "Guyliann Engels & Philippe Grosjean"
+description: "**SDD II Module 4** Modèle linéaire généralisé."
+tutorial:
+  id: "B04La_glm"
+version: 2.0.0/0
+output:
+  learnr::tutorial:
+  progressive: true
+allow_skip: true
+runtime: shiny_prerendered
+---
+
+```{r setup, include=FALSE}
+BioDataScience3::learnr_setup()
+SciViews::R()
+library(mlearning)
+
+# ...
+```
+
+```{r, echo=FALSE}
+BioDataScience3::learnr_banner()
+```
+
+```{r, context="server"}
+BioDataScience3::learnr_server(input, output, session)
+```
+
+------------------------------------------------------------------------
+
+## Objectifs
+
+-   ...
+
+## Régression logistique
+
+TODO: ce tutoriel doit encore être écrit. Vous devez probablement penser à installer une version plus récente du package qui contient les exercices finalisés !

inst/tutorials/B01La_rappel/B01La_rappel_files/figure-html/unnamed-chunk-3-1.png

@@ -0,0 +1,39 @@
+---
+title: "Test d'un modèle"
+author: "Guyliann Engels & Philippe Grosjean"
+description: "**SDD II Module 4** Test d'un modèle."
+tutorial:
+  id: "B04Lb_mod_test"
+version: 2.0.0/0
+output:
+  learnr::tutorial:
+  progressive: true
+allow_skip: true
+runtime: shiny_prerendered
+---
+
+```{r setup, include=FALSE}
+BioDataScience3::learnr_setup()
+SciViews::R()
+library(mlearning)
+
+# ...
+```
+
+```{r, echo=FALSE}
+BioDataScience3::learnr_banner()
+```
+
+```{r, context="server"}
+BioDataScience3::learnr_server(input, output, session)
+```
+
+------------------------------------------------------------------------
+
+## Objectifs
+
+-   ...
+
+## Set d'apprentissage et de test
+
+TODO: ce tutoriel doit encore être écrit. Vous devez probablement penser à installer une version plus récente du package qui contient les exercices finalisés !

inst/tutorials/B01La_rappel/B01La_rappel_files/figure-html/unnamed-chunk-4-1.png

@@ -1,9 +1,9 @@
 ---
 title: "Régression non linéaire"
 author: "Guyliann Engels & Philippe Grosjean"
-description: "**SDD II Module 4** Régression non linéaire"
+description: "**SDD II Module 5** Régression non linéaire."
 tutorial:
-  id: "B04La_nls"
+  id: "B05La_nls"
   version: 2.0.0/5
 output: 
   learnr::tutorial:

inst/tutorials/B01La_rappel/B01La_rappel_files/figure-html/unnamed-chunk-5-1.png

@@ -0,0 +1,39 @@
+---
+title: "Bases de données (partie 1)"
+author: "Guyliann Engels & Philippe Grosjean"
+description: "**SDD II Module 6** Bases de données (partie 1)"
+tutorial:
+  id: "B06La_db1"
+version: 2.0.0/0
+output:
+  learnr::tutorial:
+  progressive: true
+allow_skip: true
+runtime: shiny_prerendered
+---
+
+```{r setup, include=FALSE}
+BioDataScience3::learnr_setup()
+SciViews::R()
+library(mlearning)
+
+# ...
+```
+
+```{r, echo=FALSE}
+BioDataScience3::learnr_banner()
+```
+
+```{r, context="server"}
+BioDataScience3::learnr_server(input, output, session)
+```
+
+------------------------------------------------------------------------
+
+## Objectifs
+
+-   ...
+
+## Qu'est-ce qu'une base de données ?
+
+TODO: ce tutoriel doit encore être écrit. Vous devez probablement penser à installer une version plus récente du package qui contient les exercices finalisés !

inst/tutorials/B01La_rappel/B01La_rappel_files/figure-html/unnamed-chunk-9-1.png

@@ -1,7 +1,7 @@
 ---
-title: "Analyse en composantes principales"
+title: "Analyse en composantes principales (ACP)"
 author: "Guyliann Engels & Philippe Grosjean"
-description: "**SDD II Module 7** : Analyse en Composantes Principales (ACP)"
+description: "**SDD II Module 7** : Analyse en Composantes Principales (ACP)."
 tutorial:
   id: "B07La_pca"
   version: 2.0.2/6

inst/tutorials/B01Lb_reglin1/B01Lb_reglin1.Rmd renamed to inst/tutorials/B01La_reg_lin/B01La_reg_lin.Rmd

@@ -0,0 +1,39 @@
+---
+title: "Analyse factorielle des correspondances (AFC)"
+author: "Guyliann Engels & Philippe Grosjean"
+description: "**SDD II Module 7** Analyse factorielle des correspondances (AFC)."
+tutorial:
+  id: "B07Lb_ca"
+version: 2.0.0/0
+output:
+  learnr::tutorial:
+  progressive: true
+allow_skip: true
+runtime: shiny_prerendered
+---
+
+```{r setup, include=FALSE}
+BioDataScience3::learnr_setup()
+SciViews::R()
+library(mlearning)
+
+# ...
+```
+
+```{r, echo=FALSE}
+BioDataScience3::learnr_banner()
+```
+
+```{r, context="server"}
+BioDataScience3::learnr_server(input, output, session)
+```
+
+------------------------------------------------------------------------
+
+## Objectifs
+
+-   ...
+
+## Types de jeux de données pour l'AFC
+
+TODO: ce tutoriel doit encore être écrit. Vous devez probablement penser à installer une version plus récente du package qui contient les exercices finalisés !

inst/tutorials/B01Lb_reglin1/B01Lb_reglin1_files/figure-html/unnamed-chunk-4-1.png

@@ -0,0 +1,39 @@
+---
+title: "Bases de données (partie 2)"
+author: "Guyliann Engels & Philippe Grosjean"
+description: "**SDD II Module 8** Bases de données (partie 2)"
+tutorial:
+  id: "B08La_db2"
+version: 2.0.0/0
+output:
+  learnr::tutorial:
+  progressive: true
+allow_skip: true
+runtime: shiny_prerendered
+---
+
+```{r setup, include=FALSE}
+BioDataScience3::learnr_setup()
+SciViews::R()
+library(mlearning)
+
+# ...
+```
+
+```{r, echo=FALSE}
+BioDataScience3::learnr_banner()
+```
+
+```{r, context="server"}
+BioDataScience3::learnr_server(input, output, session)
+```
+
+------------------------------------------------------------------------
+
+## Objectifs
+
+-   ...
+
+## Initiation au langage SQL
+
+TODO: ce tutoriel doit encore être écrit. Vous devez probablement penser à installer une version plus récente du package qui contient les exercices finalisés !

inst/tutorials/B01Lb_reglin1/B01Lb_reglin1_files/figure-html/unnamed-chunk-5-1.png

@@ -1,9 +1,9 @@
 ---
-title: "Analyse factorielle multiple"
+title: "Analyse factorielle multiple (AFM)"
 author: "Guyliann Engels & Philippe Grosjean"
-description: "**SDD II Module 8** : Analyse factorielle multiple (AFM)"
+description: "**SDD II Module 8** : Analyse factorielle multiple (AFM)."
 tutorial:
-  id: "B08La_mfa"
+  id: "B08Lb_mfa"
   version: 2.0.1/8
 output: 
   learnr::tutorial:

inst/tutorials/B01Lb_residus/B01Lb_residus.Rmd

@@ -1,9 +1,9 @@
 ---
-title: "Classification hiérarchique"
+title: "Classification hiérarchique (CAH)"
 author: "Guyliann Engels, Raphael Conotte & Philippe Grosjean"
-description: "**SDD II Module 5** Matrices de distances et CAH."
+description: "**SDD II Module 9** Classification hiérarchique (CAH)."
 tutorial:
-  id: "B05La_cah"
+  id: "B09La_ahc"
   version: 2.0.1/10
 output: 
   learnr::tutorial:

inst/tutorials/B02Lb_reg_poly/B02Lb_reg_poly_files/figure-html/unnamed-chunk-3-1.png

@@ -1,9 +1,9 @@
 ---
 title: "K-moyennes"
 author: "Guyliann Engels, Raphael Conotte & Philippe Grosjean"
-description: "**SDD II Module 6** Regroupement par les K-moyennes"
+description: "**SDD II Module 9** Regroupement par les K-moyennes"
 tutorial:
-  id: "B06La_kmeans"
+  id: "B09Lb_kmeans"
   version: 2.1.0/4
 output: 
   learnr::tutorial:

inst/tutorials/B02Lb_reg_poly/B02Lb_reg_poly_files/figure-html/unnamed-chunk-4-1.png

@@ -1,9 +1,9 @@
 ---
-title: "Cartes auto-adaptatives"
+title: "Cartes auto-adaptatives (SOM)"
 author: "Guyliann Engels & Philippe Grosjean"
-description: "**SDD II Module 6** Cartes auto-adaptatives (SOM)"
+description: "**SDD II Module 10** Cartes auto-adaptatives (SOM)"
 tutorial:
-  id: "B06Lc_som"
+  id: "B10La_som"
   version: 2.0.1/5
 output: 
   learnr::tutorial:

inst/tutorials/B03La_mod_lin/B03La_mod_lin_files/figure-html/unnamed-chunk-3-1.png

@@ -0,0 +1,39 @@
+---
+title: "Indices de diversité"
+author: "Guyliann Engels & Philippe Grosjean"
+description: "**SDD II Module 10** Indices de diversité"
+tutorial:
+  id: "B10Lb_div"
+version: 2.0.0/0
+output:
+  learnr::tutorial:
+  progressive: true
+allow_skip: true
+runtime: shiny_prerendered
+---
+
+```{r setup, include=FALSE}
+BioDataScience3::learnr_setup()
+SciViews::R()
+library(mlearning)
+
+# ...
+```
+
+```{r, echo=FALSE}
+BioDataScience3::learnr_banner()
+```
+
+```{r, context="server"}
+BioDataScience3::learnr_server(input, output, session)
+```
+
+------------------------------------------------------------------------
+
+## Objectifs
+
+-   ...
+
+## Quantifier la (bio)diversité
+
+TODO: ce tutoriel doit encore être écrit. Vous devez probablement penser à installer une version plus récente du package qui contient les exercices finalisés !