Merge branch 'develop' into feature/fix-versioning

* develop:
  Fix preamble id (#996)
  Add missing "atmos" into job dependencies (#998)
  Bugfix in arch.sh to remove hardwired "htar" (#992)
  Add in stubs for aerosol DA tasks + bugfix for setup_expt where cycled and ATMA are used (#990)

Author: KateFriedman-NOAA

jobs/rocoto/aeroanlfinal.sh

@@ -0,0 +1,12 @@
+#! /usr/bin/env bash
+
+source "$HOMEgfs/ush/preamble.sh"
+
+###############################################################
+# Source FV3GFS workflow modules
+. $HOMEgfs/ush/load_fv3gfs_modules.sh
+status=$?
+[[ $status -ne 0 ]] && exit $status
+
+###############################################################
+echo "Do nothing for now"

jobs/rocoto/aeroanlinit.sh

@@ -0,0 +1,12 @@
+#! /usr/bin/env bash
+
+source "$HOMEgfs/ush/preamble.sh"
+
+###############################################################
+# Source FV3GFS workflow modules
+. $HOMEgfs/ush/load_fv3gfs_modules.sh
+status=$?
+[[ $status -ne 0 ]] && exit $status
+
+###############################################################
+echo "Do nothing for now"

jobs/rocoto/aeroanlrun.sh

@@ -0,0 +1,12 @@
+#! /usr/bin/env bash
+
+source "$HOMEgfs/ush/preamble.sh"
+
+###############################################################
+# Source FV3GFS workflow modules
+. $HOMEgfs/ush/load_fv3gfs_modules.sh
+status=$?
+[[ $status -ne 0 ]] && exit $status
+
+###############################################################
+echo "Do nothing for now"

jobs/rocoto/arch.sh

@@ -213,7 +213,7 @@ if [ $CDUMP = "gfs" ]; then
     # Aerosols
     if [ $DO_AERO = "YES" ]; then
         for targrp in chem; do
-            htar -P -cvf $ATARDIR/$CDATE/${targrp}.tar $(cat $ARCH_LIST/${targrp}.txt)
+            $TARCMD -P -cvf $ATARDIR/$CDATE/${targrp}.tar $(cat $ARCH_LIST/${targrp}.txt)
             status=$?
             if [ $status -ne 0 -a $CDATE -ge $firstday ]; then
                 echo "HTAR $CDATE ${targrp}.tar failed"

jobs/rocoto/atmanalpost.sh

@@ -1,4 +1,6 @@
-#!/bin/bash -x
+#! /usr/bin/env bash
+
+source "$HOMEgfs/ush/preamble.sh"
 
 ###############################################################
 # Source FV3GFS workflow modules

jobs/rocoto/atmanalprep.sh

@@ -1,4 +1,6 @@
-#!/bin/bash -x
+#! /usr/bin/env bash
+
+source "$HOMEgfs/ush/preamble.sh"
 
 ###############################################################
 # Source FV3GFS workflow modules

jobs/rocoto/atmanalrun.sh

@@ -1,4 +1,6 @@
-#!/bin/bash -x
+#! /usr/bin/env bash
+
+source "$HOMEgfs/ush/preamble.sh"
 
 ###############################################################
 # Source FV3GFS workflow modules

jobs/rocoto/atmensanalpost.sh

@@ -1,4 +1,6 @@
-#!/bin/bash -x
+#! /usr/bin/env bash
+
+source "$HOMEgfs/ush/preamble.sh"
 
 ###############################################################
 # Source FV3GFS workflow modules

jobs/rocoto/atmensanalprep.sh

@@ -1,4 +1,6 @@
-#!/bin/bash -x
+#! /usr/bin/env bash
+
+source "$HOMEgfs/ush/preamble.sh"
 
 ###############################################################
 # Source FV3GFS workflow modules

jobs/rocoto/atmensanalrun.sh

@@ -1,4 +1,6 @@
-#!/bin/bash -x
+#! /usr/bin/env bash
+
+source "$HOMEgfs/ush/preamble.sh"
 
 ###############################################################
 # Source FV3GFS workflow modules