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title: "Óbitos de Gestantes e Puérperas"
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# Carregando os arquivos necessários
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delim = ",", escape_double = FALSE, trim_ws = TRUE) |>
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tabela_aux_municipios <- read_delim("tabela_auxiliar_municipios.csv",
delim = ",", escape_double = FALSE, trim_ws = TRUE)
estadosChoices <- sort(unique(tabela_aux_municipios$uf))
# Definindo as configurações globais das tabelas
options(reactable.theme = reactableTheme(
borderColor = "#dfe2e5",
stripedColor = "#e5efff",
highlightColor = "#CDDEFC",
cellPadding = "8px 12px",
searchInputStyle = list(width = "100%")
))
# Obtendo o dia, mês e ano por extenso
df_meses <- data.frame(
num_mes = 1:12,
nome_mes = c("janeiro", "fevereiro", "março", "abril", "maio", "junho", "julho",
"agosto", "setembro", "outubro", "novembro", "dezembro")
)
data <- Sys.Date()
data_por_extenso <- glue(
"{substr(data, 9, 10)} de {df_meses$nome_mes[which(df_meses$num_mes == as.numeric(substr(data, start = 6, stop = 7)))]} de {substr(data, 1, 4)}"
)
```
Sobre
=============================================
<h3><span style = "font-weight: bold;">O OOBr Óbitos de Gestantes e Puérperas</span></h3>
É um painel de visualização dinâmico com análises acerca da mortalidade de gestantes e puérperas no Brasil, sob a perspectiva de algumas variáveis da base de dados do Sistema de Informações sobre Mortalidade (SIM). As informações consideradas são referentes aos registros de óbitos de mulheres gestantes ou puérperas dos anos de 1996 a 2024 **(sendo os dados de 2023 e 2024 preliminares)**.
<h3><span style = "font-weight: bold;">O Observatório Obstétrico Brasileiro (OOBr)</span></h3>
Tem como objetivo disponibilizar plataformas interativas de monitoramento e análises de dados públicos cientificamente embasadas e disseminar informações de qualidade e relevantes acerca da área da saúde materno-infantil.
Conta com **pesquisadores** da <a href = https://www.ufes.br target = _blank> Universidade Federal do Espírito Santo (UFES) </a> e da <a href = https://www5.usp.br target = _blank> Universidade de São Paulo (USP)</a>. Para maiores informações, veja o <a href = https://observatorioobstetricobr.org/ target = _blank> site do OOBr</a>.
<h3><span style = "font-weight: bold;">Os dados</span></h3>
São providos do DATASUS do Ministério da Saúde e formam um grande banco anual composto por todos os registros das declarações de óbitos (o SIM) que está disponível a partir do ano de 1996. Atualmente, os dados do SIM estão disponíveis até 2024 **(sendo estes e os de 2023 preliminares)**. Os dados deste painel são atualizados na última sexta feira de cada mês, tendo a última atualização ocorrido em `r data_por_extenso`. Os dados podem ser acessados em: Herzog, R. S.; Francisco, R. P. V.; Rodrigues, A. S. Óbitos de gestantes e puérperas [banco de dados], 2022, Observatório Obstétrico Brasileiro (OOBr). Disponível em DOI: https://doi.org/10.7303/syn42902915.
<h3><span style = "font-weight: bold;">Como citar esse painel</span></h3>
Observatório Obstétrico Brasileiro. OOBr Óbitos de Gestantes e Puérperas, 2022. Disponível em https://observatorioobstetrico.shinyapps.io/obitos-grav-puerp. DOI: https://doi.org/10.7303/syn44144271.
<h3><span style = "font-weight: bold;">Contato</span></h3>
Para comentários, sugestões e colaborações científicas, por favor, envie uma mensagem para <a href="mailto:comunicacao@observatorioobstetricobr.org"> comunicacao@observatorioobstetricobr.org</a>. E para acompanhar o trabalho do OOBr de perto, siga-o nas redes acessando os ícones do canto superior direito.
<h3><span style = "font-weight: bold;">Realização</span></h3>
<center>
```{r, out.width="10%", fig.show='hold'}
knitr::include_graphics(c(
"www/logos/realizacao/logo_oobr.png",
"www/logos/realizacao/logo_ufes.png",
"www/logos/realizacao/logo_medicina_usp.png",
"www/logos/realizacao/logo_daslab.png"
))
```
</center>
<h3><span style = "font-weight: bold;">Financiadores</span></h3>
<center>
```{r, teste, out.width="10%", fig.show='hold'}
knitr::include_graphics(c(
"www/logos/financiadores/logo_bill_melinda.png",
"www/logos/financiadores/logo_cnpq.png",
"www/logos/financiadores/logo_ms1.png",
"www/logos/financiadores/logo_ms2.png",
"www/logos/financiadores/logo_ms3.png",
"www/logos/financiadores/logo_fapes.png",
"www/logos/financiadores/logo_fapes2.png"
))
```
</center>
<h3><span style = "font-weight: bold;">Apoio</span></h3>
<center>
```{r, out.width="8%", fig.show='hold'}
knitr::include_graphics(c(
"www/logos/apoio/logo_pcdas.png",
"www/logos/apoio/logo_odd.png"
))
```
</center>
Óbitos maternos oficiais {data-navmenu="Visualizações"}
=========================================================
Inputs {.sidebar data-width=350 style="width: 350px; visibility: visible; top: 75px;"}
-------------------------------------
```{r input-obitosM}
hr();h5(span("Óbitos maternos oficiais", style = "font-weight: bold;")); hr()
p(em("Obs.: os dados de 2023 e 2024 são preliminares."))
hr()
span("Temporalidade e localidade", style = "font-weight: bold; font-size: 17px")
HTML("<span style='display: block; margin-bottom: 7px;'> </span>")
numericInput(
inputId = "selectAnoOM",
label = HTML("<span class = 'negrito'> Selecione o ano de análise: </span>"),
value = max(dados_obitos_maternos$ano),
min = min(dados_obitos_maternos$ano),
max = max(dados_obitos_maternos$ano)
)
selectInput(
inputId = "selectNivelOM",
label = HTML("<span class = 'negrito'> Selecione o nível de análise: </span>"),
choices = c("Nacional", "Estadual", "Municipal"),
selected = "Nacional"
)
conditionalPanel(
condition = "input.selectNivelOM == 'Nacional'",
checkboxGroupInput(
inputId = "selectRegiaoOM",
label = HTML("<span class = 'negrito'> Selecione as regiões de análise: </span>"),
choices = c("Norte", "Nordeste", "Centro-Oeste", "Sudeste", "Sul"),
selected = c("Norte", "Nordeste", "Centro-Oeste", "Sudeste", "Sul")
)
)
conditionalPanel(
condition = "input.selectNivelOM == 'Estadual'",
selectInput(
inputId = "selectEstadoOM",
label = HTML("<span class = 'negrito'> Selecione o estado: </span>"),
choices = estadosChoices,
multiple = FALSE
)
)
conditionalPanel(
condition = "input.selectNivelOM == 'Municipal'",
selectizeInput(
inputId = "selectEstadoMuniOM",
label = HTML("<span class = 'negrito'> Selecione o estado ao qual pertence o município: </span>"),
choices = estadosChoices,
options = list(placeholder = "Selecione um estado")
),
selectizeInput(
inputId = "selectMunicipioOM",
label = HTML("<span class = 'negrito'> Selecione o município: </span>"),
choices = NULL,
options = list(placeholder = "Selecione um município")
)
)
observeEvent(input$selectEstadoMuniOM, {
updateSelectizeInput(
inputId = "selectMunicipioOM",
choices = sort(tabela_aux_municipios |> dplyr::filter(uf == input$selectEstadoMuniOM) |> pull(municipio) |> unique())
)
})
hr()
span("Características da gestante ou puérpera", style = "font-weight: bold; font-size: 17px")
HTML("<span style='display: block; margin-bottom: 7px;'> </span>")
sliderInput(
inputId = "selectIdadeOM",
label = HTML("<span class = 'negrito'> Selecione a faixa etária a ser considerada: </span>"),
min = 0,
max = 99,
value = c(10, 49)
)
checkboxGroupInput(
inputId = "selectRacaOM",
label = HTML("<span class = 'negrito'> Selecione a raça/cor da gestante ou puérpera: </span>"),
choices = sort(unique(dados_obitos_maternos$racacor)),
selected = sort(unique(dados_obitos_maternos$racacor))
)
checkboxGroupInput(
inputId = "selectCausasOM",
label = HTML("<span class = 'negrito'> Selecione os tipos de causas obstétricas: </span>"),
choices = sort(unique(dados_obitos_maternos$tipo_de_morte_materna)),
selected = sort(unique(dados_obitos_maternos$tipo_de_morte_materna))
)
checkboxGroupInput(
inputId = "selectPeriodoOM",
label = HTML("<span class = 'negrito'> Selecione os períodos de óbito: </span>"),
choices = sort(unique(dados_obitos_maternos$periodo_do_obito)),
selected = sort(unique(dados_obitos_maternos$periodo_do_obito))
)
checkboxGroupInput(
inputId = "selectInvestigacaoOM",
label = HTML("<span class = 'negrito'> Selecione o tipo de investigação do óbito: </span>"),
choices = c("Investigado por Comitê de Morte Materna" = "Sim",
"Não investigado por Comitê de Morte Materna" = "Não",
"Sem informação"),
selected = c("Investigado por Comitê de Morte Materna" = "Sim",
"Não investigado por Comitê de Morte Materna" = "Não",
"Sem informação")
)
selectInput(
inputId = "selectDownloadOM",
label = HTML("<span class = 'negrito'> Deseja fazer o download dessa tabela? </span>"),
choices = c("Não", "Sim"),
selected = "Não"
)
conditionalPanel(
condition = "input.selectDownloadOM == 'Sim'",
selectInput(
inputId = "selectArquivoOM",
label = HTML("<span class = 'negrito'> Selecione o tipo do arquivo: </span>"),
choices = c("CSV", "XLSX"),
selected = "CSV"
),
conditionalPanel(
condition = "input.selectArquivoOM == 'CSV'",
downloadHandler(
filename = reactive({
case_when(
input$selectNivelOM == "Nacional" ~ paste0("obitos_maternos_", janitor::make_clean_names(input$selectNivelOM), input$selectAnoOM, ".csv"),
input$selectNivelOM == "Estadual" ~ paste0("obitos_maternos_", janitor::make_clean_names(input$selectEstadoOM), input$selectAnoOM, ".csv"),
input$selectNivelOM == "Municipal" ~
paste0("obitos_maternos_", janitor::make_clean_names(gsub(" ", "_", gsub(" - ", " ", input$selectMunicipioOM))), input$selectAnoOM, ".csv")
)
}),
content = function(file) {
write.table(dados_om_filtrados(), file, sep = ";", row.names = FALSE, fileEncoding = "UTF-8")
}
)
),
conditionalPanel(
condition = "input.selectArquivoOM == 'XLSX'",
downloadHandler(
filename = reactive({
case_when(
input$selectNivelOM == "Nacional" ~ paste0("obitos_maternos_", janitor::make_clean_names(input$selectNivelOM), input$selectAnoOM, ".xlsx"),
input$selectNivelOM == "Estadual" ~ paste0("obitos_maternos_", janitor::make_clean_names(input$selectEstadoOM), input$selectAnoOM, ".xlsx"),
input$selectNivelOM == "Municipal" ~
paste0("obitos_maternos_", janitor::make_clean_names(gsub(" ", "_", gsub(" - ", " ", input$selectMunicipioOM))), input$selectAnoOM, ".xlsx")
)
}),
content = function(file) {
write.xlsx(dados_om_filtrados(), file, sep = ";", row.names = FALSE, fileEncoding = "UTF-8")
}
)
)
)
dados_om_filtrados <- reactive({
if (input$selectNivelOM == "Municipal") {
req(input$selectEstadoMuniOM)
}
if (input$selectNivelOM == "Nacional") {
if (length(input$selectRegiaoOM) == 5) {
dados_obitos_maternos |>
filter(ano == input$selectAnoOM,
tipo_de_morte_materna %in% input$selectCausasOM,
periodo_do_obito %in% input$selectPeriodoOM,
investigacao_cmm %in% input$selectInvestigacaoOM,
racacor %in% input$selectRacaOM,
idade >= input$selectIdadeOM[1] & idade <= input$selectIdadeOM[2]) |>
mutate(regiao = "Todas") |>
group_by(ano, regiao, capitulo_cid10, causabas_categoria, tipo_de_morte_materna, periodo_do_obito, racacor, investigacao_cmm) |>
summarise(obitos = sum(as.numeric(obitos))) |>
ungroup()
} else {
dados_obitos_maternos |>
filter(ano == input$selectAnoOM,
regiao %in% input$selectRegiaoOM,
tipo_de_morte_materna %in% input$selectCausasOM,
periodo_do_obito %in% input$selectPeriodoOM,
investigacao_cmm %in% input$selectInvestigacaoOM,
racacor %in% input$selectRacaOM,
idade >= input$selectIdadeOM[1] & idade <= input$selectIdadeOM[2]) |>
group_by(regiao, ano, capitulo_cid10, causabas_categoria, tipo_de_morte_materna, periodo_do_obito, racacor, investigacao_cmm) |>
summarise(obitos = sum(as.numeric(obitos))) |>
ungroup()
}
} else if (input$selectNivelOM == "Estadual") {
dados_obitos_maternos |>
filter(ano == input$selectAnoOM,
uf == unique(tabela_aux_municipios$sigla_uf[which(tabela_aux_municipios$uf == input$selectEstadoOM)]),
tipo_de_morte_materna %in% input$selectCausasOM,
periodo_do_obito %in% input$selectPeriodoOM,
investigacao_cmm %in% input$selectInvestigacaoOM,
racacor %in% input$selectRacaOM,
idade >= input$selectIdadeOM[1] & idade <= input$selectIdadeOM[2]) |>
group_by(uf, regiao, ano, capitulo_cid10, causabas_categoria, tipo_de_morte_materna, periodo_do_obito, racacor, investigacao_cmm) |>
summarise(obitos = sum(as.numeric(obitos))) |>
ungroup()
} else if (input$selectNivelOM == "Municipal") {
dados_obitos_maternos |>
filter(ano == input$selectAnoOM,
municipio == input$selectMunicipioOM,
uf == unique(tabela_aux_municipios$sigla_uf[which(tabela_aux_municipios$uf == input$selectEstadoMuniOM)]),
tipo_de_morte_materna %in% input$selectCausasOM,
periodo_do_obito %in% input$selectPeriodoOM,
investigacao_cmm %in% input$selectInvestigacaoOM,
racacor %in% input$selectRacaOM,
idade >= input$selectIdadeOM[1] & idade <= input$selectIdadeOM[2]) |>
group_by(municipio, uf, regiao, ano, capitulo_cid10, causabas_categoria, tipo_de_morte_materna, periodo_do_obito, racacor, investigacao_cmm) |>
summarise(obitos = sum(as.numeric(obitos))) |>
ungroup()
}
})
```
*****
Essa tabela contém o número total de óbitos maternos contabilizados pelo Ministério da Saúde. O local de registro dos óbitos é referente ao município de residência da falecida.
*****
Um óbito de gestantes ou puérperas é considerado como um óbito materno quando a categoria da CID10 referente à causa de morte é uma das categorias que se encontram <a href = https://docs.google.com/spreadsheets/d/1zudXPWVp5Duyj9-Ls1uHE0Kmbuu1wUz8/edit?usp=sharing&ouid=110583142066553428517&rtpof=true&sd=true target = _blank> neste arquivo </a>.
É considerado que um óbito materno ocorreu durante a gravidez, parto ou aborto quando os valores das variáveis `OBITOGRAV` e `OBITOPUERP`, da base de dados do `SIM`, são, respectivamente, `1` e `3` ou `1` e `9`.
Óbitos maternos que ocorreram durante o puerpério, até 42 dias após o parto, são aqueles em que os valores das variáveis `OBITOGRAV` e `OBITOPUERP` são, respectivamente, `2` e `1` ou `9` e `1`, enquanto os óbitos que ocorreram durante o puerpério, entre 43 dias e menos de um ano após o parto, são aqueles em que os valores dessas variáveis são, respectivamente, `2` e `2` ou `9` e `2`.
Óbitos maternos que não ocorreram durante a gravidez ou puerpério são aqueles em que os valores de `OBITOGRAV` e `OBITOPUERP` são, respectivamente, `2` e `3`, `2` e `9` ou `9` e `3`.
Óbitos maternos cujo período de ocorrência é não informado ou ignorado são aqueles em que os valores de `OBITOGRAV` e `OBITOPUERP` são, respectivamente, `9` e `9`.
Por fim, óbitos maternos cujo período de ocorrência é inconsistente são aqueles em que os valores de `OBITOGRAV` e `OBITOPUERP` são, respectivamente, `1` e `1` ou `1` e `2`.
A coluna "Investigação por CMM" indica se os óbitos foram, ou não, investigados por um Comitê de Morte Materna. É considerado que um óbito foi investigado por um Comitê de Morte Materna se o valor da variável `FONTEINV`, do SIM, for `1`.
Row
-------------------------------------
### <span style = 'font-weight: 700; color: black'>Tabela de óbitos maternos oficiais</span>
```{r tabela_om}
dados_tabela_om <- reactive({
if (input$selectNivelOM == "Nacional") {
dados_om_filtrados() |>
select(!c(ano, regiao))
} else if (input$selectNivelOM == "Estadual") {
dados_om_filtrados() |>
select(!c(uf, regiao, ano))
} else if (input$selectNivelOM == "Municipal") {
dados_om_filtrados() |>
select(!c(municipio, uf, regiao, ano))
}
})
renderReactable({
validate(
need(nrow(dados_tabela_om()) != 0, message = "Não existem registros de óbitos maternos para os filtros selecionados.")
)
if (nrow(dados_tabela_om()) > 0) {
dados_tabela_om() |>
reactable(
groupBy = c("capitulo_cid10", "causabas_categoria"),
columns = list(
capitulo_cid10 = colDef(
name = "Capítulo CID10",
aggregate = "unique",
footer = "Total"
),
causabas_categoria = colDef(
name = "Categoria CID10",
aggregate = "count",
format = list(aggregated = colFormat(suffix = " ocorrência(s)"))
),
obitos = colDef(
name = "Nº de óbitos",
aggregate = "sum",
footer = JS(
"function(colInfo) {
let obitosTotais = 0
colInfo.data.forEach(function(row) {
obitosTotais += row['obitos']
})
return obitosTotais
}"
)
),
tipo_de_morte_materna = colDef(
name = "Tipo de morte materna",
aggregate = "unique",
filterMethod = JS(
"function(rows, columnId, filterValue) {
return rows.filter(function(row) {
return row.values[columnId].indexOf(filterValue) !== -1
})
}"
)
),
periodo_do_obito = colDef(
name = "Período do óbito",
aggregate = JS("function() { return ''}"),
format = list(aggregated = colFormat(prefix = "Todos"))
),
racacor = colDef(
name = "Raça/Cor",
aggregate = JS("function() { return ''}"),
format = list(aggregated = colFormat(prefix = "Todas"))
),
investigacao_cmm = colDef(
name = "Investigação por CMM",
aggregate = JS("function() { return ''}"),
format = list(aggregated = colFormat(prefix = "Todas as categorias"))
)
),
defaultSorted = c("capitulo_cid10", "causabas_categoria"),
searchable = TRUE,
sortable = TRUE,
resizable = TRUE,
filterable = TRUE,
highlight = TRUE,
striped = TRUE,
bordered = FALSE,
pagination = FALSE,
defaultColDef = colDef(footerStyle = list(fontWeight = "bold")),
rowStyle = JS(
"function(rowInfo) {
if (rowInfo.aggregated === true) {
return { fontWeight: 700 }
}
}"
)
)
}
})
```
Óbitos maternos oficiais preenchidos com garbage codes {data-navmenu="Visualizações"}
================================================================================
Inputs {.sidebar data-width=350 style="width: 350px; visibility: visible; top: 75px;"}
-------------------------------------
```{r input-obitosGC}
hr();h5(span("Óbitos maternos oficiais preenchidos com garbage codes", style = "font-weight: bold;")); hr()
p(em("Obs.: os dados de 2023 e 2024 são preliminares."))
hr()
span("Temporalidade e localidade", style = "font-weight: bold; font-size: 17px")
HTML("<span style='display: block; margin-bottom: 7px;'> </span>")
numericInput(
inputId = "selectAnoGC",
label = HTML("<span class = 'negrito'> Selecione o ano de análise: </span>"),
value = max(dados_garbage_codes$ano),
min = min(dados_garbage_codes$ano),
max = max(dados_garbage_codes$ano)
)
selectInput(
inputId = "selectNivelGC",
label = HTML("<span class = 'negrito'> Selecione o nível de análise: </span>"),
choices = c("Nacional", "Estadual", "Municipal"),
selected = "Nacional"
)
conditionalPanel(
condition = "input.selectNivelGC == 'Nacional'",
checkboxGroupInput(
inputId = "selectRegiaoGC",
label = HTML("<span class = 'negrito'> Selecione as regiões de análise: </span>"),
choices = c("Norte", "Nordeste", "Centro-Oeste", "Sudeste", "Sul"),
selected = c("Norte", "Nordeste", "Centro-Oeste", "Sudeste", "Sul")
)
)
conditionalPanel(
condition = "input.selectNivelGC == 'Estadual'",
selectInput(
inputId = "selectEstadoGC",
label = HTML("<span class = 'negrito'> Selecione o estado: </span>"),
choices = estadosChoices,
multiple = FALSE
)
)
conditionalPanel(
condition = "input.selectNivelGC == 'Municipal'",
selectizeInput(
inputId = "selectEstadoMuniGC",
label = HTML("<span class = 'negrito'> Selecione o estado ao qual pertence o município: </span>"),
choices = estadosChoices,
options = list(placeholder = "Selecione um estado")
),
selectizeInput(
inputId = "selectMunicipioGC",
label = HTML("<span class = 'negrito'> Selecione o município: </span>"),
choices = NULL,
options = list(placeholder = "Selecione um município")
)
)
observeEvent(input$selectEstadoMuniGC, {
updateSelectizeInput(
inputId = "selectMunicipioGC",
choices = sort(tabela_aux_municipios |> dplyr::filter(uf == input$selectEstadoMuniGC) |> pull(municipio) |> unique())
)
})
hr()
span("Características da gestante ou puérpera", style = "font-weight: bold; font-size: 17px")
HTML("<span style='display: block; margin-bottom: 7px;'> </span>")
sliderInput(
inputId = "selectIdadeGC",
label = HTML("<span class = 'negrito'> Selecione a faixa etária a ser considerada: </span>"),
min = 0,
max = 99,
value = c(10, 49)
)
checkboxGroupInput(
inputId = "selectRacaGC",
label = HTML("<span class = 'negrito'> Selecione a raça/cor da gestante ou puérpera: </span>"),
choices = sort(unique(dados_garbage_codes$racacor)),
selected = sort(unique(dados_garbage_codes$racacor))
)
checkboxGroupInput(
inputId = "selectCausasGC",
label = HTML("<span class = 'negrito'> Selecione os tipos de causas obstétricas: </span>"),
choices = sort(unique(dados_garbage_codes$tipo_de_morte_materna)),
selected = sort(unique(dados_garbage_codes$tipo_de_morte_materna))
)
checkboxGroupInput(
inputId = "selectPeriodoGC",
label = HTML("<span class = 'negrito'> Selecione os períodos de óbito: </span>"),
choices = sort(unique(dados_garbage_codes$periodo_do_obito)),
selected = sort(unique(dados_garbage_codes$periodo_do_obito))
)
checkboxGroupInput(
inputId = "selectInvestigacaoGC",
label = HTML("<span class = 'negrito'> Selecione o tipo de investigação do óbito: </span>"),
choices = c("Investigado por Comitê de Morte Materna" = "Sim",
"Não investigado por Comitê de Morte Materna" = "Não",
"Sem informação"),
selected = c("Investigado por Comitê de Morte Materna" = "Sim",
"Não investigado por Comitê de Morte Materna" = "Não",
"Sem informação")
)
selectInput(
inputId = "selectDownloadGC",
label = HTML("<span class = 'negrito'> Deseja fazer o download dessa tabela? </span>"),
choices = c("Não", "Sim"),
selected = "Não"
)
conditionalPanel(
condition = "input.selectDownloadGC == 'Sim'",
selectInput(
inputId = "selectArquivoGC",
label = HTML("<span class = 'negrito'> Selecione o tipo do arquivo: </span>"),
choices = c("CSV", "XLSX"),
selected = "CSV"
),
conditionalPanel(
condition = "input.selectArquivoGC == 'CSV'",
downloadHandler(
filename = reactive({
case_when(
input$selectNivelGC == "Nacional" ~ paste0("obitos_maternos_", janitor::make_clean_names(input$selectNivelGC), input$selectAnoGC, ".csv"),
input$selectNivelGC == "Estadual" ~ paste0("obitos_maternos_", janitor::make_clean_names(input$selectEstadoGC), input$selectAnoGC, ".csv"),
input$selectNivelGC == "Municipal" ~
paste0("obitos_maternos_", janitor::make_clean_names(gsub(" ", "_", gsub(" - ", " ", input$selectMunicipioGC))), input$selectAnoGC, ".csv")
)
}),
content = function(file) {
write.table(dados_gc_filtrados(), file, sep = ";", row.names = FALSE, fileEncoding = "UTF-8")
}
)
),
conditionalPanel(
condition = "input.selectArquivoGC == 'XLSX'",
downloadHandler(
filename = reactive({
case_when(
input$selectNivelGC == "Nacional" ~ paste0("obitos_maternos_", janitor::make_clean_names(input$selectNivelGC), input$selectAnoGC, ".xlsx"),
input$selectNivelGC == "Estadual" ~ paste0("obitos_maternos_", janitor::make_clean_names(input$selectEstadoGC), input$selectAnoGC, ".xlsx"),
input$selectNivelGC == "Municipal" ~
paste0("obitos_maternos_", janitor::make_clean_names(gsub(" ", "_", gsub(" - ", " ", input$selectMunicipioGC))), input$selectAnoGC, ".xlsx")
)
}),
content = function(file) {
write.xlsx(dados_gc_filtrados(), file, sep = ";", row.names = FALSE, fileEncoding = "UTF-8")
}
)
)
)
dados_gc_filtrados <- reactive({
if (input$selectNivelGC == "Municipal") {
req(input$selectEstadoMuniGC)
}
if (input$selectNivelGC == "Nacional") {
if (length(input$selectRegiaoGC) == 5) {
dados_garbage_codes |>
filter(ano == input$selectAnoGC,
tipo_de_morte_materna %in% input$selectCausasGC,
periodo_do_obito %in% input$selectPeriodoGC,
investigacao_cmm %in% input$selectInvestigacaoGC,
racacor %in% input$selectRacaGC,
idade >= input$selectIdadeGC[1] & idade <= input$selectIdadeGC[2]) |>
mutate(regiao = "Todas") |>
group_by(ano, regiao, capitulo_cid10, causabas_categoria, tipo_de_morte_materna, periodo_do_obito, racacor, investigacao_cmm) |>
summarise(obitos = sum(as.numeric(obitos))) |>
ungroup()
} else {
dados_garbage_codes |>
filter(ano == input$selectAnoGC,
regiao %in% input$selectRegiaoGC,
tipo_de_morte_materna %in% input$selectCausasGC,
periodo_do_obito %in% input$selectPeriodoGC,
investigacao_cmm %in% input$selectInvestigacaoGC,
racacor %in% input$selectRacaGC,
idade >= input$selectIdadeGC[1] & idade <= input$selectIdadeGC[2]) |>
group_by(regiao, ano, capitulo_cid10, causabas_categoria, tipo_de_morte_materna, periodo_do_obito, racacor, investigacao_cmm) |>
summarise(obitos = sum(as.numeric(obitos))) |>
ungroup()
}
} else if (input$selectNivelGC == "Estadual") {
dados_garbage_codes |>
filter(ano == input$selectAnoGC,
uf == unique(tabela_aux_municipios$sigla_uf[which(tabela_aux_municipios$uf == input$selectEstadoGC)]),
tipo_de_morte_materna %in% input$selectCausasGC,
periodo_do_obito %in% input$selectPeriodoGC,
investigacao_cmm %in% input$selectInvestigacaoGC,
racacor %in% input$selectRacaGC,
idade >= input$selectIdadeGC[1] & idade <= input$selectIdadeGC[2]) |>
group_by(uf, regiao, ano, capitulo_cid10, causabas_categoria, tipo_de_morte_materna, periodo_do_obito, racacor, investigacao_cmm) |>
summarise(obitos = sum(as.numeric(obitos))) |>
ungroup()
} else if (input$selectNivelGC == "Municipal") {
dados_garbage_codes |>
filter(ano == input$selectAnoGC,
municipio == input$selectMunicipioGC,
uf == unique(tabela_aux_municipios$sigla_uf[which(tabela_aux_municipios$uf == input$selectEstadoMuniGC)]),
tipo_de_morte_materna %in% input$selectCausasGC,
periodo_do_obito %in% input$selectPeriodoGC,
investigacao_cmm %in% input$selectInvestigacaoGC,
racacor %in% input$selectRacaGC,
idade >= input$selectIdadeGC[1] & idade <= input$selectIdadeGC[2]) |>
group_by(municipio, uf, regiao, ano, capitulo_cid10, causabas_categoria, tipo_de_morte_materna, periodo_do_obito, racacor, investigacao_cmm) |>
summarise(obitos = sum(as.numeric(obitos))) |>
ungroup()
}
})
```
Row
-------------------------------------
### <span style = 'font-weight: 700; color: black'>Tabela de óbitos maternos oficiais preenchidos com garbage codes</span>
```{r tabela_gc}
dados_tabela_gc <- reactive({
if (input$selectNivelGC == "Nacional") {
dados_gc_filtrados() |>
select(!c(ano, regiao))
} else if (input$selectNivelGC == "Estadual") {
dados_gc_filtrados() |>
select(!c(uf, regiao, ano))
} else if (input$selectNivelGC == "Municipal") {
dados_gc_filtrados() |>
select(!c(municipio, uf, regiao, ano))
}
})
renderReactable({
validate(
need(nrow(dados_tabela_gc()) != 0, message = "Não existem registros de óbitos maternos preenchidos com garbage codes para os filtros selecionados.")
)
if (nrow(dados_tabela_gc()) > 0) {
dados_tabela_gc() |>
reactable(
groupBy = c("capitulo_cid10", "causabas_categoria"),
columns = list(
capitulo_cid10 = colDef(
name = "Capítulo CID10",
aggregate = "unique",
footer = "Total"
),
causabas_categoria = colDef(
name = "Categoria CID10",
aggregate = "count",
format = list(aggregated = colFormat(suffix = " ocorrência(s)"))
),
obitos = colDef(
name = "Nº de óbitos",
aggregate = "sum",
footer = JS(
"function(colInfo) {
let obitosTotais = 0
colInfo.data.forEach(function(row) {
obitosTotais += row['obitos']
})
return obitosTotais
}"
)
),
tipo_de_morte_materna = colDef(
name = "Tipo de morte materna",
aggregate = "unique",
filterMethod = JS(
"function(rows, columnId, filterValue) {
return rows.filter(function(row) {
return row.values[columnId].indexOf(filterValue) !== -1
})
}"
)
),
periodo_do_obito = colDef(
name = "Período do óbito",
aggregate = JS("function() { return ''}"),
format = list(aggregated = colFormat(prefix = "Todos"))
),
racacor = colDef(
name = "Raça/Cor",
aggregate = JS("function() { return ''}"),
format = list(aggregated = colFormat(prefix = "Todas"))
),
investigacao_cmm = colDef(
name = "Investigação por CMM",
aggregate = JS("function() { return ''}"),
format = list(aggregated = colFormat(prefix = "Todas as categorias"))
)
),
defaultSorted = c("capitulo_cid10", "causabas_categoria"),
searchable = TRUE,
sortable = TRUE,
resizable = TRUE,
filterable = TRUE,
highlight = TRUE,
striped = TRUE,
bordered = FALSE,
pagination = FALSE,
defaultColDef = colDef(footerStyle = list(fontWeight = "bold")),
rowStyle = JS(
"function(rowInfo) {
if (rowInfo.aggregated === true) {
return { fontWeight: 700 }
}
}"
)
)
}
})
```
Óbitos de gestantes e puérperas não considerados {data-navmenu="Visualizações"}
================================================================================
Inputs {.sidebar data-width=350 style="width: 350px; visibility: visible; top: 75px;"}
-------------------------------------
```{r input-obitosNM}
hr(); h5(span("Óbitos de gestantes e puérperas não considerados", style = "font-weight: bold;")); hr()
p(em("Obs.: os dados de 2023 e 2024 são preliminares."))
hr()
span("Temporalidade e localidade", style = "font-weight: bold; font-size: 17px")
HTML("<span style='display: block; margin-bottom: 7px;'> </span>")
numericInput(
inputId = "selectAnoONM",
label = HTML("<span class = 'negrito'> Selecione o ano de análise: </span>"),
value = max(dados_obitos_desconsiderados$ano),
min = min(dados_obitos_desconsiderados$ano),
max = max(dados_obitos_desconsiderados$ano)
)
selectInput(
inputId = "selectNivelONM",
label = HTML("<span class = 'negrito'> Selecione o nível de análise: </span>"),
choices = c("Nacional", "Estadual", "Municipal"),
selected = "Nacional"
)
conditionalPanel(
condition = "input.selectNivelONM == 'Nacional'",
checkboxGroupInput(
inputId = "selectRegiaoONM",
label = HTML("<span class = 'negrito'> Selecione as regiões de análise: </span>"),
choices = c("Norte", "Nordeste", "Centro-Oeste", "Sudeste", "Sul"),
selected = c("Norte", "Nordeste", "Centro-Oeste", "Sudeste", "Sul")
)
)
conditionalPanel(
condition = "input.selectNivelONM == 'Estadual'",
selectInput(
inputId = "selectEstadoONM",
label = HTML("<span class = 'negrito'> Selecione o estado: </span>"),
choices = estadosChoices,
multiple = FALSE
)
)
conditionalPanel(
condition = "input.selectNivelONM == 'Municipal'",
selectizeInput(
inputId = "selectEstadoMuniONM",
label = HTML("<span class = 'negrito'> Selecione o estado ao qual pertence o município: </span>"),
choices = estadosChoices,
options = list(placeholder = "Selecione um estado")
),
selectizeInput(
inputId = "selectMunicipioONM",
label = HTML("<span class = 'negrito'> Selecione o município: </span>"),
choices = NULL,
options = list(placeholder = "Selecione um município")
)
)
observeEvent(input$selectEstadoMuniONM, {
updateSelectizeInput(
inputId = "selectMunicipioONM",
choices = sort(tabela_aux_municipios |> dplyr::filter(uf == input$selectEstadoMuniONM) |> pull(municipio) |> unique())
)
})
hr()
span("Características da gestante ou puérpera", style = "font-weight: bold; font-size: 17px")
HTML("<span style='display: block; margin-bottom: 7px;'> </span>")
sliderInput(
inputId = "selectIdadeONM",
label = HTML("<span class = 'negrito'> Selecione a faixa etária a ser considerada: </span>"),
min = 0,
max = 99,
value = c(10, 49)
)
checkboxGroupInput(
inputId = "selectRacaONM",
label = HTML("<span class = 'negrito'> Selecione a raça/cor da gestante ou puérpera: </span>"),
choices = sort(unique(dados_obitos_desconsiderados$racacor)),
selected = sort(unique(dados_obitos_desconsiderados$racacor))
)
checkboxGroupInput(
inputId = "selectPeriodoONM",
label = HTML("<span class = 'negrito'> Selecione os períodos de óbito: </span>"),
choices = sort(unique(dados_obitos_desconsiderados$periodo_do_obito)),
selected = sort(unique(dados_obitos_desconsiderados$periodo_do_obito))
)
checkboxGroupInput(
inputId = "selectInvestigacaoONM",
label = HTML("<span class = 'negrito'> Selecione o tipo de investigação do óbito: </span>"),
choices = c("Investigado por Comitê de Morte Materna" = "Sim",
"Não investigado por Comitê de Morte Materna" = "Não",
"Sem informação"),
selected = c("Investigado por Comitê de Morte Materna" = "Sim",
"Não investigado por Comitê de Morte Materna" = "Não",
"Sem informação")
)
checkboxGroupInput(
inputId = "selectExternosONM",
label = HTML("<span class = 'negrito'> Considerar óbitos por causas externas? </span>"),
choices = "Excluir óbitos por causas externas",
selected = NULL
)
dados_obitos_desconsiderados_ext <- reactive({
if (!is.null(input$selectExternosONM)) {
dados_obitos_desconsiderados |>
filter(capitulo_cid10 != "XX - Causas externas de morbidade e de mortalidade")
} else
dados_obitos_desconsiderados_ext <- dados_obitos_desconsiderados
})
dados_onm_filtrados <- reactive({
if (input$selectNivelONM == "Municipal") {
req(input$selectEstadoMuniONM)
}
if (input$selectNivelONM == "Nacional") {
if (length(input$selectRegiaoONM) == 5) {
dados_obitos_desconsiderados_ext() |>
filter(ano == input$selectAnoONM,
periodo_do_obito %in% input$selectPeriodoONM,