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-11747,6 +11771,12 @@ + + + 182 + + + @@ -12089,12 +12119,6 @@ - - - 7 - - - @@ -12113,12 +12137,6 @@ - - - 16 - - - @@ -12179,12 +12197,6 @@ - - - 46 - - - @@ -12261,12 +12273,6 @@ - - - 84 - - - @@ -12509,11 +12515,7 @@ - - - 205 - - + @@ -12539,6 +12541,12 @@ + + + 218 + + + @@ -12603,6 +12611,12 @@ + + + 250 + + + @@ -12625,6 +12639,12 @@ + + + 261 + + + @@ -12680,11 +12700,23 @@ + + + + 289 + + + + + 291 + + + @@ -12809,12 +12841,6 @@ - - - 7 - - - @@ -12823,7 +12849,11 @@ - + + + 11 + + @@ -12955,13 +12985,21 @@ - + + + 76 + + - + + + 78 + + @@ -12999,6 +13037,12 @@ + + + 96 + + + @@ -13062,8 +13106,8 @@ - - 130 + + 127 @@ -13094,12 +13138,6 @@ - - - - 144 - - @@ -13113,12 +13151,6 @@ - - - 150 - - - @@ -13130,8 +13162,8 @@ - - 155 + + 152 @@ -13169,12 +13201,6 @@ - - - 172 - - - @@ -13215,6 +13241,12 @@ + + + 189 + + + @@ -13283,11 +13315,7 @@ - - - 226 - - + @@ -13309,11 +13337,7 @@ - - - 236 - - + @@ -13325,6 +13349,12 @@ + + + 240 + + + @@ -13339,11 +13369,7 @@ - - - 248 - - + @@ -13403,11 +13429,7 @@ - - - 277 - - + @@ -13472,11 +13494,23 @@ + + + + 310 + + + + + 312 + + + @@ -13665,7 +13699,11 @@ - + + + 60 + + @@ -13885,12 +13923,6 @@ - - - 170 - - - @@ -13997,11 +14029,7 @@ - - - 223 - - + @@ -14061,6 +14089,12 @@ + + + 252 + + + @@ -14187,6 +14221,12 @@ + + + 315 + + + @@ -14215,11 +14255,7 @@ - - - 329 - - + @@ -14255,12 +14291,6 @@ - - - 1 - - - @@ -14295,7 +14325,11 @@ - + + + 18 + + @@ -14363,12 +14397,6 @@ - - - 52 - - - @@ -14406,8 +14434,8 @@ - - 70 + + 69 @@ -14431,12 +14459,6 @@ - - - 80 - - - @@ -14527,6 +14549,12 @@ + + + 124 + + + @@ -14551,11 +14579,7 @@ - - - 137 - - + @@ -14585,11 +14609,9 @@ - - - 151 - - + + + @@ -14655,6 +14677,12 @@ + + + 185 + + + @@ -14669,11 +14697,7 @@ - - - 190 - - + @@ -14692,8 +14716,8 @@ - - 198 + + 201 @@ -14705,7 +14729,11 @@ - + + + 205 + + @@ -14767,7 +14795,11 @@ - + + + 235 + + @@ -14813,12 +14845,6 @@ - - - 256 - - - @@ -14831,6 +14857,12 @@ + + + 263 + + + @@ -14905,6 +14937,12 @@ + + + 300 + + + @@ -15013,13 +15051,11 @@ - - - - - - - + + + 8 + + @@ -15028,8 +15064,8 @@ - - 15 + + 11 @@ -15058,18 +15094,14 @@ - - - - - - 32 + + 26 @@ -15089,11 +15121,9 @@ - - - 40 - - + + + @@ -15103,7 +15133,7 @@ - 43 + 39 @@ -15127,12 +15157,6 @@ - - - 53 - - - @@ -15177,7 +15201,11 @@ - + + + 71 + + @@ -15199,7 +15227,11 @@ - + + + 81 + + @@ -15211,11 +15243,7 @@ - - - 92 - - + @@ -15224,6 +15252,12 @@ + + + + 91 + + @@ -15235,12 +15269,24 @@ + + + 96 + + + + + + 99 + + + @@ -15302,8 +15348,8 @@ - - 134 + + 129 @@ -15323,6 +15369,12 @@ + + + 137 + + + @@ -15351,17 +15403,19 @@ + + + 151 + + + - - - 159 - - + @@ -15375,11 +15429,7 @@ - - - 165 - - + @@ -15405,11 +15455,7 @@ - - - 177 - - + @@ -15433,11 +15479,7 @@ - - - 188 - - + @@ -15449,11 +15491,9 @@ - - - 193 - - + + + @@ -15487,7 +15527,7 @@ - 208 + 209 @@ -15508,8 +15548,8 @@ - - 216 + + 217 @@ -15561,12 +15601,6 @@ - - - 240 - - - @@ -15681,7 +15715,11 @@ - + + + 298 + + @@ -15701,6 +15739,12 @@ + + + 307 + + + @@ -15729,11 +15773,7 @@ - - - 321 - - + @@ -16081,6 +16121,12 @@ + + + 149 + + + @@ -16187,11 +16233,7 @@ - - - 202 - - + @@ -16483,19 +16525,11 @@ - - - 2 - - + - - - 3 - - + @@ -16557,6 +16591,12 @@ + + + 35 + + + @@ -16659,11 +16699,11 @@ - - - 84 - - + + + + + @@ -16709,6 +16749,16 @@ + + + 111 + + + + + + + @@ -16813,6 +16863,12 @@ + + + 165 + + + @@ -16911,6 +16967,12 @@ + + + 214 + + + @@ -16929,11 +16991,23 @@ - - - 216 - - + + + + + + + + + + + + + + + + + @@ -16955,7 +17029,7 @@ - 225 + 241 @@ -16989,12 +17063,6 @@ - - - 240 - - - @@ -17063,12 +17131,6 @@ - - - 274 - - - @@ -17106,6 +17168,12 @@ + + + + 309 + + @@ -17121,6 +17189,12 @@ + + + 316 + + + @@ -17163,7 +17237,11 @@ - + + + 337 + + @@ -17178,11 +17256,11 @@ - + + + - - -

Publications

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Publications & Preprints

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5. Deraje, P., Kitchens, J., Coop, G., & Osmond, M. M. (2024) Inferring the geographic history of recombinant lineages using the full ancestral recombination graph". bioRxiv

+ +

4. Kitchens, J., & Coop, G. (2023) Visualizing the shared nature of human genetic variation. Zenodo

3. Whipple, A.L., C. Ray, et al. (2021) Temporal vs. spatial variation in stress-associated metabolites within a population of climate-sensitive small mammals. Conservation Physiology, Volume 9, Issue 1

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Publications

Projects

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tskit_arg_visualizer

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Creating a package to interactively visualize ancestral recombination graphs using Python and D3.js.

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Lichen - Bipolar Da

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Creating a lichen-inspired visualization of personal data related to mental health tracking.

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Prototyped a lichen-inspired visualization of personal data related to mental health tracking.

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Marine Tardigrades -

Application to aggregate and display the historic marine tardigrade findings around the world.

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Built an application to aggregate and display the historic marine tardigrade findings around the world.

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Pika Genetic Sexing

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Performing genetic sexing on tissue and fecal samples from the American pika (Ochotona princeps).

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Spit for Science

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Developed command line tools to filter, query, and calculate polygenic risk scores of S4S participants.

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Performed genetic sexing on tissue and fecal samples from the American pika (Ochotona princeps).

diff --git a/_site/projects/2015/08/03/spit-for-science.html b/_site/projects/2023/11/03/tskit-arg-visualizer.html similarity index 100% rename from _site/projects/2015/08/03/spit-for-science.html rename to _site/projects/2023/11/03/tskit-arg-visualizer.html diff --git a/_site/projects/old/2016-02-01-spit-for-science.html b/_site/projects/old/2016-02-01-spit-for-science.html new file mode 100644 index 00000000..8b137891 --- /dev/null +++ b/_site/projects/old/2016-02-01-spit-for-science.html @@ -0,0 +1 @@ + diff --git a/projects/_posts/2023-11-03-tskit-arg-visualizer.md b/projects/_posts/2023-11-03-tskit-arg-visualizer.md index 513e948e..e3d8457b 100644 --- a/projects/_posts/2023-11-03-tskit-arg-visualizer.md +++ b/projects/_posts/2023-11-03-tskit-arg-visualizer.md @@ -1,7 +1,7 @@ --- title: "tskit_arg_visualizer" date: "November 3, 2023" -thumbnail: "/assets/projects/tskit_arg_visualizer/thumbnail.jpg" +thumbnail: "/assets/projects/tskit_arg_visualizer/thumbnail.png" links: - {name: "Github", icon: "fab fa-github", link: "https://github.com/kitchensjn/tskit_arg_visualizer"} - {name: "Website", icon: "fas fa-newspaper", link: "https://tskit.dev/news/20231103-tskit_arg_visualizer-0.0.1.html"}