JGDAS_GLOBAL_ATMOS_ANALYSIS_PREP

#!/bin/bash

source "$HOMEgfs/ush/preamble.sh"

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# Source relevant config files
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export EXPDIR=${EXPDIR:-$HOMEgfs/parm/config}
configs="base atmanal atmanalprep"
config_path=${EXPDIR:-$NWROOT/gfs.${gfs_ver}/parm/config}
for config in $configs; do
    . $config_path/config.$config
    status=$?
    [[ $status -ne 0 ]] && exit $status
done


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# Source machine runtime environment
##########################################
. $HOMEgfs/env/${machine}.env atmanalprep
status=$?
[[ $status -ne 0 ]] && exit $status


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# Obtain unique process id (pid) and make temp directory
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export pid=${pid:-$$}
export outid=${outid:-"LL$job"}

export DATA=${DATA:-${DATAROOT}/${jobid:?}}
mkdir -p $DATA
cd $DATA || (echo "$DATA does not exist. ABORT!"; exit 1)


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# Run setpdy and initialize PDY variables
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export cycle="t${cyc}z"
setpdy.sh
. ./PDY


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# Determine Job Output Name on System
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export pgmout="OUTPUT.${pid}"
export pgmerr=errfile


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# Set variables used in the script
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export CDATE=${CDATE:-${PDY}${cyc}}
export CDUMP=${CDUMP:-${RUN:-"gfs"}}
export COMPONENT=${COMPONENT:-atmos}

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# Begin JOB SPECIFIC work
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export GDATE=$(date +%Y%m%d%H -d "${CDATE:0:8} ${CDATE:8:2} - ${assim_freq} hours")
gPDY=${GDATE:0:8}
export gcyc=${GDATE:8:2}
export GDUMP=${GDUMP:-"gdas"}

export OPREFIX="${CDUMP}.t${cyc}z."
export GPREFIX="${GDUMP}.t${gcyc}z."
export APREFIX="${CDUMP}.t${cyc}z."
export GSUFFIX=${GSUFFIX:-$SUFFIX}
export ASUFFIX=${ASUFFIX:-$SUFFIX}

export COMOUT=${COMOUT:-$ROTDIR/$CDUMP.$PDY/$cyc/$COMPONENT}

mkdir -p $COMOUT

# COMIN_GES and COMIN_GES_ENS are used in script
export COMIN_GES="$ROTDIR/$GDUMP.$gPDY/$gcyc/$COMPONENT"
export COMIN_GES_ENS="$ROTDIR/enkf$GDUMP.$gPDY/$gcyc/$COMPONENT"

# NOTE BELOW IS A HACK FOR TESTING
# PLEASE FIX THIS LATER
# ASK @aerorahul
# HOW TO HANDLE DIFFERENT COMPILERS/ETC. FOR MODEL VS DA
# PROD_UTIL, ETC. DO NOT EXIST FOR JEDI MODULE VERSIONS
module purge
module use $HOMEgfs/sorc/gdas.cd/modulefiles
module load GDAS/orion
export PYTHONPATH=$HOMEgfs/sorc/gdas.cd/ush/:$PYTHONPATH

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# Run relevant script

EXSCRIPT=${GDASPREPPY:-$HOMEgfs/sorc/gdas.cd/scripts/exgdas_global_atmos_analysis_prep.py}
$EXSCRIPT
status=$?
[[ $status -ne 0 ]] && exit $status

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# End JOB SPECIFIC work
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# Final processing
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if [ -e "$pgmout" ] ; then
  cat $pgmout
fi

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# Remove the Temporary working directory
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cd $DATAROOT
[[ $KEEPDATA = "NO" ]] && rm -rf $DATA

exit 0