Skip to content

Commit 227e736

Browse files
Remi-GauRemi-Gau
committed
transfer visatlas
1 parent 2702f53 commit 227e736

File tree

3 files changed

+39
-40
lines changed

3 files changed

+39
-40
lines changed

‎atlas/update_atlas_xml.py

Lines changed: 3 additions & 3 deletions
Original file line numberDiff line numberDiff line change
@@ -7,16 +7,16 @@
77

88
lut_file = (
99
Path(__file__).parent
10-
/ "Glasser"
10+
/ "visfAtlas"
1111
/ "LUT.csv"
1212
)
1313

1414
df = pd.read_csv(lut_file, sep=",")
1515

1616
xml_file = (
1717
Path(__file__).parent
18-
/ "Glasser"
19-
/ "space-MNI152ICBM2009anlin_atlas-glasser_dseg.xml"
18+
/ "visfAtlas"
19+
/ "space-MNI_atlas-visfAtlas_dseg.xml"
2020
)
2121

2222
mytree = ET.parse(xml_file)

‎atlas/visfAtlas/space-MNI_atlas-visfAtlas_dseg.xml

Lines changed: 35 additions & 36 deletions
Original file line numberDiff line numberDiff line change
@@ -1,50 +1,49 @@
1-
<?xml version="1.0" encoding="ISO-8859-1"?>
21
<atlas version="2.0">
32
<header>
43
<name>space-MNI_atlas-visfAtlas_dseg</name>
54
<version>1.0</version>
65
<description>space-MNI_atlas-visfAtlas_dseg</description>
7-
<url></url>
8-
<licence></licence>
6+
<url />
7+
<licence />
98
<coordinate_system>MNI</coordinate_system>
109
<type>Label</type>
1110
<images>
1211
<imagefile>space-MNI_atlas-visfAtlas_dseg.nii</imagefile>
1312
</images>
1413
</header>
1514
<data>
16-
<label><index>1</index><name>V1</name></label>
17-
<label><index>2</index><name>MST</name></label>
18-
<label><index>3</index><name>V6</name></label>
19-
<label><index>4</index><name>V2</name></label>
20-
<label><index>5</index><name>V3</name></label>
21-
<label><index>6</index><name>V4</name></label>
22-
<label><index>7</index><name>V8</name></label>
23-
<label><index>8</index><name>4</name></label>
24-
<label><index>9</index><name>3b</name></label>
25-
<label><index>10</index><name>FEF</name></label>
26-
<label><index>11</index><name>PEF</name></label>
27-
<label><index>12</index><name>55b</name></label>
28-
<label><index>13</index><name>V3A</name></label>
29-
<label><index>14</index><name>RSC</name></label>
30-
<label><index>15</index><name>POS2</name></label>
31-
<label><index>16</index><name>V7</name></label>
32-
<label><index>17</index><name>IPS1</name></label>
33-
<label><index>18</index><name>FFC</name></label>
34-
<label><index>19</index><name>V3B</name></label>
35-
<label><index>20</index><name>LO1</name></label>
36-
<label><index>21</index><name>LO2</name></label>
37-
<label><index>22</index><name>PIT</name></label>
38-
<label><index>23</index><name>MT</name></label>
39-
<label><index>24</index><name>A1</name></label>
40-
<label><index>25</index><name>PSL</name></label>
41-
<label><index>26</index><name>SFL</name></label>
42-
<label><index>27</index><name>PCV</name></label>
43-
<label><index>28</index><name>STV</name></label>
44-
<label><index>29</index><name>7Pm</name></label>
45-
<label><index>30</index><name>7m</name></label>
46-
<label><index>31</index><name>POS1</name></label>
47-
<label><index>32</index><name>23d</name></label>
48-
<label><index>33</index><name>+bv23ab</name></label>
15+
<label><index>1</index><name>lh_mFus</name></label>
16+
<label><index>2</index><name>lh_pFus</name></label>
17+
<label><index>3</index><name>lh_IOG</name></label>
18+
<label><index>4</index><name>lh_OTS</name></label>
19+
<label><index>5</index><name>lh_ITG</name></label>
20+
<label><index>6</index><name>lh_MTG</name></label>
21+
<label><index>7</index><name>lh_LOS</name></label>
22+
<label><index>8</index><name>lh_pOTS</name></label>
23+
<label><index>9</index><name>lh_IOS</name></label>
24+
<label><index>10</index><name>lh_CoS</name></label>
25+
<label><index>11</index><name>lh_hMT</name></label>
26+
<label><index>12</index><name>lh_v1d</name></label>
27+
<label><index>13</index><name>lh_v2d</name></label>
28+
<label><index>14</index><name>lh_v3d</name></label>
29+
<label><index>15</index><name>lh_v1v</name></label>
30+
<label><index>16</index><name>lh_v2v</name></label>
31+
<label><index>17</index><name>lh_v3v</name></label>
32+
<label><index>18</index><name>rh_mFus</name></label>
33+
<label><index>19</index><name>rh_pFus</name></label>
34+
<label><index>20</index><name>rh_IOG</name></label>
35+
<label><index>21</index><name>rh_OTS</name></label>
36+
<label><index>22</index><name>rh_ITG</name></label>
37+
<label><index>23</index><name>rh_MTG</name></label>
38+
<label><index>24</index><name>rh_LOS</name></label>
39+
<label><index>25</index><name>rh_CoS</name></label>
40+
<label><index>26</index><name>rh_TOS</name></label>
41+
<label><index>27</index><name>rh_hMT</name></label>
42+
<label><index>28</index><name>rh_v1d</name></label>
43+
<label><index>29</index><name>rh_v2d</name></label>
44+
<label><index>30</index><name>rh_v3d</name></label>
45+
<label><index>31</index><name>rh_v1v</name></label>
46+
<label><index>32</index><name>rh_v2v</name></label>
47+
<label><index>33</index><name>rh_v3v</name></label>
4948
</data>
5049
</atlas>

‎src/atlas/copyAtlasToSpmDir.m

Lines changed: 1 addition & 1 deletion
Original file line numberDiff line numberDiff line change
@@ -45,7 +45,7 @@ function copyAtlasToSpmDir(varargin)
4545
case 'visfatlas'
4646
unzipAtlas(lower(atlas));
4747
sourceAtlasImage = fullfile(returnAtlasDir(lower(atlas)), 'space-MNI_atlas-visfAtlas_dseg.nii');
48-
sourceAtlasXml = fullfile(returnAtlasDir(), 'space-MNI_atlas-visfAtlas_dseg.xml');
48+
sourceAtlasXml = fullfile(returnAtlasDir(lower(atlas)), 'space-MNI_atlas-visfAtlas_dseg.xml');
4949

5050
case 'glasser'
5151
unzipAtlas(lower(atlas));

0 commit comments

Comments
 (0)