From df4b3356bc921bfa8ac85a0fe61147407a63977a Mon Sep 17 00:00:00 2001
From: vinuesa <vinuesa@ccg.unam.mx>
Date: Mon, 22 Jan 2024 20:31:06 -0600
Subject: [PATCH] practicas_aln_multiples_clustal v2024-01-22

---
 .../practicas_aln_multiples_clustal.cmds      | 25 +++++++++++++++++--
 1 file changed, 23 insertions(+), 2 deletions(-)

diff --git a/docs/sesion4_alineamientos/practicas_aln_multiples_clustal.cmds b/docs/sesion4_alineamientos/practicas_aln_multiples_clustal.cmds
index ebf3002..1000d7d 100644
--- a/docs/sesion4_alineamientos/practicas_aln_multiples_clustal.cmds
+++ b/docs/sesion4_alineamientos/practicas_aln_multiples_clustal.cmds
@@ -1,10 +1,10 @@
 ###################
-# >>> TIB2022 <<< #
+# >>> TIB2024 <<< #
 ###################
 # Practicas de alineamiento multiple usando programas de la familia clustal
 # Autor: Pablo Vinuesa; CCG-UNAM; https://www.ccg.unam.mx:/~vinuesa/ @pvinmex
 # https://github.com/vinuesa/TIB-filoinfo
-# V3: 2022-08-02
+# V4: 2024-01-22
 # ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 
 
@@ -26,11 +26,32 @@ clustalw -infile=archivo.fasta -align -pwmatrix=blosum -pwgapopen=12
 -convert -outfile=archivo_aln1.phy -output=phylip
 #======================================================================================
 
+##############################
+>>> Descarga de archivos <<< #
+##############################
+
+# 1. Descarga de los archivos de secuencia
+wget -c https://github.com/vinuesa/TIB-filoinfo/raw/master/docs/sesion4_alineamientos/sequences_for_alingment.tgz
+
+
+# 2. Descarga de scripts en ~/bin haciendo uso de un bucle for
+base_url=https://github.com/vinuesa/TIB-filoinfo/raw/master
+
+cd ~/bin
+
+for f in split_fasta.pl translate_fastas.pl prot2cdnAlns.pl convert_alnFormats_using_clustalw.sh convert_aln_format_batch_bp.pl
+do
+    wget -c $base_url/$f
+done 
+
+cd -
+
 
 ##################################
 #>>> I) ejemplos con clustalw <<<#
 ##################################
 
+
 # 1) alineamiento estandar de aminoacidos
 clustalw -infile=4_GDP_procar_ualn.faa -outfile=4_GDP_procar_cluAln.faa -output=fasta
 clustalw -infile=6_GDP_eucar_ualn.faa -outfile=6_GDP_eucar_cluAln.faa -output=fasta