GUIA DE USO

Parte 1:

1. Reemplazar las palabras poco frecuentes con se creara el archivo gene_rare.train:

   python replace_rare_words.py

2. Generar el conteo con el archivo genereado:

   python count_freqs.py gene_rare.train > gene.counts

3. Etiquetar las palabras del dev:

   python simple_gen_tagger.py gene.counts gene.dev > gene_dev.p1.out

4. Comprobar:

   python eval_gene_tagger.py gene.key gene_dev.p1.out

   Outputs: Found 2669 GENEs. Expected 642 GENEs; Correct: 424.

        precision  recall      F1-Score
   

   GENE: 0.158861 0.660436 0.256116

5. Etiquetar las palabras del test:

   python simple_gen_tagger.py gene.counts gene.test > gene_test.p1.out

Parte 2:

1. Reemplazar las palabras poco frecuentes con se creara el archivo gene_rare.train:

   python replace_rare_words.py

2. Generar el conteo con el archivo genereado:

   python count_freqs.py gene_rare.train > gene.counts

3. Etiquetar las palabras del dev. Modificar los archivos de entrada y salida lineas 165, 166 y 167 (file_name_counts = "gene.counts" file_name_test = "gene.dev" file_name_output = "gene_dev.p2.out") y descomentar la linea 55 ( words_filter = [] ):

   python viterbi_gen_tagger.py

4. Comprobar:

   python eval_gene_tagger.py gene.key gene_dev.p2.out

   Outputs:

   Found 373 GENEs. Expected 642 GENEs; Correct: 202.

        precision  recall      F1-Score
   

   GENE: 0.541555 0.314642 0.398030

5. Etiquetar las palabras del test. Modificar los archivos de entrada y salida lineas 165, 166 y 167 (file_name_counts = "gene.counts" file_name_test = "gene.test" file_name_output = "gene_test.p2.out") y descomentar la linea 55 ( words_filter = [] ):

   python simple_gen_tagger.py gene.counts gene.test > gene_test.p2.out

Parte 3:

1. Reemplazar las palabras poco frecuentes con informacion con se creara el archivo gene_info_rare.train:

   python replace_rare_words.py

2. Generar el conteo con el archivo genereado:

   python count_freqs.py gene_info_rare.train > gene.counts

3. Etiquetar las palabras del dev. Modificar los archivos de entrada y salida lineas 165, 166 y 167 (file_name_counts = "gene.counts" file_name_test = "gene.dev" file_name_output = "gene_dev.p3.out") y comentar la linea 55 ( #words_filter = [] ):

   python viterbi_gen_tagger.py

4. Comprobar:

   python eval_gene_tagger.py gene.key gene_dev.p2.out

   Outputs:

   Found 415 GENEs. Expected 642 GENEs; Correct: 222.

        precision  recall      F1-Score
   

   GENE: 0.534940 0.345794 0.420057

5. Etiquetar las palabras del test. Modificar los archivos de entrada y salida lineas 165, 166 y 167 (file_name_counts = "gene.counts" file_name_test = "gene.test" file_name_output = "gene_test.p3.out") y comentar la linea 55 ( #words_filter = [] ):

   python simple_gen_tagger.py gene.counts gene.test > gene_test.p2.out