Added Risorse utili

docs/index.html

@@ -2112,8 +2112,8 @@ <h1>intRo</h1>
 <nav class="l-text toc figcaption" id="TOC">
 <h3>Contents</h3>
 <ul>
+<li><a href="#presentazione-del-corso">Presentazione del corso</a></li>
 <li><a href="#introduzione">Introduzione</a></li>
-<li><a href="#about-the-teacher">About the teacher</a></li>
 <li><a href="#pre-requisiti">Pre-requisiti</a></li>
 <li><a href="#struttura-del-corso">Struttura del corso</a>
 <ul>
@@ -2123,12 +2123,24 @@ <h3>Contents</h3>
 <ul>
 <li><a href="#software-necessari">Software necessari</a></li>
 </ul></li>
-<li><a href="#risorse-utili">Risorse utili</a></li>
+<li><a href="#risorse-utili">Risorse utili</a>
+<ul>
+<li><a href="#repositories">Repositories:</a></li>
+<li><a href="#books">Books:</a></li>
+<li><a href="#papers">Papers:</a></li>
+<li><a href="#website">Website</a></li>
+<li><a href="#miscellaneous">Miscellaneous</a></li>
+<li><a href="#potentially-useful-r-packages">Potentially useful R packages</a></li>
+<li><a href="#cheatsheets">Cheatsheets</a></li>
+</ul></li>
 <li><a href="#codice-di-condotta">Codice di Condotta</a></li>
 <li><a href="#licenza">Licenza</a></li>
 </ul>
 </nav>
 </div>
+<h1 id="presentazione-del-corso">Presentazione del corso</h1>
+<iframe width="560" height="315" src="https://www.youtube.com/embed/Y20P3u3c_1c" title="YouTube video player" frameborder="0" allow="accelerometer; autoplay; clipboard-write; encrypted-media; gyroscope; picture-in-picture" allowfullscreen>
+</iframe>
 <h1 id="introduzione">Introduzione</h1>
 <p>L’ IBiG è lieto di presentare il primo corso di introduzione ad R tenuto dal Gruppo di Bioinformatica dell’Istituto per la Protezione Sostenibile delle Piante.</p>
 <p>Gli <strong>obiettivi</strong> del corso sono:</p>
@@ -2138,9 +2150,6 @@ <h1 id="introduzione">Introduzione</h1>
 <li><p>creare visualizzazioni grafiche</p></li>
 <li><p>creare tabelle riassuntive</p></li>
 </ol>
-<h1 id="about-the-teacher">About the teacher</h1>
-<iframe width="560" height="315" src="https://www.youtube.com/embed/Y20P3u3c_1c" title="YouTube video player" frameborder="0" allow="accelerometer; autoplay; clipboard-write; encrypted-media; gyroscope; picture-in-picture" allowfullscreen>
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 <h1 id="pre-requisiti">Pre-requisiti</h1>
 <p>Il corso non prevede <strong>nessun pre-requisito</strong>. Chiunque può partecipare al corso.</p>
 <h1 id="struttura-del-corso">Struttura del corso</h1>
@@ -2209,8 +2218,63 @@ <h2 id="software-necessari">Software necessari</h2>
 </ol>
 <p>o in alternativa creare un account su <a href="https://rstudio.cloud/plans/free">RStudio Cloud</a></p>
 <h1 id="risorse-utili">Risorse utili</h1>
+<h2 id="repositories">Repositories:</h2>
+<ul>
+<li><a href="https://github.com/lgatto/TeachingMaterial">Teaching material</a> - from Laurent Gatto</li>
+<li><a href="https://github.com/KirstieJane/ReproducibleResearch">Reproducible Research</a></li>
+<li><a href="https://github.com/swcarpentry/">Software carpentry</a></li>
+<li><a href="https://github.com/datacarpentry">Data carpentry</a></li>
+</ul>
+<h2 id="books">Books:</h2>
+<ul>
+<li><a href="https://bookdown.org/">R bookdown</a> - collaborative book website</li>
+<li><a href="https://bookdown.org/Tazinho/Tidyverse-Cookbook/">Tidyverse Cookbook</a></li>
+<li><a href="https://b-rodrigues.github.io/modern_R/">Modern R</a></li>
+</ul>
+<h2 id="papers">Papers:</h2>
+<ul>
+<li><a href="http://journals.plos.org/ploscompbiol/article?id=10.1371/journal.pcbi.1004947">Ten Simple Rules for Taking Advantage of Git and GitHub</a></li>
+<li><a href="http://journals.plos.org/ploscompbiol/article?id=10.1371/journal.pcbi.1003285">Ten Simple Rules for Reproducible Computational Research</a></li>
+<li><a href="https://www.practicereproducibleresearch.org/#">The Practice of Reproducible Research</a></li>
+</ul>
+<h2 id="website">Website</h2>
+<ul>
+<li><a href="http://collections.plos.org/ten-simple-rules">Ten simple rules</a></li>
+<li><a href="http://www.nature.com/collections/qghhqm/pointsofsignificance">Points of significance</a></li>
+<li><a href="https://cran.r-project.org/web/views/ReproducibleResearch.html">Reproducible research</a> - CRAN Task View</li>
+<li><a href="http://ggplot2.org/">ggplot2</a></li>
+<li><a href="http://www.r-graph-gallery.com/portfolio/ggplot2-package/">ggplot2 gallery and examples</a></li>
+<li><a href="http://r-statistics.co/Top50-Ggplot2-Visualizations-MasterList-R-Code.html">Top 50 ggplot2 Visualizations</a></li>
+<li><a href="https://www.r-bloggers.com">R-bloggers</a></li>
+<li><a href="http://ropensci.org/">Open science website</a></li>
+<li><a href="https://opensource.guide">Open-source guideline</a></li>
+<li><a href="https://www.kaggle.com/">Data science competions</a></li>
+<li><a href="https://figshare.com/articles/Letter-value_plots_Boxplots_for_large_data/4748227/1">Paper with R code</a></li>
+<li><a href="http://www.thertrader.com/2018/09/01/r-code-best-practices/">R code best pratices</a></li>
+<li><a href="https://style.tidyverse.org/">R style guide</a></li>
+<li><a href="https://wilkelab.org/SDS375/schedule.html">R visualization Claus Wilke</a></li>
+</ul>
+<h2 id="miscellaneous">Miscellaneous</h2>
+<ul>
+<li><a href="https://www.coursera.org/learn/reproducible-research">Reproducible research</a> - Coursera course</li>
+<li><a href="http://exercism.io/">Exercism</a> - Level up your programming skills</li>
+<li><a href="https://www.codewars.com/">Codewars</a> - Improve your skills by training with others on real code challenges</li>
+<li><a href="https://lgatto.github.io/beyond-bad-publishing/">Bad publishing and bullied into bad science</a></li>
+</ul>
+<h2 id="potentially-useful-r-packages">Potentially useful R packages</h2>
+<ul>
+<li><a href="https://cran.r-project.org/web/packages/esquisse/readme/README.html">esquisse</a></li>
+<li><a href="https://github.com/calligross/ggthemeassist">ggThemeAssistant</a></li>
+<li><a href="http://swirlstats.com/">Swirl</a> - Learn R in R</li>
+</ul>
+<h2 id="cheatsheets">Cheatsheets</h2>
 <ul>
-<li></li>
+<li><a href="https://www.git-tower.com/learn/cheat-sheets/cli">UNIX</a></li>
+<li><a href="https://www.rstudio.com/wp-content/uploads/2015/02/data-wrangling-cheatsheet.pdf">dplyr</a></li>
+<li><a href="https://www.rstudio.com/wp-content/uploads/2015/03/ggplot2-cheatsheet.pdf">ggplot2</a></li>
+<li><a href="https://www.rstudio.com/wp-content/uploads/2016/03/rmarkdown-cheatsheet-2.0.pdf">Rmarkdown</a></li>
+<li><a href="https://www.git-tower.com/learn/cheat-sheets/git">Git</a></li>
+<li><a href="https://www.git-tower.com/learn/cheat-sheets/vcs-workflow">Version control workflow</a></li>
 </ul>
 <h1 id="codice-di-condotta">Codice di Condotta</h1>
 <p>Ci impegniamo a fornire un ambiente accogliente e solidale per tutte le persone, indipendentemente dal background o dall’identità. Partecipando a questa comunità, i partecipanti accettano di rispettare il Codice di Condotta (CdC). Qualsiasi forma di comportamento per escludere, intimidire o causare disagio costituisce una violazione del CdC. Al fine di promuovere un ambiente di apprendimento positivo e professionale, incoraggiamo i seguenti tipi di comportamenti:</p>

docs/search.json

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       "date": "September 10, 2018",
-      "contents": "\n\nContents\nIntroduzione\nAbout the teacher\nPre-requisiti\nStruttura del corso\nSyllabus\n\nPreparazione al corso\nSoftware necessari\n\nRisorse utili\nCodice di Condotta\nLicenza\n\nIntroduzione\nL’ IBiG è lieto di presentare il primo corso di introduzione ad R tenuto dal Gruppo di Bioinformatica dell’Istituto per la Protezione Sostenibile delle Piante.\nGli obiettivi del corso sono:\ndare a tutti i partecipanti le competenze necessarie per utilizzare R\nimportare, manipolare e trasformare tabelle di dati\ncreare visualizzazioni grafiche\ncreare tabelle riassuntive\nAbout the teacher\n\n\nPre-requisiti\nIl corso non prevede nessun pre-requisito. Chiunque può partecipare al corso.\nStruttura del corso\nIl corso sarà così strutturato:\nLezione teorica (asincrona): vi verrà chiesto di guardare dei video relativi all’unità didattica. I video saranno presenti online e potranno essere guardati a piacere, purchè prima del corso.\nLezione pratica (sincrona): parte frontale del corso, fatta in presenza (virtuale) con l’insegnate. In queste lezioni sarà discusso il contenuto dell’unità didattica, chiariti i possibili dubbi e sarà svolta la parte applicativa del corso, con esercizi (individuali o in gruppo) ed esempi della reale vita.\nIl corso sarà diviso in moduli. Per ogni modulo saranno specificati gli obiettivi di apprendimento e vi sarà richiesto di guardare i video relativi all’unità didattica.\nPrima della lezione frontale vi verrà richiesto di completare una questionario per autovalutare la comprensione della lezione.\nSyllabus\nIl corso prevede 6 moduli che trovate riportati qui di seguito. Ogni modulo avrà una pagina dedicata in cui sarà possibile trovare il link a tutti i video, gli script e le risorse per quella specifica unita didattica.\n1. Introduzione a R e RStudio\nInstallazione dei software\nCome utilizzare RStudio\n2. Concetti fondamentali\nOperazioni base in R\nConcetto di variabile\nConcetto di vettore\nConcetto di data.frame\nConcetto di tibble\n3. Importazione/esportazione di dati\n4. Utilizzo delle funzioni in R\nCosa sono le funzioni di R e dei pacchetti di R\nCome si utilizzano\n5. Trasformazione dei dati\nSubset dei dati\nCreare nuove variabili\nSplit-apply-combine\nLong and wide data format\n6. Esplorazione grafica dei dati\nImportanza delle visualizzazioni grafiche (datasaurus package)\nGrafici base\nGrafici per serie temporali\nMulti-plots\nCombine plots\nPreparazione al corso\nIn preparazione alle lezioni frontali, dovrete installare sul vostro computer due software: R e RStudio. Potete trovare una spiegazione dettagliata di come fare qui. Qui sotto sono riportati i link che vi serviranno per scaricare i software necessari. In alternativa è possibile utilizzare RStudio cloud, questo servizio permette di usare R e RStudio sul web senza la necessità di installazione sul vostro computer. L’utilizzo è gratuito, ma può essere usato solo per 16 ore al mese.\nSoftware necessari\nR\nRStudio\no in alternativa creare un account su RStudio Cloud\nRisorse utili\n\nCodice di Condotta\nCi impegniamo a fornire un ambiente accogliente e solidale per tutte le persone, indipendentemente dal background o dall’identità. Partecipando a questa comunità, i partecipanti accettano di rispettare il Codice di Condotta (CdC). Qualsiasi forma di comportamento per escludere, intimidire o causare disagio costituisce una violazione del CdC. Al fine di promuovere un ambiente di apprendimento positivo e professionale, incoraggiamo i seguenti tipi di comportamenti:\nUsa un linguaggio accogliente e inclusivo\nSii rispettoso dei diversi punti di vista\nAccetta con garbo le critiche costruttive\nConcentrati su ciò che è meglio per la classe\nMostra cortesia e rispetto verso gli altri membri della classe\nLicenza\nApache License 2.0\n\n\n\n",
-      "last_modified": "2021-07-09T13:30:43+02:00"
+      "contents": "\n\nContents\nPresentazione del corso\nIntroduzione\nPre-requisiti\nStruttura del corso\nSyllabus\n\nPreparazione al corso\nSoftware necessari\n\nRisorse utili\nRepositories:\nBooks:\nPapers:\nWebsite\nMiscellaneous\nPotentially useful R packages\nCheatsheets\n\nCodice di Condotta\nLicenza\n\nPresentazione del corso\n\n\nIntroduzione\nL’ IBiG è lieto di presentare il primo corso di introduzione ad R tenuto dal Gruppo di Bioinformatica dell’Istituto per la Protezione Sostenibile delle Piante.\nGli obiettivi del corso sono:\ndare a tutti i partecipanti le competenze necessarie per utilizzare R\nimportare, manipolare e trasformare tabelle di dati\ncreare visualizzazioni grafiche\ncreare tabelle riassuntive\nPre-requisiti\nIl corso non prevede nessun pre-requisito. Chiunque può partecipare al corso.\nStruttura del corso\nIl corso sarà così strutturato:\nLezione teorica (asincrona): vi verrà chiesto di guardare dei video relativi all’unità didattica. I video saranno presenti online e potranno essere guardati a piacere, purchè prima del corso.\nLezione pratica (sincrona): parte frontale del corso, fatta in presenza (virtuale) con l’insegnate. In queste lezioni sarà discusso il contenuto dell’unità didattica, chiariti i possibili dubbi e sarà svolta la parte applicativa del corso, con esercizi (individuali o in gruppo) ed esempi della reale vita.\nIl corso sarà diviso in moduli. Per ogni modulo saranno specificati gli obiettivi di apprendimento e vi sarà richiesto di guardare i video relativi all’unità didattica.\nPrima della lezione frontale vi verrà richiesto di completare una questionario per autovalutare la comprensione della lezione.\nSyllabus\nIl corso prevede 6 moduli che trovate riportati qui di seguito. Ogni modulo avrà una pagina dedicata in cui sarà possibile trovare il link a tutti i video, gli script e le risorse per quella specifica unita didattica.\n1. Introduzione a R e RStudio\nInstallazione dei software\nCome utilizzare RStudio\n2. Concetti fondamentali\nOperazioni base in R\nConcetto di variabile\nConcetto di vettore\nConcetto di data.frame\nConcetto di tibble\n3. Importazione/esportazione di dati\n4. Utilizzo delle funzioni in R\nCosa sono le funzioni di R e dei pacchetti di R\nCome si utilizzano\n5. Trasformazione dei dati\nSubset dei dati\nCreare nuove variabili\nSplit-apply-combine\nLong and wide data format\n6. Esplorazione grafica dei dati\nImportanza delle visualizzazioni grafiche (datasaurus package)\nGrafici base\nGrafici per serie temporali\nMulti-plots\nCombine plots\nPreparazione al corso\nIn preparazione alle lezioni frontali, dovrete installare sul vostro computer due software: R e RStudio. Potete trovare una spiegazione dettagliata di come fare qui. Qui sotto sono riportati i link che vi serviranno per scaricare i software necessari. In alternativa è possibile utilizzare RStudio cloud, questo servizio permette di usare R e RStudio sul web senza la necessità di installazione sul vostro computer. L’utilizzo è gratuito, ma può essere usato solo per 16 ore al mese.\nSoftware necessari\nR\nRStudio\no in alternativa creare un account su RStudio Cloud\nRisorse utili\nRepositories:\nTeaching material - from Laurent Gatto\nReproducible Research\nSoftware carpentry\nData carpentry\nBooks:\nR bookdown - collaborative book website\nTidyverse Cookbook\nModern R\nPapers:\nTen Simple Rules for Taking Advantage of Git and GitHub\nTen Simple Rules for Reproducible Computational Research\nThe Practice of Reproducible Research\nWebsite\nTen simple rules\nPoints of significance\nReproducible research - CRAN Task View\nggplot2\nggplot2 gallery and examples\nTop 50 ggplot2 Visualizations\nR-bloggers\nOpen science website\nOpen-source guideline\nData science competions\nPaper with R code\nR code best pratices\nR style guide\nR visualization Claus Wilke\nMiscellaneous\nReproducible research - Coursera course\nExercism - Level up your programming skills\nCodewars - Improve your skills by training with others on real code challenges\nBad publishing and bullied into bad science\nPotentially useful R packages\nesquisse\nggThemeAssistant\nSwirl - Learn R in R\nCheatsheets\nUNIX\ndplyr\nggplot2\nRmarkdown\nGit\nVersion control workflow\nCodice di Condotta\nCi impegniamo a fornire un ambiente accogliente e solidale per tutte le persone, indipendentemente dal background o dall’identità. Partecipando a questa comunità, i partecipanti accettano di rispettare il Codice di Condotta (CdC). Qualsiasi forma di comportamento per escludere, intimidire o causare disagio costituisce una violazione del CdC. Al fine di promuovere un ambiente di apprendimento positivo e professionale, incoraggiamo i seguenti tipi di comportamenti:\nUsa un linguaggio accogliente e inclusivo\nSii rispettoso dei diversi punti di vista\nAccetta con garbo le critiche costruttive\nConcentrati su ciò che è meglio per la classe\nMostra cortesia e rispetto verso gli altri membri della classe\nLicenza\nApache License 2.0\n\n\n\n",
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