JGFS_ATMOS_CYCLONE_GENESIS

#! /usr/bin/env bash

source "$HOMEgfs/ush/preamble.sh"

export RUN_ENVIR=${RUN_ENVIR:-"nco"}

#############################
# Source relevant config files
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configs="base vrfy"
config_path=${EXPDIR:-$NWROOT/gfs.${gfs_ver}/parm/config}
for config in $configs; do
    . $config_path/config.$config
    status=$?
    [[ $status -ne 0 ]] && exit $status
done


##########################################
# Source machine runtime environment
##########################################
. $HOMEgfs/env/${machine}.env vrfy
status=$?
[[ $status -ne 0 ]] && exit $status


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# Obtain unique process id (pid) and make temp directory
##############################################
if [ $RUN_ENVIR = "nco" ]; then
    export DATA=${DATA:-${DATAROOT}/${jobid:?}}
else
    export job="gfs_cyclone_genesis"
    export DATA="$DATAROOT/${job}$$"
    [[ -d $DATA ]] && rm -rf $DATA
fi
mkdir -p $DATA
cd $DATA


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# Run setpdy and initialize PDY variables
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export cycle="t${cyc}z"
setpdy.sh
. ./PDY


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# Specify NET and RUN Name and model
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export NET=${NET:-gfs}
export RUN=${RUN:-gfs}
export COMPONENT=${COMPONENT:-atmos}

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# Determine Job Output Name on System
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export pgmout="OUTPUT.${pid}"
export pgmerr=errfile

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# Set variables used in the exglobal script
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export CDATE=${CDATE:-${PDY}${cyc}}
export CDUMP=${CDUMP:-${RUN:-"gfs"}}
if [ $RUN_ENVIR = "nco" ]; then
    export ROTDIR=${COMROOT:?}/$NET/$envir
fi
export cmodel=$CDUMP

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# SENDCOM  - Copy Files From TMPDIR to $COMOUT
# SENDDBN  - Issue DBNet Client Calls
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export SENDCOM=YES
export SENDDBN=${SENDDBN:-NO}
export SENDECF=${SENDECF:-NO}

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# Specify Execution Areas
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export HOMEens_tracker=${HOMEens_tracker:-${NWROOT:?}/ens_tracker.${ens_tracker_ver}}
export EXECens_tracker=${EXECens_tracker:-$HOMEens_tracker/exec}
export FIXens_tracker=${FIXens_tracker:-$HOMEens_tracker/fix}
export USHens_tracker=${USHens_tracker:-$HOMEens_tracker/ush}
export SCRIPTens_tracker=${SCRIPTens_tracker:-$HOMEens_tracker/scripts}

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# Define COM directories
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export COMIN=${ROTDIR}/${RUN}.${PDY}/${cyc}/$COMPONENT
export gfsdir=${COMIN}
export COMINgfs=${COMIN}
export COMOUT=${ROTDIR}/${RUN}.${PDY}/${cyc}/$COMPONENT

export JYYYY=$(echo ${PDY} | cut -c1-4)
export COMINgenvit=${COMINgenvit:-${COMOUT}/genesis_vital_${JYYYY}}
export COMOUTgenvit=${COMOUTgenvit:-${COMOUT}/genesis_vital_${JYYYY}}

export COMINsyn=${COMINsyn:-$(compath.py gfs/prod/syndat)}

mkdir -m 775 -p $COMOUTgenvit

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# Run relevant script
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${SCRIPTens_tracker}/exgfs_tc_genesis.sh
export err=$?; err_chk

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# Final processing
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if [ -e "$pgmout" ] ; then
  cat $pgmout
fi

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# Remove the Temporary working directory
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cd $DATAROOT
[[ $KEEPDATA = "NO" ]] && rm -rf $DATA


exit 0