Add in stubs for aerosol DA tasks + bugfix for setup_expt where cycled and ATMA are used (#990)

This PR adds in stubs for aerosol DA tasks (jobs/rocoto shell scripts), the ability for setup_expt and setup_xml to include three aerosol DA related tasks, and in the process of adding this capability, fixes a bug in which the combination of ATMA and cycled revealed that @Property was being used incorrectly.

Fixes #981

Author: CoryMartin-NOAA

jobs/rocoto/aeroanlfinal.sh

@@ -0,0 +1,12 @@
+#! /usr/bin/env bash
+
+source "$HOMEgfs/ush/preamble.sh"
+
+###############################################################
+# Source FV3GFS workflow modules
+. $HOMEgfs/ush/load_fv3gfs_modules.sh
+status=$?
+[[ $status -ne 0 ]] && exit $status
+
+###############################################################
+echo "Do nothing for now"

jobs/rocoto/aeroanlinit.sh

@@ -0,0 +1,12 @@
+#! /usr/bin/env bash
+
+source "$HOMEgfs/ush/preamble.sh"
+
+###############################################################
+# Source FV3GFS workflow modules
+. $HOMEgfs/ush/load_fv3gfs_modules.sh
+status=$?
+[[ $status -ne 0 ]] && exit $status
+
+###############################################################
+echo "Do nothing for now"

jobs/rocoto/aeroanlrun.sh

@@ -0,0 +1,12 @@
+#! /usr/bin/env bash
+
+source "$HOMEgfs/ush/preamble.sh"
+
+###############################################################
+# Source FV3GFS workflow modules
+. $HOMEgfs/ush/load_fv3gfs_modules.sh
+status=$?
+[[ $status -ne 0 ]] && exit $status
+
+###############################################################
+echo "Do nothing for now"

jobs/rocoto/atmanalpost.sh

@@ -1,4 +1,6 @@
-#!/bin/bash -x
+#! /usr/bin/env bash
+
+source "$HOMEgfs/ush/preamble.sh"
 
 ###############################################################
 # Source FV3GFS workflow modules

jobs/rocoto/atmanalprep.sh

@@ -1,4 +1,6 @@
-#!/bin/bash -x
+#! /usr/bin/env bash
+
+source "$HOMEgfs/ush/preamble.sh"
 
 ###############################################################
 # Source FV3GFS workflow modules

jobs/rocoto/atmanalrun.sh

@@ -1,4 +1,6 @@
-#!/bin/bash -x
+#! /usr/bin/env bash
+
+source "$HOMEgfs/ush/preamble.sh"
 
 ###############################################################
 # Source FV3GFS workflow modules

jobs/rocoto/atmensanalpost.sh

@@ -1,4 +1,6 @@
-#!/bin/bash -x
+#! /usr/bin/env bash
+
+source "$HOMEgfs/ush/preamble.sh"
 
 ###############################################################
 # Source FV3GFS workflow modules

jobs/rocoto/atmensanalprep.sh

@@ -1,4 +1,6 @@
-#!/bin/bash -x
+#! /usr/bin/env bash
+
+source "$HOMEgfs/ush/preamble.sh"
 
 ###############################################################
 # Source FV3GFS workflow modules

jobs/rocoto/atmensanalrun.sh

@@ -1,4 +1,6 @@
-#!/bin/bash -x
+#! /usr/bin/env bash
+
+source "$HOMEgfs/ush/preamble.sh"
 
 ###############################################################
 # Source FV3GFS workflow modules

workflow/applications.py

@@ -217,6 +217,9 @@ def _cycled_configs(self):
         if self.do_wafs:
             configs += ['wafs', 'wafsgrib2', 'wafsblending', 'wafsgcip', 'wafsgrib20p25', 'wafsblending0p25']
 
+        if self.do_aero:
+            configs += ['aeroanlinit', 'aeroanlrun', 'aeroanlfinal']
+
         return configs
 
     @property
@@ -348,6 +351,9 @@ def _get_cycled_task_names(self):
 
         gdas_gfs_common_tasks_before_fcst += ['sfcanl', 'analcalc']
 
+        if self.do_aero:
+            gdas_gfs_common_tasks_before_fcst += ['aeroanlinit', 'aeroanlrun', 'aeroanlfinal']
+
         gldas_tasks = ['gldas']
         wave_prep_tasks = ['waveinit', 'waveprep']
         wave_bndpnt_tasks = ['wavepostbndpnt', 'wavepostbndpntbll']