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guiarapido_agro.txt
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PORTUGUÊS (Usando a codificação ISO) ===================
AMBIENTE COMPUTACIONAL NECESSÁRIO PARA O INLAND/IBIS
- Sistema operacional UNIX ou compatível
- Compiladores: GNU gfortran, PGI pgf90 ou Intel ifort
- Preprocessador C (GNU cpp ou compatível)
- Bibliotecas NetCDF: Deverão ser instaladas com o mesmo compilador que será utlizado para a compilação do modelo. Maiores informações:http://www.unidata.ucar.edu/software/netcdf
DIRETÓRIOS DO INLAND/IBIS
inland
|---contrib Contribuições de desenvolvedores, não utilizados durante a execução do modelo.
|---docs Descritivos e manuais do código.
|---src Código fonte do modelo.
|---include Parâmetros utilizados em tempo de compilação.
|---data
|---offline
|---grid Arquivos e Parâmetros para simulações GRID.
| |---input Condições de contorno e forçantes atmosféricas.
| |---params Arquivos de parâmetros no dossel, vegetação, solo e fogo.
| |---conf Arquivos de configuração de execução.
| |---output Arquivos de output do modelo.
|
|---single_point Arquivos e Parâmetros para simulações SINGLE POINT.
|---input Condições de contorno e forçantes atmosféricas.
|---params Arquivos de parâmetros no dossel, vegetação, solo e fogo.
|---conf Arquivos de configuração de execução.
|---output Arquivos de output do modelo.
INSTALAÇÃO e EXECUÇÃO do INLAND/IBIS - GRID
A partir do diretório raiz do modelo execute:
'./configure' - Instalação do ambiente de compilação.
'make dev-symlinks' - Compilação do modelo
'./inland-grid' - Execução do modelo
OBSERVAÇÃO:
Para alterar o compilador
'FC=<compilador> ./configure'
ex.: 'FC=gfortran ./configure'
Arquivos saída do modelo se encontram em 'output/' no seguinte formato:
'inland-daily-YYYY.nc' - output diária
'inland-monthly-YYYY.nc' - output mensal
'inland-yearly-YYYY.nc' - output anual
onde 'YYYY' é a identificação do ano
No final de cada ano simulado são criados, no diretório 'output/', arquivos de restart e de diagnóstico.
INSTALAÇÃO e EXECUÇÃO do INLAND-AGRO/IBIS - SINGLE POINT
A partir do diretório raiz do modelo execute:
O modelo pontual para o módulo de culturas agrícolas é executado da mesmas forma que o modelo grid.
OBSERVAÇÃO:
Para a execução é necessário que seja alterado as seguintes variáveis:
imetyear = 9999 , ! year to start using hourly met data
imetend = 9999 , ! year to end reading in hourly met data
Colocando os respectivos anos de inicio e fim para a leitura dos dados de input.
Arquivos saída: do modelo se encontram em 'output/' como
biomassa.csv
crops_out.csv
daysrun.csv
mdiaria.csv
out_daily_tower.csv
out_hourly_tower.csv
physiology.csv
soil.csv
water.csv
OUTROS PONTOS IMPORTANTES
1) Parâmetros de configuração da simulação
1.1) Valores default serão usadas por variaveis ausentes, com exeção de valores de latitude/longitude.
1.2) Para simulações em GRID o 'inland-grid.infile', encontrado em 'data/offline/grid/conf'
1.3) Para simulações em GRID com culturas agrícolas ativas, o valor de 'isimagro' deverá ser 1, e o valor de icroptype deverá
ser uma das respectivas culturas: 13 - Soybean, 14 - Maize, 15 - Wheat ou 16 - Sugarcane
1.3) Para executar o módulo AGRO é necessário alterar o numero de soil layers para '11' no 'inlcude/compar.h':
#define NUMSOILLAYERS 11 /* nsoilay */
! temporal parameters
irestart = 0 , ! irestart - 0: not a restart run 1: restart run (default 0)
iyrrestart = 9999 , ! iyrrestart - year to restart model (default 9999)
iyear0 = 1981 , ! iyear0 - initial year of simulation (don't change for restart) (default 1981)
nrun = 3 , ! nrun - number of years in this simulation (change for restart) (default 2)
iyrdaily = 9999 , ! iyrdaily - year to start reading daily data (ditto) (default 9999)
iyrmon = 9999 , ! iyrmon - year to start reading montly data (default 9999)
dtime = 3600 , ! dtime - time step in seconds (default 3600)
!sain
! simulation parameters
soilcspin = 0 , ! soilcspin - 0: no soil spinup, 1: acceleration procedure used (default 0)
isimveg = 1 , ! isimveg - 0: static veg, 1: dynamic veg, 2: dynamic veg-cold start (default 0)
isimfire = 1 , ! 0: no fire disturbance (0%/yr), 1: natural const (0.5%/yr), 2: CTEM, 3: IBIS (default 1, ignored if isimveg=0)
isimco2 = 0 , ! isimco2 - 0: fixed co2, 1: ramped co2 (default 0)
co2init = 0.000350 , ! co2init - initial co2 concentration in mol/mol (real) (default 0.000350)
o2init = 0.209000 , ! o2init - initial o2 concentration in mol/mol (real) (default 0.209000)
isimland = 0 ! 0: fixed land use, 1: dynamic land use
iyrluc = 9999 , ! year to start reading land transition data
nluc = 100 , ! number of years to read land transition data
isinfilt = 0 , ! isinfilt - Infiltration Function - 0: according to Darcy (1856); 1: according to Green-Ampt (1911) (default 0)
isimrwu = 0 , ! isimrwu - Root water uptake module - 0: according to Foley et al., 1996; 1 according to Li et al. (2006) (default 0)
!
! output parameters
iyearout = 1 , ! iyearout - 0: no yearly output, 1: yearly output (default 1)
imonthout = 1 , ! imonthout - 0: no monthly output, 1: monthly output (default 1)
idailyout = 0 , ! idailyout - 0: no daily output, 1: daily output (default 0)
idiag = 0 , ! idiag - 0: no diagnostic output, 1-10 # of files to output (default 0)
!
! crops simulation paramters
imetyear = 9999 , ! year to start using hourly met data
dmetyear = 1 , ! day to start using hourly met data (17 geovane)
imetend = 9999 , ! year to end reading in hourly met data
dmetend = 119 , ! day to end reading in hourly met data (39 geovane)
irrigate = 0 , ! 0: no irrigation 1: irrigation strategy used
isimagro = 1 , ! isimagro - 0: no agro crops, 1: unique crop defined by icroptype, 2: crops defined by data in cropsfile
icroptype = 16 , ! define crop type to use in all grid points - 13: soybean / 14: maize / 15: wheat / 16: sgc
iwheattype = 1 , ! 1: spring wheat 2: winter wheat - only used if icroptype = wheat
cropsfile = "crops_monfreda_05d.nc" , ! cropsfile - read crop data to produce crop veg map (use mlpt>1)
irotation = 0 , ! 0: none 1: winter wheat/fallow 2: 2 corn/soy 3: corn/soy/spring wheat 4: soy/winter wheat/corn
iholdsoiln = 1 , ! 0: doesn't save soil inorganic N from restart 1: save inorganic soil N
ffact = 1.0 , ! numeric multiplying factor applied to N fertilizer after 2000 (for all crops)
isoilay = 9 , ! soil layer for which nitrate leaching/drainage is output
elevin = 550 , ! site elevation (m)
thigh = 6 , ! tower input elevation (m)
!
! simulation domain - an entry with the same name and corresponding lon/lat values must be defined in inland-grid.domains
domain = "SAM", ! domain name used to define lon/lat boundaries (default '')
!
! subgrid tile parameters - ignore if not using subgrid tiles
mlpt = 1 , ! mlpt - multiplicity of land points (subgrid tiles) (default 1, no tiles)
vegtypefile= "" , ! file to read initial vegtype (and tileprop if mlpt>1) (default '', read default)
hrmapfile = "" , ! hrmapfile - read high-res data to produce initial veg map (default '', don't read)
!
! Heterogeneous Parameterization
itauw = 0 , ! itauw - 0:reads 1 dimension tauwood0 from parms canopy; 1:reads 2 dimension from input HP maps (default 0)
ivmax = 0 , ! ivmax - 0:reads 1 dimension vmax_pft from parms canopy; 1:reads 2 dimension from input HP maps (default 0)
isla = 0 , ! isla - 0:reads 1 dimension specla from parms canopy; 1:reads 2 dimension from input HP maps (default 0)
ica = 0 ! ica - 0:reads 1 dimension carbon allocation to wood, leaf and root from parms canopy; 1:reads 2 dimension from input HP maps (default 0)
!
1.4) Para simulações em modo SINGLE POINT o 'inland-single_point.infile', encontrado em 'data/offline/single_point/conf'
! temporal parameters
irestart = 0 , ! irestart - 0: not a restart run 1: restart run (default 0)
iyrrestart = 9999 , ! iyrrestart - year to restart model (default 9999)
iyear0 = 2008 , ! iyear0 - initial year of simulation (don't change for restart) (default 1981)
nrun = 3 , ! nrun - number of years in this simulation (change for restart) (default 2)
iyrdaily = 9999 , ! iyrdaily - year to start reading daily data (ditto) (default 9999)
iyrmon = 9999 , ! iyrmon - year to start reading montly data (default 9999)
dtime = 3600 , ! dtime - time step in seconds (default 3600)
!sain
! simulation parameters
soilcspin = 0 , ! soilcspin - 0: no soil spinup, 1: acceleration procedure used (default 0)
isimveg = 1 , ! isimveg - 0: static veg, 1: dynamic veg, 2: dynamic veg-cold start (default 0)
isimfire = 1 , ! 0: no fire disturbance (0%/yr), 1: natural const (0.5%/yr), 2: CTEM, 3: IBIS (default 1, ignored if isimveg=0)
isimco2 = 0 , ! isimco2 - 0: fixed co2, 1: ramped co2 (default 0)
co2init = 0.000350 , ! co2init - initial co2 concentration in mol/mol (real) (default 0.000350)
o2init = 0.209000 , ! o2init - initial o2 concentration in mol/mol (real) (default 0.209000)
isimland = 0 ! 0: fixed land use, 1: dynamic land use
iyrluc = 9999 , ! year to start reading land transition data
nluc = 100 , ! number of years to read land transition data
isinfilt = 0 , ! isinfilt - Infiltration Function - 0: according to Darcy (1856); 1: according to Green-Ampt (1911) (default 0)
isimrwu = 0 , ! isimrwu - Root water uptake module - 0: according to Foley et al., 1996; 1 according to Li et al. (2006) (default 0)
!
! output parameters
iyearout = 1 , ! iyearout - 0: no yearly output, 1: yearly output (default 1)
imonthout = 1 , ! imonthout - 0: no monthly output, 1: monthly output (default 1)
idailyout = 0 , ! idailyout - 0: no daily output, 1: daily output (default 0)
idiag = 0 , ! idiag - 0: no diagnostic output, 1-10 # of files to output (default 0)
!
! crops simulation paramters
imetyear = 2008 , ! year to start using hourly met data
dmetyear = 1 , ! day to start using hourly met data (17 geovane)
imetend = 2010 , ! year to end reading in hourly met data
dmetend = 119 , ! day to end reading in hourly met data (39 geovane)
irrigate = 0 , ! 0: no irrigation 1: irrigation strategy used
isimagro = 1 , ! isimagro - 0: no agro crops, 1: unique crop defined by icroptype, 2: crops defined by data in cropsfile
icroptype = 16 , ! define crop type to use in all grid points - 13: soybean / 14: maize / 15: wheat / 16: sgc
iwheattype = 1 , ! 1: spring wheat 2: winter wheat - only used if icroptype = wheat
cropsfile = "crops_monfreda_05d.nc" , ! cropsfile - read crop data to produce crop veg map (use mlpt>1)
irotation = 0 , ! 0: none 1: winter wheat/fallow 2: 2 corn/soy 3: corn/soy/spring wheat 4: soy/winter wheat/corn
iholdsoiln = 1 , ! 0: doesn't save soil inorganic N from restart 1: save inorganic soil N
ffact = 1.0 , ! numeric multiplying factor applied to N fertilizer after 2000 (for all crops)
isoilay = 9 , ! soil layer for which nitrate leaching/drainage is output
elevin = 550 , ! site elevation (m)
thigh = 6 , ! tower input elevation (m)
!
! simulation domain - an entry with the same name and corresponding lon/lat values must be defined in inland-grid.domains
domain = "single_agro", ! domain name used to define lon/lat boundaries (default '')
!
! subgrid tile parameters - ignore if not using subgrid tiles
mlpt = 1 , ! mlpt - multiplicity of land points (subgrid tiles) (default 1, no tiles)
vegtypefile= "" , ! file to read initial vegtype (and tileprop if mlpt>1) (default '', read default)
hrmapfile = "" , ! hrmapfile - read high-res data to produce initial veg map (default '', don't read)
!
! Heterogeneous Parameterization
itauw = 0 , ! itauw - 0:reads 1 dimension tauwood0 from parms canopy; 1:reads 2 dimension from input HP maps (default 0)
ivmax = 0 , ! ivmax - 0:reads 1 dimension vmax_pft from parms canopy; 1:reads 2 dimension from input HP maps (default 0)
isla = 0 , ! isla - 0:reads 1 dimension specla from parms canopy; 1:reads 2 dimension from input HP maps (default 0)
ica = 0 ! ica - 0:reads 1 dimension carbon allocation to wood, leaf and root from parms canopy; 1:reads 2 dimension from input HP maps (default 0)
!
2) Para maiores informações sobre './configure' digite: './configure -help'
3) O arquivo 'config.log', gerado no diretório raiz do modelo após a execução do './configure', apresenta informações do ambiente computacional em que foi executado. Este arquivo ajuda a identificar possíveis erros na instalação.
4) Para remover executável e arquivos compilados,
4.1) 'make clean', para remover os arquivos binarios e o arquivo de execução.
5) Para reiniciar uma simulação em modo GRID, utilizando o 'restart', é necessário realizar alterações no 'inland.infile' encontrado no diretório 'conf'
5.1) Alterar para '1' o parâmetro 'irestart'.
5.2) Alterar o parâmetro 'iyrrestart' para o ano desejado.
5.2) Alterar o parâmetro 'iyear0' para o mesmo ano do iyrrestart.
5.3) Alterar o valor do parâmetro 'nrun' para o número de anos que faltavam para terminar a simulação quando ela foi interrompida.
5.4) Após estas alterações, executar o modelo.
5.5) Importante:
5.5.1) O restart só funciona com a vegetação dinâmica ativa (parâmetro 'isemveg' igual a '1')
5.5.2) O restart inicia a partir do último ano encontrado nos arquivos de saída
5.5.3) O restart não funciona caso o código seja recompilado
5.5.4) O restart não funciona para simulações 'single-point'