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\documentclass{article}
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\renewcommand{\thetable}{S\arabic{table}}%

\begin{document}

\begin{longtabu}{lXRR}
\caption{Comparison of the number of genera per order for all orders.}\\
\toprule
Order & TaxID & Genera old & Genera new \\
\midrule
\endhead
Acorales & 91812 & 1 & 1\\
Acrosiphoniales & 66259 & 0 & 3\\
Alismatales & 16360 & 24 & 69\\
Andreaeales & 13794 & 0 & 1\\
Anthocerotales & 13810 & 0 & 1\\
Apiales & 4036 & 319 & 406\\
Aquifoliales & 91883 & 3 & 4\\
Araucariales & 1446378 & 10 & 22\\
Arecales & 40551 & 44 & 70\\
Asparagales & 73496 & 628 & 837\\
Asterales & 4209 & 887 & 1211\\
Austrobaileyales & 82956 & 3 & 3\\
Bartramiales & 1034061 & 0 & 8\\
Boraginales & 1538097 & 69 & 107\\
Brassicales & 3699 & 148 & 360\\
Bruniales & 703243 & 1 & 12\\
Bryales & 3226 & 14 & 17\\
Bryopsidales & 33104 & 2 & 10\\
Bryoxiphiales & 404270 & 0 & 1\\
Buxales & 280577 & 3 & 6\\
Buxbaumiales & 404267 & 0 & 1\\
Canellales & 71187 & 13 & 13\\
Caryophyllales & 3524 & 216 & 422\\
Celastrales & 233875 & 47 & 78\\
Ceratophyllales & 91811 & 1 & 1\\
Chaetophorales & 31299 & 1 & 10\\
Charales & 204509 & 1 & 2\\
Chlamydomonadales & 3042 & 23 & 34\\
Chloranthales & 261008 & 2 & 3\\
Chlorellales & 35460 & 11 & 28\\
Chlorocystidales & 578868 & 1 & 1\\
Chlorodendrales & 35426 & 1 & 2\\
Chlorosarcinales & 138177 & 0 & 1\\
Cladophorales & 3183 & 1 & 18\\
Commelinales & 4739 & 0 & 1\\
Cornales & 41934 & 6 & 14\\
Crossosomatales & 232392 & 4 & 5\\
Cucurbitales & 71239 & 68 & 85\\
Cupressales & 1446379 & 26 & 31\\
Cyatheales & 693763 & 0 & 4\\
Cycadales & 3297 & 10 & 10\\
Dasycladales & 3134 & 0 & 1\\
Dendrocerotales & 400689 & 0 & 4\\
Desmidiales & 131210 & 2 & 8\\
Dicranales & 3219 & 11 & 35\\
Dilleniales & 403665 & 0 & 2\\
Dioscoreales & 40548 & 4 & 12\\
Dipsacales & 4199 & 26 & 41\\
Dolichomastigales & 1525213 & 1 & 2\\
Ephedrales & 3385 & 0 & 1\\
Equisetales & 3255 & 0 & 1\\
Ericales & 41945 & 173 & 285\\
Fabales & 72025 & 413 & 524\\
Fagales & 3502 & 37 & 38\\
Fossombroniales & 186784 & 3 & 1\\
Funariales & 3215 & 1 & 7\\
Garryales & 91889 & 2 & 3\\
Gentianales & 4055 & 401 & 624\\
Geraniales & 41943 & 3 & 15\\
Gigaspermales & 1031676 & 0 & 3\\
Ginkgoales & 3308 & 0 & 1\\
Gnetales & 3378 & 1 & 1\\
Grimmiales & 64936 & 5 & 8\\
Gunnerales & 232382 & 1 & 1\\
Hedwigiales & 114664 & 0 & 2\\
Hookeriales & 65545 & 13 & 38\\
Hypnales & 13798 & 198 & 261\\
Hypnodendrales & 480566 & 0 & 3\\
Ignatiales & 231076 & 0 & 1\\
Isoetales & 13836 & 1 & 1\\
Jungermanniales & 3199 & 26 & 69\\
Klebsormidiales & 3172 & 4 & 5\\
Lamiales & 4143 & 457 & 702\\
Laurales & 3432 & 47 & 65\\
Liliales & 4667 & 18 & 43\\
Lycopodiales & 3249 & 0 & 4\\
Magnoliales & 3400 & 4 & 14\\
Malpighiales & 3646 & 161 & 257\\
Malvales & 41938 & 145 & 180\\
Mamiellales & 13792 & 3 & 5\\
Marchantiales & 28908 & 2 & 8\\
Metzgeriales & 34158 & 3 & 3\\
Microthamniales & 42111 & 4 & 6\\
Monomastigales & 1525214 & 1 & 1\\
Myrtales & 41944 & 152 & 252\\
Notothyladales & 400691 & 0 & 2\\
Nymphaeales & 261007 & 3 & 8\\
Oedogoniales & 35490 & 3 & 3\\
Orthotrichales & 64937 & 0 & 4\\
Oxalidales & 71243 & 6 & 18\\
Pallaviciniales & 402723 & 5 & 6\\
Pandanales & 40550 & 1 & 9\\
Pedinomonadales & 35423 & 0 & 1\\
Pelliales & 400718 & 1 & 1\\
Pinales & 1446380 & 10 & 11\\
Piperales & 16736 & 7 & 12\\
Poales & 38820 & 366 & 570\\
Polypodiales & 3268 & 4 & 10\\
Polytrichales & 3210 & 9 & 10\\
Porellales & 186798 & 45 & 68\\
Pottiales & 38585 & 24 & 46\\
Prasinococcales & 485343 & 0 & 1\\
Prasiolales & 135250 & 0 & 1\\
Proteales & 232378 & 70 & 70\\
Psilotales & 3237 & 1 & 1\\
Ptilidiales & 984499 & 1 & 1\\
Ptychomniales & 404314 & 1 & 4\\
Pyramimonadales & 38834 & 0 & 2\\
Ranunculales & 41768 & 78 & 137\\
Rhizogoniales & 114662 & 1 & 2\\
Rosales & 3744 & 110 & 219\\
Salviniales & 74353 & 0 & 3\\
Santalales & 41947 & 13 & 62\\
Sapindales & 41937 & 171 & 240\\
Saxifragales & 41946 & 71 & 105\\
Schizaeales & 693762 & 0 & 1\\
Scouleriales & 404269 & 0 & 2\\
Selaginellales & 3244 & 1 & 1\\
Solanales & 4069 & 67 & 84\\
Sphaerocarpales & 37407 & 0 & 2\\
Sphaeropleales & 35491 & 18 & 43\\
Sphagnales & 13802 & 0 & 2\\
Splachnales & 64938 & 0 & 4\\
Takakiales & 70832 & 0 & 1\\
Tetraphidales & 37417 & 1 & 1\\
Tetrasporales & 31305 & 2 & 6\\
Timmiales & 114659 & 0 & 1\\
Trentepohliales & 35443 & 0 & 2\\
Trochodendrales & 400839 & 1 & 2\\
Ulotrichales & 31306 & 0 & 11\\
Ulvales & 3113 & 8 & 14\\
Vitales & 403667 & 1 & 7\\
Welwitschiales & 3374 & 0 & 1\\
Zingiberales & 4618 & 78 & 87\\
Zygnematales & 3176 & 0 & 2\\
Zygophyllales & 403666 & 8 & 11\\
Coleochaetales & 204510 & 1 & 0\\
\bottomrule
\end{longtabu}
\end{document}