La comparaison de séquences d’ADN est une pratique fondamentale pour de nombreuses applications de biologie et l’une des branches les plus importantes de la bio-informatique, puisque l’analyse et le traitement des données moléculaires s’effectue, " in silico ", au moyen de calculs complexes informatisés. L’application A & C est développée dans le but de comparer les séquences d’ADN en utilisant une méthode de comparaison optimisée basée sur les k-mers et les structures d’index. L’application offre également aux biologistes la possibilité d’appliquer les résultats obtenus au domaine de la phylogénie.
- Python
- Flask
- Bootstrap
- JavaScript
- HTML
- CSS
- Alignement des séquences par la méthode de Needlman Wunch
- Comparaison des séquences par des méthodes sans alignement
- Génération de l’arbre phylogénétique
- Lecture des séquences d’ADN (vérification du format et traitement des fichiers Fasta)
- Amélioration des performances par une recherche de similarité avec indexation
- Visualisation des bases nucléiques similaires
- Calcul des taux de similarités entre les paires de séquences
- Biotie
- Bokeh
- Hashlib
- Itertools
- Math
- Numpy
- Os
- Werkzeug
conda install -c anaconda biopython
conda install -c conda-forge/label/cf202003 biotite
conda install bokeh
pip install flask_table
git clone https://github.com/sirineFoudili/DNA-comparison-and-alignment-.git