Hyperbolic Field Saccharomyces Cerevisiae Study / Исследование Влияния Гиперболических Полей на Saccharomyces Cerevisiae
Chrono-Regulatory Effects of Hyperbolic Field Modulation on Saccharomyces cerevisiae Fermentation Dynamics
Хроно-Регуляторные Эффекты Модуляции Гиперболическим Полем на Динамику Ферментации Saccharomyces cerevisiae
Part of Advanced Scientific Research Projects (ASRP) Ecosystem
Часть Экосистемы ASRP
EN: If this work is valuable to you — support us. 7 patron tiers from Principal Philanthropist to Individual Contributor. RU: Если эта работа вам полезна — поддержите нас. 7 уровней меценатства — от Главного Филантропа до Индивидуального Вкладчика.
Support / Поддержать: https://asrp.tech/en/patrons Investment inquiries / Инвестиционные запросы: pending — provide URL when available / в ожидании — добавляется при предоставлении
| Section / Раздел | Description / Описание | Status / Статус |
|---|---|---|
| Key Results / Результаты | CH17 +83%, CH21 −21%, CH19 kinetic / CH17 +83%, CH21 −21%, CH19 кинетика | Preliminary / Предварительно |
| Overview / Обзор | Study objectives / Цели исследования | Defined / Определено |
| Key Metrics / Метрики | Study parameters / Параметры | Defined / Определено |
| Hypotheses / Гипотезы | 11 registered hypotheses / 11 зарегистрированных гипотез | OSF Registered / Зарегистрировано на OSF |
| Experimental Design / Дизайн | RCT, N=25-50, double-blind / РКИ, двойное слепое | Protocol ready / Протокол готов |
| Outcome Variables / Переменные | FAI, FDI, FPI indices / Индексы | Defined / Определены |
| Analysis Pipeline / Пайплайн | Cellpose3 + YeastSAM + AMiGA | Planned / Запланировано |
| Statistical Analysis / Статистика | LME + ANOVA + Tukey | Defined / Определено |
| Equipment / Оборудование | Emitters, sensors, microscope / Излучатели, датчики, микроскоп | Upgraded / Обновлено |
| Team / Команда | 8 researchers / 8 исследователей | Assigned / Назначены |
| Security / Безопасность | Data classification tiers / Классификация данных | Defined / Определено |
| OSF Preregistration / OSF | osf.io/vxkum | Registered / Зарегистрировано |
| Patent Connection / Патент | KZ 2025/1095.1 | Substantive Exam / Экспертиза по существу |
| ASRP Ecosystem / Экосистема | Related repos / Связанные репо | Linked / Связано |
This research project investigates the effects of hyperbolic field modulation on biological process dynamics using Saccharomyces cerevisiae as a model system. The study is part of a broader research program focused on chrono-regulatory and biochronal mechanisms in living systems.
The central objective is to determine whether controlled exposure to a structured physical field can induce measurable changes in fermentation kinetics, metabolic activity, and temporal organization of biochemical processes. Yeast fermentation provides a well-characterized and quantifiable system for assessing rate-based biological responses under controlled experimental conditions.
The study employs a controlled experimental design comparing exposed and non-exposed samples, with continuous and time-resolved measurements of fermentation dynamics. Primary outcome measures include fermentation rate, gas production, and temporal progression of metabolic activity.
This work aims to establish a reproducible experimental framework for investigating field-mediated modulation of biological systems, with potential implications for broader applications in biophysics, systems biology, and non-pharmacological regulation of biological processes.
All experimental materials, protocols, and data will be made available via the associated OSF project and integrated GitHub repository to ensure transparency and reproducibility.
Данный исследовательский проект изучает влияние модуляции гиперболическим полем на динамику биологических процессов с использованием Saccharomyces cerevisiae в качестве модельной системы. Исследование является частью более широкой программы, сфокусированной на хроно-регуляторных и биохронных механизмах в живых системах.
Центральная задача -- определить, может ли контролируемое воздействие структурированного физического поля вызвать измеримые изменения в кинетике ферментации, метаболической активности и временной организации биохимических процессов. Дрожжевая ферментация обеспечивает хорошо охарактеризованную и количественно измеримую систему для оценки биологических ответов на основе скорости в контролируемых экспериментальных условиях.
Исследование использует контролируемый экспериментальный дизайн, сравнивающий облучённые и необлучённые образцы, с непрерывными и временно-разрешёнными измерениями динамики ферментации. Первичные исходные показатели включают скорость ферментации, газообразование и временную прогрессию метаболической активности.
Данная работа направлена на создание воспроизводимой экспериментальной основы для изучения полевой модуляции биологических систем, с потенциальными применениями в биофизике, системной биологии и нефармакологической регуляции биологических процессов.
Все экспериментальные материалы, протоколы и данные будут доступны через проект OSF и интегрированный репозиторий GitHub для обеспечения прозрачности и воспроизводимости.
| Parameter / Параметр | Value / Значение |
|---|---|
| Model Organism / Модельный организм | Saccharomyces cerevisiae (Dr. Oetker dry yeast, 7g, batch L329 M68) |
| Study Type / Тип исследования | Randomized Controlled Experiment, double-blind / Рандомизированный контролируемый эксперимент, двойное слепое |
| Irradiation Duration / Длительность облучения | 80 minutes (1h 20m) per session / 80 минут (1ч 20мин) за сессию |
| Channels / Каналы | CH17, CH19, CH21, CH17+CH19 |
| Samples per Condition / Образцов на условие | 5-10 independent samples / 5-10 независимых образцов |
| Total Sample Size / Общий размер выборки | N = 25-50 |
| Blinding / Ослепление | Double-blind: coded identifiers, researchers unaware of conditions during analysis / Двойное слепое: кодированные идентификаторы |
| Randomization / Рандомизация | Simple random assignment via RNG / Простая рандомизация через ГСЧ |
| Emitter Power / Мощность излучателя | 60W avg / 144W peak (6 nodes, clean sine wave / чистая синусоида) |
| Temperature / Температура | 10 C (basement) / 18 C (lab) |
| Viability Assay / Анализ жизнеспособности | Methylene blue staining (0.1% MB + 0.01% sodium citrate) / Окрашивание метиленовым синим (0.1% МС + 0.01% цитрат натрия) |
| Logging Interval / Интервал логирования | 1 measurement per minute (~80 per session) |
| OSF Registration / Регистрация OSF | osf.io/vxkum (Apr 4, 2026) |
| Patent / Патент | KZ 2025/1095.1 (Fractal Biomedical Hyperbolic Field System) |
All hypotheses are preregistered on OSF (osf.io/vxkum) prior to data collection.
Все гипотезы предварительно зарегистрированы на OSF до начала сбора данных.
Exposure of Saccharomyces cerevisiae to hyperbolic field modulation will produce measurable differences in fermentation dynamics compared to non-exposed control samples.
Воздействие модуляции гиперболическим полем на Saccharomyces cerevisiae приведёт к измеримым различиям в динамике ферментации по сравнению с необлучёнными контрольными образцами.
Different hyperbolic field configurations (CH19, CH21, CH17) will produce distinct and measurable effects on fermentation dynamics compared to control conditions.
Различные конфигурации гиперболического поля (CH19, CH21, CH17) вызовут отчётливые и измеримые эффекты на динамику ферментации по сравнению с контролем.
Based on prior observations in plasma systems (companion Blood Plasma Study, osf.io/8q42f, DOI 10.17605/OSF.IO/GWA9E), it is hypothesised that CH19 exposure will be associated with increased fermentation activity (e.g., faster metabolic dynamics — i.e. accelerated division rate / dynamics, NOT an increase in biomass or cell count; count ≈ control is the expected outcome for CH19; the count increase belongs to CH17), while CH21 exposure will be associated with reduced or delayed activity relative to control samples.
На основе предыдущих наблюдений в плазменных системах (сопутствующее Исследование Плазмы Крови, osf.io/8q42f, DOI 10.17605/OSF.IO/GWA9E) гипотетически ожидается, что воздействие CH19 будет ассоциировано с повышенной активностью ферментации (т.е. ускоренным темпом деления / динамикой, НЕ увеличением биомассы или числа клеток; счёт ≈ контроль — ожидаемый результат для CH19; увеличение числа клеток относится к CH17), а CH21 — со сниженной или замедленной активностью относительно контроля.
If hyperbolic field effects persist beyond the exposure period, differences between experimental conditions will increase over time, becoming more pronounced at later observation points (e.g., 12 hours post-exposure).
Если эффекты гиперболического поля сохраняются после периода воздействия, различия между условиями будут увеличиваться со временем, становясь более выраженными в поздних точках наблюдения.
If the effect is limited to the exposure period, differences between conditions will be observable during or immediately after exposure but will not significantly increase after the field is turned off.
Если эффект ограничен периодом воздействия, различия будут наблюдаемы во время или сразу после, но не будут значимо увеличиваться после отключения поля.
Hyperbolic field exposure may induce immediate observable changes in sample properties (e.g., turbidity, texture, or visible morphology) during or immediately after exposure.
Воздействие может вызвать немедленные наблюдаемые изменения свойств образца (мутность, текстура, видимая морфология) во время или сразу после воздействия.
The effect of CH17 is currently unknown. It may (a) produce a weaker directional effect similar to CH19, (b) induce qualitatively different changes (e.g., morphological alterations), or (c) produce no measurable effect compared to control.
Эффект CH17 в настоящее время неизвестен. Он может (a) дать более слабый направленный эффект, аналогичный CH19, (b) вызвать качественно иные изменения, или (c) не дать измеримого эффекта.
Exposure may alter the variability and consistency of fermentation dynamics across samples, reflecting potential non-linear or system-level responses.
Воздействие может изменить вариабельность и консистентность динамики ферментации между образцами, отражая потенциальные нелинейные или системные ответы.
Simultaneous exposure to multiple hyperbolic field configurations (e.g., CH17 + CH19) may produce interaction effects on fermentation dynamics that differ from the effects of individual channels.
Одновременное воздействие нескольких конфигураций (CH17 + CH19) может вызвать эффекты взаимодействия, отличающиеся от эффектов отдельных каналов.
Combined exposure may result in (a) additive effects (sum of individual channel effects), (b) synergistic amplification, or (c) antagonistic interactions, leading to outcomes that are not predictable from single-channel conditions.
Комбинированное воздействие может привести к (a) аддитивным эффектам, (b) синергетическому усилению, или (c) антагонистическим взаимодействиям.
If CH19 is associated with increased activity and CH17 exhibits a similar or intermediate effect, combined exposure (CH17 + CH19) may lead to enhanced fermentation dynamics compared to either channel alone.
Если CH19 ассоциирован с повышенной активностью, а CH17 демонстрирует аналогичный или промежуточный эффект, комбинированное воздействие может привести к усиленной динамике ферментации по сравнению с каждым каналом в отдельности.
| Parameter / Параметр | Value / Значение |
|---|---|
| Type / Тип | Randomized, double-blind, controlled / Рандомизированный, двойное слепое, контролируемый |
| Groups / Группы | Control, CH19, CH21, CH17, CH17+CH19 |
| Samples per Group / Образцов на группу | 5-10 independent samples / 5-10 независимых образцов |
| Total N | 25-50 |
| Blinding / Ослепление | Coded sample identifiers; researchers unaware of conditions during analysis / Кодированные идентификаторы образцов; исследователи не знают условий во время анализа |
| Randomization / Рандомизация | Simple random assignment via RNG at sample level / Простое случайное распределение через ГСЧ на уровне образца |
| Channel / Канал | Effect / Эффект | Plasma Precedent / Прецедент Плазмы |
|---|---|---|
| CH19 | Accelerated fermentation phases / Ускорение фаз ферментации | Most coagulated + lysis / Максимальная коагуляция + лизис |
| CH21 | Delayed fermentation phases / Замедление фаз ферментации | Lagged behind control / Отставал от контроля |
| CH17 | Unknown -- 3 scenarios (H7) / Неизвестен -- 3 сценария | Found in blue whale research / Найден в исследовании голубых китов |
| CH17+CH19 | Interaction effects (H9, H10, H11) / Эффекты взаимодействия | Not tested in plasma / Не тестировался на плазме |
| Parameter / Параметр | Value / Значение |
|---|---|
| Location / Место | Basement (-1 floor) / Подвал (-1 этаж) |
| Lighting / Освещение | Complete darkness during irradiation / Полная темнота при облучении |
| Temperature / Температура | 10 C (basement); 18 C (3rd floor lab) |
| Light monitoring / Мониторинг света | Photoresistors / Фоторезисторы |
| Timepoint / Момент | Action / Действие |
|---|---|
| Before irradiation / До облучения | Photograph + microscopy / Фотография + микроскопия |
| Immediately after / Сразу после | Photograph + microscopy / Фотография + микроскопия |
| 3h post-exposure / 3ч после | Photograph / Фотография |
| 6h | Photograph / Фотография |
| 12h | Photograph + microscopy / Фотография + микроскопия |
| 24h | Photograph + microscopy + staining / Фотография + микроскопия + окрашивание |
| 48h | Photograph + microscopy + staining / Фотография + микроскопия + окрашивание |
Methylene Blue Staining / Окрашивание Метиленовым Синим:
- 100 uL cell suspension + 100 uL methylene blue (0.1 mg/mL in 2% sodium citrate dihydrate) / 100 мкл клеточной суспензии + 100 мкл метиленового синего (0.1 мг/мл в 2% дигидрате цитрата натрия)
- 5 min incubation at room temperature / 5 мин инкубации при комнатной температуре
- Dead cells stain blue (cannot reduce dye) / Мёртвые клетки окрашиваются синим
- Live cells remain unstained (reduce dye) / Живые клетки не окрашиваются
- Budding cells with slight staining count as live / Почкующиеся клетки с лёгкой окраской считать живыми
Note / Примечание: This is the registered viability protocol. The first analysed microscopy batch (2026-06-09, 990 total images / 990 изображений всего — 972 HEIC eyepiece microscopy fields / 972 поля микроскопии HEIC + 18 PNG digital microscopy / 18 PNG цифровой микроскопии) used NO viability stain (researcher-confirmed; the blue cast in those images is medium/illumination) — so that batch reports cell density only, not live/dead viability. Staining / OD600 / fermentation outcomes remain pending. / Это зарегистрированный протокол. Первый проанализированный пакет микроскопии (09.06.2026, 990 изображений всего / 990 total images — 972 поля микроскопии HEIC / 972 HEIC eyepiece microscopy fields + 18 PNG цифровой микроскопии / 18 PNG digital microscopy) окрашивание НЕ использовал (подтверждено руководителем; синий оттенок — это среда/подсветка) — поэтому он отражает только плотность клеток, не жизнеспособность. Окрашивание / OD600 / ферментация — в работе.
| Variable / Переменная | Measurement / Измерение |
|---|---|
| Fermentation activity (rate) / Активность ферментации (скорость) | Observable gas production and turbidity changes over time / Газообразование и изменение мутности |
| Time to fermentation onset / Время до начала ферментации | Time from start to visible signs of activity / Время до видимых признаков активности |
| Fermentation progression dynamics / Динамика прогрессии ферментации | Temporal evolution across predefined timepoints / Временная эволюция по точкам наблюдения |
| Qualitative morphology (exploratory) / Качественная морфология (поисковая) | Turbidity patterns, texture, growth characteristics / Паттерны мутности, текстура, рост |
| Index / Индекс | Formula / Формула | Description / Описание |
|---|---|---|
| FAI (Fermentation Activity Index) / Индекс Активности Ферментации | AUC_condition / AUC_control | Relative fermentation activity / Относительная активность |
| FDI (Fermentation Delay Index) / Индекс Задержки Ферментации | lag_condition - lag_control | Lag phase difference / Разница лаг-фаз |
| FPI (Fermentation Progression Index) / Индекс Прогрессии Ферментации | umax_condition / umax_control | Maximum growth rate ratio / Отношение максимальных скоростей |
Temperature, medium composition, container type, time from preparation to exposure. / Температура, состав среды, тип ёмкости, время от подготовки до воздействия.
| Task / Задача | Tool / Инструмент | Rationale / Обоснование |
|---|---|---|
| Image denoising / Подавление шума | Cellpose3 one-click restore / Cellpose3 восстановление в один клик | Handles phone-through-eyepiece noise, blur, vignetting / Устраняет шум, размытие, виньетирование при съёмке через окуляр телефоном |
| Cell segmentation / Сегментация клеток | YeastSAM | 72% accuracy on budding cells vs 9-18% Cellpose3 / 72% точность на почкующихся клетках vs 9-18% Cellpose3 |
| Colony counting (macro) / Подсчёт колоний (макро) | ImageJ/Fiji via PyImageJ / ImageJ/Fiji через PyImageJ | Validated for CFU, mature tool / Валидирован для КОЕ, зрелый инструмент |
| Turbidity (OD600 proxy) / Мутность (OD600 прокси) | CIELAB regression (OpenCV) / CIELAB регрессия (OpenCV) | R²=0.81 on S. cerevisiae with iPhone / R²=0.81 на S. cerevisiae с iPhone |
| Viability scoring / Оценка жизнеспособности | OpenCV LAB b* channel / Канал b* LAB в OpenCV | Per-setup calibration required / Требуется калибровка для каждой установки |
| Growth curves / Кривые роста | AMiGA (Gaussian Process) / AMiGA (Гауссовский процесс) | Non-parametric, auto phase detection, publishable / Непараметрический, автодетекция фаз, пригоден для публикации |
| Statistics / Статистика | LME (statsmodels) + Tukey / LME (statsmodels) + Тьюки | More powerful than ANOVA for repeated measures / Мощнее ANOVA для повторных измерений |
| Annotation/QC / Аннотация/КК | napari + YeastSAM plugin / napari + плагин YeastSAM | Native Python integration, human-in-the-loop / Нативная интеграция Python, человек-в-цикле |
cellpose>=3.0.0 # image restoration + yeast models
yeastsam # budding cell segmentation
opencv-python>=4.9.0 # preprocessing, turbidity, viability
scikit-image>=0.22.0 # morphometry
napari>=0.4.19 # interactive QC
amiga # growth curve fitting (GP regression)
scipy>=1.12.0 # curve fitting
statsmodels>=0.14.0 # LME models
pingouin>=0.5.4 # ANOVA + effect sizes
matplotlib>=3.8.0 # visualization
seaborn>=0.13.0 # statistical plots
pandas>=2.1.0 # data management
Linear Mixed-Effects Model (LME) comparing fermentation dynamics across conditions / Линейная модель со смешанными эффектами (LME), сравнивающая динамику ферментации по условиям:
log(OD) ~ Condition * Timepoint + (1 | SampleID)
- Between-subject factor / Межсубъектный фактор: Exposure condition (Control, CH19, CH21, CH17, CH17+CH19) / Условие воздействия (Контроль, CH19, CH21, CH17, CH17+CH19)
- Within-subject factor / Внутрисубъектный фактор: Time (immediate, 3h, 6h, 12h, 24h, 48h) / Время (сразу, 3ч, 6ч, 12ч, 24ч, 48ч)
- Post-hoc / Пост-хок: Tukey-adjusted pairwise comparisons / Попарные сравнения с поправкой Тьюки
- Non-parametric alternative / Непараметрическая альтернатива: Kruskal-Wallis if ANOVA assumptions violated / Краскела-Уоллиса, если допущения ANOVA нарушены
- Significance threshold / Порог значимости: p < 0.05 (two-tailed) / p < 0.05 (двусторонний)
- Effect sizes / Размеры эффекта: Cohen's d, partial eta squared / d Коэна, частичная эта-квадрат
- Multiple comparisons / Множественные сравнения: Tukey HSD for conditions, Bonferroni for timepoints / Тьюки HSD для условий, Бонферрони для временных точек
- p < 0.05 on primary outcome / p < 0.05 по первичному показателю
- Moderate effect size (d >= 0.4) / Умеренный размер эффекта (d >= 0.4)
- Transfer to at least one secondary outcome / Перенос хотя бы на один вторичный показатель
- Subjective-only effects without quantitative confirmation = weak evidence / Только субъективные эффекты без количественного подтверждения = слабое доказательство
- Contamination, preparation failure, or recording failure only / Только контаминация, сбой подготовки или сбой записи
- Outliers reported but not removed / Выбросы сообщаются, но не удаляются
- Missing observations not imputed / Пропущенные наблюдения не импутируются
| Equipment / Оборудование | Specification / Характеристики |
|---|---|
| Emitter System / Система излучателей | 6 nodes, 60W avg / 144W peak, clean sine wave / 6 узлов, 60Вт средн. / 144Вт пик, чистая синусоида |
| Temperature Sensors / Датчики температуры | DHT11 digital (temp + humidity), placed next to each sample / Цифровой DHT11 (темп. + влажность), размещён рядом с каждым образцом |
| Light Sensors / Датчики света | Photoresistors + ADC / Фоторезисторы + АЦП |
| Microscope / Микроскоп | Light microscope with strong LED illumination / Световой микроскоп с мощной светодиодной подсветкой |
| Data Center / Центр данных | Linux-based microprocessor, 1 TB storage, auto-logging / Микропроцессор на базе Linux, 1 ТБ хранилища, автологирование |
| Containers / Ёмкости | Petri dishes / Чашки Петри |
| Staining Supplies / Реактивы | Methylene blue 0.1 mg/mL, sodium citrate dihydrate 2%, glass slides / Метиленовый синий 0.1 мг/мл, дигидрат цитрата натрия 2%, предметные стёкла |
Plain-language key to the terms used in the results below. Full list in the Glossary. / Краткий разбор терминов из результатов ниже. Полный список — в Глоссарии.
- n.s. — not significant: the difference is too small to prove it is real. / незначимо: различие слишком мало, чтобы считать его реальным.
- p-value / p-значение — probability the result is due to chance; p < 0.05 = less than 5% chance (e.g. 6e-5 = 0.00006). / вероятность того, что результат случаен; p < 0,05 = менее 5% (например, 6e-5 = 0,00006).
- ρ (rho) — method-agreement score from 0 to 1; ρ = 0.88 = very strong agreement. / показатель согласия методов от 0 до 1; ρ = 0,88 = очень высокое согласие.
- pseudoreplication / псевдорепликация — photos from the same dish count as 1 replicate, not many; this is why the p-values are descriptive only. / снимки одной чашки считаются 1 репликатом, а не многими; поэтому p-значения только описательные.
- N=2 cycles / N=2 цикла — the count result rests on only 2 independent experiment runs. / результат по счёту опирается лишь на 2 независимых запуска эксперимента.
- descriptive / описательно — p-values shown for scale and direction only, not as formal proof. / p-значения даны только для масштаба и направления, не как доказательство.
- sign-flip / смена знака — cycle 1 showed the opposite ordering from cycles 2–3. / цикл 1 показал порядок, обратный циклам 2–3.
- endpoint / конечная точка (эндпойнт) — a single-moment photo, not a time-series film of the cells. / снимок одного момента, а не съёмка клеток во времени.
- CH0/CH17/CH19/CH21 — emitter settings; CH0 = emitter off (control), CH17/19/21 = three field configurations. / настройки излучателя; CH0 = выключен (контроль), CH17/19/21 = три конфигурации поля.
- occupancy / занятость — fraction of the image area covered by cells (0 = empty, 1 = full). / доля площади снимка, занятая клетками (0 = пусто, 1 = полностью).
First imaging batch analysed (920 fields, LLM-scored subset / подмножество, оценённое LLM, cycles 001–003). A directional effect on cell density was found across three measurement methods (CV cell count, CV occupancy, blind LLM vision), reproducible in 2 of 3 cycles. CH17 is the strongest growth enhancer; CH21 falls below control (deceleration, as predicted); CH19 matches control by count (its hypothesised kinetic/morphological effect — thinner cells / faster division — is NOT supported on this endpoint batch; see report §9).
Проанализирован первый пакет снимков (920 полей, подмножество, оценённое LLM / LLM-scored subset, циклы 001–003). Направленный эффект на плотность клеток подтверждён тремя методами измерения (CV-счёт, CV-занятость, слепой LLM-визион), воспроизводим в 2 из 3 циклов. CH17 — сильнейший стимулятор роста; CH21 — ниже контроля (замедление, как и предсказано); CH19 совпадает с контролем по числу клеток (его предполагаемый кинетический/морфологический эффект — более тонкие клетки / ускоренное деление — на этой конечной точке (эндпойнт) НЕ подтверждается; см. §9 отчёта).
| Parameter / Параметр | Control / Контроль (CH0) | CH17 | CH19 | CH21 |
|---|---|---|---|---|
| Cell count 100× / Счёт клеток 100× | 112 | 205 (+83%) | 118 (+5%) | 88 (−21%) |
| vs control (×) / к контролю (×) | 1.0× | ≈1.6–1.8× | ≈1.05× | ≈0.79× |
| Occupancy rank (cyc 2–3) / Ранг занятости (циклы 2–3) | mid / средн. | 1st / 1-й | 2nd / 2-й | 4th / 4-й (lowest) |
| Cell area 100× / Площадь клеток 100× | baseline / база | −12.7% (p≈6e-11 = 0.00000000006 — chance probability / вероятность случайности) | −7.6% (p≈6e-5 = 0.00006) | −6.1% (p≈4e-3 = 0.004) |
| Cell shape (elongation) / Форма (вытянутость) | baseline / база | n.s. (not significant / незначимо) | rounder, not thinner / круглее, не тоньше | n.s. (not significant / незначимо) |
| Channel / Канал | Effect / Эффект | Interpretation / Интерпретация |
|---|---|---|
| CH17 | +83% cell count, ≈1.6–1.8× control, densest in every method (cycles 2–3, 100×) / +83% к счёту, ≈1.6–1.8× контроля, самый плотный во всех методах (циклы 2–3, 100×) | Strongest growth enhancer / Сильнейший стимулятор роста |
| CH21 | −21% cell count, below control, sparsest in every method / −21% к счёту, ниже контроля, самый разреженный во всех методах | Deceleration, as predicted — but cycle 1 reverses this / Замедление, как и предсказано — но цикл 1 это обращает |
| CH19 | ≈ control by count (EXPECTED, not a null); cells ~7.6% smaller in area (p≈6e-5) but so are all field channels — and NOT more elongated (rounder if anything); budding flat / ≈ контроль по счёту (ОЖИДАЕМО, не нулевой); клетки ~7.6% меньше по площади (p≈6e-5), но это у всех каналов — и НЕ более вытянутые (скорее круглее); почкование без изменений | Thinner/faster-division hypothesis NOT supported on this endpoint batch — needs time-lapse + per-cell morphometry / Гипотеза «тоньше/быстрее делятся» на этой конечной точке (эндпойнт) НЕ подтверждена — нужен тайм-лапс + поклеточная морфометрия |
Caveat / Оговорка: Preliminary — 2 of 3 cycles agree; cycle 1 reverses ordering; pseudoreplicated, descriptive p-values; needs ≥5 cycles. / Предварительно — 2 из 3 циклов согласуются; цикл 1 обращает порядок; псевдорепликация, описательные p-значения; нужно ≥5 циклов.
Full report / Полный отчёт: EN | RU
Status / Статус: First imaging batch analysed (990 total images / 990 изображений всего, cycles 001–003) / Проанализирован первый пакет снимков (990 изображений всего / 990 total images, циклы 001–003)
Key finding / Ключевой вывод: A reproducible directional effect on cell density was found across three independent image-analysis methods (CV cell count, CV occupancy, blind LLM): CH17 highest (~×1.6–1.8 vs control), CH21 below control, CH19 ≈ control. Directionally consistent with the protocol prediction that CH21 decelerates division. / Воспроизводимый направленный эффект на плотность клеток по трём независимым методам анализа изображений: CH17 — выше всех (~×1.6–1.8 к контролю), CH21 — ниже контроля, CH19 ≈ контроль. Направленно согласуется с предсказанием протокола (CH21 замедляет деление).
| Channel / Канал | Cell count 100× / Счёт 100× | vs control / к контролю |
|---|---|---|
| CH0 (control / контроль) | 112 | — |
| CH17 | 205 | +83 % |
| CH19 | 118 | +5 % |
| CH21 | 88 | −21 % |
Per-field method agreement (Spearman): CV-count ↔ occupancy ρ=0.88; occupancy ↔ LLM ρ=0.89; CV-count ↔ LLM ρ=0.81 (at 100×). / Согласие методов по кадрам (Спирмен): счёт ↔ занятость ρ=0.88; занятость ↔ LLM ρ=0.89; счёт ↔ LLM ρ=0.81 (при 100×).
Preliminary, not confirmatory / Предварительно, не доказательство: 3 cycles only, cycle 1 disagrees, no scale bar; evidence is cross-method/-cycle consistency, not p-values. Needs ≥5 cycles. / Только 3 цикла, цикл 1 противоречит, нет масштабной линейки; доказательство — согласованность методов/циклов, не p-значения. Нужно ≥5 циклов.
Full report / Полный отчёт: EN | RU
| # | Report / Отчёт | Date / Дата | Status / Статус | EN | RU |
|---|---|---|---|---|---|
| 1 | Density response to field exposure (triangulated CV + LLM) / Отклик плотности на воздействие поля (CV + LLM) | 2026-06-09 | Complete / Завершено | EN | RU |
The density signal was triangulated across three independent analysis stacks (blind LLM vision, deep-learning segmentation, and segmentation-free classical CV). Models and roles are stated openly below. / Сигнал плотности подтверждён тремя независимыми аналитическими стеками (слепой LLM-визион, сегментация на основе глубокого обучения и классический CV без сегментации). Модели и их роли указаны открыто ниже.
| Provider / Провайдер | Model / Модель | Type / Тип | Status / Статус |
|---|---|---|---|
| Anthropic | Claude Opus 4.8 (claude-opus-4-8) | Blind vision density scoring / Слепая визуальная оценка плотности | Done (920 fields, LLM-scored subset / подмножество, оценённое LLM) / Готово (920 полей, подмножество, оценённое LLM / LLM-scored subset) |
| Cellpose | cyto2 (cellpose 3.x) | CV cell segmentation / count — сегментация и подсчёт клеток | Done / Готово |
| Classical CV | texture-occupancy + LoG blob | CV density (segmentation-free) / Плотность CV (без сегментации) | Done / Готово |
| Field / Поле | Value / Значение |
|---|---|
| Status / Статус | Registered / Зарегистрировано |
| Project / Проект | osf.io/vxkum |
| Registration / Регистрация | osf.io/vxkum |
| Template / Шаблон | OSF Preregistration |
| Registry / Реестр | OSF Registries |
| Date Submitted / Дата подачи | Apr 4, 2026 |
| Date Accepted / Дата принятия | Apr 7, 2026 |
| License / Лицензия | CC-BY-NC-ND 4.0 International |
| Contributors / Контрибьюторы | Valeria Ovseannicova, Denis Banchenko, Alexandr Ovsyannikov, Mykhailo Kapustin, Kyryl Zmiienko, Ivan Savelyev, Galina Ovseannicova, Eva Ovseannicova |
This study is grounded in the Fractal Biomedical Hyperbolic Field System patent filing (see Key Metrics above) — the emitter hardware and channel configurations (CH17/CH19/CH21) used here are the same hardware family covered by that filing. / Данное исследование опирается на патентную заявку по Фрактальной Биомедицинской Системе Гиперболического Поля (см. Ключевые Метрики выше) — аппаратные излучатели и конфигурации каналов (CH17/CH19/CH21), используемые здесь, относятся к той же аппаратной линейке, что покрыта данной заявкой.
| Patent / Патент | Application / Заявка | Status / Статус | Link / Ссылка |
|---|---|---|---|
| Fractal Biomedical Hyperbolic Field System | KZ 2025/1095.1 | Substantive Exam / Экспертиза по существу | View / Просмотр |
| Name / ФИО | Role / Роль | Responsibilities / Обязанности |
|---|---|---|
| Valeria Ovseannicova / Валерия Овсянникова | Director of Biomedical Research Department; Chief Researcher & Head of Experimental Work / Директор департамента биомедицинских исследований; главный исследователь и руководитель экспериментальных работ | Author of the experimental program and methodology; research infrastructure and hardware development; full-cycle research; hyperbolic field physics / Автор экспериментальной программы и методологии; разработчик исследовательской инфраструктуры и аппаратных установок; проведение исследований полного цикла; физика гиперболических полей |
| Denis Banchenko / Денис Банченко | Program Director, Author of Methodology & Technology / Директор программы, автор методологии и технологии | Coordination, OSF registration, workflow / Координация, OSF, рабочий процесс |
| Alexandr Ovsyannikov / Александр Овсянников | Head Hardware Engineer / Главный Инженер по Аппаратному Обеспечению | Electrical systems / Электрические системы |
| Mykhailo Kapustin / Михайло Капустин | CTO & Director of AI and IT / Технический директор, директор ИИ и ИТ | Data infrastructure / Инфраструктура данных |
| Kyryl Zmiienko / Кирилл Змиенко | Chief AI Engineer / Главный ИИ-инженер | Hypothesis formulation, scientific analysis / Формулировка гипотез, научный анализ |
| Ivan Savelyev / Иван Савельев | Science Director & Editor-in-Chief ASRP.science / Директор по науке | Data logging protocols, methodology review / Протоколы логирования, обзор методологии |
| Galina Ovseannicova / Галина Овсянникова | Senior Laboratory Assistant / Старший лаборант | Sample preparation, probe separation / Подготовка образцов, разделение проб |
| Eva Ovseannicova / Ева Овсянникова | Laboratory Assistant / Лаборант | Laboratory support / Лабораторная поддержка |
| Level / Уровень | Access / Доступ | Marking / Маркировка | Description / Описание |
|---|---|---|---|
| PUBLIC / ПУБЛИЧНЫЙ | Open / Открытый | GREEN / ЗЕЛЁНЫЙ | General information / Общая информация |
| RESEARCH / ИССЛЕДОВАТЕЛЬСКИЙ | Team Only / Только команда | YELLOW / ЖЁЛТЫЙ | Research data / Исследовательские данные |
| RESTRICTED / ОГРАНИЧЕННЫЙ | Core Team / Основная команда | RED / КРАСНЫЙ | Sensitive analysis / Конфиденциальный анализ |
| INTERNAL / ВНУТРЕННИЙ | Director Only / Только директор | BLACK / ЧЁРНЫЙ | Director-level review only / Только обзор уровня директора |
Subjects / Области: Biomedical Engineering, Medical Microbiology, Biophysics, Systems Biology, Food Microbiology, Environmental Microbiology, Microbiology, Life Sciences, Medical Sciences, Biochemistry / Биомедицинская инженерия, медицинская микробиология, биофизика, системная биология, пищевая микробиология, экологическая микробиология, микробиология, науки о жизни, медицинские науки, биохимия
Tags / Теги: biochronal processes, biological systems, biophysical fields, chrono-regulation, experimental biophysics, fermentation kinetics, field effects on biology, hyperbolic field, hyperbolic field modulation, non-classical interactions, saccharomyces cerevisiae, yeast fermentation / биохронные процессы, биологические системы, биофизические поля, хроно-регуляция, экспериментальная биофизика, кинетика ферментации, полевые эффекты на биологию, гиперболическое поле, модуляция гиперболическим полем, неклассические взаимодействия, saccharomyces cerevisiae, ферментация дрожжей
Hyperbolic_Field_SaccharomycesCerevisiae_Study/
|
|-- README.md
|-- OSF_PREREGISTRATION.md # OSF preregistration record / Запись предрегистрации OSF
|-- en/README.md # English-only mirror / Англоязычное зеркало
|-- ru/README.md # Russian-only mirror / Русскоязычное зеркало
|
|-- data/ # Raw experimental data / Сырые данные
| |-- README.md # Data hub / Хаб данных
| |-- photos/ # Flat photo set + manifest (990 fields) / Плоский набор + манифест (990 полей)
| | |-- manifest.json, journal-mapping.csv/.json, journal-note.txt
| | |-- original/ # HEIC + PNG / iPhone-native
| | `-- jpg/ # 972 JPEG previews / 972 JPEG-превью
| |-- control-01/ .. control-03/ # Per-cycle control-group sample bins / Контрольные образцы по циклам
| |-- sample-ch17/, sample-ch19/, sample-ch21/, sample-ch17-19/ # Per-channel, protocol-aligned sample bins / Образцы по каналам
| |-- equipment/ # Equipment setup photos / Фото оборудования
| `-- microscopy/ # Microscopy + staining photos / Фото микроскопии и окрашивания
|
|-- results/ # Analysis outputs / Результаты анализа
| |-- cv_analysis/ # CV density: counts + occupancy / CV-плотность: счёт + занятость
| | |-- white_counts.csv # cyto2 cell counts / счёт клеток cyto2
| | |-- white_counts_morpho.csv # morphometry (area, shape) / морфометрия
| | `-- occupancy_full.csv # segmentation-free occupancy / занятость без сегментации
| |-- llm_blind/ # Blind LLM vision scoring / Слепая LLM-оценка
| `-- llm_full/ # Full LLM analysis / Полный LLM-анализ
|
|-- reports/ # Analysis reports / Отчёты
| |-- experiment_protocol_en.md, experiment_protocol_ru.md
| `-- 2026-06-09_density-analysis/ # Density report (EN/RU) + charts / Отчёт по плотности
|
|-- scripts/ # Analysis pipeline scripts / Скрипты аналитического пайплайна
| |-- cv_analysis/ # CV density analysis / Анализ плотности CV
| `-- llm_analysis/ # LLM blind-scoring pipeline / Пайплайн слепой LLM-оценки
|
|-- charts/mermaid/ # Mermaid diagrams (rendered PNG) / Mermaid-диаграммы (PNG)
`-- protocols/ # Experiment protocols (placeholder) / Протоколы (заполняется)
Repo size ≈2.4 GB, ~2,050 tracked files — mostly raw microscopy/equipment photos under data/; see data/README.md for the full data hub indexing the flat photo set in data/photos/ and the protocol-aligned analysis bins. / Размер репозитория ≈2.4 ГБ, ~2050 отслеживаемых файлов — в основном сырые фото микроскопии/оборудования в data/; полный хаб данных — в data/README.md.
| Repository / Репозиторий | Direction / Направление | Link / Ссылка |
|---|---|---|
| Hyperbolic Field Blood Plasma Study / Исследование Плазмы Крови | Blood plasma coagulation — companion study sharing channels CH17/CH19/CH21; provided the plasma-system precedents for the directional channel hypotheses in this repo. OSF: osf.io/8q42f · DOI: 10.17605/OSF.IO/GWA9E / Свёртываемость плазмы крови — сопутствующее исследование, разделяющее каналы CH17/CH19/CH21; источник прецедентов плазменных систем для направленных канальных гипотез настоящего репо. OSF: osf.io/8q42f · DOI: 10.17605/OSF.IO/GWA9E | View / Просмотр |
| Hyperbolic Field Emitter Programs / Программы Излучателей | Emitter control software / ПО управления излучателями | View / Просмотр |
| Hyperbolic Field Agricultural Study / Сельскохозяйственное Исследование | Plant & seed growth / Рост растений и семян | View / Просмотр |
| Hyperbolic Field DAAT Crystal Study / Исследование Кристаллов DAAT | Crystal-human interaction / Взаимодействие кристалл-человек | View / Просмотр |
| ASRP.art | Art & consciousness / Искусство и сознание | View / Просмотр |
| UAP Reverse Engineering | UAP analysis / Анализ НЛО | View / Просмотр |
| Patent / Патент | Application / Заявка | Link / Ссылка |
|---|---|---|
| Fractal Biomedical System | KZ 2025/1095.1 | View / Просмотр |
| ASRP.art | KZ 2025/0592.1 + PCT | View / Просмотр |
| ASRP.drift | KZ 413554 | View / Просмотр |
| GFS | KZ 2025/1096.1 | View / Просмотр |
| Inspira-X | KZ 2025/0914.1 | View / Просмотр |
| Biophotonic | KZ 2025/1097.1 | View / Просмотр |
| Field / Поле | Value / Значение |
|---|---|
| Organization / Организация | Advanced Scientific Research Projects LLP / ТОО "Перспективные Научно-Исследовательские Разработки" |
| Country / Страна | Republic of Kazakhstan / Республика Казахстан |
| Address / Адрес | Komarova St. 37, Apt 56, Baikonur, 468320 / Ул. Комарова 37, кв. 56, г. Байконур, 468320 |
| Website / Веб-сайт | asrp.tech |
| info@asrp.tech |
Plain-language reference for the technical terms used in this README and the linked reports. / Понятный справочник по техническим терминам этого README и связанных отчётов.
| Term / Термин | English meaning | Значение по-русски |
|---|---|---|
| n.s. | Not statistically significant — the difference between groups is too small to rule out chance | Незначимо / статистически не значимо — различие между группами слишком мало, чтобы исключить случайность |
| p / p-value | A number (0–1) measuring the probability that an observed difference arose by chance. p < 0.05 = less than 5% chance it is random. Scientific notation: 6e-5 = 0.00006 (smaller = less likely to be chance) | Число от 0 до 1: вероятность того, что наблюдаемое различие возникло случайно. p < 0,05 = менее 5% вероятности случайности. Запись 6e-5 = 0,00006 (меньше = менее вероятна случайность) |
| descriptive p-value | The p-value is shown for scale/direction only, not as a formal significance test, because the independent-samples assumption is violated (see pseudoreplication) | p приводится только для справки о масштабе/направлении, не как формальная проверка — допущение о независимости нарушено (см. псевдорепликация) |
| pseudoreplication | Treating multiple photos from the same biological dish as independent observations; it inflates sample size and makes p-values artificially small. True replicates here are the 3 experiment cycles, not individual photos | Несколько снимков одной чашки Петри считаются независимыми; завышает выборку и занижает p. Настоящие репликаты — 3 цикла эксперимента, а не отдельные снимки |
| N=2 cycles | The cell-count result rests on only 2 independent experiment repetitions; too few to test statistically at the cycle level | Результат по счёту клеток опирается лишь на 2 независимых повторения; слишком мало для статистической проверки на уровне цикла |
| ρ (rho) / Spearman correlation | A number (−1 to +1) measuring how consistently two methods rank the same fields. ρ = 0.88 = very strong agreement | Число от −1 до +1, показывающее согласованность ранжирования двух методов. ρ = 0,88 = очень высокое согласие |
| Kruskal–Wallis | A statistical test comparing 3+ groups without assuming a bell-curve distribution | Статистический тест для сравнения 3 и более групп без допущения о нормальном распределении |
| Δ (delta) | Difference between two values (e.g. Δ ecc = 0.016 means eccentricity differs by 0.016 units) | Разность двух значений (например, Δ ecc = 0,016 — эксцентриситет отличается на 0,016 единицы) |
| LME (Linear Mixed-Effects Model) | A statistical model for repeated-measurement data; separates treatment effects from random sample variation | Статистическая модель для данных с повторными измерениями; разделяет эффекты воздействия и случайную изменчивость |
| Tukey HSD | A post-hoc test comparing every pair of groups after an overall difference is found, controlling for false positives | Пост-хок тест попарных сравнений всех групп при контроле ложных срабатываний |
| Bonferroni | A correction for running many statistical tests at once; divides the significance threshold by the number of tests | Поправка при многочисленных одновременных тестах; делит порог значимости на число тестов |
| Cohen's d | Effect size: how many standard deviations apart two group means are (d ≥ 0.8 large, ≈0.5 medium, ≈0.2 small) | Размер эффекта: сколько стандартных отклонений между средними двух групп (d ≥ 0,8 большой, ≈0,5 средний, ≈0,2 малый) |
| partial eta squared | Effect size: fraction of total data variation explained by the treatment (0–1; larger = stronger) | Размер эффекта: доля общей дисперсии, объясняемой воздействием (0–1; больше = сильнее) |
| AUC (Area Under the Curve) | The total area under a time-series curve; measures total fermentation activity over the whole period | Суммарная площадь под кривой временного ряда; измеряет суммарную активность ферментации за весь период |
| sign-flip | The direction of an effect reversed between conditions (cycle 1 showed the opposite ordering from cycles 2–3) | Направление эффекта поменялось на противоположное (цикл 1 показал порядок, обратный циклам 2–3) |
| a priori | Known or predicted before the experiment; CH17 was "a priori unknown" = no prediction was made for it | Известное или предсказанное до эксперимента; CH17 «априори неизвестен» = прогноза не было |
| R² | R-squared: how well a model fits the data (0–1). R² = 0.81 = 81% of variation explained | R²: мера качества подгонки модели (0–1). R² = 0,81 = объяснён 81% дисперсии |
| Term / Термин | English meaning | Значение по-русски |
|---|---|---|
| Cellpose / cyto2 | Open-source AI software that automatically finds and outlines individual cells in microscopy photos; "cyto2" = its neural-network model trained for cell-body images | Программа ИИ с открытым кодом для автоматического обнаружения и обводки клеток; «cyto2» — её нейросетевая модель, обученная на изображениях тела клетки |
| segmentation / instance segmentation | Identifying which image pixels belong to each cell and drawing its boundary; "instance" = each cell outlined separately | Определение пикселей каждой клетки и обводка границы; «инстанционная» = каждая клетка обводится отдельно |
| CNN (Convolutional Neural Network) | The type of AI used to recognize cells, trained from many example images | Тип ИИ для распознавания клеток, обученный на множестве примеров изображений |
| occupancy / texture occupancy | Fraction of image area covered by cells (0 = empty, 1 = full), measured from pixel-brightness patterns without outlining each cell | Доля площади снимка, занятая клетками (0 = пусто, 1 = полностью), измеряется по яркости пикселей без обводки клеток |
| Otsu | An algorithm that automatically finds the brightness threshold separating cell pixels from background | Алгоритм автоматического нахождения порога яркости между клетками и фоном |
| Canny | An edge-detection algorithm that finds cell outlines; used here to count edges as a density proxy | Алгоритм обнаружения краёв; здесь считает края клеток как косвенный показатель плотности |
| field (microscopy field / FOV) | One photograph taken through the microscope (990 fields = 990 photos) | Один снимок через микроскоп (990 полей = 990 фотографий) |
| eccentricity | Cell-shape metric (0–1): 0 = perfect circle, 1 = line; higher = more elongated | Метрика формы клетки (0–1): 0 = круг, 1 = линия; выше = более вытянута |
| aspect ratio (major:minor axis) | Longest diameter divided by shortest diameter of an ellipse fitted to the cell; 1.0 = circle, larger = more elongated | Отношение длиннейшего к кратчайшему диаметру вписанного эллипса; 1,0 = круг, больше = вытянутее |
| solidity | Shape metric (0–1) for how "compact" the cell boundary is; a budding cell has lower solidity | Метрика компактности контура клетки (0–1); почкующаяся клетка имеет меньшую солидность |
| blob detection | Finding cells as rounded filled regions, without neural-network segmentation | Поиск клеток как округлых заполненных областей без нейросетевой сегментации |
| downscale | Reducing image pixel count before processing; standardizes cell size in pixels and speeds analysis | Уменьшение числа пикселей перед обработкой; стандартизирует размер клеток и ускоряет анализ |
| 100× / 10× magnification | Objects appear 100× or 10× larger than real size; at 100× individual cells (~5–8 µm) are visible, at 10× only population density | Объекты выглядят в 100 или 10 раз крупнее; при 100× видны отдельные клетки (~5–8 мкм), при 10× — только плотность популяции |
| HEIC | Apple iPhone photo format; here, photos taken through the microscope eyepiece with a smartphone | Формат фотографий iPhone; здесь — снимки через окуляр микроскопа смартфоном |
| YeastSAM | AI segmentation tool specialized for budding-yeast microscopy; more accurate than Cellpose on budding cells | Инструмент ИИ-сегментации для почкующихся дрожжей; точнее Cellpose на почкующихся клетках |
| AMiGA | Software for fitting microbial growth curves (growth rate, lag phase) using a Gaussian Process | Программа для подгонки кривых роста микробов (скорость роста, лаг-фаза) гауссовским процессом |
| CIELAB / b* channel | A color-description system; the b* channel measures blue-yellow shift, used to detect methylene-blue dye uptake | Система описания цвета; канал b* измеряет синий/жёлтый сдвиг, для обнаружения захвата метиленового синего |
| Term / Термин | English meaning | Значение по-русски |
|---|---|---|
| blind LLM scoring | An AI model (Claude Opus 4.8) scored each photo without knowing which channel it came from — preventing bias; "blind" = scorer does not know the group | ИИ-модель оценивала каждый снимок, не зная, из какого канала он взят — исключает предвзятость; «слепой» = оценщик не знает группу |
| group-agnostic | The method does not see channel labels until the final grouping step | Метод не видит метки каналов до финального шага группировки |
| diagnostic vs consistent | "Consistent with" = compatible with the hypothesis but not proof; "diagnostic" = uniquely identifies one cause, ruling out others | «Согласуется с» = совместимо с гипотезой, но не доказывает; «диагностический» = однозначно указывает на одну причину |
| Term / Термин | English meaning | Значение по-русски |
|---|---|---|
| budding index / budding fraction | Percentage of yeast cells actively dividing at the moment of imaging, seen as a small "bud" on the mother cell; higher = more division | Доля дрожжевых клеток, активно делящихся в момент съёмки — видна как «почка» на материнской клетке; выше = активнее деление |
| Whi5 / G1-sizer | Whi5 is a protein that brakes division; the G1-sizer lets cells "measure" their size before dividing. Cells passing the "Start" point while small make small daughters | Whi5 — белок-тормоз деления; механизм G1-сайзера позволяет клетке «измерить» размер перед делением. Клетки, прошедшие «Start» маленькими, дают мелких дочерей |
| Start (cell cycle) | The molecular decision point after which a yeast cell is committed to dividing | Молекулярная «точка невозврата» клеточного цикла, после которой клетка обязана начать деление |
| G2/M arrest | Cells stuck just before the division step; they look ready to divide (may show buds) but never finish — hard to tell from fast division in one photo | Клетки застряли прямо перед делением; выглядят готовыми (с почками), но деление не завершается — трудно отличить от быстрого деления на одном снимке |
| time-lapse microscopy | Filming the same cells repeatedly over hours; directly measures division rate, unlike a single snapshot | Многократная съёмка одних и тех же клеток на протяжении часов; прямо измеряет скорость деления, в отличие от одиночного снимка |
| OD600 / doubling time | OD600 = cloudiness of the liquid at 600 nm light; as cells multiply it gets cloudier. Doubling time = time for the population to double; faster division = shorter doubling time | OD600 = мутность жидкости при свете 600 нм; при размножении клеток растёт. Время удвоения = время удвоения численности; быстрее деление = меньше время |
| stationary phase | When nutrients run out, yeast stop dividing and rest; such cells are smaller and could mimic the predicted CH19 shrinkage | Когда питание исчерпано, дрожжи перестают делиться и переходят в покой; такие клетки мельче и могут имитировать уменьшение CH19 |
| quiescent cells | Individual non-dividing, dormant cells; smaller than actively growing cells | Отдельные недепящиеся, спящие клетки; меньше активно растущих |
| viability / vital stain | A dye that distinguishes live from dead cells; methylene blue stains dead cells blue, live cells stay clear. NOT used in the first analysed batch | Краситель, отличающий живые клетки от мёртвых; метиленовый синий красит мёртвые в синий, живые остаются прозрачными. НЕ применялся в первом пакете |
| kinetic effect | An effect on the speed/rate of cell division (not on the number of cells) | Влияние на скорость деления клеток (не на их количество) |
| morphological effect | An effect on the physical shape or size of cells | Влияние на форму или размер клеток |
| morphometry | Quantitative measurement of cell shape, size, and geometry (area, elongation, roundness) | Количественное измерение формы, размера и геометрии клеток (площадь, вытянутость, округлость) |
| endpoint / static endpoint / конечная точка (эндпойнт) | A single measurement taken at one moment (not a time-series); shows only the cells' state at the photograph, not how they changed | Одно измерение в один момент (не временной ряд); показывает только состояние клеток на снимке, не их изменение |
| confound / imaging confound | An uncontrolled factor other than the treatment that could explain a difference (e.g. different focus, dilution, or lighting between channels) | Неконтролируемый фактор помимо воздействия, который мог бы объяснить различие (разная фокусировка, разведение, освещение между каналами) |
| Term / Термин | English meaning | Значение по-русски |
|---|---|---|
| CH0 / CH17 / CH19 / CH21 (channels) | Specific configurations of the emitter hardware; CH0 = emitter off (control), CH17/19/21 = three different settings. The numbers are control-software identifiers, not physical frequencies | Конкретные конфигурации излучателя; CH0 = выключен (контроль), CH17/19/21 = три разные настройки. Числа — идентификаторы из ПО управления, а не физические частоты |
| cycles 001 / 002 / 003 | Three independent repetitions of the whole experiment (biological replicates), each with freshly prepared yeast | Три независимых повторения всего эксперимента (биологические репликаты), каждый со свежими дрожжами |
| biological replicate | An independent repetition with freshly prepared samples (distinct from re-measuring the same sample) | Независимое повторение со свежими образцами (в отличие от повторного измерения того же образца) |
| preregistration / OSF | A public, time-stamped declaration of hypotheses and analysis plan made before data collection; prevents adjusting the analysis to fit results. OSF (Open Science Framework) is the free public registry that timestamps it | Публичное, заверенное временны́м штампом объявление гипотез и плана анализа до сбора данных; не даёт подогнать анализ под результаты. OSF (Open Science Framework) — бесплатный публичный реестр, фиксирующий его |
| double-blind | Neither the analyst nor the scoring system (LLM) knows which sample belongs to which condition during scoring | Ни аналитик, ни оценивающая система (LLM) не знают принадлежности образца к условию во время оценки |
CC-BY-NC-ND 4.0 International
This work is licensed under the Creative Commons Attribution-NonCommercial-NoDerivatives 4.0 International License. / Данная работа лицензирована по международной лицензии Creative Commons Attribution-NonCommercial-NoDerivatives 4.0 (С указанием авторства -- Некоммерческая -- Без производных произведений).
Last Updated / Последнее обновление: June 2026
Status / Статус: Preliminary Results / Предварительные результаты — irradiation/fermentation track ongoing / трек облучения/ферментации продолжается
The density batch is the first analysed slice of a larger preregistered programme. The full protocol (11 OSF-registered hypotheses, RCT N=25–50, double-blind) covers the irradiation/fermentation track that is still ongoing. Pending: additional cycles (≥5), staining/viability, OD600 calibration, and the full CV pipeline scripts. / Пакет плотности — первый проанализированный срез более широкой предзарегистрированной программы. Полный протокол (11 гипотез на OSF, РКИ N=25–50, двойное слепое) охватывает трек облучения/ферментации, который ещё продолжается. В работе: дополнительные циклы (≥5), окрашивание/жизнеспособность, калибровка OD600 и полные скрипты CV-пайплайна.
Key Results / Результаты · Overview / Обзор · Key Metrics / Метрики · Hypotheses / Гипотезы · Experimental Design / Дизайн · Outcome Variables / Переменные · Analysis Pipeline / Пайплайн · Statistical Analysis / Статистика · Equipment / Оборудование · Preliminary Results / Результаты · AI/ML Analysis / AI-Анализ · Reports / Отчёты · Timeline / Сроки · OSF / Регистрация · Patent / Патент · Team / Команда · Security / Безопасность · Keywords / Слова · Data Structure / Структура · ASRP Ecosystem / Экосистема · Contact / Контакты · Glossary / Глоссарий · License / Лицензия