Test.cc

#include <string>
#include <stdio.h>
#include <locale.h>
#include <getopt.h>
#include <libgen.h>
#include <sys/time.h>
#include <queue>
#include <utility>
#include <functional>
#include <algorithm>
#include <vector>
#include <map>
#include <string>
#include <zlib.h>
#include <climits>
// #include <unordered_map>
#include <unistd.h>
#include "Common.h"
// #include "Parsers/BAMParser.h"
// #include "Parsers/SAMParser.h"
// #include "Fields/Sequence.h"
// #include "Fields/ReadName.h"
// #include "Fields/MappingFlag.h"
// #include "Fields/EditOperation.h"
// #include "Fields/MappingQuality.h"
// #include "Fields/QualityScore.h"
// #include "Fields/PairedEnd.h"
// #include "Fields/OptionalField.h"
using namespace std;

// bool optTest 	= false;
// bool optForce 	= false;
// bool optStdout  = false;
// string optRef 	 = "";
// string optInput  = "";
// string optRange  = "";
// string optOutput = "";
// size_t optBlock = 1000000;
// char optQuality = 0;
// char optLossy   = 0;

// static const char *NAMES[8] = {
// 	"SQ","RN","MF","ML", 
// 	"MQ","QQ","PE","OF" 
// };

// #include "Sort.h"

int main (int argc, char **argv) {
//	sortFile(argv[1], (string(argv[1]) + "._sort").c_str(), atoi(argv[2]) * MB);

	// SAMParser *parser = new SAMParser(argv[1]);
	// QualityScoreCompressor *sq = new QualityScoreCompressor(optBlock);
	
	// string comment = parser->readComment();

	// int64_t blockCount = 0;
	// Array<uint8_t> outputBuffer(0, MB);
	// while (parser->hasNext()) {
	// 	string chr = parser->head();
	// 	size_t _i;
	// 	for (_i = 0; _i < optBlock
	// 						&& parser->hasNext() 
	// 						&& parser->head() == chr; _i++) {
	// 		const Record &rc = parser->next();
	// 		sq->addRecord(rc.getQuality()/*, rc.getSequence()*/, rc.getMappingFlag());
	// 		parser->readNext();		
	// 	}
	// 	LOGN("\r   Chr %-6s %5.2lf%% [%ld]", chr.c_str(), (100.0 * parser->fpos()) / parser->fsize(), blockCount + 1);
	// 	sq->outputRecords(outputBuffer, 0, _i);			
	// 	// dz file
	// 	size_t out_sz = outputBuffer.size();
	// 	fwrite(&out_sz, sizeof(size_t), 1, stdout);
	// 	if (out_sz) 
	// 		fwrite(outputBuffer.data(), 1, out_sz, stdout);
	// 	blockCount++;
	// }
	// LOGN("\n");
	// LOGN("QUAL: %'15lu\n", sq->compressedSize());

	// delete sq;
	// delete parser;

	return 0;
}