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BioDataScience2.Rproj

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CONDUCT.md

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DESCRIPTION

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LICENSE

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LICENSE.md

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NAMESPACE

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NEWS.md

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R/BioDataScience2-package.R

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R/addins.R

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R/learnr.R

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R/run.R

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README.md

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inst/extdata/belgianblue.xlsx

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inst/rstudio/addins.dcf

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inst/shiny/B01Sa_reglin/app.R

100644100755
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inst/shiny/B04Sa_micmen/app.R

100644100755
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inst/shiny/B04Sb_exponent/app.R

100644100755
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inst/shiny/B04Sc_logis/app.R

100644100755
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inst/tutorials/B01La_rappel/B01La_rappel.Rmd

100644100755
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inst/tutorials/B01La_rappel/images/clone.png

100644100755
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inst/tutorials/B01La_rappel/images/fork.png

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inst/tutorials/B01La_rappel/images/gestion-version.drawio.png

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inst/tutorials/B01Lb_reglin1/B01Lb_reglin1.Rmd

100644100755
Lines changed: 3 additions & 3 deletions
Original file line numberDiff line numberDiff line change
@@ -4,7 +4,7 @@ author: "Guyliann Engels & Philippe Grosjean"
44
description: "**SDD II Module1** Application des concepts liés la régression linéaire simple."
55
tutorial:
66
id: "B01Lb_reglin1"
7-
version: 2.1.0/10
7+
version: 2.1.1/10
88
output:
99
learnr::tutorial:
1010
progressive: true
@@ -119,7 +119,7 @@ question("Quelles sont les combinaisons de variables les plus corrélées ?",
119119

120120
- Réalisez une matrice de corrélation avec la méthode de Spearman.
121121

122-
💬 *Un snippet peut vous aider à réaliser cet exercice.*
122+
💬 **Un snippet peut vous aider à réaliser cet exercice.**
123123

124124
```{r corr2_h3, exercise=TRUE, exercise.lines=2, exercise.setup="correlation-prep"}
125125
correlation(___[, ___:___], use = ___, method = ___)
@@ -191,7 +191,7 @@ grade_code("Présenter une matrice de corrélation sous la forme d'un graphique,
191191

192192
## Régression linéaire
193193

194-
```{r reglin_init}
194+
```{r reglin1_init}
195195
set.seed(42)
196196
x <- seq(from = 5, to = 15, by = 0.25)
197197
a <- x * 1.0 + 3 + rnorm(sd = 0.5, n = length(x))

inst/tutorials/B02La_reg_multi/B02La_reg_multi.Rmd

100644100755
Lines changed: 41 additions & 33 deletions
Original file line numberDiff line numberDiff line change
@@ -4,10 +4,11 @@ author: "Guyliann Engels & Philippe Grosjean"
44
description: "**SDD II Module 2** Application des concepts liés la régression linéaire multiple."
55
tutorial:
66
id: "B02La_reg_multi"
7-
version: 1.0.0
7+
version: 2.0.0/7
88
output:
99
learnr::tutorial:
1010
progressive: true
11+
allow_skip: true
1112
runtime: shiny_prerendered
1213
---
1314

@@ -26,15 +27,14 @@ BioDataScience2::learnr_server(input, output, session)
2627

2728
----
2829

29-
**Ce tutoriel est encore sous sa première version, il est en cours de mise à jour. **
30-
3130
## Objectifs
3231

33-
- TODO
32+
- Savoir lire la sortie renvoyée par `summary()` lorsqu'il est appliqué à un objet `lm`.
33+
- Maîtriser la régression linéaire multiple dans R avec la fonction `lm()`.
3434

3535
## Régression linéaire
3636

37-
Réalisez une régression linéaire simple sur le jeu de données df1 de la variable y en fonction de la vairable x
37+
Réalisez une régression linéaire simple sur le jeu de données `df1` de la variable `y` en fonction de la variable `x`.
3838

3939
```{r reglin-init}
4040
# edition de l'exercice
@@ -52,19 +52,18 @@ df1 <- tibble(
5252
x = vec2,
5353
y = reg_lin(vec2, 0.5, 0) + rnorm(sd=0.5, n = length(vec1)))
5454
55-
lm_lin <- lm(df1, formula = y ~ x -1)
55+
lm_lin <- lm(df1, formula = y ~ x - 1)
5656
lm_lin_param <- broom::glance(lm_lin)
5757
lm_lin_result <- broom::tidy(lm_lin)
5858
```
5959

60-
Vous avez à votre disposition le graphique suivant pour visualiser les données
60+
Vous avez à votre disposition le graphique suivant pour visualiser les données.
6161

6262
```{r}
6363
chart(df1, formula= y ~ x) +
6464
geom_point()
6565
```
6666

67-
6867
```{r reglin-prep}
6968
# edition de l'exercice
7069
set.seed(42)
@@ -82,12 +81,18 @@ df1 <- tibble(
8281
y = reg_lin(vec2, 0.5, 0) + rnorm(sd=0.5, n = length(vec1)))
8382
```
8483

85-
```{r reglin_noscore, exercise = TRUE, exercise.setup = "reglin-prep", exercise.checker=learndown::checker_ack_learnr}
84+
💬 **Un snippet peut vous aider à réaliser cet exercice.**
85+
86+
```{r reglin_h2, exercise = TRUE, exercise.setup = "reglin-prep"}
8687
#
87-
summary(df1)
88+
summary(lm. <- lm(data = ___, ___ ~ ___))
89+
lm. %>.% (function (lm, model = lm[["model"]], vars = names(model))
90+
chart(model, aes_string(x = vars[2], y = vars[1])) +
91+
geom_point() +
92+
stat_smooth(method = "lm", formula = y ~ x))(.)
8893
```
8994

90-
```{r reglin_noscore-hint-1}
95+
```{r reglin_h2-hint}
9196
#snippet
9297
summary(lm. <- lm(data = DF, YNUM ~ XNUM))
9398
lm. %>.% (function (lm, model = lm[["model"]], vars = names(model))
@@ -100,23 +105,25 @@ lm. %>.% (function (lm, model = lm[["model"]], vars = names(model))
100105
chart(model, aes_string(x = vars[2], y = vars[1])) +
101106
geom_point() +
102107
stat_smooth(method = "lm", formula = y ~ x + 0))(.)
108+
109+
#### ATTENTION: Hint suivant = solution !####
103110
```
104111

105-
```{r reglin_noscore-solution}
106-
summary(lm. <- lm(data = df1, y~ x+ 0))
112+
```{r reglin_h2-solution}
113+
summary(lm. <- lm(data = df1, y ~ x + 0))
107114
lm. %>.% (function (lm, model = lm[["model"]], vars = names(model))
108115
chart(model, aes_string(x = vars[2], y = vars[1])) +
109116
geom_point() +
110117
stat_smooth(method = "lm", formula = y ~ x + 0))(.)
111118
```
112119

113-
```{r reglin_noscore-check}
114-
# TODO
120+
```{r reglin_h2-check}
121+
grade_code("Vous avez réalisé votre premier modèle linéaire.")
115122
```
116123

117-
Suite à votre analyse répondez aux questions suivantes
124+
Suite à votre analyse répondez aux questions suivantes :
118125

119-
```{r qu_reglin1_noscore}
126+
```{r qu_reglin}
120127
quiz(
121128
question(text = "Quelle est la valeur de l'ordonnée à l'origine ?",
122129
answer(sprintf("%.2f", 0), correct = TRUE),
@@ -178,7 +185,7 @@ lm_mult_coef <- broom::tidy(lm_mult)
178185
lm_mult_param <- broom::glance(lm_mult)
179186
```
180187

181-
Réalisez une régression linéaire simple sur le jeu de données `df2` de la variable y en fonction de la variable `x` et `x1`
188+
Réalisez une régression linéaire simple sur le jeu de données `df2` de la variable `y` en fonction de la variable `x` et `x1`.
182189

183190
```{r regmulti-prep}
184191
# edition de l'exercice
@@ -207,32 +214,33 @@ df2 <- tibble::tibble(
207214
b = 2))
208215
```
209216

210-
```{r regmulti_noscore, exercise = TRUE, exercise.setup = "regmulti-prep", exercise.checker=learndown::checker_ack_learnr}
217+
💬 **Un snippet peut vous aider à réaliser cet exercice.**
218+
219+
```{r regmulti_h2, exercise = TRUE, exercise.setup = "regmulti-prep"}
211220
# résumé des données
212221
df2
213-
#
222+
# régression multiple
223+
summary(lm. <- lm(data = ___, ___ ~ ___))
214224
```
215225

216-
```{r regmulti_noscore-hint-1}
217-
# Snippet
218-
summary(lm. <- lm(data = DF, FORMULA))
226+
```{r regmulti_h2-hint}
227+
summary(lm. <- lm(data = DF, Y ~ VAR1 + VAR2))
219228
```
220229

221-
```{r regmulti_noscore-hint-2}
222-
summary(lm. <- lm(data = DF, formula = Y ~ VAR1 + VAR2))
223-
```
224-
225-
```{r regmulti_noscore-solution}
226-
summary(lm. <- lm(data = df2, formula = y ~ x + x1))
230+
```{r regmulti_h2-solution}
231+
# résumé des données
232+
df2
233+
# régression multiple
234+
summary(lm. <- lm(data = df2, y ~ x + x1))
227235
```
228236

229-
```{r regmulti_noscore-check}
230-
#TODO
237+
```{r regmulti_h2-check}
238+
grade_code("Vous venez de réaliser votre première régression linéaire multiple. Elles n'auront bientôt plus de secret pour vous !")
231239
```
232240

233241
Suite à votre analyse répondez aux questions suivantes :
234242

235-
```{r qu_regmulti_noscore}
243+
```{r qu_regmulti}
236244
quiz(
237245
question(text = "Quelle est la valeur de l'ordonnée à l'origine ?",
238246
answer(sprintf("%.2f", lm_mult_coef$estimate[1]), correct = TRUE),
@@ -254,7 +262,7 @@ quiz(
254262

255263
## Conclusion
256264

257-
Vous venez de terminer votre séance d'exercice.
265+
Vous venez de terminer votre séance d'exercices.
258266

259267
```{r comm_noscore, echo=FALSE}
260268
question_text(

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