tinyarray

前言

hi，我是小洁。这是我基于自己的数据分析需求写的R包，很高兴被你看到了。我会在公众号《生信星球》更新这里面一些好用的小函数，也做一些其他的分享。

安装方式

1.在线安装

if(!require(devtools))install.packages("devtools")
if(!require(AnnoProbe))devtools::install_github("jmzeng1314/AnnoProbe")
if(!require(tinyarray))devtools::install_github("xjsun1221/tinyarray")

2.本地安装

点击本页面的绿色按键code然后点击Download ZIP，下载到你的工作目录下，用devtools::iinstall_local("tinyarray-master.zip")安装

函数介绍

geo_download() : 提供geo编号，返回表达矩阵、临床信息表格和使用的平台编号。

get_deg() ：提供芯片表达矩阵、分组信息、探针注释，返回差异分析结果。

multi_deg() : 多个分组（最多5个）的差异分析

cor.full()和cor.one() :批量计算基因间的相关性

几个绘图函数：draw_heatmap,draw_volcano,draw_venn

trans_exp():将tcga或tcga+gtex数据进行基因id转换

sam_filter():去除tcga中的重复样本

t_choose():批量做单个基因的t检验

point_cut():批量计算生存分析最佳截点

surv_KM():批量做KM生存分析，支持用最佳截点分组

surv_cox():批量做cox生存分析，支持用最佳截点分组

hypertest():批量做mRNA和lncRNA的超几何分布检验

plcortest():批量做mRNA和lncRNA的相关性检验

还会继续更新