From f74a25ac308086ad5f750c6c66a7f0067a45de9e Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: hswerdfe Date: Mon, 15 Mar 2021 12:14:36 -0400 Subject: [PATCH] changed siteMeasument unit as catetory now. --- img/ERD.svg | 415 ++++++++++++------------ metadata_en.md | 36 ++- metadata_fr.md | 494 +++++++++++++++-------------- site/VariableCategory.csv | 19 +- site/Variables.csv | 4 +- src/wbe_create_table_SQLITE_en.sql | 8 +- 6 files changed, 515 insertions(+), 461 deletions(-) diff --git a/img/ERD.svg b/img/ERD.svg index 6b409986..dd35b3d9 100644 --- a/img/ERD.svg +++ b/img/ERD.svg @@ -4,317 +4,328 @@ - - + + %0 - + AssayMethod - -AssayMethod - -assayMethodID - -character - -instrumentID - -character - + +AssayMethod + +assayMethodID + +character + +instrumentID + +character + Instrument - -Instrument - -instrumentID - -character - + +Instrument + +instrumentID + +character + - + AssayMethod:instrumentID->Instrument:instrumentID - - - + + + CovidPublicHealthData - -CovidPublicHealthData - -cphdID - -character - -reporterID - -character - -polygonID - -character - + +CovidPublicHealthData + +cphdID + +character + +reporterID + +character + +polygonID + +character + Polygon - -Polygon - -polygonID - -character - + +Polygon + +polygonID + +character + - + CovidPublicHealthData:polygonID->Polygon:polygonID - - - + + + Reporter - -Reporter - -reporterID - -character - -siteIDDefault - -character - -labIDDefault - -character - + +Reporter + +reporterID + +character + +siteIDDefault + +character + +labIDDefault + +character + - + CovidPublicHealthData:reporterID->Reporter:reporterID - - - + + + Lab - -Lab - -labID - -character - -assayMethodIDDefault - -character - + +Lab + +labID + +character + +assayMethodIDDefault + +character + - + Lab:assayMethodIDDefault->AssayMethod:assayMethodID - - - + + + Lookup - -Lookup - + +Lookup + - + Reporter:labIDDefault->Lab:labID - - - + + + Site - -Site - -siteID - -character - -polygonID - -character - + +Site + +siteID + +character + +polygonID + +character + - + Reporter:siteIDDefault->Site:siteID - - - + + + Sample - -Sample - -sampleID - -character - -siteID - -character - -instrumentID - -character - + +Sample + +sampleID + +character + +siteID + +character + +instrumentID + +character + Sample:instrumentID->Instrument:InstrumentID - - - + + + Sample:siteID->Site:siteID - - - + + + Site:polygonID->Polygon:polygonID - - - + + + SiteMeasure - -SiteMeasure - -uSiteMeasureID - -character - -siteID - -character - -instrumentID - -character - -reporterID - -character - + +SiteMeasure + +uSiteMeasureID + +character + +siteID + +character + +instrumentID + +character + +reporterID + +character + +sampleID + +character + SiteMeasure:instrumentID->Instrument:instrumentID - - - + + + SiteMeasure:reporterID->Reporter:reporterID - - - + + + + + + +SiteMeasure:sampleID->Sample:sampleID + + + SiteMeasure:siteID->Site:siteID - - - + + + WWMeasure - -WWMeasure - -uWwMeasureID - -character - -sampleID - -character - -labID - -character - -assayID - -character - -instrumentID - -character - -reporterID - -character - + +WWMeasure + +uWwMeasureID + +character + +sampleID + +character + +labID + +character + +assayID + +character + +instrumentID + +character + +reporterID + +character + WWMeasure:assayID->AssayMethod:assayID - - - + + + WWMeasure:instrumentID->Instrument:instrumentID - - - + + + WWMeasure:labID->Lab:labID - - - + + + WWMeasure:reporterID->Reporter:reporterID - - - + + + WWMeasure:sampleID->Sample:sampleID - - - + + + diff --git a/metadata_en.md b/metadata_en.md index 28895cf6..3782eb87 100644 --- a/metadata_en.md +++ b/metadata_en.md @@ -196,7 +196,7 @@ Measurement result (ie. single variable) from a wastewater sample. WWMeaasure in - `ph`: pH units - `uScm`: Micro-siemens per centimeter. - `detected`: Gene copies or variant detected in the sampleGene or variant copiesDetected = 1Gene or variant copiesNot detected = 0. - - `porpVar`: Proportion of variant in sample + - `propVar`: Proportion of variant in sample - `pp`: Percent positive, for Moore swab. - `pps`: Percent primary sludge, for total solids. - `c`: temperature in celsius @@ -225,7 +225,7 @@ Measurement result (ie. single variable) from a wastewater sample. WWMeaasure in - **index**:(Index): [integer] Index number in case the measurement was taken multiple times. -- **value**:(Value): [float] The actual measurement value that was obtained through analysis. +- **value**:(Value): [float] The actual value that is being reported for this measurement. Use "NA" for missing values and make sure to leave a note. - **qualityFlag**:(Quality flag): [boolean] Does the reporter suspect the measurement having some quality issues @@ -270,6 +270,12 @@ The site of wastewater sampling, including several defaults that can be used to - **description**:(Description): [string] Description of wastewater site (city, building, street, etc.) to better identify the location of the sampling point. +- **publicHealthDepartment**:(Public health department or region): [string] The public health department or region where the site or institute is located. See also `healthRegion` if there is a separate regional health care delivery authority. + + +- **healthRegion**:(Health planning region): [string] The health planning authority where is site or insititute is located. See also `publicHealthDepartment` + + - **type**:(Type): [category] Type of site or institution where sample was taken. - `airPln`: Airplane. - `corFcil`: Correctional facility. @@ -351,6 +357,9 @@ Measurement result (ie. single variable) obtained by at the site of wastewater s - **reporterID**:(Reporter id): (Foreign key) [string] Links with the reporter that is responsible for the data. +- **sampleID**:(Sample id): (Foreign key) [string] Links with the identified Sample + + - **dateTime**:(Date time): [date] The date and time the measurement was performed. @@ -368,6 +377,10 @@ Measurement result (ie. single variable) obtained by at the site of wastewater s - `wwNH4N`: Ammonium nitrogen concentration, as N. - `wwTN`: Total nitrogen concentration, as N. - `wwpH`: pH of the wastewater. + - `wwBOD5t`: 5 day total biochemical oxygen demand + - `wwBOD5c`: 5 day carbonaceous biochemical oxygen demand + - `wwPtot`: Total phosphates + - `wwPP`: Total phosphorous - `wwCond`: Conductivity of the wastewater. - **typeOther**:(Type other): [string] Description of the measurement in case it is not listed in type. @@ -379,14 +392,11 @@ Measurement result (ie. single variable) obtained by at the site of wastewater s - **aggregation**:(Aggregation): [category] When reporting an aggregate measurement, this field describes the method used. - `single`: This value is not an aggregate measurement in any way (ie. not a mean, median, max or any other) and can be a replicate value. - `mean`: Arithmetic mean - - `meanNr`: Arithmetic mean, normalized - `geoMn`: Geometric mean - - `geoMnNr`: Geometric mean, normalized - `median`: Median - `min`: Lowest value in a range of values - `max`: Highest value in a range of values - `sd`: Standard deviation - - `sdNr`: Standard deviation, normalized - `other`: Other aggregation method. Add description to aggregationOther - **aggregationOther**:(Aggregation other): [string] Description for other type of aggregation not listed in aggregation. @@ -395,11 +405,17 @@ Measurement result (ie. single variable) obtained by at the site of wastewater s - **aggregationDesc**:(Aggregation desc): [string] Information on OR reference to which measurements that were included to calculate the aggregated measurement that is being reported. -- **value**:(Value): [float] The actual value that is being reported for this measurement. - +- **value**:(Value): [float] The actual value that is being reported for this measurement. Use "NA" for missing values and make sure to leave a note. -- **unit**:(Unit): [string] The engineering unit of the measurement. +- **unit**:(Unit): [category] The engineering unit of the measurement. + - `c`: Degrees Celcius + - `mm`: Millimeters + - `m3H`: Cubic meters per hour + - `m3D`: Cubic meters per day + - `mgL`: Milligrams per liter + - `pH`: pH units + - `usCM`: Micro-siemens per centimeter - **qualityFlag**:(Quality flag): [boolean] Does the reporter suspect quality issues with the value of this measurement @@ -506,7 +522,7 @@ The assay method that was used to perform testing. Create a new record if there - **aliasID**:(Alias id): [string] ID of an assay that is the same or similar. a comma separated list. -- **sampleSizeL**:(Sample size l): [float] Size of the sample that is analyzed in liters. +- **extractionVolMl**:(Extraction volume in ml): [float] Size of the sample that is analyzed in milliliters. - **loq**:(Loq): [float] Limit of quantification (LOQ) for this method if one exists. @@ -630,7 +646,7 @@ Covid-19 patient data for a specified polygon. - `report`: Date that the numbers were reported publicly. Typically, reported data and this measure is most commonly reported and used. - `test`: Date that the covid-19 test was performed. -- **value**:(Value): [float] The numeric value that is being reported. +- **value**:(Value): [float] The actual value that is being reported for this measurement. Use "NA" for missing values and make sure to leave a note. - **notes**:(Notes): [string] Any additional notes. diff --git a/metadata_fr.md b/metadata_fr.md index e528983d..cfd2fbfa 100644 --- a/metadata_fr.md +++ b/metadata_fr.md @@ -43,80 +43,80 @@ Utilisez le diagramme des relations entre les entités pour identifier le type d L'échantillon est un volume d'eau usée représentatif de l'eau présente sur un site, qui est ensuite analysé en laboratoire. -- **sampleID**:(Identifiant de l'chantillon): (Primary Key) [string] Identifiant unique pour l'chantillon. Suggestion:siteID-date-index. +- **sampleID**:(Identifiant de l'chantillon): (Primary Key) [string] Identifiant unique pour l'chantillon. Suggestion:siteID-date-index. -- **siteID**:(Identifiant du site): (Foreign key) [string] Cre un lien avec la table "Site" pour dcrire le point d'chantillonage. +- **siteID**:(Identifiant du site): (Foreign key) [string] Cre un lien avec la table "Site" pour dcrire le point d'chantillonage. -- **instrumentID**:(Identifiant de l'instrument): (Foreign key) [string] Cre un lien avec la table "Instrument" pour dcrire l'instrument utilis pour l'chantillonnage. +- **instrumentID**:(Identifiant de l'instrument): (Foreign key) [string] Cre un lien avec la table "Instrument" pour dcrire l'instrument utilis pour l'chantillonnage. -- **dateTime**:(Date et heure): [datetime] Date, heure et fuseau horaire de collecte d'un chantillon ponctuel. +- **dateTime**:(Date et heure): [datetime] Date, heure et fuseau horaire de collecte d'un chantillon ponctuel. -- **dateTimeStart**:(Date et heure de dbut): [datetime] Date, heure et fuseau horaire de dbut de collecte d'un chantillon composite. +- **dateTimeStart**:(Date et heure de dbut): [datetime] Date, heure et fuseau horaire de dbut de collecte d'un chantillon composite. -- **dateTimeEnd**:(Date et heure de fin): [datetime] Date, heure et fuseau horaire de fin de collecte d'un chantillon composite. +- **dateTimeEnd**:(Date et heure de fin): [datetime] Date, heure et fuseau horaire de fin de collecte d'un chantillon composite. -- **type**:(Type): [category] Type d'chantillon. - - `rawWW`: Eau use brute - - `swrSed`: Sdiments provenant des gouts. - - `pstGrit`: Eau use aprs dgrillage et dessablage. - - `pSludge`: Boue provenant d'un dcanteur primaire. - - `pEfflu`: Effluent obtenu aprs un dcanteur primaire. - - `sSludge`: Boue provenant d'un dcanteur secondaire. - - `sEfflu`: Effluent obtenu aprs un dcanteur secondaire. - - `water`: Eau non-use provenant de toute tendue d'eau. - - `faeces`: Matire fcale. - - `other`: Autre type de site d'chantillonnage. Ajouter une description dans la colonne "typeOther" +- **type**:(Type): [category] Type d'chantillon. + - `rawWW`: Eau use brute + - `swrSed`: Sdiments provenant des gouts. + - `pstGrit`: Eau use aprs dgrillage et dessablage. + - `pSludge`: Boue provenant d'un dcanteur primaire. + - `pEfflu`: Effluent obtenu aprs un dcanteur primaire. + - `sSludge`: Boue provenant d'un dcanteur secondaire. + - `sEfflu`: Effluent obtenu aprs un dcanteur secondaire. + - `water`: Eau non-use provenant de toute tendue d'eau. + - `faeces`: Matire fcale. + - `other`: Autre type de site d'chantillonnage. Ajouter une description dans la colonne "typeOther" -- **typeOther**:(Type autre): [string] Description d'un type d'chantillon ne faisant pas partie des options disponibles. +- **typeOther**:(Type autre): [string] Description d'un type d'chantillon ne faisant pas partie des options disponibles. -- **collection**:(Mthode de collecte): [category] Mthode utilise pour chantillonner. - - `cpTP24h`: Un chantillon composite proportionnel au temps prlev sur 24 heures, gnralement prlev par un auto-chantilonneur. - - `cpFP24h`: Un chantillon composite proportionnel au dbit prlev sur 24 heures, gnralement prlev par un auto-chantilonneur. - - `grb`: Un seul chantillon ponctuel reprsentatif. - - `grbCp8h`: Un chantillon composite prlev sur 8 heures consitu d'chantillons ponctuels collects une fois par heure, gnralement prlev manuellement. - - `grbCp3h`: Un chantillon composite prlev sur 3 heures consitu d'chantillons ponctuels collects une fois par heure, gnralement prlev manuellement. - - `grbCp3`: Un chantillon composite compos de 3 chantillons ponctuels. - - `mooreSw`: Un chantillon passif collect par la mthode de Moore. - - `other`: Autre mthode de collecte. Ajouter une description dans la colonne "descriptionOther" +- **collection**:(Mthode de collecte): [category] Mthode utilise pour chantillonner. + - `cpTP24h`: Un chantillon composite proportionnel au temps prlev sur 24 heures, gnralement prlev par un auto-chantilonneur. + - `cpFP24h`: Un chantillon composite proportionnel au dbit prlev sur 24 heures, gnralement prlev par un auto-chantilonneur. + - `grb`: Un seul chantillon ponctuel reprsentatif. + - `grbCp8h`: Un chantillon composite prlev sur 8 heures consitu d'chantillons ponctuels collects une fois par heure, gnralement prlev manuellement. + - `grbCp3h`: Un chantillon composite prlev sur 3 heures consitu d'chantillons ponctuels collects une fois par heure, gnralement prlev manuellement. + - `grbCp3`: Un chantillon composite compos de 3 chantillons ponctuels. + - `mooreSw`: Un chantillon passif collect par la mthode de Moore. + - `other`: Autre mthode de collecte. Ajouter une description dans la colonne "descriptionOther" -- **collectionOther**:(Mthode de collecte autre): [string] Description d'une mthode d'chantillonnage ne faisant pas partie des options disponibles. +- **collectionOther**:(Mthode de collecte autre): [string] Description d'une mthode d'chantillonnage ne faisant pas partie des options disponibles. -- **preTreatment**:(Pr-traitement): [boolean] L'chantillon a-t-il t chimiquement altr par un ajout de stabilisant ou autre? +- **preTreatment**:(Pr-traitement): [boolean] L'chantillon a-t-il t chimiquement altr par un ajout de stabilisant ou autre? -- **preTreatmentDescription**:(Description du pr-traitment): [string] Description du pr-traitement le cas chant. +- **preTreatmentDescription**:(Description du pr-traitment): [string] Description du pr-traitement le cas chant. -- **pooled**:(chantillon combin): [boolean] S'il s'agit d'un chantillon combin, c'est--dire, est-il compos de plusieurs chantillons "enfants"? +- **pooled**:(chantillon combin): [boolean] S'il s'agit d'un chantillon combin, c'est--dire, est-il compos de plusieurs chantillons "enfants"? -- **children**:(Enfants): [string] Si l'chantillon est lie des sous-chantillons (soit parce qu'il s'agit d'un chantillon combin ou parce que des sous-chantillons ont t prlevs dans cet chantillon), insrer les identifiant des chantillons enfants dans une liste spare par des virgules. +- **children**:(Enfants): [string] Si l'chantillon est lie des sous-chantillons (soit parce qu'il s'agit d'un chantillon combin ou parce que des sous-chantillons ont t prlevs dans cet chantillon), insrer les identifiant des chantillons enfants dans une liste spare par des virgules. -- **parent**:(Parent): [string] Si l'chantillon a t combin un plus grand chantillon, indiquer l'identifiant du plus grand chantillon. +- **parent**:(Parent): [string] Si l'chantillon a t combin un plus grand chantillon, indiquer l'identifiant du plus grand chantillon. -- **sizeL**:(Volume l): [float] Volume total d'eau ou de boue prleve. +- **sizeL**:(Volume l): [float] Volume total d'eau ou de boue prleve. -- **fieldSampleTempC**:(Temprature de l'chantillon de terrain c): [float] Temprature laquelle l'chantillon tait stock pendant l'chantillonnage. Ce champ est principalement pertinent pour les chantillons composites, qui peuvent tre stockes temprature ambiante ou rfrigrs durant l'chantillonnage. +- **fieldSampleTempC**:(Temprature de l'chantillon de terrain c): [float] Temprature laquelle l'chantillon tait stock pendant l'chantillonnage. Ce champ est principalement pertinent pour les chantillons composites, qui peuvent tre stockes temprature ambiante ou rfrigrs durant l'chantillonnage. -- **shippedOnIce**:(Expdi sur glace): [boolean] L'chantillon a-t-il t gard au froid lors du transport vers le laboratoire? +- **shippedOnIce**:(Expdi sur glace): [boolean] L'chantillon a-t-il t gard au froid lors du transport vers le laboratoire? -- **storageTempC**:(Temprature de stockage c): [float] Temprature de stockage de l'chantillon en degrs Celsius +- **storageTempC**:(Temprature de stockage c): [float] Temprature de stockage de l'chantillon en degrs Celsius -- **qualityFlag**:(Indicateur de mauvaise qualit): [boolean] Le reporteur a-t-il des doutes sur la qualit de l'chantillon? +- **qualityFlag**:(Indicateur de mauvaise qualit): [boolean] Le reporteur a-t-il des doutes sur la qualit de l'chantillon? - **notes**:(Notes): [string] Ajouter toutes notes additionnelles. @@ -125,133 +125,133 @@ L'échantillon est un volume d'eau usée représentatif de l'eau présente sur u Résultat de mesure (une seule variable à la fois) pour un échantillon d'eau usée. Cette table inclut des données typiquement collectées par les techniciens de laboratoires d'analyse des eaux usées. Ces mesures sont réalisées à l'aide d'une méthode d'analyse (voir la table "AssayMethod") ou encore à l'aide d'un instrument spécifique (voir la table "Instrument'). Les mesures réalise in-situ au site d'échantilonnage sont reportées dans la table "SiteMeasure". -- **uWwMeasureID**:(id u mesure eaux uses): (Primary Key) [string] Identifiant unique pour la mesure pour la table "WWMeasurement" +- **uWwMeasureID**:(id u mesure eaux uses): (Primary Key) [string] Identifiant unique pour la mesure pour la table "WWMeasurement" -- **wwMeasureID**:(id mesure eaux uses): [string] Identifiat unique utilis dans la table horizontale seulement. Utiliser quand toutes les mesures effectues sur un chantillon sont ralises en mme temps dans le mme laboratoire. Suggestion: siteID_sampleID_LabID_reportDate_ID. +- **wwMeasureID**:(id mesure eaux uses): [string] Identifiat unique utilis dans la table horizontale seulement. Utiliser quand toutes les mesures effectues sur un chantillon sont ralises en mme temps dans le mme laboratoire. Suggestion: siteID_sampleID_LabID_reportDate_ID. -- **sampleID**:(Identifiant de l'chantillon): (Foreign key) [string] Cre un lien avec la table "Sample" pour dcrire l'chantillon mesur. +- **sampleID**:(Identifiant de l'chantillon): (Foreign key) [string] Cre un lien avec la table "Sample" pour dcrire l'chantillon mesur. -- **labID**:(Identifiant du laboratoire): (Foreign key) [string] Cre un lien avec la table "Lab" pour dcrire le laboratoire effectuant la mesure. +- **labID**:(Identifiant du laboratoire): (Foreign key) [string] Cre un lien avec la table "Lab" pour dcrire le laboratoire effectuant la mesure. -- **assayID**:(Identifiant de la mthode d'analyse): (Foreign key) [string] Cre un lien avec la table "AssayMethod" pour dcrire la mthode employe pour effectuer la mesure. Utiliser l'identifiant de l'instrument pour des mesures non virales. +- **assayID**:(Identifiant de la mthode d'analyse): (Foreign key) [string] Cre un lien avec la table "AssayMethod" pour dcrire la mthode employe pour effectuer la mesure. Utiliser l'identifiant de l'instrument pour des mesures non virales. -- **instrumentID**:(Identifiant de l'instrument): (Foreign key) [string] Cre un lien avec la table "Instrument" l'appareil employ pour effectuer la mesure. Utiliser l'identifiant de la mthode d'analyse pour les mesures virales. +- **instrumentID**:(Identifiant de l'instrument): (Foreign key) [string] Cre un lien avec la table "Instrument" l'appareil employ pour effectuer la mesure. Utiliser l'identifiant de la mthode d'analyse pour les mesures virales. -- **reporterID**:(Identifiant du reporteur): (Foreign key) [string] Cre un lien avec les informations propres au reporteur associ la mesure. +- **reporterID**:(Identifiant du reporteur): (Foreign key) [string] Cre un lien avec les informations propres au reporteur associ la mesure. -- **analysisDate**:(Date de l'analyse): [date] Date laquelle la mesure a t ralise en laboratoire. +- **analysisDate**:(Date de l'analyse): [date] Date laquelle la mesure a t ralise en laboratoire. -- **reportDate**:(Date de reportage de la donne): [date] Date a laquelle la donne a t rapporte. Un chantillon pourrait avoir des mesures pour lesquelles la mthode d'analyse ou la mthode de reportage des donnes aurait change. Dans ce cas, utiliser le mme sampleID, mais crer une nouvelle entre dans la table "WWMeasure avec un "MeasureID" diffrent, et la date de reportage de la donne et l'identifiant de la mthode d'analyse appropris. +- **reportDate**:(Date de reportage de la donne): [date] Date a laquelle la donne a t rapporte. Un chantillon pourrait avoir des mesures pour lesquelles la mthode d'analyse ou la mthode de reportage des donnes aurait change. Dans ce cas, utiliser le mme sampleID, mais crer une nouvelle entre dans la table "WWMeasure avec un "MeasureID" diffrent, et la date de reportage de la donne et l'identifiant de la mthode d'analyse appropris. -- **fractionAnalyzed**:(Fraction analyse): [category] Fraction de l'chantillon employe pour la mesure. +- **fractionAnalyzed**:(Fraction analyse): [category] Fraction de l'chantillon employe pour la mesure. - `liquid`: Fraction liquide. - `solid`: Fraction solide. - - `mixed`: chantillon homognis/mlang. + - `mixed`: chantillon homognis/mlang. -- **type**:(Type): [category] Le paramtre mesur avec cette analyse. Exemples: Une rgion de gne cible (cov), un biomarqueur (n) ou un indicateur de la qualit de l'eau (wq) - - `covN1`: Gne nucleocapside N1 du SRAS-CoV-2 - - `covN2`: Gne nucleocapside N2 du SRAS-CoV-2 - - `covN3`: Gne nucleocapside N3 des virus similaires au SRAS - - `covE`: Rgion gnique E du SRAS-CoV-2 +- **type**:(Type): [category] Le paramtre mesur avec cette analyse. Exemples: Une rgion de gne cible (cov), un biomarqueur (n) ou un indicateur de la qualit de l'eau (wq) + - `covN1`: Gne nucleocapside N1 du SRAS-CoV-2 + - `covN2`: Gne nucleocapside N2 du SRAS-CoV-2 + - `covN3`: Gne nucleocapside N3 des virus similaires au SRAS + - `covE`: Rgion gnique E du SRAS-CoV-2 - `varB117`: Variant B.1.1.7 - `varB1351`: Variant B.1.351 - `varP1`: Variant P.1 - - `covRdRp`: Rgion gnique RdRp du SRAS-CoV-2 - - `nPMMoV`: Virus de la marbrure lgre du piment + - `covRdRp`: Rgion gnique RdRp du SRAS-CoV-2 + - `nPMMoV`: Virus de la marbrure lgre du piment - `ncrA`: CrAssphage - `nbrsv`: Virus respiratoire syncytial bovin - `wqTS`: Solides totaux - - `wqTSS`: Matires en suspension - - `wqVSS`: Matires volatiles en suspension - - `wqCOD`: Demande chimique en oxygne + - `wqTSS`: Matires en suspension + - `wqVSS`: Matires volatiles en suspension + - `wqCOD`: Demande chimique en oxygne - `wqOPhos`: Concentration d'ortho-phosphates - - `wqNH4N`: Concentrsation d'azote ammoniacal, exprim en N. - - `wqTN`: Azote total, exprim en N + - `wqNH4N`: Concentrsation d'azote ammoniacal, exprim en N. + - `wqTN`: Azote total, exprim en N - `wqPh`: pH - - `wqCond`: Conductivit - - `temp`: la temprature de l'chantillon au moment o la mesure est prise, souvent son arrive au laboratoire. - - `other`: Autre catgorie de mesure. Ajouter une description de la catgorie dans la colonne "categoryOther". + - `wqCond`: Conductivit + - `temp`: la temprature de l'chantillon au moment o la mesure est prise, souvent son arrive au laboratoire. + - `other`: Autre catgorie de mesure. Ajouter une description de la catgorie dans la colonne "categoryOther". -- **typeOther**:(Type autre): [string] Description d'un paramtre mesur ne faisant pas partie des options disponibles. +- **typeOther**:(Type autre): [string] Description d'un paramtre mesur ne faisant pas partie des options disponibles. -- **unit**:(Unit): [category] Unit de mesure. - - `gcPMMoV`: Copies de gne ou de variant par copie de PMMoV - - `gcMl`: Copies de gne ou de variant par millilitre. - - `gcGs`: Copies de gne ou de variant par gramme de solides. - - `gcL`: Copies de gne ou de variant par litre. - - `gcCrA`: Copies de gne ou de variant par copie de CrAssphage +- **unit**:(Unit): [category] Unit de mesure. + - `gcPMMoV`: Copies de gne ou de variant par copie de PMMoV + - `gcMl`: Copies de gne ou de variant par millilitre. + - `gcGs`: Copies de gne ou de variant par gramme de solides. + - `gcL`: Copies de gne ou de variant par litre. + - `gcCrA`: Copies de gne ou de variant par copie de CrAssphage - `Ct`: Cycle seuil. - `mgL`: Milligrammes par litre. - - `ph`: Units de pH - - `uScm`: Microsiemens par centimtre. - - `detected`: Copies de gne ou de variant dtect dans "sampleGene". 1=Detect, 0=Non-dtect. - - `porpVar`: Proportion du variant dans l'chantillon - - `pp`: Pourcentage de positifs (mthode de Moore) + - `ph`: Units de pH + - `uScm`: Microsiemens par centimtre. + - `detected`: Copies de gne ou de variant dtect dans "sampleGene". 1=Detect, 0=Non-dtect. + - `propVar`: Proportion du variant dans l'chantillon + - `pp`: Pourcentage de positifs (mthode de Moore) - `pps`: Pourcentage de boues primaire (pour solides totaux) - - `c`: tempratures en degrs Celsius - - `bool`: Dans les cas o un oui ou un non boolen est requis, utilisez bool - - `other`: Autre mesure de copies virales ou de qualit des eaux uses. Ajouter une description dans "unitOther" + - `c`: tempratures en degrs Celsius + - `bool`: Dans les cas o un oui ou un non boolen est requis, utilisez bool + - `other`: Autre mesure de copies virales ou de qualit des eaux uses. Ajouter une description dans "unitOther" -- **unitOther**:(Unit autre): [string] Description d'une unit de mesure ne faisant pas partie des options disponibles. +- **unitOther**:(Unit autre): [string] Description d'une unit de mesure ne faisant pas partie des options disponibles. -- **aggregation**:(Agrgation): [category] Indicateur statistique utilise pour rapporter la mesure effectue. Chaque agrgation doit tre reporte comme une mesure diffrente (avec un identifiant diffrent) - - `single`: La valeur n'a subi aucune agrgation (donc, la valeur n'est pas une moyenne, un maximum, etc.). La valeur peut tre un rplica. - - `mean`: Moyenne arithmtique. - - `meanNr`: Moyenne arithmtique normalise. - - `geoMn`: Moyenne gomtrique. - - `geoMnNr`: Moyenne gomtrique normalise. - - `median`: Mdiane. +- **aggregation**:(Agrgation): [category] Indicateur statistique utilise pour rapporter la mesure effectue. Chaque agrgation doit tre reporte comme une mesure diffrente (avec un identifiant diffrent) + - `single`: La valeur n'a subi aucune agrgation (donc, la valeur n'est pas une moyenne, un maximum, etc.). La valeur peut tre un rplica. + - `mean`: Moyenne arithmtique. + - `meanNr`: Moyenne arithmtique normalise. + - `geoMn`: Moyenne gomtrique. + - `geoMnNr`: Moyenne gomtrique normalise. + - `median`: Mdiane. - `min`: La valeur la plus basse dans un ensemble. - `max`: La valeur la plus haute dans un ensemble. - - `sd`: L'cart type. - - `sdNr`: L'cart type normalis. - - `other`: Autre mthode d'agrgation. Ajouter une description dans "aggregationOther". + - `sd`: L'cart type. + - `sdNr`: L'cart type normalis. + - `other`: Autre mthode d'agrgation. Ajouter une description dans "aggregationOther". -- **aggregationOther**:(Agrgation autre): [string] Description d'une agrgation ne faisant pas partie des options disponibles. +- **aggregationOther**:(Agrgation autre): [string] Description d'une agrgation ne faisant pas partie des options disponibles. -- **index**:(Index): [integer] Index de la mesure dans le cas o la mme mesure a t prise en replicata. +- **index**:(Index): [integer] Index de la mesure dans le cas o la mme mesure a t prise en replicata. -- **value**:(Valeur): [float] La valeur numrique de la mesure effectue. +- **value**:(Valeur): [float] La valeur numrique de la mesure effectue. Utilise "NA" pour les valeurs manquantes et laisser une note. -- **qualityFlag**:(Indicateur de mauvaise qualit): [boolean] Le reporteur de la mesure suspecte-t-il que la mesure est de mauvaise qualit? +- **qualityFlag**:(Indicateur de mauvaise qualit): [boolean] Le reporteur de la mesure suspecte-t-il que la mesure est de mauvaise qualit? -- **accessToPublic**:(Accs au public): [boolean] Si "Non", la donne ne sera pas accessible par le public. Si "Oui" ou laiss vide, la donne leur sera accessible. +- **accessToPublic**:(Accs au public): [boolean] Si "Non", la donne ne sera pas accessible par le public. Si "Oui" ou laiss vide, la donne leur sera accessible. -- **accessToAllOrg**:(Accs toutes les organisations): [boolean] Si "Non", la donne ne sera pas accessible par toute organisation partenaire. Si "Oui" ou laiss vide, la donne leur sera accessible. +- **accessToAllOrg**:(Accs toutes les organisations): [boolean] Si "Non", la donne ne sera pas accessible par toute organisation partenaire. Si "Oui" ou laiss vide, la donne leur sera accessible. -- **accessToSelf**:(Accs au reporteur lui-mme): [boolean] Si "Non", la donne ne sera pas accessible par le reporteur lui-mme. Si "Oui" ou laiss vide, la donne leur sera accessible. +- **accessToSelf**:(Accs au reporteur lui-mme): [boolean] Si "Non", la donne ne sera pas accessible par le reporteur lui-mme. Si "Oui" ou laiss vide, la donne leur sera accessible. -- **accessToPHAC**:(Accs l'ASPC): [boolean] Si "Non", la donne ne sera pas accessible par les employs de l'Agence de Sant Publique du Canada. Si "Oui" ou laiss vide, la donne leur sera accessible. +- **accessToPHAC**:(Accs l'ASPC): [boolean] Si "Non", la donne ne sera pas accessible par les employs de l'Agence de Sant Publique du Canada. Si "Oui" ou laiss vide, la donne leur sera accessible. -- **accessToLocalHA**:(Accs l'autorit de sant publique locale): [boolean] Si "Non", la donne ne sera pas accessible par les autorits de sant publique locales. Si "Oui" ou laiss vide, la donne leur sera accessible. +- **accessToLocalHA**:(Accs l'autorit de sant publique locale): [boolean] Si "Non", la donne ne sera pas accessible par les autorits de sant publique locales. Si "Oui" ou laiss vide, la donne leur sera accessible. -- **accessToProvHA**:(Accs l'autorit de sant publique provinciale): [boolean] Si "Non", la donne ne sera pas accessible par les autorits de sant publique provinciales. Si "Oui" ou laiss vide, la donne sera accessible l'autorit de sant publique de la province o l'chantillonnage a t ralise. +- **accessToProvHA**:(Accs l'autorit de sant publique provinciale): [boolean] Si "Non", la donne ne sera pas accessible par les autorits de sant publique provinciales. Si "Oui" ou laiss vide, la donne sera accessible l'autorit de sant publique de la province o l'chantillonnage a t ralise. -- **accessToOtherProv**:(Accs aux autres prov): [boolean] Si "Non", la donne ne sera pas accessible par les autorits de sant publique provinciales. Si "Oui" ou laiss vide, la donne leur sera accessible. +- **accessToOtherProv**:(Accs aux autres prov): [boolean] Si "Non", la donne ne sera pas accessible par les autorits de sant publique provinciales. Si "Oui" ou laiss vide, la donne leur sera accessible. -- **accessToDetails**:(Accs aux dtails): [boolean] Indique si des informations supplmentaires sur la confidentialit de la mesure sont disponibles. +- **accessToDetails**:(Accs aux dtails): [boolean] Indique si des informations supplmentaires sur la confidentialit de la mesure sont disponibles. - **notes**:(Notes): [string] Ajouter toutes notes additionnelles. @@ -260,171 +260,187 @@ Résultat de mesure (une seule variable à la fois) pour un échantillon d'eau u Le site de collecte des échantilons d'eau usée. Cette table inclus plusieurs paramètres par défaut facilitant la création de nouvaux échantillons dans la table "Sample" -- **siteID**:(Identifiant du site): (Primary Key) [string] Identifiant unique pour l'chantillon. Suggestion:siteID-date-index. +- **siteID**:(Identifiant du site): (Primary Key) [string] Identifiant unique pour l'chantillon. Suggestion:siteID-date-index. -- **name**:(Nom): [string] Nom du site d'chantillonnage. Peut tre le nom d'une station de traitement, d'une station de pompage, d'un campus, d'un regard d'gouts, etc. +- **name**:(Nom): [string] Nom du site d'chantillonnage. Peut tre le nom d'une station de traitement, d'une station de pompage, d'un campus, d'un regard d'gouts, etc. -- **description**:(Description): [string] Description du site d'chantillonnage (ville, btiment, rue, etc.) pour mieux identifier le site d'chantillonnage. +- **description**:(Description): [string] Description du site d'chantillonnage (ville, btiment, rue, etc.) pour mieux identifier le site d'chantillonnage. -- **type**:(Type): [category] Type de site ou d'institution du site d'chantillonnage. +- **publicHealthDepartment**:(Département ou région de santé publique): [string] NA + + +- **healthRegion**:(Région de planification sanitaire): [string] NA + + +- **type**:(Type): [category] Type de site ou d'institution du site d'chantillonnage. - `airPln`: Avion. - `corFcil`: Prison. - - `school`: cole. - - `hosptl`: Hpital. - - `ltcf`: tablissement de soins de longue dure. + - `school`: cole. + - `hosptl`: Hpital. + - `ltcf`: tablissement de soins de longue dure. - `swgTrck`: Camion de vidange. - `uCampus`: Campus universitaire. - - `mSwrPpl`: Collecteur d'gouts. + - `mSwrPpl`: Collecteur d'gouts. - `pStat`: Station de pompage. - `holdTnk`: Bassin de stockage. - - `retPond`: Bassin de rtention. - - `wwtpMuC`: Station de traitement des eaux uses municipales pour gouts combins. - - `wwtpMuS`: Station de traitement des eaux uses municipales pour gouts sanitaires seulement. - - `wwtpInd`: Station de traitement des eaux uses industrielle. - - `lagoon`: Systme de lagunage pour traitement des eaux uses. + - `retPond`: Bassin de rtention. + - `wwtpMuC`: Station de traitement des eaux uses municipales pour gouts combins. + - `wwtpMuS`: Station de traitement des eaux uses municipales pour gouts sanitaires seulement. + - `wwtpInd`: Station de traitement des eaux uses industrielle. + - `lagoon`: Systme de lagunage pour traitement des eaux uses. - `septTnk`: Fosse septique. - - `river`: Rivire, tendue d'eau naturelle. - - `lake`: Lac, tendue d'eau naturelle. - - `estuary`: Estuaire, tendue d'eau naturelle. - - `sea`: Mer, tendue d'eau naturelle. - - `ocean`: Ocan, tendue d'eau naturelle. + - `river`: Rivire, tendue d'eau naturelle. + - `lake`: Lac, tendue d'eau naturelle. + - `estuary`: Estuaire, tendue d'eau naturelle. + - `sea`: Mer, tendue d'eau naturelle. + - `ocean`: Ocan, tendue d'eau naturelle. - `other`: Autre type de site. Ajouter une description dans "typeOther". -- **typeOther**:(Type autre): [string] Description du site d'chantillonnage dans le cas o un type adquat n'est pas disponible. +- **typeOther**:(Type autre): [string] Description du site d'chantillonnage dans le cas o un type adquat n'est pas disponible. -- **sampleTypeDefault**:(Type d'chantillon par dfaut): [category] Type d'chantilon utilis par dfaut quand un nouvel chantillon est cr pour ce site. Se rfrer la colonne "type" dans la table "Sample" +- **sampleTypeDefault**:(Type d'chantillon par dfaut): [category] Type d'chantilon utilis par dfaut quand un nouvel chantillon est cr pour ce site. Se rfrer la colonne "type" dans la table "Sample" -- **sampleTypeOtherDefault**:(Type d'chantillon autre dfaut): [string] Type d'chantilon utilis par dfaut quand un nouvel chantillon est cr pour ce site. Se rfrer la colonne "typeOther" dans la table "Sample" +- **sampleTypeOtherDefault**:(Type d'chantillon autre dfaut): [string] Type d'chantilon utilis par dfaut quand un nouvel chantillon est cr pour ce site. Se rfrer la colonne "typeOther" dans la table "Sample" -- **sampleCollectionDefault**:(Prlvement d'chantillons par dfaut): [category] Mthode d'chantillonnage par dfaut quand un nouvel chantillon est cr pour ce site. Se rfrer la colonne "collection" dans la table "Sample" +- **sampleCollectionDefault**:(Prlvement d'chantillons par dfaut): [category] Mthode d'chantillonnage par dfaut quand un nouvel chantillon est cr pour ce site. Se rfrer la colonne "collection" dans la table "Sample" -- **sampleCollectOtherDefault**:(Prlvement d'un autre chantillon par dfaut): [string] Mthode d'chantillonnage par dfaut quand un nouvel chantillon est cr pour ce site. Se rfrer la colonne "collectionOther" dans la table "Sample" +- **sampleCollectOtherDefault**:(Prlvement d'un autre chantillon par dfaut): [string] Mthode d'chantillonnage par dfaut quand un nouvel chantillon est cr pour ce site. Se rfrer la colonne "collectionOther" dans la table "Sample" -- **sampleStorageTempCDefault**:(Temprature de stockage de l'chantillon c par dfaut): [float] Tempraure de stockage par dfaut quand un nouvel chantillon est cr pour ce site. Se rfrer la colonne "storageTempC" dans la table "Sample" +- **sampleStorageTempCDefault**:(Temprature de stockage de l'chantillon c par dfaut): [float] Tempraure de stockage par dfaut quand un nouvel chantillon est cr pour ce site. Se rfrer la colonne "storageTempC" dans la table "Sample" -- **measureFractionAnalyzedDefault**:(Fraction de mesure analyse par dfaut): [category] Fraction par dfaut quand une nouvelle mesure est cre pour cet chantillon. Se rfrer la colonne "fractionAnalyzed" dans la table "WWMeasure" +- **measureFractionAnalyzedDefault**:(Fraction de mesure analyse par dfaut): [category] Fraction par dfaut quand une nouvelle mesure est cre pour cet chantillon. Se rfrer la colonne "fractionAnalyzed" dans la table "WWMeasure" -- **geoLat**:(Go lat): [float] Position gographique du site d'chantillonnage. Latitude exprime en coordonnes dcimales (ex. 45.424721) +- **geoLat**:(Go lat): [float] Position gographique du site d'chantillonnage. Latitude exprime en coordonnes dcimales (ex. 45.424721) -- **geoLong**:(Go long): [float] Position gographique du site d'chantillonnage. Longitude exprime en coordonnes dcimales (ex. -75.695000) +- **geoLong**:(Go long): [float] Position gographique du site d'chantillonnage. Longitude exprime en coordonnes dcimales (ex. -75.695000) - **notes**:(Notes): [string] Ajouter toutes notes additionnelles. -- **polygonID**:(Identifiant du polygone): (Foreign key) [string] Cre un lien vers la table "Polygon". Le polygon li devrait englober la rgion qui se draine dans le site d'chantillonnage. +- **polygonID**:(Identifiant du polygone): (Foreign key) [string] Cre un lien vers la table "Polygon". Le polygon li devrait englober la rgion qui se draine dans le site d'chantillonnage. -- **sewerNetworkFileLink**:(Lien vers le fichier du rseau d'gouts): [string] Lien vers un fichier contenant toute information additionnelle au sujet du rseau d'gouts associ ce site d'chantillonnage (tous les formats sont accepts). +- **sewerNetworkFileLink**:(Lien vers le fichier du rseau d'gouts): [string] Lien vers un fichier contenant toute information additionnelle au sujet du rseau d'gouts associ ce site d'chantillonnage (tous les formats sont accepts). -- **sewerNetworkFileBLOB**:(Fichier blob du rseau d'gouts): [blob] Un fichier contenant toute information additionnelle au sujet du rseau d'gouts associ ce site d'chantillonnage (tous les formats sont accepts). +- **sewerNetworkFileBLOB**:(Fichier blob du rseau d'gouts): [blob] Un fichier contenant toute information additionnelle au sujet du rseau d'gouts associ ce site d'chantillonnage (tous les formats sont accepts). ## SiteMeasure Résultat de mesure (une seule variable à la fois) pour un site d'échantillonnage. Cette table inclut des données typiquement collectées dans des stations de traitement des eaux usées et des sites d'échantillonnage de terrain. Ces mesures ne sont pas réalisées sur un échantillon, mais elles ajoutent des informations pertinentes pour l'analyse des résultats provenant des échantillons. Les mesures effectuées sur les échantilons eux-mêmes sont dans la table "WWMeasure". -- **uSiteMeasureID**:(Identifiant unique de la mesure sur site): (Primary Key) [string] Identifiant unique pour le site d'chantillonnage. +- **uSiteMeasureID**:(Identifiant unique de la mesure sur site): (Primary Key) [string] Identifiant unique pour le site d'chantillonnage. -- **siteMeasureID**:(Identifiant de la mesure sur site): [string] Identifiant unique utilis dans la table horizontale seulement. Utiliser quand toutes les mesures sont effectues sur le mme chantillon. +- **siteMeasureID**:(Identifiant de la mesure sur site): [string] Identifiant unique utilis dans la table horizontale seulement. Utiliser quand toutes les mesures sont effectues sur le mme chantillon. -- **siteID**:(Identifiant du site): (Foreign key) [string] Cre un lien vers la table "Site" pour dcrire le site d'chantillonnage. +- **siteID**:(Identifiant du site): (Foreign key) [string] Cre un lien vers la table "Site" pour dcrire le site d'chantillonnage. -- **instrumentID**:(Identifiant de l'instrument): (Foreign key) [string] Cre un lien vers la table "Instrument" pour dcrire l'appareil utilis pour effectuer la mesure. +- **instrumentID**:(Identifiant de l'instrument): (Foreign key) [string] Cre un lien vers la table "Instrument" pour dcrire l'appareil utilis pour effectuer la mesure. -- **reporterID**:(Identifiant du reporteur): (Foreign key) [string] Cre un lien avec les informations propres au reporteur associ la mesure. +- **reporterID**:(Identifiant du reporteur): (Foreign key) [string] Cre un lien avec les informations propres au reporteur associ la mesure. -- **dateTime**:(Date et heure): [date] Date laquelle la mesure a t ralise. +- **sampleID**:(Identifiant de l'chantillon): (Foreign key) [string] Cre un lien avec la table "Sample" pour dcrire l'chantillon mesur. -- **type**:(Type): [category] Type de mesure ralise. Le prfixe "env" est utilis pour une variable envioronnementale, alors que "ww" indique une mesure ralise sur les eaux uses. - - `envTemp`: Temprature ambiante. - - `envRnF`: Pluie (toute prcipitation sous forme liquide). - - `envSnwF`: Neige (toute prcipitations sous forme solide). - - `envSnwD`: paisseur de neige au sol. - - `wwFlow`: Dbit d'eau use. - - `wwTemp`: Temprature de l'eau use. - - `wwTSS`: Matires en suspension - - `wwCOD`: Demande chimique en oxygne - - `wwTurb`: Turbidit +- **dateTime**:(Date et heure): [date] Date laquelle la mesure a t ralise. + + +- **type**:(Type): [category] Type de mesure ralise. Le prfixe "env" est utilis pour une variable envioronnementale, alors que "ww" indique une mesure ralise sur les eaux uses. + - `envTemp`: Temprature ambiante. + - `envRnF`: Pluie (toute prcipitation sous forme liquide). + - `envSnwF`: Neige (toute prcipitations sous forme solide). + - `envSnwD`: paisseur de neige au sol. + - `wwFlow`: Dbit d'eau use. + - `wwTemp`: Temprature de l'eau use. + - `wwTSS`: Matires en suspension + - `wwCOD`: Demande chimique en oxygne + - `wwTurb`: Turbidit - `wwOPhos`: Concentration d'ortho-phosphates - - `wwNH4N`: Concentrsation d'azote ammoniacal, exprim en N. - - `wwTN`: Azote total, exprim en N + - `wwNH4N`: Concentrsation d'azote ammoniacal, exprim en N. + - `wwTN`: Azote total, exprim en N - `wwpH`: pH - - `wwCond`: Conductivit + - `wwBOD5t`: Demande biochimique totale en oxygene sur 5 jours + - `wwBOD5c`: Demande biochinique carbonnee en oxygene sur 5 jours + - `wwPtot`: Phosphates totaux + - `wwPP`: Phosphore total + - `wwCond`: Conductivit -- **typeOther**:(Type autre): [string] Description d'un paramtre mesur ne faisant pas partie des options disponibles. +- **typeOther**:(Type autre): [string] Description d'un paramtre mesur ne faisant pas partie des options disponibles. -- **typeDescription**:(Description du type): [string] Ajouter toutes notes additionnelles en lien avec la mesure effectue. +- **typeDescription**:(Description du type): [string] Ajouter toutes notes additionnelles en lien avec la mesure effectue. -- **aggregation**:(Agrgation): [category] Mthode d'agrgation utilisee pour rapporter la mesure. - - `single`: La valeur n'a subi aucune agrgation (donc, la valeur n'est pas une moyenne, un maximum, etc.). La valeur peut tre un rplica. - - `mean`: Moyenne arithmtique. - - `meanNr`: Moyenne arithmtique normalise. - - `geoMn`: Moyenne gomtrique. - - `geoMnNr`: Moyenne gomtrique normalise. - - `median`: Mdiane. +- **aggregation**:(Agrgation): [category] Mthode d'agrgation utilisee pour rapporter la mesure. + - `single`: La valeur n'a subi aucune agrgation (donc, la valeur n'est pas une moyenne, un maximum, etc.). La valeur peut tre un rplica. + - `mean`: Moyenne arithmtique. + - `geoMn`: Moyenne gomtrique. + - `median`: Mdiane. - `min`: La valeur la plus basse dans un ensemble. - `max`: La valeur la plus haute dans un ensemble. - - `sd`: L'cart type. - - `sdNr`: L'cart type normalis. - - `other`: Autre mthode d'agrgation. Ajouter une description dans "aggregationOther". - -- **aggregationOther**:(Agrgation autre): [string] Description d'une agrgation ne faisant pas partie des options disponibles. + - `sd`: L'cart type. + - `other`: Autre mthode d'agrgation. Ajouter une description dans "aggregationOther". +- **aggregationOther**:(Agrgation autre): [string] Description d'une agrgation ne faisant pas partie des options disponibles. -- **aggregationDesc**:(Agrgation desc): [string] Informations (ou rfrence) lie(s) la mthode d'agrgation utilise pour rapporter la mesure. +- **aggregationDesc**:(Agrgation desc): [string] Informations (ou rfrence) lie(s) la mthode d'agrgation utilise pour rapporter la mesure. -- **value**:(Valeur): [float] La valeur numrique de la mesure effectue. +- **value**:(Valeur): [float] La valeur numrique de la mesure effectue. Utilise "NA" pour les valeurs manquantes et laisser une note. -- **unit**:(Unit): [string] L'unit de mesure +- **unit**:(Unit): [category] L'unit de mesure + - `c`: Degrs Celcius + - `mm`: Millimtres + - `m3H`: Mtres cubes par heure + - `m3D`: Mtres cubes par jour + - `mgL`: Milligrammes par litre + - `pH`: Units de pH + - `usCM`: Micro-siemens par centimtre -- **qualityFlag**:(Indicateur de mauvaise qualit): [boolean] Le reporteur de la mesure suspecte-t-il que la mesure est de mauvaise qualit? +- **qualityFlag**:(Indicateur de mauvaise qualit): [boolean] Le reporteur de la mesure suspecte-t-il que la mesure est de mauvaise qualit? -- **accessToPublic**:(Accs au public): [boolean] Si "Non", la donne ne sera pas accessible par le public. Si "Oui" ou laiss vide, la donne leur sera accessible. +- **accessToPublic**:(Accs au public): [boolean] Si "Non", la donne ne sera pas accessible par le public. Si "Oui" ou laiss vide, la donne leur sera accessible. -- **accessToAllOrgs**:(Accs toutes les organisations): [boolean] Si "Non", la donne ne sera pas accessible par toute organisation partenaire. Si "Oui" ou laiss vide, la donne leur sera accessible. +- **accessToAllOrgs**:(Accs toutes les organisations): [boolean] Si "Non", la donne ne sera pas accessible par toute organisation partenaire. Si "Oui" ou laiss vide, la donne leur sera accessible. -- **accessToSelf**:(Accs au reporteur lui-mme): [boolean] Si "Non", la donne ne sera pas accessible par le reporteur lui-mme. Si "Oui" ou laiss vide, la donne leur sera accessible. +- **accessToSelf**:(Accs au reporteur lui-mme): [boolean] Si "Non", la donne ne sera pas accessible par le reporteur lui-mme. Si "Oui" ou laiss vide, la donne leur sera accessible. -- **accessToPHAC**:(Accs l'ASPC): [boolean] Si "Non", la donne ne sera pas accessible par les employs de l'Agence de Sant Publique du Canada. Si "Oui" ou laiss vide, la donne leur sera accessible. +- **accessToPHAC**:(Accs l'ASPC): [boolean] Si "Non", la donne ne sera pas accessible par les employs de l'Agence de Sant Publique du Canada. Si "Oui" ou laiss vide, la donne leur sera accessible. -- **accessToLocalHA**:(Accs l'autorit de sant publique locale): [boolean] Si "Non", la donne ne sera pas accessible par les autorits de sant publique locales. Si "Oui" ou laiss vide, la donne leur sera accessible. +- **accessToLocalHA**:(Accs l'autorit de sant publique locale): [boolean] Si "Non", la donne ne sera pas accessible par les autorits de sant publique locales. Si "Oui" ou laiss vide, la donne leur sera accessible. -- **accessToProvHA**:(Accs l'autorit de sant publique provinciale): [boolean] Si "Non", la donne ne sera pas accessible par les autorits de sant publique provinciales. Si "Oui" ou laiss vide, la donne sera accessible l'autorit de sant publique de la province o l'chantillonnage a t ralise. +- **accessToProvHA**:(Accs l'autorit de sant publique provinciale): [boolean] Si "Non", la donne ne sera pas accessible par les autorits de sant publique provinciales. Si "Oui" ou laiss vide, la donne sera accessible l'autorit de sant publique de la province o l'chantillonnage a t ralise. -- **accessToOtherProv**:(Accs aux autres provinces): [boolean] Si "Non", la donne ne sera pas accessible par les autorits de sant publique provinciales. Si "Oui" ou laiss vide, la donne leur sera accessible. +- **accessToOtherProv**:(Accs aux autres provinces): [boolean] Si "Non", la donne ne sera pas accessible par les autorits de sant publique provinciales. Si "Oui" ou laiss vide, la donne leur sera accessible. -- **accessToDetails**:(Accs aux dtails): [boolean] Indique si des informations supplmentaires sur la confidentialit de la mesure sont disponibles. +- **accessToDetails**:(Accs aux dtails): [boolean] Indique si des informations supplmentaires sur la confidentialit de la mesure sont disponibles. - **notes**:(Notes): [string] Ajouter toutes notes additionnelles. @@ -433,22 +449,22 @@ Résultat de mesure (une seule variable à la fois) pour un site d'échantillonn Le reporteur ou l'organisation responsable de la collecte de données ou responsable de la qualité des données reportées. -- **reporterID**:(Identifiant du reporteur): (Primary Key) [string] Identifiant unique pour la personne ou l'organisation responsable des donnes rapportes. +- **reporterID**:(Identifiant du reporteur): (Primary Key) [string] Identifiant unique pour la personne ou l'organisation responsable des donnes rapportes. -- **siteIDDefault**:(Identifiant du site par dfaut): (Foreign key) [string] Identifiant de Site utilis par dfaut quand un nouvel chantillon est cr par ce reporteur. Se rfrer la colonne "siteID" dans la table "Site" +- **siteIDDefault**:(Identifiant du site par dfaut): (Foreign key) [string] Identifiant de Site utilis par dfaut quand un nouvel chantillon est cr par ce reporteur. Se rfrer la colonne "siteID" dans la table "Site" -- **labIDDefault**:(Identifiant laboratoire par dfaut): (Foreign key) [string] Identifiant de Lab utilis par dfaut quand un nouvel chantillon est cr par ce reporteur. Se rfrer la colonne "labID" dans la table "Lab" +- **labIDDefault**:(Identifiant laboratoire par dfaut): (Foreign key) [string] Identifiant de Lab utilis par dfaut quand un nouvel chantillon est cr par ce reporteur. Se rfrer la colonne "labID" dans la table "Lab" - **contactName**:(Nom du contact): [string] Nom complet du reporteur (personne ou organisation) -- **contactEmail**:(Adresse lectronique du contact): [string] Adresse courriel du contact. +- **contactEmail**:(Adresse lectronique du contact): [string] Adresse courriel du contact. -- **contactPhone**:(Tlphone du contact): [string] Numro de tlphone du contact. +- **contactPhone**:(Tlphone du contact): [string] Numro de tlphone du contact. - **notes**:(Notes): [string] Ajouter toutes notes additionnelles. @@ -460,7 +476,7 @@ Laboratoire effectuant des analyses d'échantillons d'eaux usées d'un ou plusie - **labID**:(Identifiant du laboratoire): (Primary Key) [string] Identifiant unique pour le laboratoire. -- **assayMethodIDDefault**:(Identifiant de la mthode d'analyse par dfaut): (Foreign key) [string] Identifiant de la mthode d'analyse utilise par dfaut quand une nouvelle mesure est cr par ce laboratoire. Se rfrer la colonne "assayMethodID" dans la table "AssayMethod" +- **assayMethodIDDefault**:(Identifiant de la mthode d'analyse par dfaut): (Foreign key) [string] Identifiant de la mthode d'analyse utilise par dfaut quand une nouvelle mesure est cr par ce laboratoire. Se rfrer la colonne "assayMethodID" dans la table "AssayMethod" - **name**:(Nom): [string] Nom du laboratoire. @@ -469,78 +485,78 @@ Laboratoire effectuant des analyses d'échantillons d'eaux usées d'un ou plusie - **contactName**:(Nom du contact): [string] Personne contact de ce laboratoire. -- **contactEmail**:(Adresse lectronique du contact): [string] Adresse courriel du contact. +- **contactEmail**:(Adresse lectronique du contact): [string] Adresse courriel du contact. -- **contactPhone**:(Tlphone du contact): [string] Numro de tlphone du contact. +- **contactPhone**:(Tlphone du contact): [string] Numro de tlphone du contact. -- **updateDate**:(Date de mise jour): [date] Date o l'information a t reporte une premire fois ou mise jour. +- **updateDate**:(Date de mise jour): [date] Date o l'information a t reporte une premire fois ou mise jour. ## AssayMethod La méthode d'analyse utilisée pour réaliser les mesures. Crée une nouvelle rangée dans cette table si des changements (améliorations) sont apportées à une technique d'analyse existante. Garder le même identifiant et modifier le numéro de version. Une nouvelle rangée représentant une nouvelle version d'une méthode existante peut inclure des informations seulement dans les colonnes qui ont changé d'une version à l'autre, cependant, nous recommandons de remplir les autres colonnes avec les valeurs provenant de la version précédente afin de décrire clairement la méthode en entier. Ajouter la date courante lorsqu'une nouvelle rangée est créée. -- **assayMethodID**:(Identifiant de la mthode d'analyse): (Primary Key) [string] Identifiant unique pour la mthode d'analyse. +- **assayMethodID**:(Identifiant de la mthode d'analyse): (Primary Key) [string] Identifiant unique pour la mthode d'analyse. -- **instrumentID**:(Identifiant de l'instrument): (Foreign key) [string] Cre un lien vers la table "Instrument" pour dcrire l'appareil utilis pour effectuer la mesure. +- **instrumentID**:(Identifiant de l'instrument): (Foreign key) [string] Cre un lien vers la table "Instrument" pour dcrire l'appareil utilis pour effectuer la mesure. -- **name**:(Nom): [string] Nom de la mthode d'analyse. +- **name**:(Nom): [string] Nom de la mthode d'analyse. -- **version**:(Version): [string] Version de la mthode d'analyse. Un versionnement de type smantique est recommand. +- **version**:(Version): [string] Version de la mthode d'analyse. Un versionnement de type smantique est recommand. -- **summary**:(Rsum): [string] Brve description de la mthode d'analyse et de comment celle-ci diffre d'autres mthodes. +- **summary**:(Rsum): [string] Brve description de la mthode d'analyse et de comment celle-ci diffre d'autres mthodes. -- **referenceLink**:(Lien vers rfrence): [string] Lien vers la procdure standard. +- **referenceLink**:(Lien vers rfrence): [string] Lien vers la procdure standard. -- **date**:(Date): [date] Date laquelle la mthode d'analyse (ou une nouvelle version d'une mthode existante) a t cre. +- **date**:(Date): [date] Date laquelle la mthode d'analyse (ou une nouvelle version d'une mthode existante) a t cre. -- **aliasID**:(Identifiant de l'alias): [string] Identifiants d'autres mthodes d'analyse prsentes dans la table qui sont similaires la mthode courante. Insrer sous forme de liste spare par des virgules. +- **aliasID**:(Identifiant de l'alias): [string] Identifiants d'autres mthodes d'analyse prsentes dans la table qui sont similaires la mthode courante. Insrer sous forme de liste spare par des virgules. -- **sampleSizeL**:(Volume de l'chantillon l): [float] Volume de l'chantillon analys (en litres) +- **extractionVolMl**:(Volume d'extraction ml): [float] Volume de l'chantillon analys (en millilitres) -- **loq**:(Limite de quantification): [float] Limite de quantification pour cette mthode, le cas chant. +- **loq**:(Limite de quantification): [float] Limite de quantification pour cette mthode, le cas chant. -- **lod**:(Limite de dtection): [float] Limite de dtection pour cette mthode, le cas chant. +- **lod**:(Limite de dtection): [float] Limite de dtection pour cette mthode, le cas chant. -- **unit**:(Unit): [category] Unit de mesure utilise par cette mthode et qui est applicable pour la limite de dtection ou de quantification. - - `gcPMMoV`: Copies de gne ou de variant par copie de PMMoV - - `gcMl`: Copies de gne ou de variant par millilitre. - - `gcGms`: Copies de gne ou de variant par gramme de solides. - - `gcL`: Copies de gne ou de variant par litre. - - `gcCrA`: Copies de gne ou de variant par copie de CrAssphage - - `other`: Autre mesure de copies virales ou de qualit des eaux uses. Ajouter une description dans "unitOther" +- **unit**:(Unit): [category] Unit de mesure utilise par cette mthode et qui est applicable pour la limite de dtection ou de quantification. + - `gcPMMoV`: Copies de gne ou de variant par copie de PMMoV + - `gcMl`: Copies de gne ou de variant par millilitre. + - `gcGms`: Copies de gne ou de variant par gramme de solides. + - `gcL`: Copies de gne ou de variant par litre. + - `gcCrA`: Copies de gne ou de variant par copie de CrAssphage + - `other`: Autre mesure de copies virales ou de qualit des eaux uses. Ajouter une description dans "unitOther" -- **unitOther**:(Unit autre): [string] Unit de mesure utilise par cette mthode et qui est applicable pour la limite de dtection ou de quantification dans le cas o celle-ci n'est pas disponible. +- **unitOther**:(Unit autre): [string] Unit de mesure utilise par cette mthode et qui est applicable pour la limite de dtection ou de quantification dans le cas o celle-ci n'est pas disponible. -- **methodConc**:(Mthode de concentration): [string] Description de la mthode utilise pour concentrer l'chantillon. +- **methodConc**:(Mthode de concentration): [string] Description de la mthode utilise pour concentrer l'chantillon. -- **methodExtract**:(Mthode d'extraction): [string] Description de la mthode utilise pour extraire l'chantillon. +- **methodExtract**:(Mthode d'extraction): [string] Description de la mthode utilise pour extraire l'chantillon. -- **methodPcr**:(Mthode PCR): [string] Description de la m.thode PCR utiise. +- **methodPcr**:(Mthode PCR): [string] Description de la m.thode PCR utiise. -- **qualityAssQC**:(Contrle de qualit): [string] Description des tapes de contrle de qualit mises en place dans la mthode. +- **qualityAssQC**:(Contrle de qualit): [string] Description des tapes de contrle de qualit mises en place dans la mthode. -- **inhibition**:(Inhibition): [string] Description des paramtres d'inhibition lis cette mthode. +- **inhibition**:(Inhibition): [string] Description des paramtres d'inhibition lis cette mthode. -- **surrogateRecovery**:(Rcupration du virus substitut): [string] Description de la mthode de rcupration du virus de substitution lie cette mthode. +- **surrogateRecovery**:(Rcupration du virus substitut): [string] Description de la mthode de rcupration du virus de substitution lie cette mthode. ## Instrument @@ -552,26 +568,26 @@ L'instrument utilisé pour mesurer les échantillons et l'eau usée des sites d' - **name**:(Nom): [string] Nom de l'instrument de mesure. -- **model**:(Modle): [string] Numro de modle et/ou de version de l'instrument de mesure. +- **model**:(Modle): [string] Numro de modle et/ou de version de l'instrument de mesure. - **description**:(Description): [string] Description de l'instrument. -- **alias**:(Alias): [string] Identifiants d'autres instruments prsents dans la table qui sont similaires l'instrument courant. Insrer sous forme de liste spare par des virgules. +- **alias**:(Alias): [string] Identifiants d'autres instruments prsents dans la table qui sont similaires l'instrument courant. Insrer sous forme de liste spare par des virgules. -- **referenceLink**:(Lien vers rfrence): [string] Lien vers un document de rfrence pour l'instrument de mesure. +- **referenceLink**:(Lien vers rfrence): [string] Lien vers un document de rfrence pour l'instrument de mesure. - **type**:(Type): [category] Type de l'instrument de mesure. - `online`: Capteur en ligne. - `lab`: Analyse en laboratoire. - - `hand`: Mesure l'aide d'un capteur manuel. - - `atline`: Mesure l'aide d'un chantillonneur. + - `hand`: Mesure l'aide d'un capteur manuel. + - `atline`: Mesure l'aide d'un chantillonneur. - `other`: Autre type d'appareil de mesure. Ajouter une description dans "instrumentTypeOther" -- **typeOther**:(Type autre): [string] Description du type d'instrument dans le cas o il ne serait pas disponible. +- **typeOther**:(Type autre): [string] Description du type d'instrument dans le cas o il ne serait pas disponible. ## Polygon @@ -580,56 +596,56 @@ Polygone englobant une région de la surface terrestre. Normalement, ces polygon - **polygonID**:(Identifiant du polygone): (Primary Key) [string] Identifiant unique du polygone. -- **name**:(Nom): [string] Nom du polygon (devrait tre descriptif) +- **name**:(Nom): [string] Nom du polygon (devrait tre descriptif) -- **pop**:(Population): [integer] Population approximative vivant dans la rgion reprsente par le polygone. +- **pop**:(Population): [integer] Population approximative vivant dans la rgion reprsente par le polygone. - **type**:(Type): [category] Type de polygone. - - `swrCat`: Zone de captage d'un rseau d'gout. - - `hlthReg`: Rgion de sant desservie par le rseau d'gout. + - `swrCat`: Zone de captage d'un rseau d'gout. + - `hlthReg`: Rgion de sant desservie par le rseau d'gout. - **wkt**:(Wkt): [string] Description formelle du polygone (format Well-Known-Text (wkt)) -- **file**:(Fichier): [blob] Fichier reprsentant la gomtrie du polygone (blob). +- **file**:(Fichier): [blob] Fichier reprsentant la gomtrie du polygone (blob). -- **link**:(Lien): [string] Lien vers une rfrence externe dcrivant la gomtrie du polygone. +- **link**:(Lien): [string] Lien vers une rfrence externe dcrivant la gomtrie du polygone. ## CovidPublicHealthData Données de patients pour la COVID-19 pour une région spécifiée par un polygone. -- **cphdID**:(Identifiant de CPHD): (Primary Key) [string] Identifiant unique pour l'information de sant publique reporte. +- **cphdID**:(Identifiant de CPHD): (Primary Key) [string] Identifiant unique pour l'information de sant publique reporte. -- **reporterID**:(Identifiant du reporteur): (Foreign key) [string] Identifiant unique pour la personne ou l'organisation responsable des donnes rapportes. +- **reporterID**:(Identifiant du reporteur): (Foreign key) [string] Identifiant unique pour la personne ou l'organisation responsable des donnes rapportes. -- **polygonID**:(Identifiant du polygone): (Foreign key) [string] Cre un lien vers la table "Polygon". Le polygon li devrait englober la rgion reprsente par les donnes consignes ici. +- **polygonID**:(Identifiant du polygone): (Foreign key) [string] Cre un lien vers la table "Polygon". Le polygon li devrait englober la rgion reprsente par les donnes consignes ici. -- **date**:(Date): [string] Date de reportage des donnes de mesure de la COVID-19. +- **date**:(Date): [string] Date de reportage des donnes de mesure de la COVID-19. -- **type**:(Type): [category] Type de donne de mesure de la COVID-19. - - `conf`: Nombre de cas confirms. La mesure devrait tre accompagne d'une valeur dans la colonne "dateType" +- **type**:(Type): [category] Type de donne de mesure de la COVID-19. + - `conf`: Nombre de cas confirms. La mesure devrait tre accompagne d'une valeur dans la colonne "dateType" - `active`: Nombre de cas actifs. - - `test`: Nombre de tests effectus. + - `test`: Nombre de tests effectus. - `posTest`: Nombre de tests positifs. - - `pPosRt`: Pourcentage de positivit des tests. - - `hospCen`: Rencensement des patients admis un hpital avec la COVID-19. - - `hospAdm`: Nombre d'admissions ou nombre de patients admis l'hpital. + - `pPosRt`: Pourcentage de positivit des tests. + - `hospCen`: Rencensement des patients admis un hpital avec la COVID-19. + - `hospAdm`: Nombre d'admissions ou nombre de patients admis l'hpital. -- **dateType**:(Type de date): [category] Type de date utiise pour reporter les donnes. - - `episode`: Date estime laquelle l'pisode de maladie s'est dclar. Habituellement calcul en se basant sur la date des premiers symptmes, la date de test ou la date de reportage. - - `onset`: Date laquelle les premiers symptmes apparaissent. Cette donne est souvent inconnue. La date d'pisode est alors communment utilise. - - `report`: Date laquelle la donne a t reporte la sant publique. Cette mesure est communment utilise. - - `test`: Date laquelle le test de COVID-19 a t effectu. +- **dateType**:(Type de date): [category] Type de date utiise pour reporter les donnes. + - `episode`: Date estime laquelle l'pisode de maladie s'est dclar. Habituellement calcul en se basant sur la date des premiers symptmes, la date de test ou la date de reportage. + - `onset`: Date laquelle les premiers symptmes apparaissent. Cette donne est souvent inconnue. La date d'pisode est alors communment utilise. + - `report`: Date laquelle la donne a t reporte la sant publique. Cette mesure est communment utilise. + - `test`: Date laquelle le test de COVID-19 a t effectu. -- **value**:(Valeur): [float] La valeur numrique de la mesure reporte. +- **value**:(Valeur): [float] La valeur numrique de la mesure effectue. Utilise "NA" pour les valeurs manquantes et laisser une note. - **notes**:(Notes): [string] Ajouter toutes notes additionnelles. diff --git a/site/VariableCategory.csv b/site/VariableCategory.csv index 499432be..7008b513 100644 --- a/site/VariableCategory.csv +++ b/site/VariableCategory.csv @@ -52,14 +52,14 @@ WWMeasure,unit,mgL,Milligrams per liter.,Milligrammes par litre. WWMeasure,unit,ph,pH units,Unit�s de pH WWMeasure,unit,uScm,Micro-siemens per centimeter.,Microsiemens par centim�tre. WWMeasure,unit,detected,Gene copies or variant detected in the sampleGene or variant copiesDetected = 1Gene or variant copiesNot detected = 0.,"Copies de g�ne ou de variant d�tect� dans ""sampleGene"". 1=Detect�, 0=Non-d�tect�." -WWMeasure,unit,porpVar,Proportion of variant in sample,Proportion du variant dans l'�chantillon +WWMeasure,unit,propVar,Proportion of variant in sample,Proportion du variant dans l'�chantillon WWMeasure,unit,pp,"Percent positive, for Moore swab.",Pourcentage de positifs (m�thode de Moore) WWMeasure,unit,pps,"Percent primary sludge, for total solids.",Pourcentage de boues primaire (pour solides totaux) WWMeasure,unit,c,temperature in celsius,temp�ratures en degr�s Celsius WWMeasure,unit,bool,In cases where a boolean yes or no is required use bool,"Dans les cas o� un oui ou un non bool�en est requis, utilisez bool" WWMeasure,unit,other,Other measurement of viral copies or wastewater treatment plant parameter. Add description to UnitOther.,"Autre mesure de copies virales ou de qualit� des eaux us�es. Ajouter une description dans ""unitOther""" WWMeasure,aggregation,single,"This value is not an aggregate measurement in any way (ie. not a mean, median, max or any other) and can be a replicate value.","La valeur n'a subi aucune agr�gation (donc, la valeur n'est pas une moyenne, un maximum, etc.). La valeur peut �tre un r�plica." -WWMeasure,aggregation,mean," Arithmetic mean",Moyenne arithm�tique. +WWMeasure,aggregation,mean, Arithmetic mean,Moyenne arithm�tique. WWMeasure,aggregation,meanNr,"Arithmetic mean, normalized",Moyenne arithm�tique normalis�e. WWMeasure,aggregation,geoMn,Geometric mean,Moyenne g�om�trique. WWMeasure,aggregation,geoMnNr,"Geometric mean, normalized",Moyenne g�om�trique normalis�e. @@ -96,7 +96,7 @@ Site,SampleTypeDefault,swrSed,Sediments obtained in sewer.,S�diments provenant Site,SampleTypeDefault,pstGrit,Raw wastewater after a treatment plant's headworks.,Eau us�e apr�s d�grillage et dessablage. Site,SampleTypeDefault,pSludge,Sludge produced by primary clarifiers.,Boue provenant d'un d�canteur primaire. Site,SampleTypeDefault,pEfflu,Effluent obtained after primary clarifiers.,Effluent obtenu apr�s un d�canteur primaire. -Site,SampleTypeDefault,sSludge," Sludge produced by secondary clarifiers.",Boue provenant d'un d�canteur secondaire. +Site,SampleTypeDefault,sSludge, Sludge produced by secondary clarifiers.,Boue provenant d'un d�canteur secondaire. Site,SampleTypeDefault,sEfflu,Effluent obtained after secondary clarifiers.,Effluent obtenu apr�s un d�canteur secondaire. Site,SampleTypeDefault,water,"Non-wastewater, coming from any kind of water body.",Eau non-us�e provenant de toute �tendue d'eau. Site,SampleTypeDefault,faeces,Fecal matter.,Mati�re f�cale. @@ -130,6 +130,13 @@ SiteMeasure,type,wwBOD5c,5 day carbonaceous biochemical oxygen demand,Demande bi SiteMeasure,type,wwPtot,Total phosphates,Phosphates totaux SiteMeasure,type,wwPP,Total phosphorous,Phosphore total SiteMeasure,type,wwCond,Conductivity of the wastewater.,Conductivit� +SiteMeasure,unit,c,Degrees Celcius,Degrés Celcius +SiteMeasure,unit,mm,Millimeters,Millimètres +SiteMeasure,unit,m3H,Cubic meters per hour,Mètres cubes par heure +SiteMeasure,unit,m3D,Cubic meters per day,Mètres cubes par jour +SiteMeasure,unit,mgL,Milligrams per liter,Milligrammes par litre +SiteMeasure,unit,pH,pH units,Unités de pH +SiteMeasure,unit,usCM,Micro-siemens per centimeter,Micro-siemens par centimètre SiteMeasure,aggregation,single,"This value is not an aggregate measurement in any way (ie. not a mean, median, max or any other) and can be a replicate value.","La valeur n'a subi aucune agr�gation (donc, la valeur n'est pas une moyenne, un maximum, etc.). La valeur peut �tre un r�plica." SiteMeasure,aggregation,mean,Arithmetic mean,Moyenne arithm�tique. SiteMeasure,aggregation,geoMn,Geometric mean,Moyenne g�om�trique. @@ -144,7 +151,7 @@ AssayMethod,unit,gcGms,Gene copies per gram solids.,Copies de g�ne ou de varia AssayMethod,unit,gcL,Gene copies per liter.,Copies de g�ne ou de variant par litre. AssayMethod,unit,gcCrA,Gene copies per copy of crAssphage.,Copies de g�ne ou de variant par copie de CrAssphage AssayMethod,unit,other,Other measurement of viral copies. Add description to unitOther.,"Autre mesure de copies virales ou de qualit� des eaux us�es. Ajouter une description dans ""unitOther""" -Instrument,type,online," An online sensor",Capteur en ligne. +Instrument,type,online, An online sensor,Capteur en ligne. Instrument,type,lab,Offline laboratory analysis,Analyse en laboratoire. Instrument,type,hand,A handheld measurement analyzer.,Mesure � l'aide d'un capteur manuel. Instrument,type,atline,An atline analyzer with sampler.,Mesure � l'aide d'un �chantillonneur. @@ -158,7 +165,7 @@ CovidPublicHealthData,type,posTest,Number of positive tests.,Nombre de tests pos CovidPublicHealthData,type,pPosRt,Percent positivity rate.,Pourcentage de positivit� des tests. CovidPublicHealthData,type,hospCen,Hospital census or the number of people admitted with covid-19.,Rencensement des patients admis � un h�pital avec la COVID-19. CovidPublicHealthData,type,hospAdm,Hospital admissions or patients newly admitted to hospital.,Nombre d'admissions ou nombre de patients admis � l'h�pital. -CovidPublicHealthData,dateType,"episode ","Episode date is the earliest of onset, test or reported date.","Date estim�e � laquelle l'�pisode de maladie s'est d�clar�. Habituellement calcul� en se basant sur la date des premiers sympt�mes, la date de test ou la date de reportage. " +CovidPublicHealthData,dateType,episode ,"Episode date is the earliest of onset, test or reported date.","Date estim�e � laquelle l'�pisode de maladie s'est d�clar�. Habituellement calcul� en se basant sur la date des premiers sympt�mes, la date de test ou la date de reportage. " CovidPublicHealthData,dateType,onset,"Earliest that symptoms were reported for this case. This data is often not known and reported. In lieu, episode is used.",Date � laquelle les premiers sympt�mes apparaissent. Cette donn�e est souvent inconnue. La date d'�pisode est alors commun�ment utilis�e. CovidPublicHealthData,dateType,report,"Date that the numbers were reported publicly. Typically, reported data and this measure is most commonly reported and used.",Date � laquelle la donn�e a �t� report�e � la sant� publique. Cette mesure est commun�ment utilis�e. -CovidPublicHealthData,dateType,test,Date that the covid-19 test was performed.,Date � laquelle le test de COVID-19 a �t� effectu�. \ No newline at end of file +CovidPublicHealthData,dateType,test,Date that the covid-19 test was performed.,Date � laquelle le test de COVID-19 a �t� effectu�. diff --git a/site/Variables.csv b/site/Variables.csv index da1e511f..f6cb1ff6 100644 --- a/site/Variables.csv +++ b/site/Variables.csv @@ -81,7 +81,7 @@ SiteMeasure,aggregation,Aggregation,Agr�gation,,,,category,"When reporting an SiteMeasure,aggregationOther,Aggregation other,Agr�gation autre,,,,string,Description for other type of aggregation not listed in aggregation.,Description d'une agr�gation ne faisant pas partie des options disponibles. SiteMeasure,aggregationDesc,Aggregation desc,Agr�gation desc,,,,string,Information on OR reference to which measurements that were included to calculate the aggregated measurement that is being reported.,Informations (ou r�f�rence) li�e(s) � la m�thode d'agr�gation utilis�e pour rapporter la mesure. SiteMeasure,value,Value,Valeur,,,,float,"The actual value that is being reported for this measurement. Use ""NA"" for missing values and make sure to leave a note.","La valeur num�rique de la mesure effectu�e. Utilise ""NA"" pour les valeurs manquantes et laisser une note." -SiteMeasure,unit,Unit,Unit�,,,,string,The engineering unit of the measurement.,L'unit� de mesure +SiteMeasure,unit,Unit,Unit�,,,,category,The engineering unit of the measurement.,L'unit� de mesure SiteMeasure,qualityFlag,Quality flag,Indicateur de mauvaise qualit�,,,,boolean,Does the reporter suspect quality issues with the value of this measurement,Le reporteur de la mesure suspecte-t-il que la mesure est de mauvaise qualit�? SiteMeasure,accessToPublic,Access to public,Acc�s au public,,,,boolean,"If this is 'no', this data will not be available to the public. If missing, data will be available to the public.","Si ""Non"", la donn�e ne sera pas accessible par le public. Si ""Oui"" ou laiss� vide, la donn�e leur sera accessible." SiteMeasure,accessToAllOrgs,Access to all orgs,Acc�s � toutes les organisations,,,,boolean,"If this is 'no', this data will not be available to any partner organization. If missing, data will be available to the all organizations.","Si ""Non"", la donn�e ne sera pas accessible par toute organisation partenaire. Si ""Oui"" ou laiss� vide, la donn�e leur sera accessible." @@ -151,4 +151,4 @@ CovidPublicHealthData,notes,Notes,Notes,,,,string,Any additional notes.,Ajouter Lookup,tableName,Table name,Nom de la table,,,,string,Name of the Table,Nom de la table. Lookup,columnName,Column name,Nom de la colonne,,,,string,Name for the column,Nom de la colonne. Lookup,value,Value,Valeur,,,,string,Name of the value,Nom de la valeur. -Lookup,description,Description,Description,,,,string,Name of the description,Nom de la description. \ No newline at end of file +Lookup,description,Description,Description,,,,string,Name of the description,Nom de la description. diff --git a/src/wbe_create_table_SQLITE_en.sql b/src/wbe_create_table_SQLITE_en.sql index 364e2e65..b88c2c42 100644 --- a/src/wbe_create_table_SQLITE_en.sql +++ b/src/wbe_create_table_SQLITE_en.sql @@ -67,6 +67,8 @@ CREATE TABLE IF NOT EXISTS [Site] ( [siteID] char NOT NULL PRIMARY KEY, -- [name] char, -- [description] char, -- + [publicHealthDepartment] char, -- + [healthRegion] char, -- [type] char, -- [typeOther] char, -- [sampleTypeDefault] char, -- @@ -91,6 +93,7 @@ CREATE TABLE IF NOT EXISTS [SiteMeasure] ( [siteID] char, -- [instrumentID] char, -- [reporterID] char, -- + [sampleID] char, -- [dateTime] integer, -- [type] char, -- [typeOther] char, -- @@ -112,7 +115,8 @@ CREATE TABLE IF NOT EXISTS [SiteMeasure] ( [notes] char, -- FOREIGN KEY ([siteID]) REFERENCES Site(siteID) DEFERRABLE INITIALLY DEFERRED, FOREIGN KEY ([instrumentID]) REFERENCES Instrument(instrumentID) DEFERRABLE INITIALLY DEFERRED, - FOREIGN KEY ([reporterID]) REFERENCES Reporter(reporterID) DEFERRABLE INITIALLY DEFERRED + FOREIGN KEY ([reporterID]) REFERENCES Reporter(reporterID) DEFERRABLE INITIALLY DEFERRED, + FOREIGN KEY ([sampleID]) REFERENCES Sample(sampleID) DEFERRABLE INITIALLY DEFERRED ); CREATE TABLE IF NOT EXISTS [Reporter] ( @@ -150,7 +154,7 @@ CREATE TABLE IF NOT EXISTS [AssayMethod] ( [referenceLink] char, -- [date] integer, -- [aliasID] char, -- - [sampleSizeL] float, -- + [extractionVolMl] float, -- [loq] float, -- [lod] float, -- [unit] char, --