Skip to content
Karl Keat edited this page Jun 28, 2016 · 4 revisions

--num_tips, -nt

Description

Display the number of tips in each tree.

Arguments

None.

Examples

Input file: single_tree.nwk

((((penHA34a:1.0,penHA34b:1.0,penHA32b:1.0,penHA32a:1.0,penSH30b:1.0,penSH30a:1.0,penSH28b:1.0,penSH28a:1.0,penIT13b:1.0,penIT13a:1.0,penIT12a:1.0,firSA26b:1.0,firGU7b:1.0,firGU8b:1.0,firSP18b:1.0,firSP20b:1.0,firSP36b:1.0,firSP39b:1.0,penSH31a:1.0,penSH31b:1.0):1.0,(firSP19b:1.0,(firSP17b:1.0,penIT12b:1.0):1.0):1.0):1.0,firSA24a:1.0,firSA24b:1.0,firSA25a:1.0,firSA26a:1.0,firGU7a:1.0,firGU8a:1.0,firSP17a:1.0,firSP18a:1.0,firSP19a:1.0,firSP20a:1.0,firSP36a:1.0,firSP39a:1.0,(firSA25b:1.0,firSP40b:1.0):1.0,firSP40a:1.0,penIT11b:1.0,penIT11a:1.0):1.0,(ovi47a:1.0,ovi47b:1.0):1.0):1.0;

Usage example 1

$: pb single_tree.nwk -nt

Output

42

Input file: multi_tree.nwk

((((penHA34a:1.0,penHA34b:1.0,penHA32b:1.0,penHA32a:1.0,penSH30b:1.0,penSH30a:1.0,penSH28b:1.0,penSH28a:1.0,penIT13b:1.0,penIT13a:1.0,penIT12a:1.0,firSA26b:1.0,firGU7b:1.0,firGU8b:1.0,firSP18b:1.0,firSP20b:1.0,firSP36b:1.0,firSP39b:1.0,penSH31a:1.0,penSH31b:1.0):1.0,(firSP19b:1.0,(firSP17b:1.0,penIT12b:1.0):1.0):1.0):1.0,firSA24a:1.0,firSA24b:1.0,firSA25a:1.0,firSA26a:1.0,firGU7a:1.0,firGU8a:1.0,firSP17a:1.0,firSP18a:1.0,firSP19a:1.0,firSP20a:1.0,firSP36a:1.0,firSP39a:1.0,(firSA25b:1.0,firSP40b:1.0):1.0,firSP40a:1.0,penIT11b:1.0,penIT11a:1.0):1.0,(ovi47a:1.0,ovi47b:1.0):1.0):1.0;
((((((((((firSP17b:1.0,firSP20b:1.0):1.0,firSP39b:1.0,firSP40b:1.0,firSP19b:1.0,firSP19a:1.0,firSP18b:1.0):1.0,firSA24b:1.0):1.0,(firGU8b:1.0,(ovi47a:1.0,ovi47b:1.0):1.0):1.0):1.0,(firSA25b:1.0,firSP36b:1.0):1.0):1.0,firSP40a:1.0):1.0,(firGU8a:1.0,firSA24a:1.0,firSP17a:1.0,firSP18a:1.0,firSP20a:1.0,firSP39a:1.0):1.0):1.0,(((firSA25a:1.0,firSP36a:1.0,firSA23a:1.0):1.0,(penSH30a:1.0,penIT13a:1.0,penHA32a:1.0):1.0):1.0,((firSA23b:1.0,penHA34b:1.0):1.0,((penSH31a:1.0,penSH31b:1.0):1.0,((penIT11b:1.0,penHA32b:1.0):1.0,(penIT11a:1.0,penIT12a:1.0,penIT12b:1.0,penSH28a:1.0,penSH28b:1.0,penSH30b:1.0):1.0):1.0):1.0):1.0):1.0):1.0,penIT13b:1.0):1.0,penHA34a:1.0):1.0;

Usage example 2

$: pb multi_tree.nwk -nt

Output

# Tree 1
42

# Tree 2
40

Main Toolkit Pages





Further Reading

Clone this wiki locally