hi,我是小洁。这是我基于自己的数据分析需求写的R包,很高兴被你看到了。我会在公众号《生信星球》更新这里面一些好用的小函数,也做一些其他的分享。
if(!require(devtools))install.packages("devtools")
if(!require(AnnoProbe))devtools::install_github("jmzeng1314/AnnoProbe")
if(!require(tinyarray))devtools::install_github("xjsun1221/tinyarray")
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然后点击Download ZIP
,下载到你的工作目录下,用devtools::iinstall_local("tinyarray-master.zip")
安装
geo_download() : 提供geo编号,返回表达矩阵、临床信息表格和使用的平台编号。
get_deg() :提供芯片表达矩阵、分组信息、探针注释,返回差异分析结果。
multi_deg() : 多个分组(最多5个)的差异分析
cor.full()和cor.one() :批量计算基因间的相关性
几个绘图函数:draw_heatmap,draw_volcano,draw_venn,draw_boxplot
trans_exp():将tcga或tcga+gtex数据进行基因id转换
trans_array():替换行名,比如把表达矩阵的探针名替换为基因名
sam_filter():去除tcga中的重复样本
t_choose():批量做单个基因的t检验
point_cut():批量计算生存分析最佳截点
surv_KM():批量做KM生存分析,支持用最佳截点分组
surv_cox():批量做cox生存分析,支持用最佳截点分组
hypertest():批量做mRNA和lncRNA的超几何分布检验
plcortest():批量做mRNA和lncRNA的相关性检验