SB Degenerate sequence

--degenerate_sequence, -dgn

Description

Convert unambiguous codons to ambiguous degenerate codons.

Argument

table ( int )

Specifies the codon table to use. Default is the Standard Genetic Code.

Possible values:

Value	Table
1	Standard Genetic Code
2	Vertebrate Mitochondrial Code
3	Yeast Mitochondrial Code
4	Mold / Protozoan / Coelenterate Mitochondrial Code & Mycoplasma / Spiroplasma Code
5	Invertebrate Mitochondrial Code
6	Ciliate / Dasycladacean / Hexamita Nuclear Code
7	Echinoderm and Flatworm Mitochondrial Code
8	Euplotid Nuclear Code
9	Bacterial / Archaeal / Plant Plastid Code
10	Alternative Yeast Nuclear Code
11	Ascidian Mitochondrial Code
12	Alternative Flatworm Mitochondrial Code

Examples

Input file: Mnemiopsis_cds.fa

>Mle-Panxα1 cDNA - ML078817.
ATGTACTGGATATTTGAGATTTGTCAAGAGATAAAGCGAGCTCAATCCTGCCGAAAGTTC
GCGATAGACGGACCATTCGACTGGACGAACCGGATTATCATGCCAACACTCATGGTAATC
TGCTGCTTTCTCCAAACCTTCACCTTCATGTTCGGCAGCAACATCAGCTGTATCGGCTTC
GAGAAGTTGGAAAGGAACTTTGTGGAGGAGTACTGCTGGACCCAGGGTATCTATACAAGC
AAGGCTGCGTATAACATGCCATTACATACTCCCTACCCGGGGATTGCCCCCTGTGTGCCC
GAGTATGATCCCGTGACTCAGAAGTATTGGTTACCCTGTGGGGTGGAGGAAGAAGACAAG
GCTTATCATTTGTGGTATCAGTGGGTTCCGTTTTACTTTCTCGCTGTGGCCGTGGGTTAT
TATTTGCCATTTCTTATCTTGAAGGGTTCAAAGCTGCATCAGGTGAAGCCGCTGATTACG
TATTTGATGAACCAGAGGAACCTGGAGACTGATCCTAACCATTTGGTAGGAAAGCTATCG
CATTGGATCTTCAGACAGCTTGTTTATTCAAGGTTTGCGGCCACCTCTACAATCAGAATG
TACTGGCACGACTGGGGGCTTGTCCTCCTTGTTTGCTCTGTAAAGATCCTCTACCTTACC
GTCTCTCTTATCCACCTCTTTGCCACTGCCAAGATGTTCCACATCGGCAACTGGTTTACG
TACGGGATCATGTTCGCGCGGCGCAGCAACAGTCACACTACCCACGTTAAGGATGTGTTC
TTCCCGAAGATGGTGGCCTGTAAGATCGAGACATGGAGTTTCACAGGGAAGAATCATCTT
CACGGGATGTGTGTTTTAGCTCTGAACGTGATGAACCAATATTTGTTTTTGATCGTGTGG
TACGTCAACGTAATCATCATCTTCCTCAACAGTATCAGCTGTATTTACACTATAGTCAAG
TTTTGTAGCCCTAACATCGTTCACCACCGGATAGTCAACTCCTCCTCCTTAGACGACCAC
CATGACTTTACCCGGATGTTTGGTTATGTGGGACCTTCCGGACGGATAATCCTGGCTAAA
ATGTCGGAACATATGCCGGGGTACATGCTGAAACAAGTAGCCAAGAAGGTGACAGAGAAG
ATAGATATAGAGAATGAAAAGAATAGAGGGAGAGCCCCGACTATTAAGTTTACCAAGGTT
AACGGTCAGCCCTCAGAGCTGGCCAGACAGCCTCTCATGCACCTGAACGCTCTGATGTTA
GGGATGGTTCCTCAGAATCTACCAGAACCTAAAATTCAGAATATCCAACGGTCGCAGAAA
AAAGTACGGTTTCTGGTTTAA
>Mle-Panxα2 cDNA - ML25998a.
ATGGTATTGGATCTCATTTCTGGAAGCTTGAATGGCTTTTTAAAGATCAAGTCAGTTAGC
ATCGACGATCAGTGGGACCAGATTAACAGAACCTATTTGGTCATGTTTTGTATTTTATCT
GGTACAATCATGACCTTTAAACAGAATTTAGGATCAATAATACACTGTATATCGGATGCA
AGAGGCGACGACAGTTCGTTTGCGGATGCTCATGCGACATTTGTGCAAGACTATTGTGCT
GCTCAAGGGCTGTACACTTTAAAAGAAGTGTATGACAAGTCTTGGCCAGATGAAATTCCT
TACCCAGGTATTCTCCAAATGAAAACAATCGGTTGTTTCCCGGGGAGACAGTTCAAAAAC
GGAACCCCCATCCAGTGCCCGGACGAGAAAGATCTGAAACCCTTCACAACGGTCTATCAT
GTCTGGTACATGTTCGTACCGTTCTACTTCTGCGCTGTTGGCATCGCTTTTTACTTCCCC
TACACGGTTTTCAGACACCTCAGCGGCATCTACGACATCAAGCCTATGTTGAACAGCCTT
GCCCTCGACATTGGGGCCTACACGGAGGAGGACATAAGTCGACGTATAGACAATGTCTCG
AGGTGGTTGTACATCAAGTTGGATCCCTACATGAACAACATGCTTCCTTATACTCAGATA
GTTCACAAACATTCCATCTTTTACACGGTGATGTTGGTGAAGGTGATGTACCTAGCTACC
AGTGTTTCTATTTTTTACGCCACTCACCGGATATTCGACCAAGGAAACTTTGCACTCTAC
GGATACGATGTTCTAATGAGCATACCACAGGAAACAAGCTATAAAGTGATGGACACAATC
TTCCCTAAAATGGTTGGCTGTGAGATCAACATGTGGGGCCGGACTGGCGAACAGAGCGAA
TCTCTTCTGTGTGTCCTCCCTCAAAACATCGGCAACCAATACTTCTTCCTTATATTCTGG
TTTCTCCTGATTCTCACCATACTTTCCAACTGTATCTCTGTAATAGTGACCATATTCAGA
TTTATATTCGTTAGTGGGAGCTACAAAAGGTTCCTGGCTACCAGCCTCTTGAATCACGAA
GAACGATACAAGCTGGTGTTTACACATGTCGGCACGACTGGAAGATACATTTTACTGCTC
TGTGCCGATCATAGCAACCCCAAAATATTCGAGGATCTTCTAGAGATCGTCTGTTCCCTT
CTCATAGCAAACTATCACAAAAGAAAGAGGAGTCGGGATAAGGGACACAGTCGAGCGGAG
GGGGTAGGGACTAAAGGGCGACACGGTCTGTCTTTTGTGGACTCAACCGTGTGA

Usage example 1

$: sb Mnemiopsis_cds.fa -dgn 1 (Standard genetic code)

Output

>Mle-Panxα1 cDNA - ML078817.
ATGTAYTGGATHTTYGARATHTGYCARGARATHAARMGNGCNCARTCNTGYMGNAARTTY
GCNATHGAYGGNCCNTTYGAYTGGACNAAYMGNATHATHATGCCNACNYTNATGGTNATH
TGYTGYTTYYTNCARACNTTYACNTTYATGTTYGGNTCNAAYATHTCNTGYATHGGNTTY
GARAARYTNGARMGNAAYTTYGTNGARGARTAYTGYTGGACNCARGGNATHTAYACNTCN
AARGCNGCNTAYAAYATGCCNYTNCAYACNCCNTAYCCNGGNATHGCNCCNTGYGTNCCN
GARTAYGAYCCNGTNACNCARAARTAYTGGYTNCCNTGYGGNGTNGARGARGARGAYAAR
GCNTAYCAYYTNTGGTAYCARTGGGTNCCNTTYTAYTTYYTNGCNGTNGCNGTNGGNTAY
TAYYTNCCNTTYYTNATHYTNAARGGNTCNAARYTNCAYCARGTNAARCCNYTNATHACN
TAYYTNATGAAYCARMGNAAYYTNGARACNGAYCCNAAYCAYYTNGTNGGNAARYTNTCN
CAYTGGATHTTYMGNCARYTNGTNTAYTCNMGNTTYGCNGCNACNTCNACNATHMGNATG
TAYTGGCAYGAYTGGGGNYTNGTNYTNYTNGTNTGYTCNGTNAARATHYTNTAYYTNACN
GTNTCNYTNATHCAYYTNTTYGCNACNGCNAARATGTTYCAYATHGGNAAYTGGTTYACN
TAYGGNATHATGTTYGCNMGNMGNTCNAAYAGYCAYACNACNCAYGTNAARGAYGTNTTY
TTYCCNAARATGGTNGCNTGYAARATHGARACNTGGAGYTTYACNGGNAARAAYCAYYTN
CAYGGNATGTGYGTNYTNGCNYTNAAYGTNATGAAYCARTAYYTNTTYYTNATHGTNTGG
TAYGTNAAYGTNATHATHATHTTYYTNAAYAGYATHTCNTGYATHTAYACNATHGTNAAR
TTYTGYTCNCCNAAYATHGTNCAYCAYMGNATHGTNAAYTCNTCNTCNYTNGAYGAYCAY
CAYGAYTTYACNMGNATGTTYGGNTAYGTNGGNCCNTCNGGNMGNATHATHYTNGCNAAR
ATGTCNGARCAYATGCCNGGNTAYATGYTNAARCARGTNGCNAARAARGTNACNGARAAR
ATHGAYATHGARAAYGARAARAAYMGNGGNMGNGCNCCNACNATHAARTTYACNAARGTN
AAYGGNCARCCNTCNGARYTNGCNMGNCARCCNYTNATGCAYYTNAAYGCNYTNATGYTN
GGNATGGTNCCNCARAAYYTNCCNGARCCNAARATHCARAAYATHCARMGNTCNCARAAR
AARGTNMGNTTYYTNGTNTAA
>Mle-Panxα2 cDNA - ML25998a.
ATGGTNYTNGAYYTNATHTCNGGNTCNYTNAAYGGNTTYYTNAARATHAARTCNGTNTCN
ATHGAYGAYCARTGGGAYCARATHAAYMGNACNTAYYTNGTNATGTTYTGYATHYTNTCN
GGNACNATHATGACNTTYAARCARAAYYTNGGNTCNATHATHCAYTGYATHTCNGAYGCN
MGNGGNGAYGAYAGYTCNTTYGCNGAYGCNCAYGCNACNTTYGTNCARGAYTAYTGYGCN
GCNCARGGNYTNTAYACNYTNAARGARGTNTAYGAYAARTCNTGGCCNGAYGARATHCCN
TAYCCNGGNATHYTNCARATGAARACNATHGGNTGYTTYCCNGGNMGNCARTTYAARAAY
GGNACNCCNATHCARTGYCCNGAYGARAARGAYYTNAARCCNTTYACNACNGTNTAYCAY
GTNTGGTAYATGTTYGTNCCNTTYTAYTTYTGYGCNGTNGGNATHGCNTTYTAYTTYCCN
TAYACNGTNTTYMGNCAYYTNTCNGGNATHTAYGAYATHAARCCNATGYTNAAYTCNYTN
GCNYTNGAYATHGGNGCNTAYACNGARGARGAYATHAGYMGNMGNATHGAYAAYGTNTCN
MGNTGGYTNTAYATHAARYTNGAYCCNTAYATGAAYAAYATGYTNCCNTAYACNCARATH
GTNCAYAARCAYTCNATHTTYTAYACNGTNATGYTNGTNAARGTNATGTAYYTNGCNACN
AGYGTNTCNATHTTYTAYGCNACNCAYMGNATHTTYGAYCARGGNAAYTTYGCNYTNTAY
GGNTAYGAYGTNYTNATGTCNATHCCNCARGARACNTCNTAYAARGTNATGGAYACNATH
TTYCCNAARATGGTNGGNTGYGARATHAAYATGTGGGGNMGNACNGGNGARCARTCNGAR
TCNYTNYTNTGYGTNYTNCCNCARAAYATHGGNAAYCARTAYTTYTTYYTNATHTTYTGG
TTYYTNYTNATHYTNACNATHYTNTCNAAYTGYATHTCNGTNATHGTNACNATHTTYMGN
TTYATHTTYGTNAGYGGNTCNTAYAARMGNTTYYTNGCNACNTCNYTNYTNAAYCAYGAR
GARMGNTAYAARYTNGTNTTYACNCAYGTNGGNACNACNGGNMGNTAYATHYTNYTNYTN
TGYGCNGAYCAYTCNAAYCCNAARATHTTYGARGAYYTNYTNGARATHGTNTGYTCNYTN
YTNATHGCNAAYTAYCAYAARMGNAARMGNAGYMGNGAYAARGGNCAYAGYMGNGCNGAR
GGNGTNGGNACNAARGGNMGNCAYGGNYTNTCNTTYGTNGAYTCNACNGTNTGA

Usage example 2

$: sb Mnemiopsis_cds.fa -dgn 3 (3 corresponds to the Yeast Mitochondrial Genetic Code)

Output

>Mle-Panxα1 cDNA - ML078817.
ATRTAYTGRATRTTYGARATYTGYCARGARATRAARCGAGCNCARTCNTGYCGAAARTTY
GCNATRGAYGGNCCNTTYGAYTGRACNAAYMGNATYATYATRCCNACNCTNATRGTNATY
TGYTGYTTYCTNCARACNTTYACNTTYATRTTYGGNAGYAAYATYAGYTGYATYGGNTTY
GARAARTTRGARMGNAAYTTYGTNGARGARTAYTGYTGRACNCARGGNATYTAYACNAGY
AARGCNGCNTAYAAYATRCCNTTRCAYACNCCNTAYCCNGGNATYGCNCCNTGYGTNCCN
GARTAYGAYCCNGTNACNCARAARTAYTGRTTRCCNTGYGGNGTNGARGARGARGAYAAR
GCNTAYCAYTTRTGRTAYCARTGRGTNCCNTTYTAYTTYCTNGCNGTNGCNGTNGGNTAY
TAYTTRCCNTTYCTNATYTTRAARGGNTCNAARCTNCAYCARGTNAARCCNCTNATYACN
TAYTTRATRAAYCARMGNAAYCTNGARACNGAYCCNAAYCAYTTRGTNGGNAARCTNTCN
CAYTGRATYTTYMGNCARCTNGTNTAYTCNMGNTTYGCNGCNACNTCNACNATYMGNATR
TAYTGRCAYGAYTGRGGNCTNGTNCTNCTNGTNTGYTCNGTNAARATYCTNTAYCTNACN
GTNTCNCTNATYCAYCTNTTYGCNACNGCNAARATRTTYCAYATYGGNAAYTGRTTYACN
TAYGGNATYATRTTYGCNMGNCGCAGYAAYAGYCAYACNACNCAYGTNAARGAYGTNTTY
TTYCCNAARATRGTNGCNTGYAARATYGARACNTGRAGYTTYACNGGNAARAAYCAYCTN
CAYGGNATRTGYGTNTTRGCNCTNAAYGTNATRAAYCARTAYTTRTTYTTRATYGTNTGR
TAYGTNAAYGTNATYATYATYTTYCTNAAYAGYATYAGYTGYATYTAYACNATRGTNAAR
TTYTGYAGYCCNAAYATYGTNCAYCAYMGNATRGTNAAYTCNTCNTCNTTRGAYGAYCAY
CAYGAYTTYACNMGNATRTTYGGNTAYGTNGGNCCNTCNGGNMGNATRATYCTNGCNAAR
ATRTCNGARCAYATRCCNGGNTAYATRCTNAARCARGTNGCNAARAARGTNACNGARAAR
ATRGAYATRGARAAYGARAARAAYMGNGGNMGNGCNCCNACNATYAARTTYACNAARGTN
AAYGGNCARCCNTCNGARCTNGCNMGNCARCCNCTNATRCAYCTNAAYGCNCTNATRTTR
GGNATRGTNCCNCARAAYCTNCCNGARCCNAARATYCARAAYATYCARMGNTCNCARAAR
AARGTNMGNTTYCTNGTNTAA
>Mle-Panxα2 cDNA - ML25998a.
ATRGTNTTRGAYCTNATYTCNGGNAGYTTRAAYGGNTTYTTRAARATYAARTCNGTNAGY
ATYGAYGAYCARTGRGAYCARATYAAYMGNACNTAYTTRGTNATRTTYTGYATYTTRTCN
GGNACNATYATRACNTTYAARCARAAYTTRGGNTCNATRATRCAYTGYATRTCNGAYGCN
MGNGGNGAYGAYAGYTCNTTYGCNGAYGCNCAYGCNACNTTYGTNCARGAYTAYTGYGCN
GCNCARGGNCTNTAYACNTTRAARGARGTNTAYGAYAARTCNTGRCCNGAYGARATYCCN
TAYCCNGGNATYCTNCARATRAARACNATYGGNTGYTTYCCNGGNMGNCARTTYAARAAY
GGNACNCCNATYCARTGYCCNGAYGARAARGAYCTNAARCCNTTYACNACNGTNTAYCAY
GTNTGRTAYATRTTYGTNCCNTTYTAYTTYTGYGCNGTNGGNATYGCNTTYTAYTTYCCN
TAYACNGTNTTYMGNCAYCTNAGYGGNATYTAYGAYATYAARCCNATRTTRAAYAGYCTN
GCNCTNGAYATYGGNGCNTAYACNGARGARGAYATRAGYCGAMGNATRGAYAAYGTNTCN
MGNTGRTTRTAYATYAARTTRGAYCCNTAYATRAAYAAYATRCTNCCNTAYACNCARATR
GTNCAYAARCAYTCNATYTTYTAYACNGTNATRTTRGTNAARGTNATRTAYCTNGCNACN
AGYGTNTCNATYTTYTAYGCNACNCAYMGNATRTTYGAYCARGGNAAYTTYGCNCTNTAY
GGNTAYGAYGTNCTNATRAGYATRCCNCARGARACNAGYTAYAARGTNATRGAYACNATY
TTYCCNAARATRGTNGGNTGYGARATYAAYATRTGRGGNMGNACNGGNGARCARAGYGAR
TCNCTNCTNTGYGTNCTNCCNCARAAYATYGGNAAYCARTAYTTYTTYCTNATRTTYTGR
TTYCTNCTNATYCTNACNATRCTNTCNAAYTGYATYTCNGTNATRGTNACNATRTTYMGN
TTYATRTTYGTNAGYGGNAGYTAYAARMGNTTYCTNGCNACNAGYCTNTTRAAYCAYGAR
GARCGATAYAARCTNGTNTTYACNCAYGTNGGNACNACNGGNMGNTAYATYTTRCTNCTN
TGYGCNGAYCAYAGYAAYCCNAARATRTTYGARGAYCTNCTNGARATYGTNTGYTCNCTN
CTNATRGCNAAYTAYCAYAARMGNAARMGNAGYMGNGAYAARGGNCAYAGYCGAGCNGAR
GGNGTNGGNACNAARGGNCGACAYGGNCTNTCNTTYGTNGAYTCNACNGTNTGR