Optimized R-Scripts of Thesis_stat, with more focus on automatisation
Die Spektren müssen als TXT File vorliegen, mit den Wellenzahlen in der ersten Spalte (V1), und den Intensitätswerten in der zweiten Spalte (V2). Ein R-Project sollte erstellt werden, dieses enthält folgende Ordner:
- "Files"... enthält alle Skripten:
+ "Funktionen" Skript.. enthält alle zu verwendenden Funktionen und Packages, kann unverändert bleiben
+ "Datenvorbehandlung" Skript.. Hiermit können die Daten eingelesen werden und die
diversen Vorbehandlungen (Ableitung, SNV, Detrend) der Spektren durchgeführt werden.
+ "Dokumentation" Skript.. Hier können der Spektrale Bereich eingeschränkt werden und die Ausreißer
entfernt werden.
+ "Statistik - General" Skript.. Dieses Skript enthält die statistischen Methoden (PCA,HCA)
+ "Spectra-Loading" Skript.. enthält die Möglichkeiten die Mittelwertsspektren der Gruppen und die
Loadings gemeinsam zu plotten, sowie die Möglichkeit Score-plots mit unterschiedlichen Symbolen
zu erstellen.
- "Graphs"... hier werden die generierten Graphen abgespeichert
- "Raw_data"... hier liegen die Originaldaten, die Txt Files der Spektren.
Dieser Ordner kann aber auch anders benannt werden, dann mus der Pfad in der
"My.Import" Funktion geändert werden.
Nachdem man die Rohdaten im "Raw_data" Ordner platziert hat, oder in dem selbst gewählten Pfad, kann man das R-Project öffnen und das Datenvorbehandlungsskript starten. Wenn man den "Raw_data" Ordner verwendet, kann man den Location Parameter der "My.Import" Funktion beibehalten, sonst muss man den gewünschten Dateipfad eingeben. Den Gruppen Parameter übergibt man nun einen Vektor der die Namen der Gruppen enthält, dabei darauf achten, dass diese in den TXT File-Namen vorkommen und eindeutig sind. Hat man dies verändert, kann man das Skript bis vor den Punkt "Basislinien Korrektur" ausführen. Nun hat man die Möglichkeit, die Spektren Basislinien zu korrigieren, SNV anzuwenden, eine Ableitung durchzuführen oder die detrend Funktion (Basislinien Korrektur und SNV) anzuwenden. Wenn man die jeweiligen Spektren plotten will, muss man in der Variable "Select" den Index der Vorbehandlung auswählen. Will man die dabei generierten Grafiken speichern, muss man die "My.export_Start" und die "My.export_end" Funktion entkommentieren und mitausführen (Dies gilt für alle Skripten) Hat man die ausreichenden Vorbehandlungen durchgeführt, kann man das "Statistik" Skript öffnen, die gewählte Vorbehandlung über die Variable "Stats" auswählen und das Skript Punkt für Punkt ausführen. Will man aufgrund dieser Ergbenisse die Auswertung anpassen, ist das "Dokumentations" Skript zu öffnen, hier können der spektrale Bereich eingeschränkt werden und die Ausreißer entfernt werden. Wenn man dieses Skript ausführt, muss man anschließend das "Statistik" Skript wieder ausführen. Um das "Loadings-Spectra" Skript verwenden zu können, müssen die statistischen Analysen bereits durchgeführt worden sein. Mit diesem können dann schöner Scoreplots sowie eine Überlagerung der Hauptkomponenten und der Mittelwert-Spektren durchgeführt werden.