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output: github_document
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# COVID 19 en Chile 
Ejemplo de uso de total_casos de COVID recopilados por el Ministerio de Ciencia de Chile https://www.minciencia.gob.cl/covid19. Última actualización: `r Sys.Date()`
```{r setup, include=FALSE, message=FALSE, warning=FALSE}
knitr::opts_chunk$set(echo = FALSE, message = FALSE, warning = FALSE)
library(data.table)
library(ggplot2)
```
```{r retrieve-data-cases, echo=FALSE}
fn <- tempfile(fileext = ".csv")
total_region <- download.file(
"https://github.com/MinCiencia/datos-COVID19/raw/master/output/producto3/TotalesPorRegion_std.csv",
destfile = fn,
method = "wget",
timeout = 60
)
stopifnot(total_region == 0)
total_casos <- fread(fn)
```
```{r retrieve-data-vax, echo = FALSE}
fn <- tempfile(fileext = ".csv")
total_region_vax <- download.file(
"https://github.com/MinCiencia/datos-COVID19/raw/master/output/producto76/vacunacion_std.csv",
destfile = fn,
method = "wget",
timeout = 60
)
stopifnot(total_region_vax == 0)
total_region_vax <- fread(fn)
```
```{r date-process}
setnames(total_region_vax, c("Dosis", "Cantidad"), c("Categoria", "Total"))
datos <- rbind(total_region_vax, total_casos)
datos[Categoria == "Primera", Categoria := "1ra Dosis"]
datos[Categoria == "Segunda", Categoria := "2da Dosis"]
```
## Visualización desde el comienzo de la pandemia
```{r vis-serie-tiempo-region}
ggplot(
datos[Categoria == "Fallecidos totales" & !Region %in% c("Total", "Metropolitana")],
aes(x = Fecha, y = Total)
) +
geom_line() +
facet_wrap(vars(Region)) +
theme(
axis.text.x = element_text(angle = 60, vjust = 1, hjust = 1)
) +
labs(title = "Fallecidos totales Regiones", caption = "Fuente: https://www.minciencia.gob.cl/covid19")
ggplot(
datos[Categoria == "Fallecidos totales" & Region == "Metropolitana"],
aes(x = Fecha, y = Total)
) +
geom_line() +
facet_wrap(vars(Region)) +
theme(
axis.text.x = element_text(angle = 60, vjust = .5)
) +
scale_x_date(date_breaks = "2 months") +
labs(title = "Fallecidos totales Metropolitana", caption = "Fuente: https://www.minciencia.gob.cl/covid19")
```
```{r vis-serie-tiempo-total}
# Agregando casos activos, nuevos, totales
totales_scaled <- copy(datos)
cat_vax <- c("1ra Dosis", "2da Dosis", "Unica")
cat_cas <- c("Casos activos confirmados", "Casos nuevos totales")
yfactor <- max(datos[Categoria %in% cat_cas, c(Total)], na.rm = TRUE)
yfactor <- yfactor/max(datos[Categoria %in% cat_vax, c(Total)], na.rm = TRUE)
totales_scaled[Categoria %in% cat_vax, Total := Total * yfactor]
ggplot(
totales_scaled[
Region == "Total" &
Categoria %in% c(
"Casos activos confirmados",
"Casos nuevos totales", "1ra Dosis", "2da Dosis")
],
aes(x = Fecha, y = Total)) +
scale_y_continuous(sec.axis = sec_axis(~ . / yfactor / 1e6, name = "Vacunados (millones)")) +
geom_line(aes(color = Categoria)) +
theme(
axis.text.x = element_text(angle = 60, vjust = .5)
) +
scale_x_date(date_breaks = "2 months")+
labs(title = "Totales a nivel nacional", caption = "Fuente: https://www.minciencia.gob.cl/covid19")
```
## Visualización últimas 2 semanas
```{r echo=FALSE}
WINDOW_SIZE <- 14
```
```{r vis-serie-tiempo-region-ult-7-dias}
datos_ult_7 <- total_casos[Fecha > (Sys.Date() - WINDOW_SIZE)]
ggplot(
datos_ult_7[Categoria == "Casos nuevos totales" & !Region %in% c("Total", "Metropolitana")],
aes(x = Fecha, y = Total)
) +
geom_line() +
geom_point() +
facet_wrap(vars(Region)) +
theme(
axis.text.x = element_text(angle = 60, vjust = 1, hjust = 1)
) +
scale_x_date(breaks = Sys.Date() - seq(from = WINDOW_SIZE-1, to = 0, length.out = 5)) +
labs(title =
sprintf(
"Casos nuevos totales Regiones\n(últimos %i días)",
WINDOW_SIZE
), caption = "Fuente: https://www.minciencia.gob.cl/covid19")
# Totales de dosis deben ser el diferencia (crecimiento)
setorder(datos, Categoria, Region, Fecha)
totales_scaled <- copy(datos)
totales_scaled[, Total_dif := Total - shift(Total, type="lag"), by = .(Categoria, Region)]
totales_scaled[, Total_dif2 := frollmean(Total_dif, 7), by = .(Categoria, Region)]
totales_scaled[Categoria %in% c("1ra Dosis", "2da Dosis"), Total := Total_dif2]
totales_scaled <- totales_scaled[Region == "Metropolitana" & (Fecha > (Sys.Date() - WINDOW_SIZE ))]
cat_vax <- c("1ra Dosis", "2da Dosis")
cat_cas <- c("Casos nuevos totales")
yfactor <- max(totales_scaled[Categoria %in% cat_cas, c(Total)], na.rm = TRUE)
yfactor <- yfactor/max(totales_scaled[Categoria %in% cat_vax, c(Total)], na.rm = TRUE)
totales_scaled[Categoria %in% cat_vax, Total := Total * yfactor]
ggplot(
totales_scaled[
Categoria %in% c(cat_vax, cat_cas) & Region == "Metropolitana"],
aes(x = Fecha, y = Total)
) +
geom_line(aes(color=Categoria)) +
scale_y_continuous(
sec.axis = sec_axis(
~ . / yfactor ,
name = "Vacunados Nuevos\n(media móvil semanal)"
)
) +
theme(axis.text.x = element_text(angle = 60, vjust = 1, hjust = 1)) +
scale_x_date(breaks = Sys.Date() - (WINDOW_SIZE - 1):0) +
ylab("Casos nuevos totales") +
labs(
title =
sprintf("Cifras Diarias Región Metropolitana\n(últimos %i días)", WINDOW_SIZE),
caption = "Fuente: https://www.minciencia.gob.cl/covid19")
```
```{r vis-serie-tiempo-total-ult-7-dias}
setorder(datos, Categoria, Region, Fecha)
totales_scaled <- copy(datos)
totales_scaled[, Total_dif := Total - shift(Total, type="lag"), by = .(Categoria, Region)]
totales_scaled[, Total_dif2 := frollmean(Total_dif, 7), by = .(Categoria, Region)]
totales_scaled[Categoria %in% c("1ra Dosis", "2da Dosis"), Total := Total_dif2]
totales_scaled <- totales_scaled[Region == "Total" & (Fecha > (Sys.Date() - WINDOW_SIZE))]
cat_vax <- c("1ra Dosis", "2da Dosis")
cat_cas <- c("Casos nuevos totales")
yfactor <- max(totales_scaled[Categoria %in% cat_cas, c(Total)], na.rm = TRUE)
yfactor <- yfactor/max(totales_scaled[Categoria %in% cat_vax, c(Total)], na.rm = TRUE)
totales_scaled[Categoria %in% cat_vax, Total := Total * yfactor]
ggplot(
totales_scaled[Categoria %in% c(cat_vax, cat_cas)],
aes(x = Fecha, y = Total)
) +
geom_line(aes(color = Categoria)) +
scale_y_continuous(
sec.axis = sec_axis(
~ . / yfactor / 1000,
name = "Vacunados Nuevos\n(miles, media móvil semanal)"
)
) +
theme(axis.text.x = element_text(angle = 60, vjust = .5)) +
scale_x_date(breaks = Sys.Date() - (WINDOW_SIZE - 1):0) +
ylab("Casos nuevos totales") +
labs(
title = sprintf("Totales a nivel nacional\n(últimos %i días)", WINDOW_SIZE),
caption = "Fuente: https://www.minciencia.gob.cl/covid19"
)
```