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GENis 5.1.9

El software GENis es una herramienta informática desarrollada por la Fundación Dr. Manuel Sadosky que permite contrastar perfiles genéticos provenientes de muestras biológicas obtenidas en distintas escenas de crimen o de desastres, vinculando así eventos ocurridos en diferente tiempo y lugar, aumentando las probabilidades de individualización de delincuentes, personas desaparecidas o víctimas de siniestros.

Para una explicación detallada sobre como instalar GENis y configurar el software necesario consulte el manual de instalación de GENis. A continuación se resumen los pasos para una configuración básica y se indica como correr el sistema en entornos de desarrollo y producción. Los archivos a los que se haga referencia pueden encontrarse bajo el directorio /utils.

Para informarse sobre el funcionamiento del sistema consulte el manual de usuario de GENis.

Configurar un entorno de ejecución de GENis

GENis está desarrollado en Scala, para correr la aplicación se requiere JRE 8 y para continuar su desarrollo JDK 8 y Sbt.

Otros requerimientos

  • PostgreSQL 9.4.4
  • MongoDB 2.6
  • OpenLDAP

Configuración de ldap

Reconfigurar ldap ingresando genis.local para el nombre de dominio y de organización:

sudo dpkg-reconfigure slapd

Cargar los datos de configuración inicial:

ldapadd -x -D cn=admin,dc=genis,dc=local -H ldap://:389 -W -f X-GENIS-LDAPConfig_Base_FULL.ldif -v

Chequear la carga de los datos:

ldapsearch -x -b "dc=genis,dc=local" -H ldap://:389 -D "cn=admin,dc=genis,dc=local" -W "objectclass=*"

Configuración de postgresql

Crear un usuario de postgres y las bases de datos de GENis:

sudo adduser genissqladmin
sudo -u postgres createuser -d -e -S -R genissqladmin
sudo -u postgres psql -c "ALTER USER genissqladmin PASSWORD '********';"
sudo -u genissqladmin createdb -e genisdb
sudo -u genissqladmin createdb -e genislogdb

Configuración de mongodb

Crear las colecciones de configuración inicial:

sh < "MongoSetup.sh"

Datos inciales del sistema

Luego de correr el sistema el esquema de datos ya se encuentra creado y se deben cargar los datos iniciales del sistema y los datos particulares de la región.

sudo -u genissqladmin psql -d genisdb -f dml.sql
sudo -u genissqladmin psql -d genisdb -f locales/AR.sql

Correr GENis en un entorno de desarrollo

Adecuación de parámetros del sistema

Copiar el archivo application-dev-template.conf a application-dev.conf. Editar los parámetros de conexión a bases datos y ldap según corresponda y especificar la ruta de exportación de perfiles y archivos lims. El archivo logger-dev-template.xml también puede copiarse a logger-dev.xml para reconfigurar el logger en desarrollo.

Ejecución de GENis

En el directorio raíz de la aplicación correr (no todos los parámetros son siempre necesarios, se incluyen en forma ilustrativa):

sbt run --java-home /usr/lib/jvm/java-8-openjdk-amd64
-Xms512M -Xmx10g -Xss1M -XX:+CMSClassUnloadingEnabled
-Dconfig.file=./application-dev.conf 
-Dlogger.file=./logger-dev.xml 
-Dhttps.port=9443 -Dhttp.port=9000

En el navegador ingresar a http://localhost:9000/. Si es la primera vez que corre la aplicación se le preguntará por la ejecución de los scripts de evolutions para crear el esquema de datos. Para detener la aplicación en la consola ingresar Ctrl + C

Descargar, distribuir y correr GENis en producción

Puede descargar la última versión de GENis ingresando a la sección de releases. Para actualizar el sistema consulte UPGRADING.md. Para generar una nueva versión de GENis actualizar el nro. de versión en el archivo build.sbt, borrar la carpeta target y correr

sbt dist

Se generará un zip en la carpeta target/universal con todo lo necesario para correr el sistema en producción. Para correr GENis:

  • descomprimir el zip bajo /usr/share

  • otorgar permiso de ejecución al script bin/genis sudo chmod +x bin/genis

  • modificar los parámetros de configuración del sistema. Las conexiones a bases de datos ldap se encuentran en /conf/storage.conf y los datos del laboratorio y rutas de exportación de archivos en /conf/genis-misc.conf

  • correr el sistema:

sudo ./bin/genis -v 
-DapplyEvolutions.default=true
-DapplyDownEvolutions.default=true
-DapplyEvolutions.logDb=true
-DapplyDownEvolutions.logDb=true
-Dhttp.port=9000 -Dhttps.port=9443 
-Dconfig.file=./conf/application.conf &

En el archivo RUNNING_PID se encuentra el nro. de proceso para detener la ejecución del sistema.

cat RUNNING_PID
sudo kill -9 pid
sudo rm –rf RUNNING_PID

Usuario inicial del sistema

GENis utiliza un mecanismo de autenticación basado en TOPT. Durante la configuración del sistema se crea el usuario 'setup', con password 'pass' y secret para TOPT 'ETZK6M66LFH3PHIG'. Utilice ésta cuenta libremente para propósitos de desarrollo pero en producción solicite una nueva cuenta de administrador en la pantalla de login, luego ingrese con el usuario 'setup' para habilitarla y finalmente inactive el usuario 'setup'. Si tuviera problemas para ingresar al sistema puede que precise instalar el servicio NTP como se indica en el manual de instalación de GENis. Para obtener el password a partir del TOPT puede utilizar https://gauth.apps.gbraad.nl/

Otras utilidades

Bajo /utils se encuentran los scripts con las últimas versiones de los datos de configuración del sistema, utilidades para el mantenimiento y archivos con datos de ejemplo para para pruebas. El script cleanDatabases.sh sirve para borrar datos transaccionales, de perfiles, matches, pedigrís, notificaciones, etc, sin afectar datos de configuración.

sudo sh cleanDatabases.sh