JGDAS_EFSOI_SFC

#! /usr/bin/env bash

source "$HOMEgfs/ush/preamble.sh"

export RUN_ENVIR=${RUN_ENVIR:-"nco"}

#############################
# Source relevant config files
#############################
export EXPDIR=${EXPDIR:-$HOMEgfs/parm/config}
configs="base esfcfsoi"
config_path=${EXPDIR:-$NWROOT/gfs.${gfs_ver}/parm/config}
for config in $configs; do
    . $config_path/config.$config
    status=$?
    [[ $status -ne 0 ]] && exit $status
done


##########################################
# Source machine runtime environment
##########################################
. $HOMEgfs/env/${machine}.env esfcfsoi
status=$?
[[ $status -ne 0 ]] && exit $status


##############################################
# Obtain unique process id (pid) and make temp directory
##############################################
export pid=${pid:-$$}
export outid=${outid:-"LL$job"}
export DATA=${DATA:-${DATAROOT}/${jobid:?}}
mkdir -p $DATA
cd $DATA


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# Run setpdy and initialize PDY variables
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export cycle="t${cyc}z"
setpdy.sh
. ./PDY


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# Determine Job Output Name on System
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export pgmout="OUTPUT.${pid}"
export pgmerr=errfile


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# Set variables used in the script
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export CDATE=${CDATE:-${PDY}${cyc}}
export CDUMP=${CDUMP:-${RUN:-"gdas"}}
export COMPONENT=${COMPONENT:-atmos}
if [ $RUN_ENVIR = "nco" ]; then
    export ROTDIR=${COMROOT:?}/$NET/$envir
fi


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# Begin JOB SPECIFIC work
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GDATE=$($NDATE -$assim_freq $CDATE)
gPDY=$(echo $GDATE | cut -c1-8)
gcyc=$(echo $GDATE | cut -c9-10)
GDUMP=${GDUMP:-"gdas"}

export CASE=$CASE_ENKF


EUPD_CYC=$(echo ${EUPD_CYC:-"gdas"} | tr a-z A-Z)
if [ $EUPD_CYC = "GFS" ]; then
    CDUMP_ENKF="gfs"
else
    CDUMP_ENKF=$CDUMP
fi

export OPREFIX="${CDUMP}.t${cyc}z."
export APREFIX="${CDUMP}.t${cyc}z."
export APREFIX_ENKF="${CDUMP_ENKF}.t${cyc}z."
export GPREFIX="${CDUMP}.t${gcyc}z."
export GSUFFIX=${GSUFFIX:-$SUFFIX}
export ASUFFIX=${ASUFFIX:-$SUFFIX}

if [ $RUN_ENVIR = "nco" -o ${ROTDIR_DUMP:-NO} = "YES" ]; then
    export COMIN_OBS=${COMIN_OBS:-$ROTDIR/$RUN.$PDY/$cyc/$COMPONENT}
    export COMIN_GES_OBS=${COMIN_GES_OBS:-$ROTDIR/$GDUMP.$gPDY/$gcyc/$COMPONENT}
else
    export COMIN_OBS="$DMPDIR/$CDATE/$CDUMP"
    export COMIN_GES_OBS="$DMPDIR/$GDATE/$GDUMP"
fi

# COMIN, COMIN_ENS and COMIN_GES_ENS are used in script
# Current GDAS comrot folder
export COMIN="$ROTDIR/$CDUMP.$PDY/$cyc/$COMPONENT"

# Current ENKF (EFSOI) comrot folder
export COMIN_ENS="$ROTDIR/efsoi$CDUMP_ENKF.$PDY/$cyc/$COMPONENT"

# Current ENKF (EFSOI) comrot folder
export COMOUT_ENS="$ROTDIR/efsoi$CDUMP.$PDY/$cyc/$COMPONENT"

# Previous ENKF comrot folder
export COMIN_GES_ENS="$ROTDIR/enkf$CDUMP.$gPDY/$gcyc/$COMPONENT"

#export COMIN="$ROTDIR/$CDUMP.$PDY/$cyc/$COMPONENT"
#export COMIN_ENS="$ROTDIR/enkf$CDUMP_ENKF.$PDY/$cyc/$COMPONENT"
#export COMOUT_ENS="$ROTDIR/enkf$CDUMP.$PDY/$cyc/$COMPONENT"
#export COMIN_GES_ENS="$ROTDIR/enkf$CDUMP.$gPDY/$gcyc/$COMPONENT"


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# Run relevant script

${ENKFRESFCSH:-$SCRgfs/exgdas_enkf_sfc.sh}
status=$?
[[ $status -ne 0 ]] && exit $status


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# End JOB SPECIFIC work
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##############################################
# Final processing
##############################################
if [ -e "$pgmout" ] ; then
  cat $pgmout
fi

##########################################
# Remove the Temporary working directory
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cd $DATAROOT
[[ $KEEPDATA = "NO" ]] && rm -rf $DATA


exit 0