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script_R_comparing_VARIANTS_in_GWAS.R
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script_R_comparing_VARIANTS_in_GWAS.R
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### here comparing the GWAS HITS :
library("cowplot")
library("dplyr")
library("gmodels")
library("gplots")
library("ggplot2")
library("gridExtra")
library("stringr")
library("VennDiagram")
library("Vennerable")
################################################################################################################################################################
################################################################################################################################################################
################################################################################################################################################################
################################################################################################################################################################
# list.files()
# ASTIGMATISM = "astigmatism.STRONGEST.associations.txt"
# HYPEROPIA = "hyperopia.STRONGEST.associations.txt"
# MYOPIA = "myopia.STRONGEST.associations.txt"
# MYOPIA_UNDER10 = "myopia.under10.STRONGEST.associations.txt"
ASTIGMATISM = "astigmatism.STRONGEST.associations.txt.sep.txt.processed.txt"
HYPEROPIA = "hyperopia.STRONGEST.associations.txt.sep.txt.processed.txt"
MYOPIA = "myopia.STRONGEST.associations.txt.sep.txt.processed.txt"
MYOPIA_UNDER10 = "myopia.under10.STRONGEST.associations.txt.sep.txt.processed.txt"
#######################################################################
astigmatism <- read.delim(ASTIGMATISM, header=T, sep="\t", stringsAsFactors=F)
hyperopia <- read.delim(HYPEROPIA, header=T, sep="\t", stringsAsFactors=F)
myopia <- read.delim(MYOPIA, header=T, sep="\t", stringsAsFactors=F)
myopia.under10 <- read.delim(MYOPIA_UNDER10, header=T, sep="\t", stringsAsFactors=F)
################################################################################################################################################################
################################################################################################################################################################
dim(astigmatism)
dim(hyperopia)
dim(myopia)
dim(myopia.under10)
# colnames(myopia.under10)
# [1] "cytoband" "assay.name" "position" "alleles"
# [5] "src" "dose.b" "pvalue" "OR"
# [9] "X95..CI" "gene.context" "gene_upstream" "p1"
# [13] "intra_gene" "p2" "gene_downstream"
# dim(astigmatism)
# [1] 126 15
# dim(hyperopia)
# [1] 191 15
# dim(myopia)
# [1] 601 15
# dim(myopia.under10)
# [1] 32 15
head(astigmatism)
head(hyperopia)
head(myopia)
head(myopia.under10)
################################################################################################################################################################
################################################################################################################################################################
# here to do a very quick intersections of the SNP ID :
# grep(pattern, x, ignore.case = FALSE, perl = FALSE, value = FALSE,
# fixed = FALSE, useBytes = FALSE, invert = FALSE)
# 1. ‘fixed = TRUE’: use exact matching.
# 2. ‘perl = TRUE’: use Perl-style regular expressions.
# 3. ‘fixed = FALSE, perl = FALSE’: use POSIX 1003.2 extended
# regular expressions (the default)
################################################################################################################################################################
################################################################################################################################################################
# to separate the LAST COLUMN into GENE and NEIGHBOURING GENES in order to be able to do the comparisons : we did it in a PERL SCRIPT ...
# here to INTERSECT THE SNPs : we RE-LABEL the extragenic SNP
################################################################################################################################################################
################################################################################################################################################################
astigmatism$inter_gene <- ifelse( ( astigmatism$gene_upstream != "" | astigmatism$gene_downstream != "" ) ,
paste(astigmatism$gene_upstream, astigmatism$gene_downstream, sep="::"),
"")
# write.table(astigmatism, file=paste(ASTIGMATISM, "with.gene.info", sep="."), quote=F, sep="\t", row.names = FALSE)
astigmatism$gene_neighbourhood <- ifelse( ( astigmatism$inter_gene != ""),
astigmatism$inter_gene,
astigmatism$intra_gene )
write.table(astigmatism, file=paste(ASTIGMATISM, "with.gene.info", sep="."), quote=F, sep="\t", row.names = FALSE)
################################################################################################################################################################
################################################################################################################################################################
hyperopia$inter_gene <- ifelse( ( hyperopia$gene_upstream != "" | hyperopia$gene_downstream != "" ) ,
paste(hyperopia$gene_upstream, hyperopia$gene_downstream, sep="::"),
"")
# write.table(hyperopia, file=paste(HYPEROPIA, "with.gene.info", sep="."), quote=F, sep="\t", row.names = FALSE)
hyperopia$gene_neighbourhood <- ifelse( ( hyperopia$inter_gene != ""),
hyperopia$inter_gene,
hyperopia$intra_gene )
write.table(hyperopia, file=paste(HYPEROPIA, "with.gene.info", sep="."), quote=F, sep="\t", row.names = FALSE)
################################################################################################################################################################
################################################################################################################################################################
myopia$inter_gene <- ifelse( ( myopia$gene_upstream != "" | myopia$gene_downstream != "" ) ,
paste(myopia$gene_upstream, myopia$gene_downstream, sep="::"),
"")
# write.table(myopia, file=paste(MYOPIA, "with.gene.info", sep="."), quote=F, sep="\t", row.names = FALSE)
myopia$gene_neighbourhood <- ifelse( ( myopia$inter_gene != ""),
myopia$inter_gene,
myopia$intra_gene )
write.table(myopia, file=paste(MYOPIA, "with.gene.info", sep="."), quote=F, sep="\t", row.names = FALSE)
################################################################################################################################################################
################################################################################################################################################################
myopia.under10$inter_gene <- ifelse( ( myopia.under10$gene_upstream != "" | myopia.under10$gene_downstream != "" ) ,
paste(myopia.under10$gene_upstream, myopia.under10$gene_downstream, sep="::"),
"")
# write.table(myopia.under10, file=paste(MYOPIA_UNDER10, "with.gene.info", sep="."), quote=F, sep="\t", row.names = FALSE)
myopia.under10$gene_neighbourhood <- ifelse( ( myopia.under10$inter_gene != ""),
myopia.under10$inter_gene,
myopia.under10$intra_gene )
write.table(myopia.under10, file=paste(MYOPIA_UNDER10, "with.gene.info", sep="."), quote=F, sep="\t", row.names = FALSE)
################################################################################################################################################################
################################################################################################################################################################
################################################################################################################################################################
# astigmatism
# hyperopia
# myopia
# myopia.under10
library("VennDiagram")
library("Vennerable")
library("gplots")
################################################################### an example to compute the elements that are in the intersections :
# oneName <- function() paste(sample(LETTERS,5,replace=TRUE),collapse="")
# geneNames <- replicate(1000, oneName())
# GroupA <- sample(geneNames, 400, replace=FALSE)
# GroupB <- sample(geneNames, 750, replace=FALSE)
# GroupC <- sample(geneNames, 250, replace=FALSE)
# GroupD <- sample(geneNames, 300, replace=FALSE)
# input <-list(GroupA,GroupB,GroupC,GroupD)
# tmp <- venn(input)
# isect <- attr(tmp, "intersections")
# isect <- attr(tmp, "intersection")
# isect
################################################################################################################################################################
################################################################################################################################################################
################################################################################################################################################################
################################################################################################################################################################
################################################################################################################################################################ intersect SNP POSITION
sets <- list( sets_astigmatism = astigmatism$position,
sets_hyperopia = hyperopia$position,
# sets_myopia.under10 = myopia.under10$position,
sets_myopia = myopia$position)
sets_venn <- venn.diagram(sets, filename=NULL)
png("figure.intersecting.SNP.POSITIONS.between.astigmatism.myopia.hyperopia.png" )
grid.newpage()
grid.draw(sets_venn)
dev.off()
# In VennDiagram package, it has a function called "calculate.overlap".
sets_overlap <- calculate.overlap(sets)
################################################################################################################################################################
sets_venn_gplots <- venn(sets)
attr(sets_venn_gplots, "intersections")
png("figure.intersecting.SNP.POSITIONS.between.astigmatism.myopia.hyperopia.gplots.png" )
venn(sets)
dev.off()
################################################################################################################################################################
################################################################################################################################################################
#################### including myopia_under_10
sets_m <- list( sets_myopia.under10 = myopia.under10$position,
sets_myopia = myopia$position)
sets_m_venn <- venn.diagram(sets_m, filename=NULL)
png("figure.intersecting.SNP.POSITIONS.between.myopia.adult.children.png" )
grid.newpage()
grid.draw(sets_m_venn)
dev.off()
# In VennDiagram package, it has a function called "calculate.overlap".
sets_m_overlap <- calculate.overlap(sets_m)
################################################################################################################################################################
sets_m_venn_gplots <- venn(sets_m)
attr(sets_m_venn_gplots, "intersections")
png("figure.intersecting.SNP.POSITIONS.between.myopia.adult.children.gplots.png" )
venn(sets_m)
dev.off()
################################################################################################################################################################
################################################################################################################################################################
#################### including all 4 diagnoses
sets_all <- list( sets_astigmatism = astigmatism$position,
sets_hyperopia = hyperopia$position,
sets_myopia.under10 = myopia.under10$position,
sets_myopia = myopia$position)
sets_all_venn <- venn.diagram(sets_all, filename=NULL)
png("figure.intersecting.SNP.POSITIONS.between.astigmatism.myopia.hyperopia.and.myopia.kids.png", width = 1024, height = 1024)
grid.newpage()
grid.draw(sets_all_venn)
dev.off()
# In VennDiagram package, it has a function called "calculate.overlap".
sets_all_overlap <- calculate.overlap(sets_all)
################################################################################################################################################################
sets_all_venn_gplots <- venn(sets_all)
attr(sets_all_venn_gplots, "intersections")
png("figure.intersecting.SNP.POSITIONS.between.astigmatism.myopia.hyperopia.and.myopia.kids.gplots.png", width = 1024, height = 1024)
venn(sets_all)
dev.off()
################################################################################################################################################################
################################################################################################################################################################
################################################################################################################################################################
################################################################################################################################################################ intersect SNP ID
################################################################################################################################################################
################################################################################################################################################################
sets2 <- list( sets_astigmatism = astigmatism$assay.name,
sets_hyperopia = hyperopia$assay.name,
# sets_myopia.under10 = myopia.under10$assay.name,
sets_myopia = myopia$assay.name)
sets2_venn <- venn.diagram(sets2, filename=NULL)
png("figure.intersecting.SNP.ID.between.astigmatism.myopia.hyperopia.png" )
grid.newpage()
grid.draw(sets2_venn)
dev.off()
# In VennDiagram package, it has a function called "calculate.overlap".
sets2_overlap <- calculate.overlap(sets2)
################################################################################################################################################################
sets2_venn_gplots <- venn(sets2)
attr(sets2_venn_gplots, "intersections")
png("figure.intersecting.SNP.ID.between.astigmatism.myopia.hyperopia.gplots.png" )
venn(sets2)
dev.off()
################################################################################################################################################################
################################################################################################################################################################
#################### including myopia_under_10
sets2_m <- list( sets_myopia.under10 = myopia.under10$assay.name,
sets_myopia = myopia$assay.name)
sets2_m_venn <- venn.diagram(sets2_m, filename=NULL)
png("figure.intersecting.SNP.ID.between.myopia.adult.children.png" )
grid.newpage()
grid.draw(sets2_m_venn)
dev.off()
# In VennDiagram package, it has a function called "calculate.overlap".
sets2_m_overlap <- calculate.overlap(sets2_m)
################################################################################################################################################################
sets2_m_venn_gplots <- venn(sets2_m)
attr(sets2_m_venn_gplots, "intersections")
png("figure.intersecting.SNP.ID.between.myopia.adult.children.gplots.png" )
venn(sets2_m)
dev.off()
################################################################################################################################################################
################################################################################################################################################################
#################### including all 4 diagnoses
sets2_all <- list( sets_astigmatism = astigmatism$assay.name,
sets_hyperopia = hyperopia$assay.name,
sets_myopia.under10 = myopia.under10$assay.name,
sets_myopia = myopia$assay.name)
sets2_all_venn <- venn.diagram(sets2_all, filename=NULL)
png("figure.intersecting.SNP.ID.between.astigmatism.myopia.hyperopia.and.myopia.kids.png", width = 1024, height = 1024)
grid.newpage()
grid.draw(sets2_all_venn)
dev.off()
# In VennDiagram package, it has a function called "calculate.overlap".
sets2_all_overlap <- calculate.overlap(sets2_all)
################################################################################################################################################################
sets2_all_venn_gplots <- venn(sets2_all)
attr(sets2_all_venn_gplots, "intersections")
png("figure.intersecting.SNP.ID.between.astigmatism.myopia.hyperopia.and.myopia.kids.gplots.png", width = 1024, height = 1024)
venn(sets2_all)
dev.off()
################################################################################################################################################################
################################################################################################################################################################
################################################################################################################################################################
################################################################################################################################################################ INTERSECT GENE names
################################################################################################################################################################ gene NEIGHBOURHOODS
################################################################################################################################################################
################## in order to intersect the HITS based on GENE NEIGHBOURHOODS that were computed above ...
sets3 <- list( sets_astigmatism = astigmatism$gene_neighbourhood,
sets_hyperopia = hyperopia$gene_neighbourhood,
# sets_myopia.under10 = myopia.under10$gene_neighbourhood,
sets_myopia = myopia$gene_neighbourhood)
sets3_venn <- venn.diagram(sets3, filename=NULL)
png("figure.intersecting.GENE.NEIGHBOURHOOD.between.astigmatism.myopia.hyperopia.png" )
grid.newpage()
grid.draw(sets3_venn)
dev.off()
# In VennDiagram package, it has a function called "calculate.overlap".
sets3_overlap <- calculate.overlap(sets3)
################################################################################################################################################################
sets3_venn_gplots <- venn(sets3)
attr(sets3_venn_gplots, "intersections")
png("figure.intersecting.GENE.NEIGHBOURHOOD.between.astigmatism.myopia.hyperopia.gplots.png" )
venn(sets3)
dev.off()
################################################################################################################################################################
################################################################################################################################################################
#################### including myopia_under_10
sets3_m <- list( sets_myopia.under10 = myopia.under10$gene_neighbourhood,
sets_myopia = myopia$gene_neighbourhood)
sets3_m_venn <- venn.diagram(sets3_m, filename=NULL)
png("figure.intersecting.GENE.NEIGHBOURHOOD.between.myopia.adult.children.png" )
grid.newpage()
grid.draw(sets3_m_venn)
dev.off()
# In VennDiagram package, it has a function called "calculate.overlap".
sets3_m_overlap <- calculate.overlap(sets3_m)
################################################################################################################################################################
sets3_m_venn_gplots <- venn(sets3_m)
attr(sets3_m_venn_gplots, "intersections")
png("figure.intersecting.GENE.NEIGHBOURHOOD.between.myopia.adult.children.gplots.png" )
venn(sets3_m)
dev.off()
################################################################################################################################################################
################################################################################################################################################################
#################### including all 4 diagnoses
sets3_all <- list( sets_astigmatism = astigmatism$gene_neighbourhood,
sets_hyperopia = hyperopia$gene_neighbourhood,
sets_myopia.under10 = myopia.under10$gene_neighbourhood,
sets_myopia = myopia$gene_neighbourhood)
sets3_all_venn <- venn.diagram(sets3_all, filename=NULL)
png("figure.intersecting.GENE.NEIGHBOURHOOD.between.astigmatism.myopia.hyperopia.and.myopia.kids.png", width = 1024, height = 1024)
grid.newpage()
grid.draw(sets3_all_venn)
dev.off()
# In VennDiagram package, it has a function called "calculate.overlap".
sets3_all_overlap <- calculate.overlap(sets3_all)
################################################################################################################################################################
sets3_all_venn_gplots <- venn(sets3_all)
attr(sets3_all_venn_gplots, "intersections")
png("figure.intersecting.GENE.NEIGHBOURHOOD.between.astigmatism.myopia.hyperopia.and.myopia.kids.gplots.png", width = 1024, height = 1024)
venn(sets3_all)
dev.off()
################################################################################################################################################################
################################################################################################################################################################
################################################################################################################################################################ to print
################################################################################################################################################################ GENE NEIGHBOURHOODS
################################################################################################################################################################ in each category
# str(sets3_all)
#List of 4
# $ sets_astigmatism : chr [1:126] "PRSS56" "RBFOX1" "LAMA2" "TSPAN10" ...
# $ sets_hyperopia : chr [1:191] "LAMA2" "GOLGA8B::GJD2" "KCNQ5" "RBFOX1" ...
# $ sets_myopia.under10: chr [1:32] "LAMA2" "GOLGA8B::GJD2" "RBFOX1" "TOX::CA8" ...
# $ sets_myopia : chr [1:601] "RBFOX1" "GOLGA8B::GJD2" "KCNQ5" "LAMA2" ...
# length(sets3_all$sets_astigmatism)
#[1] 126
# length(sets3_all$sets_hyperopia)
#[1] 191
# length(sets3_all$sets_myopia.under10)
#[1] 32
# length(sets3_all$sets_myopia)
#[1] 601
# sets3_all_venn_gplots <- venn(sets3_all)
# attr(sets3_all_venn_gplots, "intersections")
# here just to print the elements that are in each category :
# $sets_myopia : chr [1:457] "PZP" "RGR::CCSER2" "METAP1D" "TFAP2B" ...
# $sets_hyperopia : chr [1:68] "CAMKMT::SIX3" "APOE" "ZKSCAN8::ZSCAN9" "ICA1" ...
# $sets_astigmatism : chr [1:51] "NEGR1::" "MEF2C" "PPM1A::C14orf39" "PER2::TRAF3IP1" ...
# $sets_myopia.under10 : chr [1:12] "::ADGRL3" "NRG3::GHITM" "PCBP3" "ARHGAP15" ...
# $sets_hyperopia:sets_myopia : chr [1:68] "GNB3" "BICC1" "RASGRF1" "SLC39A8" ...
# $sets_astigmatism:sets_myopia : chr [1:22] "TSPAN10" "::CADM2" "NT5DC1,COL10A1" "GABRA6::GABRA1" ...
# $sets_astigmatism:sets_hyperopia : chr [1:3] "TFAP2B::PKHD1" "RGR" "CD55::CR2"
# $sets_myopia.under10:sets_myopia : chr [1:2] "PRDM13::MCHR2" "AKAP6"
# $sets_hyperopia:sets_myopia.under10 : chr "NPLOC4"
# $sets_astigmatism:sets_myopia.under10 : chr [1:2] "SLC25A12" "HLA-F::HLA-G"
# $sets_astigmatism:sets_hyperopia:sets_myopia : chr [1:34] "ZIC2::PCCA" "BMP3" "SOX4::PRL" "GRM7::LMCD1" ...
# $sets_hyperopia:sets_myopia.under10:sets_myopia : chr "BMP4::CDKN3"
# $sets_astigmatism:sets_hyperopia:sets_myopia.under10 : chr "A2M::PZP"
# $sets_astigmatism:sets_hyperopia:sets_myopia.under10:sets_myopia: chr [1:13] "PRSS56" "RBFOX1" "LAMA2" "KCNQ5" .
sets3_all_venn_gplots_attr <- attr(sets3_all_venn_gplots, "intersections")
### PRINTING ALL THESE CATEGORIES :
write.table(sets3_all_venn_gplots_attr$"sets_astigmatism",
file="fig.sets3_all_venn_gplots_attr.sets_astigmatism.ONLY.txt", quote = FALSE, sep = "\t", row.names=F)
write.table(sets3_all_venn_gplots_attr$"sets_hyperopia",
file="fig.sets3_all_venn_gplots_attr.sets_hyperopia.ONLY.txt", quote = FALSE, sep = "\t", row.names=F)
write.table(sets3_all_venn_gplots_attr$"sets_myopia.under10",
file="fig.sets3_all_venn_gplots_attr.sets_myopia.under10.ONLY.txt", quote = FALSE, sep = "\t", row.names=F)
write.table(sets3_all_venn_gplots_attr$"sets_myopia",
file="fig.sets3_all_venn_gplots_attr.sets_myopia.ONLY.txt", quote = FALSE, sep = "\t", row.names=F)
###
write.table(sets3_all_venn_gplots_attr$"sets_hyperopia:sets_myopia",
file="fig.sets3_all_venn_gplots_attr.sets_hyperopia:sets_myopia.txt", quote = FALSE, sep = "\t", row.names=F)
write.table(sets3_all_venn_gplots_attr$"sets_astigmatism:sets_myopia",
file="fig.sets3_all_venn_gplots_attr.sets_astigmatism:sets_myopia.txt", quote = FALSE, sep = "\t", row.names=F)
write.table(sets3_all_venn_gplots_attr$"sets_astigmatism:sets_hyperopia",
file="fig.sets3_all_venn_gplots_attr.sets_astigmatism:sets_hyperopia.txt", quote = FALSE, sep = "\t", row.names=F)
write.table(sets3_all_venn_gplots_attr$"sets_myopia.under10:sets_myopia",
file="fig.sets3_all_venn_gplots_attr.sets_myopia.under10:sets_myopia.txt", quote = FALSE, sep = "\t", row.names=F)
write.table(sets3_all_venn_gplots_attr$"sets_hyperopia:sets_myopia.under10",
file="fig.sets3_all_venn_gplots_attr.sets_hyperopia:sets_myopia.under10.txt", quote = FALSE, sep = "\t", row.names=F)
write.table(sets3_all_venn_gplots_attr$"sets_astigmatism:sets_myopia.under10",
file="fig.sets3_all_venn_gplots_attr.sets_astigmatism:sets_myopia.under10.txt", quote = FALSE, sep = "\t", row.names=F)
###
write.table(sets3_all_venn_gplots_attr$"sets_astigmatism:sets_hyperopia:sets_myopia",
file="fig.sets3_all_venn_gplots_attr.sets_astigmatism:sets_hyperopia:sets_myopia.txt", quote = FALSE, sep = "\t", row.names=F)
write.table(sets3_all_venn_gplots_attr$"sets_hyperopia:sets_myopia.under10:sets_myopia",
file="fig.sets3_all_venn_gplots_attr.sets_hyperopia:sets_myopia.under10:sets_myopia.txt", quote = FALSE, sep = "\t", row.names=F)
write.table(sets3_all_venn_gplots_attr$"sets_astigmatism:sets_hyperopia:sets_myopia.under10",
file="fig.sets3_all_venn_gplots_attr.sets_astigmatism:sets_hyperopia:sets_myopia.under10.txt", quote = FALSE, sep = "\t", row.names=F)
###
write.table(sets3_all_venn_gplots_attr$"sets_astigmatism:sets_hyperopia:sets_myopia.under10:sets_myopia",
file="fig.sets3_all_venn_gplots_attr.sets_astigmatism:sets_hyperopia:sets_myopia.under10:sets_myopia.txt", quote = FALSE, sep = "\t", row.names=F)
################################################################################################################################################################
################################################################################################################################################################
################################################################################################################################################################ to print the SNP IDs
################################################################################################################################################################ in each category
################################################################################################################################################################
str(sets_all)
length(sets_all$sets_astigmatism)
# [1] 126
length(sets_all$sets_hyperopia)
# [1] 191
length(sets_all$sets_myopia.under10)
# [1] 32
length(sets_all$sets_myopia)
# [1] 601
sets_all_venn_gplots <- venn(sets_all)
attr(sets_all_venn_gplots, "intersections")
# here just to print the elements that are in each category :
# $sets_myopia
# $sets_hyperopia
# $sets_astigmatism
# $sets_myopia.under10
# $sets_hyperopia:sets_myopia
# $sets_astigmatism:sets_myopia
# $sets_astigmatism:sets_hyperopia
# $sets_myopia.under10:sets_myopia
# $sets_hyperopia:sets_myopia.under10
# $sets_astigmatism:sets_myopia.under10
# $sets_astigmatism:sets_hyperopia:sets_myopia
# $sets_hyperopia:sets_myopia.under10:sets_myopia
# $sets_astigmatism:sets_hyperopia:sets_myopia.under10
# $sets_astigmatism:sets_hyperopia:sets_myopia.under10:sets_myopia
sets_all_venn_gplots_attr <- attr(sets_all_venn_gplots, "intersections")
### PRINTING ALL THESE CATEGORIES :
write.table(sets_all_venn_gplots_attr$"sets_astigmatism",
file="fig.sets_all_venn_gplots_attr.sets_astigmatism.ONLY.txt", quote = FALSE, sep = "\t", row.names=F, col.names=F)
write.table(sets_all_venn_gplots_attr$"sets_hyperopia",
file="fig.sets_all_venn_gplots_attr.sets_hyperopia.ONLY.txt", quote = FALSE, sep = "\t", row.names=F, col.names=F)
write.table(sets_all_venn_gplots_attr$"sets_myopia.under10",
file="fig.sets_all_venn_gplots_attr.sets_myopia.under10.ONLY.txt", quote = FALSE, sep = "\t", row.names=F, col.names=F)
write.table(sets_all_venn_gplots_attr$"sets_myopia",
file="fig.sets_all_venn_gplots_attr.sets_myopia.ONLY.txt", quote = FALSE, sep = "\t", row.names=F, col.names=F)
###
write.table(sets_all_venn_gplots_attr$"sets_hyperopia:sets_myopia",
file="fig.sets_all_venn_gplots_attr.sets_hyperopia:sets_myopia.txt", quote = FALSE, sep = "\t", row.names=F, col.names=F)
write.table(sets_all_venn_gplots_attr$"sets_astigmatism:sets_myopia",
file="fig.sets_all_venn_gplots_attr.sets_astigmatism:sets_myopia.txt", quote = FALSE, sep = "\t", row.names=F, col.names=F)
write.table(sets_all_venn_gplots_attr$"sets_astigmatism:sets_hyperopia",
file="fig.sets_all_venn_gplots_attr.sets_astigmatism:sets_hyperopia.txt", quote = FALSE, sep = "\t", row.names=F, col.names=F)
write.table(sets_all_venn_gplots_attr$"sets_myopia.under10:sets_myopia",
file="fig.sets_all_venn_gplots_attr.sets_myopia.under10:sets_myopia.txt", quote = FALSE, sep = "\t", row.names=F, col.names=F)
write.table(sets_all_venn_gplots_attr$"sets_hyperopia:sets_myopia.under10",
file="fig.sets_all_venn_gplots_attr.sets_hyperopia:sets_myopia.under10.txt", quote = FALSE, sep = "\t", row.names=F, col.names=F)
write.table(sets_all_venn_gplots_attr$"sets_astigmatism:sets_myopia.under10",
file="fig.sets_all_venn_gplots_attr.sets_astigmatism:sets_myopia.under10.txt", quote = FALSE, sep = "\t", row.names=F, col.names=F)
###
write.table(sets_all_venn_gplots_attr$"sets_astigmatism:sets_hyperopia:sets_myopia",
file="fig.sets_all_venn_gplots_attr.sets_astigmatism:sets_hyperopia:sets_myopia.txt", quote = FALSE, sep = "\t", row.names=F, col.names=F)
write.table(sets_all_venn_gplots_attr$"sets_hyperopia:sets_myopia.under10:sets_myopia",
file="fig.sets_all_venn_gplots_attr.sets_hyperopia:sets_myopia.under10:sets_myopia.txt", quote = FALSE, sep = "\t", row.names=F, col.names=F)
write.table(sets_all_venn_gplots_attr$"sets_astigmatism:sets_hyperopia:sets_myopia.under10",
file="fig.sets_all_venn_gplots_attr.sets_astigmatism:sets_hyperopia:sets_myopia.under10.txt", quote = FALSE, sep = "\t", row.names=F, col.names=F)
###
write.table(sets_all_venn_gplots_attr$"sets_astigmatism:sets_hyperopia:sets_myopia.under10:sets_myopia",
file="fig.sets_all_venn_gplots_attr.sets_astigmatism:sets_hyperopia:sets_myopia.under10:sets_myopia.txt", quote = FALSE, sep = "\t", row.names=F, col.names=F)
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