Skip to content
New issue

Have a question about this project? Sign up for a free GitHub account to open an issue and contact its maintainers and the community.

By clicking “Sign up for GitHub”, you agree to our terms of service and privacy statement. We’ll occasionally send you account related emails.

Already on GitHub? Sign in to your account

Umet si poradit i se spesl formatem hla type pri pocitani crossmatche #1139

Closed
kubantjan opened this issue Jan 25, 2023 · 6 comments · Fixed by #1188
Closed

Umet si poradit i se spesl formatem hla type pri pocitani crossmatche #1139

kubantjan opened this issue Jan 25, 2023 · 6 comments · Fixed by #1188
Assignees
Labels
backend Backend related task/PR

Comments

@kubantjan
Copy link
Member

kubantjan commented Jan 25, 2023

Nove se v typizaci nebude posilat list typizaci ale list listu. Kazdy ten list je pak seznam high res kodu co potencialne ten dany pacient ma.

Tzn neco jako:
[
[A01:02,A01:03 .. ],
[A02:02,A02:03 .. ]
[B02:03,A02:04 .. ]
...
]

jak k tomu pristoupit:

  • proste pri crossmatchi budeme resit jestli najdu nejakou vec v luminexu (mezi protilátkama na který byl pacient testovaný) pokud jo, beru to tak ze to je ten antigen co ten donor realne ma
  • pokud nenajdu, prejdu do low res (vsechny ty v jednom listu by mely by stejny split rozliseni) a vezmu ze ten pacient ma typizaci split proste

pri vraceni pak vracet tu zjistenou typizaci, k ni ty protilatky, tak jak vlasnte ted.

  • jeste nove vracet summary kde bude jen pro kazdy hla typ prave 1. antibody (v pripade ze se tech protilatek najde vicero pro 1 antigen (kdyz budu mit ten antigen ve splitu) tak pak vracet jen tu protilatku ve splitu v tom summary s max mfi z tech protilatek co tam byly.

Jako prvni pripravit swagger pro tento pripad a ten si nechat schvalit mnou

edge casy:

  1. najdu v luminexu vic matchu: Budeme potrebovat vracet zjistenou typizaci jako list. Typicky tam bude jedna ale nekdy vicero..
  2. ke kazdymu hla typu vracet i display code (jako posilame na FE) aby vedeli do ukazovat

poznamka jeste:

v tech moznych typizacich budou i ultra high res kody (A01:01:01:01 nebo A01:01:01:01N tak s tim jen pocitat

@kubantjan kubantjan added the backend Backend related task/PR label Jan 25, 2023
@kubantjan kubantjan added the blocked Blocked by another PR label Mar 1, 2023
@kubantjan
Copy link
Member Author

cekame na zpravu z ikemu

@kubantjan kubantjan removed the blocked Blocked by another PR label Apr 6, 2023
@kubantjan
Copy link
Member Author

@abragtim updatnul jsem zadani

@abragtim
Copy link
Collaborator

abragtim commented Apr 8, 2023

@kubantjan. Zatím mám jednu otázku. Co je to luminex?

@kubantjan
Copy link
Member Author

@kubantjan. Zatím mám jednu otázku. Co je to luminex?

Vysvětlení v textu jsem přidal @abragtim

@abragtim
Copy link
Collaborator

@kubantjan

ke kazdymu hla typu vracet i display code (jako posilame na FE) aby vedeli do ukazovat

A jaký code se jedná? Ten kód podle kterého máme crossmatch myslíš?

Kazdy ten list je pak seznam high res kodu co potencialne ten dany pacient ma.

Správně chápu, že každý ten list je potenciálně jeden kód (ale občas i víc, ale typicky musíme vyhodnotit který z těch kódu je ten pravdivý)?

@kubantjan
Copy link
Member Author

kubantjan commented Apr 12, 2023

@kubantjan

ke kazdymu hla typu vracet i display code (jako posilame na FE) aby vedeli do ukazovat

A jaký code se jedná? Ten kód podle kterého máme crossmatch myslíš?

Ne to je jako ten z trojice high res split broad ktery je pritomen. Viz display_code v kodu jinde chceme to samy proste

Kazdy ten list je pak seznam high res kodu co potencialne ten dany pacient ma.

Správně chápu, že každý ten list je potenciálně jeden kód (ale občas i víc, ale typicky musíme vyhodnotit který z těch kódu je ten pravdivý)?

ano

Sign up for free to join this conversation on GitHub. Already have an account? Sign in to comment
Labels
backend Backend related task/PR
Projects
None yet
Development

Successfully merging a pull request may close this issue.

2 participants