JGDAS_ATMOS_GEMPAK

#! /usr/bin/env bash

source "$HOMEgfs/ush/preamble.sh"

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# GDAS GEMPAK PRODUCT GENERATION
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# obtain unique process id (pid) and make temp directory
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export DATA=${DATA:-${DATAROOT}/${jobid:?}}
mkdir -p $DATA
cd $DATA

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# Set up the cycle variable
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export cycle=${cycle:-t${cyc}z}

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# Run setpdy and initialize PDY variables
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setpdy.sh
. PDY

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# Set up the HOME directory
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export HOMEgfs=${HOMEgfs:-${NWROOT}/gfs.${gfs_ver}}
export EXECgfs=${EXECgfs:-$HOMEgfs/exec}
export PARMgfs=${PARMgfs:-$HOMEgfs/parm}
export PARMwmo=${PARMwmo:-$HOMEgfs/parm/wmo}
export PARMproduct=${PARMproduct:-$HOMEgfs/parm/product}
export FIXgempak=${FIXgempak:-$HOMEgfs/gempak/fix}
export USHgempak=${USHgempak:-$HOMEgfs/gempak/ush}
export SRCgfs=${SRCgfs:-$HOMEgfs/scripts}
export UTILgfs=${UTILgfs:-$HOMEgfs/util}

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# Set up model and cycle specific variables
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export fend=09
export finc=3
export fstart=00
export GRIB=pgrb2f
export EXT=""
export DBN_ALERT_TYPE=GDAS_GEMPAK

export SENDDBN=${SENDDBN:-NO}
export DBNROOT=${DBNROOT:-${UTILROOT}/fakedbn}

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# Specify NET and RUN Name and model
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export NET=${NET:-gfs}
export RUN=${RUN:-gdas}
export model=${model:-gdas}
export COMPONENT=${COMPONENT:-atmos}

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# Define COM directories
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export COMIN=${COMIN:-$(compath.py ${NET}/${envir}/${RUN}.${PDY})/${cyc}/$COMPONENT}
export COMOUT=${COMOUT:-${COMROOT}/${NET}/${envir}/${RUN}.${PDY}/${cyc}/$COMPONENT/gempak}

if [ $SENDCOM = YES ] ; then
  mkdir -m 775 -p $COMOUT
fi

export pgmout=OUTPUT.$$


if [ -f $DATA/poescrip ]; then
   rm $DATA/poescript
fi

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# Execute the script.
echo "$SRCgfs/exgdas_atmos_nawips.sh gdas 009 GDAS_GEMPAK " >> poescript
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# Execute the script for quater-degree grib
echo "$SRCgfs/exgdas_atmos_nawips.sh gdas_0p25 009 GDAS_GEMPAK " >>poescript
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cat poescript

chmod 775 $DATA/poescript
export MP_PGMMODEL=mpmd
export MP_CMDFILE=$DATA/poescript

ntasks=${NTASKS_GEMPAK:-$(cat $DATA/poescript | wc -l)}
ptile=${PTILE_GEMPAK:-4}
threads=${NTHREADS_GEMPAK:-1}
export OMP_NUM_THREADS=$threads
APRUN="mpirun -n $ntasks cfp "

APRUN_GEMPAKCFP=${APRUN_GEMPAKCFP:-$APRUN}
APRUNCFP=$(eval echo $APRUN_GEMPAKCFP)

$APRUNCFP $DATA/poescript
export err=$?; err_chk

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# print exec I/O output
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if [ -e "$pgmout" ] ; then
  cat $pgmout
fi

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# Remove temp directories
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if [ "$KEEPDATA" != "YES" ] ; then
  rm -rf $DATA
fi